src/jalview/appletgui/AnnotationLabels.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import java.util.*;
  24 import java.awt.*;
  25 import java.awt.event.*;
  26
  27 import jalview.datamodel.*;
  28 import jalview.util.MessageManager;
  29 import jalview.util.ParseHtmlBodyAndLinks;
  30
  31 public class AnnotationLabels extends Panel implements ActionListener,
  32         MouseListener, MouseMotionListener
  33 {
  34   Image image;
  35
  36   boolean active = false;
  37
  38   AlignmentPanel ap;
  39
  40   AlignViewport av;
  41
  42   boolean resizing = false;
  43
  44   int oldY, mouseX;
  45
  46   static String ADDNEW = "Add New Row";
  47
  48   static String EDITNAME = "Edit Label/Description";
  49
  50   static String HIDE = "Hide This Row";
  51
  52   static String SHOWALL = "Show All Hidden Rows";
  53
  54   static String OUTPUT_TEXT = "Show Values In Textbox";
  55
  56   static String COPYCONS_SEQ = "Copy Consensus Sequence";
  57
  58   int scrollOffset = 0;
  59
  60   int selectedRow = -1;
  61
  62   Tooltip tooltip;
  63
  64   private boolean hasHiddenRows;
  65
  66   public AnnotationLabels(AlignmentPanel ap)
  67   {
  68     this.ap = ap;
  69     this.av = ap.av;
  70     setLayout(null);
  71
  72     /**
  73      * this retrieves the adjustable height glyph from resources. we don't use
  74      * it at the moment. java.net.URL url =
  75      * getClass().getResource("/images/idwidth.gif"); Image temp = null;
  76      *
  77      * if (url != null) { temp =
  78      * java.awt.Toolkit.getDefaultToolkit().createImage(url); }
  79      *
  80      * try { MediaTracker mt = new MediaTracker(this); mt.addImage(temp, 0);
  81      * mt.waitForID(0); } catch (Exception ex) { }
  82      *
  83      * BufferedImage bi = new BufferedImage(temp.getHeight(this),
  84      * temp.getWidth(this), BufferedImage.TYPE_INT_RGB); Graphics2D g =
  85      * (Graphics2D) bi.getGraphics(); g.rotate(Math.toRadians(90));
  86      * g.drawImage(temp, 0, -bi.getWidth(this), this); image = (Image) bi;
  87      */
  88     addMouseListener(this);
  89     addMouseMotionListener(this);
  90   }
  91
  92   public AnnotationLabels(AlignViewport av)
  93   {
  94     this.av = av;
  95   }
  96
  97   public void setScrollOffset(int y, boolean repaint)
  98   {
  99     scrollOffset = y;
 100     if (repaint)
 101     {
 102       repaint();
 103     }
 104   }
 105
 106   /**
 107    *
 108    * @param y
 109    * @return -2 if no rows are visible at all, -1 if no visible rows were
 110    *         selected
 111    */
 112   int getSelectedRow(int y)
 113   {
 114     int row = -2;
 115     AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.getAlignment()
 116             .getAlignmentAnnotation();
 117
 118     if (aa == null)
 119     {
 120       return row;
 121     }
 122     int height = 0;
 123     for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 124     {
 125       row = -1;
 126       if (!aa[i].visible)
 127       {
 128         continue;
 129       }
 130       height += aa[i].height;
 131       if (y < height)
 132       {
 133         row = i;
 134         break;
 135       }
 136     }
 137
 138     return row;
 139   }
 140
 141   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 142   {
 143     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 144
 145     if (evt.getActionCommand().equals(ADDNEW))
 146     {
 147       AlignmentAnnotation newAnnotation = new AlignmentAnnotation("", null,
 148               new Annotation[ap.av.getAlignment().getWidth()]);
 149
 150       if (!editLabelDescription(newAnnotation))
 151       {
 152         return;
 153       }
 154
 155       ap.av.getAlignment().addAnnotation(newAnnotation);
 156       ap.av.getAlignment().setAnnotationIndex(newAnnotation, 0);
 157     }
 158     else if (evt.getActionCommand().equals(EDITNAME))
 159     {
 160       editLabelDescription(aa[selectedRow]);
 161     }
 162     else if (evt.getActionCommand().equals(HIDE))
 163     {
 164       aa[selectedRow].visible = false;
 165     }
 166     else if (evt.getActionCommand().equals(SHOWALL))
 167     {
 168       for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 169       {
 170         aa[i].visible = (aa[i].annotations == null) ? false : true;
 171       }
 172     }
 173     else if (evt.getActionCommand().equals(OUTPUT_TEXT))
 174     {
 175       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false,
 176               ap.alignFrame);
 177       Frame frame = new Frame();
 178       frame.add(cap);
 179       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, ap.alignFrame.getTitle()
 180               + " - " + aa[selectedRow].label, 500, 100);
 181       cap.setText(aa[selectedRow].toString());
 182     }
 183     else if (evt.getActionCommand().equals(COPYCONS_SEQ))
 184     {
 185       SequenceI cons = av.getConsensusSeq();
 186       if (cons != null)
 187       {
 188         copy_annotseqtoclipboard(cons);
 189       }
 190
 191     }
 192     ap.annotationPanel.adjustPanelHeight();
 193     setSize(getSize().width, ap.annotationPanel.getSize().height);
 194     ap.validate();
 195     ap.paintAlignment(true);
 196   }
 197
 198   boolean editLabelDescription(AlignmentAnnotation annotation)
 199   {
 200     Checkbox padGaps = new Checkbox("Fill Empty Gaps With \""
 201             + ap.av.getGapCharacter() + "\"", annotation.padGaps);
 202
 203     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(annotation.label,
 204             annotation.description, "      Annotation Label",
 205             "Annotation Description", ap.alignFrame,
 206             "Edit Annotation Name / Description", 500, 180, false);
 207
 208     Panel empty = new Panel(new FlowLayout());
 209     empty.add(padGaps);
 210     dialog.add(empty);
 211     dialog.pack();
 212
 213     dialog.setVisible(true);
 214
 215     if (dialog.accept)
 216     {
 217       annotation.label = dialog.getName();
 218       annotation.description = dialog.getDescription();
 219       annotation.setPadGaps(padGaps.getState(), av.getGapCharacter());
 220       repaint();
 221       return true;
 222     }
 223     else
 224       return false;
 225
 226   }
 227
 228   boolean resizePanel = false;
 229
 230   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 231   {
 232     resizePanel = evt.getY() < 10 && evt.getX() < 14;
 233     int row = getSelectedRow(evt.getY() + scrollOffset);
 234
 235     if (row > -1)
 236     {
 237       ParseHtmlBodyAndLinks phb = new ParseHtmlBodyAndLinks(
 238               av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[row]
 239                       .getDescription(true),
 240               true, "\n");
 241       if (tooltip == null)
 242       {
 243         tooltip = new Tooltip(phb.getNonHtmlContent(), this);
 244       }
 245       else
 246       {
 247         tooltip.setTip(phb.getNonHtmlContent());
 248       }
 249     }
 250     else if (tooltip != null)
 251     {
 252       tooltip.setTip("");
 253     }
 254   }
 255
 256   /**
 257    * curent drag position
 258    */
 259   MouseEvent dragEvent = null;
 260
 261   /**
 262    * flag to indicate drag events should be ignored
 263    */
 264   private boolean dragCancelled = false;
 265
 266   /**
 267    * clear any drag events in progress
 268    */
 269   public void cancelDrag()
 270   {
 271     dragEvent = null;
 272     dragCancelled = true;
 273   }
 274
 275   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 276   {
 277     if (dragCancelled)
 278     {
 279       return;
 280     }
 281     ;
 282     dragEvent = evt;
 283
 284     if (resizePanel)
 285     {
 286       Dimension d = ap.annotationPanelHolder.getSize(), e = ap.annotationSpaceFillerHolder
 287               .getSize(), f = ap.seqPanelHolder.getSize();
 288       int dif = evt.getY() - oldY;
 289
 290       dif /= ap.av.charHeight;
 291       dif *= ap.av.charHeight;
 292
 293       if ((d.height - dif) > 20 && (f.height + dif) > 20)
 294       {
 295         ap.annotationPanel.setSize(d.width, d.height - dif);
 296         setSize(new Dimension(e.width, d.height - dif));
 297         ap.annotationSpaceFillerHolder.setSize(new Dimension(e.width,
 298                 d.height - dif));
 299         ap.annotationPanelHolder.setSize(new Dimension(d.width, d.height
 300                 - dif));
 301         ap.apvscroll.setValues(ap.apvscroll.getValue(), d.height - dif, 0,
 302                 av.calcPanelHeight());
 303         f.height += dif;
 304         ap.seqPanelHolder.setPreferredSize(f);
 305         ap.setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());
 306         ap.validate();
 307         // ap.paintAlignment(true);
 308         ap.addNotify();
 309       }
 310
 311     }
 312     else
 313     {
 314       int diff;
 315       if ((diff = 6 - evt.getY()) > 0)
 316       {
 317         // nudge scroll up
 318         ap.apvscroll.setValue(ap.apvscroll.getValue() - diff);
 319         ap.adjustmentValueChanged(null);
 320
 321       }
 322       else if ((0 < (diff = 6
 323               - ap.annotationSpaceFillerHolder.getSize().height
 324               + evt.getY())))
 325       {
 326         // nudge scroll down
 327         ap.apvscroll.setValue(ap.apvscroll.getValue() + diff);
 328         ap.adjustmentValueChanged(null);
 329       }
 330       repaint();
 331     }
 332   }
 333
 334   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 335   {
 336   }
 337
 338   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 339   {
 340     if (!resizePanel && !dragCancelled)
 341     {
 342       int start = selectedRow;
 343
 344       int end = getSelectedRow(evt.getY() + scrollOffset);
 345
 346       if (start > -1 && start != end)
 347       {
 348         // Swap these annotations
 349         AlignmentAnnotation startAA = ap.av.getAlignment()
 350                 .getAlignmentAnnotation()[start];
 351         if (end == -1)
 352         {
 353           end = ap.av.getAlignment().getAlignmentAnnotation().length - 1;
 354         }
 355         AlignmentAnnotation endAA = ap.av.getAlignment()
 356                 .getAlignmentAnnotation()[end];
 357
 358         ap.av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[end] = startAA;
 359         ap.av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[start] = endAA;
 360       }
 361     }
 362     resizePanel = false;
 363     dragEvent = null;
 364     dragCancelled = false;
 365     repaint();
 366     ap.annotationPanel.repaint();
 367   }
 368
 369   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 370   {
 371     if (evt.getY() < 10 && evt.getX() < 14)
 372     {
 373       resizePanel = true;
 374       repaint();
 375     }
 376   }
 377
 378   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 379   {
 380     dragCancelled = false;
 381
 382     if (dragEvent == null)
 383     {
 384       resizePanel = false;
 385     }
 386     else
 387     {
 388       if (!resizePanel)
 389       {
 390         dragEvent = null;
 391       }
 392     }
 393     repaint();
 394   }
 395
 396   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 397   {
 398     oldY = evt.getY();
 399     if (resizePanel)
 400     {
 401       return;
 402     }
 403     dragCancelled = false;
 404     // todo: move below to mouseClicked ?
 405     selectedRow = getSelectedRow(evt.getY() + scrollOffset);
 406
 407     AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.getAlignment()
 408             .getAlignmentAnnotation();
 409
 410     // DETECT RIGHT MOUSE BUTTON IN AWT
 411     if ((evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) == InputEvent.BUTTON3_MASK)
 412     {
 413
 414       PopupMenu popup = new PopupMenu(
 415               MessageManager.getString("label.annotations"));
 416
 417       MenuItem item = new MenuItem(ADDNEW);
 418       item.addActionListener(this);
 419       popup.add(item);
 420       if (selectedRow < 0)
 421       {
 422         // this never happens at moment: - see comment on JAL-563
 423         if (hasHiddenRows)
 424         {
 425           item = new MenuItem(SHOWALL);
 426           item.addActionListener(this);
 427           popup.add(item);
 428         }
 429         this.add(popup);
 430         popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());
 431         return;
 432       }
 433       // add the rest if there are actually rows to show
 434       item = new MenuItem(EDITNAME);
 435       item.addActionListener(this);
 436       popup.add(item);
 437       item = new MenuItem(HIDE);
 438       item.addActionListener(this);
 439       popup.add(item);
 440       if (hasHiddenRows)
 441       {
 442         item = new MenuItem(SHOWALL);
 443         item.addActionListener(this);
 444         popup.add(item);
 445       }
 446       this.add(popup);
 447       item = new MenuItem(OUTPUT_TEXT);
 448       item.addActionListener(this);
 449       popup.add(item);
 450       if (selectedRow < aa.length)
 451       {
 452         if (aa[selectedRow].autoCalculated)
 453         {
 454           if (aa[selectedRow].label.indexOf("Consensus") > -1)
 455           {
 456             popup.addSeparator();
 457             final CheckboxMenuItem cbmi = new CheckboxMenuItem(
 458                     MessageManager.getString("label.ignore_gaps_consensus"),
 459                     (aa[selectedRow].groupRef != null) ? aa[selectedRow].groupRef
 460                             .getIgnoreGapsConsensus() : ap.av
 461                             .getIgnoreGapsConsensus());
 462             final AlignmentAnnotation aaa = aa[selectedRow];
 463             cbmi.addItemListener(new ItemListener()
 464             {
 465               public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 466               {
 467                 if (aaa.groupRef != null)
 468                 {
 469                   // TODO: pass on reference to ap so the view can be updated.
 470                   aaa.groupRef.setIgnoreGapsConsensus(cbmi.getState());
 471                 }
 472                 else
 473                 {
 474                   ap.av.setIgnoreGapsConsensus(cbmi.getState());
 475                 }
 476                 ap.paintAlignment(true);
 477               }
 478             });
 479             popup.add(cbmi);
 480             if (aaa.groupRef != null)
 481             {
 482               final CheckboxMenuItem chist = new CheckboxMenuItem(
 483                       MessageManager.getString("label.show_group_histogram"),
 484                       aa[selectedRow].groupRef.isShowConsensusHistogram());
 485               chist.addItemListener(new ItemListener()
 486               {
 487                 public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 488                 {
 489                   // TODO: pass on reference
 490                   // to ap
 491                   // so the
 492                   // view
 493                   // can be
 494                   // updated.
 495                   aaa.groupRef.setShowConsensusHistogram(chist.getState());
 496                   ap.repaint();
 497                   // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 498                 }
 499               });
 500               popup.add(chist);
 501               final CheckboxMenuItem cprofl = new CheckboxMenuItem(
 502                       MessageManager.getString("label.show_group_logo"),
 503                       aa[selectedRow].groupRef.isShowSequenceLogo());
 504               cprofl.addItemListener(new ItemListener()
 505               {
 506                 public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 507                 {
 508                   // TODO: pass on reference
 509                   // to ap
 510                   // so the
 511                   // view
 512                   // can be
 513                   // updated.
 514                   aaa.groupRef.setshowSequenceLogo(cprofl.getState());
 515                   ap.repaint();
 516                   // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 517                 }
 518               });
 519
 520               popup.add(cprofl);
 521               final CheckboxMenuItem cprofn = new CheckboxMenuItem(
 522                       MessageManager.getString("label.normalise_group_logo"),
 523                       aa[selectedRow].groupRef.isNormaliseSequenceLogo());
 524               cprofn.addItemListener(new ItemListener()
 525               {
 526                 public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 527                 {
 528                   // TODO: pass on reference
 529                   // to ap
 530                   // so the
 531                   // view
 532                   // can be
 533                   // updated.
 534                   aaa.groupRef.setshowSequenceLogo(true);
 535                   aaa.groupRef.setNormaliseSequenceLogo(cprofn.getState());
 536                   ap.repaint();
 537                   // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 538                 }
 539               });
 540               popup.add(cprofn);
 541             }
 542             else
 543             {
 544               final CheckboxMenuItem chist = new CheckboxMenuItem(
 545                       MessageManager.getString("label.show_histogram"), av.isShowConsensusHistogram());
 546               chist.addItemListener(new ItemListener()
 547               {
 548                 public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 549                 {
 550                   // TODO: pass on reference
 551                   // to ap
 552                   // so the
 553                   // view
 554                   // can be
 555                   // updated.
 556                   av.setShowConsensusHistogram(chist.getState());
 557                   ap.alignFrame.showConsensusHistogram.setState(chist
 558                           .getState()); // TODO: implement
 559                                         // ap.updateGUI()/alignFrame.updateGUI
 560                                         // for applet
 561                   ap.repaint();
 562                   // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 563                 }
 564               });
 565               popup.add(chist);
 566               final CheckboxMenuItem cprof = new CheckboxMenuItem(
 567                       MessageManager.getString("label.show_logo"), av.isShowSequenceLogo());
 568               cprof.addItemListener(new ItemListener()
 569               {
 570                 public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 571                 {
 572                   // TODO: pass on reference
 573                   // to ap
 574                   // so the
 575                   // view
 576                   // can be
 577                   // updated.
 578                   av.setShowSequenceLogo(cprof.getState());
 579                   ap.alignFrame.showSequenceLogo.setState(cprof.getState()); // TODO:
 580                                                                              // implement
 581                                                                              // ap.updateGUI()/alignFrame.updateGUI
 582                                                                              // for
 583                                                                              // applet
 584                   ap.repaint();
 585                   // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 586                 }
 587               });
 588               popup.add(cprof);
 589               final CheckboxMenuItem cprofn = new CheckboxMenuItem(
 590                       MessageManager.getString("label.normalise_logo"), av.isNormaliseSequenceLogo());
 591               cprofn.addItemListener(new ItemListener()
 592               {
 593                 public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 594                 {
 595                   // TODO: pass on reference
 596                   // to ap
 597                   // so the
 598                   // view
 599                   // can be
 600                   // updated.
 601                   av.setShowSequenceLogo(true);
 602                   ap.alignFrame.normSequenceLogo.setState(cprofn.getState()); // TODO:
 603                                                                               // implement
 604                                                                               // ap.updateGUI()/alignFrame.updateGUI
 605                                                                               // for
 606                                                                               // applet
 607                   av.setNormaliseSequenceLogo(cprofn.getState());
 608                   ap.repaint();
 609                   // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 610                 }
 611               });
 612               popup.add(cprofn);
 613             }
 614
 615             item = new MenuItem(COPYCONS_SEQ);
 616             item.addActionListener(this);
 617             popup.add(item);
 618           }
 619         }
 620       }
 621       popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());
 622     }
 623     else
 624     {
 625       // selection action.
 626       if (selectedRow > -1 && selectedRow < aa.length)
 627       {
 628         if (aa[selectedRow].groupRef != null)
 629         {
 630           if (evt.getClickCount() >= 2)
 631           {
 632             // todo: make the ap scroll to the selection - not necessary, first
 633             // click highlights/scrolls, second selects
 634             ap.seqPanel.ap.idPanel.highlightSearchResults(null);
 635             ap.av.setSelectionGroup(// new SequenceGroup(
 636             aa[selectedRow].groupRef); // );
 637             ap.av.sendSelection();
 638             ap.paintAlignment(false);
 639             PaintRefresher.Refresh(ap, ap.av.getSequenceSetId());
 640           }
 641           else
 642           {
 643             ap.seqPanel.ap.idPanel
 644                     .highlightSearchResults(aa[selectedRow].groupRef
 645                             .getSequences(null));
 646           }
 647           return;
 648         }
 649         else if (aa[selectedRow].sequenceRef != null)
 650         {
 651           if (evt.getClickCount() == 1)
 652           {
 653             ap.seqPanel.ap.idPanel.highlightSearchResults(Arrays
 654                     .asList(new SequenceI[]
 655                     { aa[selectedRow].sequenceRef }));
 656           }
 657           else if (evt.getClickCount() >= 2)
 658           {
 659             ap.seqPanel.ap.idPanel.highlightSearchResults(null);
 660             SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 661             if (sg!=null)
 662             {
 663               // we make a copy rather than edit the current selection if no modifiers pressed
 664               // see Enhancement JAL-1557
 665               if (!(evt.isControlDown() || evt.isShiftDown()))
 666               {
 667                 sg = new SequenceGroup(sg);
 668                 sg.clear();
 669                 sg.addSequence(aa[selectedRow].sequenceRef, false);
 670               } else {
 671                 if (evt.isControlDown())
 672                 {
 673                   sg.addOrRemove(aa[selectedRow].sequenceRef, true);
 674                 } else {
 675                   // notionally, we should also add intermediate sequences from last added sequence ?
 676                   sg.addSequence(aa[selectedRow].sequenceRef, true);
 677                 }
 678               }
 679             } else {
 680               sg = new SequenceGroup();
 681               sg.setStartRes(0);
 682               sg.setEndRes(ap.av.getAlignment().getWidth()-1);
 683               sg.addSequence(aa[selectedRow].sequenceRef, false);
 684             }
 685             ap.av.setSelectionGroup(sg);
 686             ap.paintAlignment(false);
 687             PaintRefresher.Refresh(ap, ap.av.getSequenceSetId());
 688             ap.av.sendSelection();
 689           }
 690
 691         }
 692       }
 693
 694     }
 695   }
 696
 697   /**
 698    * DOCUMENT ME!
 699    *
 700    * @param e
 701    *          DOCUMENT ME!
 702    */
 703   protected void copy_annotseqtoclipboard(SequenceI sq)
 704   {
 705     if (sq == null || sq.getLength() < 1)
 706     {
 707       return;
 708     }
 709     jalview.appletgui.AlignFrame.copiedSequences = new StringBuffer();
 710     jalview.appletgui.AlignFrame.copiedSequences.append(sq.getName() + "\t"
 711             + sq.getStart() + "\t" + sq.getEnd() + "\t"
 712             + sq.getSequenceAsString() + "\n");
 713     if (av.hasHiddenColumns())
 714     {
 715       jalview.appletgui.AlignFrame.copiedHiddenColumns = new Vector();
 716       for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size(); i++)
 717       {
 718         int[] region = (int[]) av.getColumnSelection().getHiddenColumns()
 719                 .elementAt(i);
 720
 721         jalview.appletgui.AlignFrame.copiedHiddenColumns
 722                 .addElement(new int[]
 723                 { region[0], region[1] });
 724       }
 725     }
 726   }
 727
 728   public void update(Graphics g)
 729   {
 730     paint(g);
 731   }
 732
 733   public void paint(Graphics g)
 734   {
 735     int w = getSize().width;
 736     int h = getSize().height;
 737     if (image == null || w != image.getWidth(this)
 738             || h != image.getHeight(this))
 739     {
 740       image = createImage(w, ap.annotationPanel.getSize().height);
 741     }
 742
 743     drawComponent(image.getGraphics(), w);
 744     g.drawImage(image, 0, 0, this);
 745   }
 746
 747   public void drawComponent(Graphics g, int width)
 748   {
 749     g.setFont(av.getFont());
 750     FontMetrics fm = g.getFontMetrics(av.getFont());
 751     g.setColor(Color.white);
 752     g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);
 753
 754     g.translate(0, -scrollOffset);
 755     g.setColor(Color.black);
 756
 757     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 758     int y = 0, fy = g.getFont().getSize();
 759     int x = 0, offset;
 760
 761     if (aa != null)
 762     {
 763       hasHiddenRows = false;
 764       for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 765       {
 766         if (!aa[i].visible)
 767         {
 768           hasHiddenRows = true;
 769           continue;
 770         }
 771
 772         x = width - fm.stringWidth(aa[i].label) - 3;
 773
 774         y += aa[i].height;
 775         offset = -(aa[i].height - fy) / 2;
 776
 777         g.drawString(aa[i].label, x, y + offset);
 778       }
 779     }
 780     g.translate(0, +scrollOffset);
 781     if (resizePanel)
 782     {
 783       g.setColor(Color.red);
 784       g.setPaintMode();
 785       g.drawLine(2, 8, 5, 2);
 786       g.drawLine(5, 2, 8, 8);
 787     }
 788     else if (!dragCancelled && dragEvent != null && aa != null)
 789     {
 790       g.setColor(Color.lightGray);
 791       g.drawString(aa[selectedRow].label, dragEvent.getX(),
 792               dragEvent.getY());
 793     }
 794
 795     if (!av.wrapAlignment && ((aa == null) || (aa.length < 1)))
 796     {
 797       g.setColor(Color.black);
 798       g.drawString(MessageManager.getString("label.right_click"), 2, 8);
 799       g.drawString(MessageManager.getString("label.to_add_annotation"), 2,
 800               18);
 801     }
 802   }
 803 }