src/jalview/appletgui/AnnotationLabels.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  24 import jalview.datamodel.Annotation;
  25 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27 import jalview.util.MessageManager;
  28 import jalview.util.ParseHtmlBodyAndLinks;
  29
  30 import java.awt.Checkbox;
  31 import java.awt.CheckboxMenuItem;
  32 import java.awt.Color;
  33 import java.awt.Dimension;
  34 import java.awt.FlowLayout;
  35 import java.awt.FontMetrics;
  36 import java.awt.Frame;
  37 import java.awt.Graphics;
  38 import java.awt.Image;
  39 import java.awt.MenuItem;
  40 import java.awt.Panel;
  41 import java.awt.PopupMenu;
  42 import java.awt.event.ActionEvent;
  43 import java.awt.event.ActionListener;
  44 import java.awt.event.InputEvent;
  45 import java.awt.event.ItemEvent;
  46 import java.awt.event.ItemListener;
  47 import java.awt.event.MouseEvent;
  48 import java.awt.event.MouseListener;
  49 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  50 import java.util.Arrays;
  51 import java.util.Vector;
  52
  53 public class AnnotationLabels extends Panel implements ActionListener,
  54         MouseListener, MouseMotionListener
  55 {
  56   Image image;
  57
  58   boolean active = false;
  59
  60   AlignmentPanel ap;
  61
  62   AlignViewport av;
  63
  64   boolean resizing = false;
  65
  66   int oldY, mouseX;
  67
  68   static String ADDNEW = "Add New Row";
  69
  70   static String EDITNAME = "Edit Label/Description";
  71
  72   static String HIDE = "Hide This Row";
  73
  74   static String SHOWALL = "Show All Hidden Rows";
  75
  76   static String OUTPUT_TEXT = "Show Values In Textbox";
  77
  78   static String COPYCONS_SEQ = "Copy Consensus Sequence";
  79
  80   int scrollOffset = 0;
  81
  82   int selectedRow = -1;
  83
  84   Tooltip tooltip;
  85
  86   private boolean hasHiddenRows;
  87
  88   public AnnotationLabels(AlignmentPanel ap)
  89   {
  90     this.ap = ap;
  91     this.av = ap.av;
  92     setLayout(null);
  93
  94     /**
  95      * this retrieves the adjustable height glyph from resources. we don't use
  96      * it at the moment. java.net.URL url =
  97      * getClass().getResource("/images/idwidth.gif"); Image temp = null;
  98      *
  99      * if (url != null) { temp =
 100      * java.awt.Toolkit.getDefaultToolkit().createImage(url); }
 101      *
 102      * try { MediaTracker mt = new MediaTracker(this); mt.addImage(temp, 0);
 103      * mt.waitForID(0); } catch (Exception ex) { }
 104      *
 105      * BufferedImage bi = new BufferedImage(temp.getHeight(this),
 106      * temp.getWidth(this), BufferedImage.TYPE_INT_RGB); Graphics2D g =
 107      * (Graphics2D) bi.getGraphics(); g.rotate(Math.toRadians(90));
 108      * g.drawImage(temp, 0, -bi.getWidth(this), this); image = (Image) bi;
 109      */
 110     addMouseListener(this);
 111     addMouseMotionListener(this);
 112   }
 113
 114   public AnnotationLabels(AlignViewport av)
 115   {
 116     this.av = av;
 117   }
 118
 119   public void setScrollOffset(int y, boolean repaint)
 120   {
 121     scrollOffset = y;
 122     if (repaint)
 123     {
 124       repaint();
 125     }
 126   }
 127
 128   /**
 129    *
 130    * @param y
 131    * @return -2 if no rows are visible at all, -1 if no visible rows were
 132    *         selected
 133    */
 134   int getSelectedRow(int y)
 135   {
 136     int row = -2;
 137     AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.getAlignment()
 138             .getAlignmentAnnotation();
 139
 140     if (aa == null)
 141     {
 142       return row;
 143     }
 144     int height = 0;
 145     for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 146     {
 147       row = -1;
 148       if (!aa[i].visible)
 149       {
 150         continue;
 151       }
 152       height += aa[i].height;
 153       if (y < height)
 154       {
 155         row = i;
 156         break;
 157       }
 158     }
 159
 160     return row;
 161   }
 162
 163   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 164   {
 165     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 166
 167     if (evt.getActionCommand().equals(ADDNEW))
 168     {
 169       AlignmentAnnotation newAnnotation = new AlignmentAnnotation("", null,
 170               new Annotation[ap.av.getAlignment().getWidth()]);
 171
 172       if (!editLabelDescription(newAnnotation))
 173       {
 174         return;
 175       }
 176
 177       ap.av.getAlignment().addAnnotation(newAnnotation);
 178       ap.av.getAlignment().setAnnotationIndex(newAnnotation, 0);
 179     }
 180     else if (evt.getActionCommand().equals(EDITNAME))
 181     {
 182       editLabelDescription(aa[selectedRow]);
 183     }
 184     else if (evt.getActionCommand().equals(HIDE))
 185     {
 186       aa[selectedRow].visible = false;
 187     }
 188     else if (evt.getActionCommand().equals(SHOWALL))
 189     {
 190       for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 191       {
 192         aa[i].visible = (aa[i].annotations == null) ? false : true;
 193       }
 194     }
 195     else if (evt.getActionCommand().equals(OUTPUT_TEXT))
 196     {
 197       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false,
 198               ap.alignFrame);
 199       Frame frame = new Frame();
 200       frame.add(cap);
 201       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, ap.alignFrame.getTitle()
 202               + " - " + aa[selectedRow].label, 500, 100);
 203       cap.setText(aa[selectedRow].toString());
 204     }
 205     else if (evt.getActionCommand().equals(COPYCONS_SEQ))
 206     {
 207       SequenceI cons = av.getConsensusSeq();
 208       if (cons != null)
 209       {
 210         copy_annotseqtoclipboard(cons);
 211       }
 212
 213     }
 214     ap.annotationPanel.adjustPanelHeight();
 215     setSize(getSize().width, ap.annotationPanel.getSize().height);
 216     ap.validate();
 217     ap.paintAlignment(true);
 218   }
 219
 220   boolean editLabelDescription(AlignmentAnnotation annotation)
 221   {
 222     Checkbox padGaps = new Checkbox("Fill Empty Gaps With \""
 223             + ap.av.getGapCharacter() + "\"", annotation.padGaps);
 224
 225     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(annotation.label,
 226             annotation.description, "      Annotation Label",
 227             "Annotation Description", ap.alignFrame,
 228             "Edit Annotation Name / Description", 500, 180, false);
 229
 230     Panel empty = new Panel(new FlowLayout());
 231     empty.add(padGaps);
 232     dialog.add(empty);
 233     dialog.pack();
 234
 235     dialog.setVisible(true);
 236
 237     if (dialog.accept)
 238     {
 239       annotation.label = dialog.getName();
 240       annotation.description = dialog.getDescription();
 241       annotation.setPadGaps(padGaps.getState(), av.getGapCharacter());
 242       repaint();
 243       return true;
 244     }
 245     else
 246     {
 247       return false;
 248     }
 249
 250   }
 251
 252   boolean resizePanel = false;
 253
 254   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 255   {
 256     resizePanel = evt.getY() < 10 && evt.getX() < 14;
 257     int row = getSelectedRow(evt.getY() + scrollOffset);
 258
 259     if (row > -1)
 260     {
 261       ParseHtmlBodyAndLinks phb = new ParseHtmlBodyAndLinks(
 262               av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[row]
 263                       .getDescription(true),
 264               true, "\n");
 265       if (tooltip == null)
 266       {
 267         tooltip = new Tooltip(phb.getNonHtmlContent(), this);
 268       }
 269       else
 270       {
 271         tooltip.setTip(phb.getNonHtmlContent());
 272       }
 273     }
 274     else if (tooltip != null)
 275     {
 276       tooltip.setTip("");
 277     }
 278   }
 279
 280   /**
 281    * curent drag position
 282    */
 283   MouseEvent dragEvent = null;
 284
 285   /**
 286    * flag to indicate drag events should be ignored
 287    */
 288   private boolean dragCancelled = false;
 289
 290   /**
 291    * clear any drag events in progress
 292    */
 293   public void cancelDrag()
 294   {
 295     dragEvent = null;
 296     dragCancelled = true;
 297   }
 298
 299   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 300   {
 301     if (dragCancelled)
 302     {
 303       return;
 304     }
 305     ;
 306     dragEvent = evt;
 307
 308     if (resizePanel)
 309     {
 310       Dimension d = ap.annotationPanelHolder.getSize(), e = ap.annotationSpaceFillerHolder
 311               .getSize(), f = ap.seqPanelHolder.getSize();
 312       int dif = evt.getY() - oldY;
 313
 314       dif /= ap.av.charHeight;
 315       dif *= ap.av.charHeight;
 316
 317       if ((d.height - dif) > 20 && (f.height + dif) > 20)
 318       {
 319         ap.annotationPanel.setSize(d.width, d.height - dif);
 320         setSize(new Dimension(e.width, d.height - dif));
 321         ap.annotationSpaceFillerHolder.setSize(new Dimension(e.width,
 322                 d.height - dif));
 323         ap.annotationPanelHolder.setSize(new Dimension(d.width, d.height
 324                 - dif));
 325         ap.apvscroll.setValues(ap.apvscroll.getValue(), d.height - dif, 0,
 326                 av.calcPanelHeight());
 327         f.height += dif;
 328         ap.seqPanelHolder.setPreferredSize(f);
 329         ap.setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());
 330         ap.validate();
 331         // ap.paintAlignment(true);
 332         ap.addNotify();
 333       }
 334
 335     }
 336     else
 337     {
 338       int diff;
 339       if ((diff = 6 - evt.getY()) > 0)
 340       {
 341         // nudge scroll up
 342         ap.apvscroll.setValue(ap.apvscroll.getValue() - diff);
 343         ap.adjustmentValueChanged(null);
 344
 345       }
 346       else if ((0 < (diff = 6
 347               - ap.annotationSpaceFillerHolder.getSize().height
 348               + evt.getY())))
 349       {
 350         // nudge scroll down
 351         ap.apvscroll.setValue(ap.apvscroll.getValue() + diff);
 352         ap.adjustmentValueChanged(null);
 353       }
 354       repaint();
 355     }
 356   }
 357
 358   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 359   {
 360   }
 361
 362   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 363   {
 364     if (!resizePanel && !dragCancelled)
 365     {
 366       int start = selectedRow;
 367
 368       int end = getSelectedRow(evt.getY() + scrollOffset);
 369
 370       if (start > -1 && start != end)
 371       {
 372         // Swap these annotations
 373         AlignmentAnnotation startAA = ap.av.getAlignment()
 374                 .getAlignmentAnnotation()[start];
 375         if (end == -1)
 376         {
 377           end = ap.av.getAlignment().getAlignmentAnnotation().length - 1;
 378         }
 379         AlignmentAnnotation endAA = ap.av.getAlignment()
 380                 .getAlignmentAnnotation()[end];
 381
 382         ap.av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[end] = startAA;
 383         ap.av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[start] = endAA;
 384       }
 385     }
 386     resizePanel = false;
 387     dragEvent = null;
 388     dragCancelled = false;
 389     repaint();
 390     ap.annotationPanel.repaint();
 391   }
 392
 393   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 394   {
 395     if (evt.getY() < 10 && evt.getX() < 14)
 396     {
 397       resizePanel = true;
 398       repaint();
 399     }
 400   }
 401
 402   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 403   {
 404     dragCancelled = false;
 405
 406     if (dragEvent == null)
 407     {
 408       resizePanel = false;
 409     }
 410     else
 411     {
 412       if (!resizePanel)
 413       {
 414         dragEvent = null;
 415       }
 416     }
 417     repaint();
 418   }
 419
 420   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 421   {
 422     oldY = evt.getY();
 423     if (resizePanel)
 424     {
 425       return;
 426     }
 427     dragCancelled = false;
 428     // todo: move below to mouseClicked ?
 429     selectedRow = getSelectedRow(evt.getY() + scrollOffset);
 430
 431     AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.getAlignment()
 432             .getAlignmentAnnotation();
 433
 434     // DETECT RIGHT MOUSE BUTTON IN AWT
 435     if ((evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) == InputEvent.BUTTON3_MASK)
 436     {
 437
 438       PopupMenu popup = new PopupMenu(
 439               MessageManager.getString("label.annotations"));
 440
 441       MenuItem item = new MenuItem(ADDNEW);
 442       item.addActionListener(this);
 443       popup.add(item);
 444       if (selectedRow < 0)
 445       {
 446         // this never happens at moment: - see comment on JAL-563
 447         if (hasHiddenRows)
 448         {
 449           item = new MenuItem(SHOWALL);
 450           item.addActionListener(this);
 451           popup.add(item);
 452         }
 453         this.add(popup);
 454         popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());
 455         return;
 456       }
 457       // add the rest if there are actually rows to show
 458       item = new MenuItem(EDITNAME);
 459       item.addActionListener(this);
 460       popup.add(item);
 461       item = new MenuItem(HIDE);
 462       item.addActionListener(this);
 463       popup.add(item);
 464       if (hasHiddenRows)
 465       {
 466         item = new MenuItem(SHOWALL);
 467         item.addActionListener(this);
 468         popup.add(item);
 469       }
 470       this.add(popup);
 471       item = new MenuItem(OUTPUT_TEXT);
 472       item.addActionListener(this);
 473       popup.add(item);
 474       if (selectedRow < aa.length)
 475       {
 476         if (aa[selectedRow].autoCalculated)
 477         {
 478           if (aa[selectedRow].label.indexOf("Consensus") > -1)
 479           {
 480             popup.addSeparator();
 481             final CheckboxMenuItem cbmi = new CheckboxMenuItem(
 482                     MessageManager.getString("label.ignore_gaps_consensus"),
 483                     (aa[selectedRow].groupRef != null) ? aa[selectedRow].groupRef
 484                             .getIgnoreGapsConsensus() : ap.av
 485                             .getIgnoreGapsConsensus());
 486             final AlignmentAnnotation aaa = aa[selectedRow];
 487             cbmi.addItemListener(new ItemListener()
 488             {
 489               public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 490               {
 491                 if (aaa.groupRef != null)
 492                 {
 493                   // TODO: pass on reference to ap so the view can be updated.
 494                   aaa.groupRef.setIgnoreGapsConsensus(cbmi.getState());
 495                 }
 496                 else
 497                 {
 498                   ap.av.setIgnoreGapsConsensus(cbmi.getState());
 499                 }
 500                 ap.paintAlignment(true);
 501               }
 502             });
 503             popup.add(cbmi);
 504             if (aaa.groupRef != null)
 505             {
 506               final CheckboxMenuItem chist = new CheckboxMenuItem(
 507                       MessageManager.getString("label.show_group_histogram"),
 508                       aa[selectedRow].groupRef.isShowConsensusHistogram());
 509               chist.addItemListener(new ItemListener()
 510               {
 511                 public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 512                 {
 513                   // TODO: pass on reference
 514                   // to ap
 515                   // so the
 516                   // view
 517                   // can be
 518                   // updated.
 519                   aaa.groupRef.setShowConsensusHistogram(chist.getState());
 520                   ap.repaint();
 521                   // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 522                 }
 523               });
 524               popup.add(chist);
 525               final CheckboxMenuItem cprofl = new CheckboxMenuItem(
 526                       MessageManager.getString("label.show_group_logo"),
 527                       aa[selectedRow].groupRef.isShowSequenceLogo());
 528               cprofl.addItemListener(new ItemListener()
 529               {
 530                 public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 531                 {
 532                   // TODO: pass on reference
 533                   // to ap
 534                   // so the
 535                   // view
 536                   // can be
 537                   // updated.
 538                   aaa.groupRef.setshowSequenceLogo(cprofl.getState());
 539                   ap.repaint();
 540                   // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 541                 }
 542               });
 543
 544               popup.add(cprofl);
 545               final CheckboxMenuItem cprofn = new CheckboxMenuItem(
 546                       MessageManager.getString("label.normalise_group_logo"),
 547                       aa[selectedRow].groupRef.isNormaliseSequenceLogo());
 548               cprofn.addItemListener(new ItemListener()
 549               {
 550                 public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 551                 {
 552                   // TODO: pass on reference
 553                   // to ap
 554                   // so the
 555                   // view
 556                   // can be
 557                   // updated.
 558                   aaa.groupRef.setshowSequenceLogo(true);
 559                   aaa.groupRef.setNormaliseSequenceLogo(cprofn.getState());
 560                   ap.repaint();
 561                   // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 562                 }
 563               });
 564               popup.add(cprofn);
 565             }
 566             else
 567             {
 568               final CheckboxMenuItem chist = new CheckboxMenuItem(
 569                       MessageManager.getString("label.show_histogram"), av.isShowConsensusHistogram());
 570               chist.addItemListener(new ItemListener()
 571               {
 572                 public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 573                 {
 574                   // TODO: pass on reference
 575                   // to ap
 576                   // so the
 577                   // view
 578                   // can be
 579                   // updated.
 580                   av.setShowConsensusHistogram(chist.getState());
 581                   ap.alignFrame.showConsensusHistogram.setState(chist
 582                           .getState()); // TODO: implement
 583                                         // ap.updateGUI()/alignFrame.updateGUI
 584                                         // for applet
 585                   ap.repaint();
 586                   // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 587                 }
 588               });
 589               popup.add(chist);
 590               final CheckboxMenuItem cprof = new CheckboxMenuItem(
 591                       MessageManager.getString("label.show_logo"), av.isShowSequenceLogo());
 592               cprof.addItemListener(new ItemListener()
 593               {
 594                 public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 595                 {
 596                   // TODO: pass on reference
 597                   // to ap
 598                   // so the
 599                   // view
 600                   // can be
 601                   // updated.
 602                   av.setShowSequenceLogo(cprof.getState());
 603                   ap.alignFrame.showSequenceLogo.setState(cprof.getState()); // TODO:
 604                                                                              // implement
 605                                                                              // ap.updateGUI()/alignFrame.updateGUI
 606                                                                              // for
 607                                                                              // applet
 608                   ap.repaint();
 609                   // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 610                 }
 611               });
 612               popup.add(cprof);
 613               final CheckboxMenuItem cprofn = new CheckboxMenuItem(
 614                       MessageManager.getString("label.normalise_logo"), av.isNormaliseSequenceLogo());
 615               cprofn.addItemListener(new ItemListener()
 616               {
 617                 public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 618                 {
 619                   // TODO: pass on reference
 620                   // to ap
 621                   // so the
 622                   // view
 623                   // can be
 624                   // updated.
 625                   av.setShowSequenceLogo(true);
 626                   ap.alignFrame.normSequenceLogo.setState(cprofn.getState()); // TODO:
 627                                                                               // implement
 628                                                                               // ap.updateGUI()/alignFrame.updateGUI
 629                                                                               // for
 630                                                                               // applet
 631                   av.setNormaliseSequenceLogo(cprofn.getState());
 632                   ap.repaint();
 633                   // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 634                 }
 635               });
 636               popup.add(cprofn);
 637             }
 638
 639             item = new MenuItem(COPYCONS_SEQ);
 640             item.addActionListener(this);
 641             popup.add(item);
 642           }
 643         }
 644       }
 645       popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());
 646     }
 647     else
 648     {
 649       // selection action.
 650       if (selectedRow > -1 && selectedRow < aa.length)
 651       {
 652         if (aa[selectedRow].groupRef != null)
 653         {
 654           if (evt.getClickCount() >= 2)
 655           {
 656             // todo: make the ap scroll to the selection - not necessary, first
 657             // click highlights/scrolls, second selects
 658             ap.seqPanel.ap.idPanel.highlightSearchResults(null);
 659             ap.av.setSelectionGroup(// new SequenceGroup(
 660             aa[selectedRow].groupRef); // );
 661             ap.av.sendSelection();
 662             ap.paintAlignment(false);
 663             PaintRefresher.Refresh(ap, ap.av.getSequenceSetId());
 664           }
 665           else
 666           {
 667             ap.seqPanel.ap.idPanel
 668                     .highlightSearchResults(aa[selectedRow].groupRef
 669                             .getSequences(null));
 670           }
 671           return;
 672         }
 673         else if (aa[selectedRow].sequenceRef != null)
 674         {
 675           if (evt.getClickCount() == 1)
 676           {
 677             ap.seqPanel.ap.idPanel.highlightSearchResults(Arrays
 678                     .asList(new SequenceI[]
 679                     { aa[selectedRow].sequenceRef }));
 680           }
 681           else if (evt.getClickCount() >= 2)
 682           {
 683             ap.seqPanel.ap.idPanel.highlightSearchResults(null);
 684             SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 685             if (sg!=null)
 686             {
 687               // we make a copy rather than edit the current selection if no modifiers pressed
 688               // see Enhancement JAL-1557
 689               if (!(evt.isControlDown() || evt.isShiftDown()))
 690               {
 691                 sg = new SequenceGroup(sg);
 692                 sg.clear();
 693                 sg.addSequence(aa[selectedRow].sequenceRef, false);
 694               } else {
 695                 if (evt.isControlDown())
 696                 {
 697                   sg.addOrRemove(aa[selectedRow].sequenceRef, true);
 698                 } else {
 699                   // notionally, we should also add intermediate sequences from last added sequence ?
 700                   sg.addSequence(aa[selectedRow].sequenceRef, true);
 701                 }
 702               }
 703             } else {
 704               sg = new SequenceGroup();
 705               sg.setStartRes(0);
 706               sg.setEndRes(ap.av.getAlignment().getWidth()-1);
 707               sg.addSequence(aa[selectedRow].sequenceRef, false);
 708             }
 709             ap.av.setSelectionGroup(sg);
 710             ap.paintAlignment(false);
 711             PaintRefresher.Refresh(ap, ap.av.getSequenceSetId());
 712             ap.av.sendSelection();
 713           }
 714
 715         }
 716       }
 717
 718     }
 719   }
 720
 721   /**
 722    * DOCUMENT ME!
 723    *
 724    * @param e
 725    *          DOCUMENT ME!
 726    */
 727   protected void copy_annotseqtoclipboard(SequenceI sq)
 728   {
 729     if (sq == null || sq.getLength() < 1)
 730     {
 731       return;
 732     }
 733     jalview.appletgui.AlignFrame.copiedSequences = new StringBuffer();
 734     jalview.appletgui.AlignFrame.copiedSequences.append(sq.getName() + "\t"
 735             + sq.getStart() + "\t" + sq.getEnd() + "\t"
 736             + sq.getSequenceAsString() + "\n");
 737     if (av.hasHiddenColumns())
 738     {
 739       jalview.appletgui.AlignFrame.copiedHiddenColumns = new Vector();
 740       for (int[] region : av.getColumnSelection().getHiddenColumns())
 741       {
 742         jalview.appletgui.AlignFrame.copiedHiddenColumns
 743                 .addElement(new int[]
 744                 { region[0], region[1] });
 745       }
 746     }
 747   }
 748
 749   public void update(Graphics g)
 750   {
 751     paint(g);
 752   }
 753
 754   public void paint(Graphics g)
 755   {
 756     int w = getSize().width;
 757     int h = getSize().height;
 758     if (image == null || w != image.getWidth(this)
 759             || h != image.getHeight(this))
 760     {
 761       image = createImage(w, ap.annotationPanel.getSize().height);
 762     }
 763
 764     drawComponent(image.getGraphics(), w);
 765     g.drawImage(image, 0, 0, this);
 766   }
 767
 768   public void drawComponent(Graphics g, int width)
 769   {
 770     g.setFont(av.getFont());
 771     FontMetrics fm = g.getFontMetrics(av.getFont());
 772     g.setColor(Color.white);
 773     g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);
 774
 775     g.translate(0, -scrollOffset);
 776     g.setColor(Color.black);
 777
 778     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 779     int y = 0, fy = g.getFont().getSize();
 780     int x = 0, offset;
 781
 782     if (aa != null)
 783     {
 784       hasHiddenRows = false;
 785       for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 786       {
 787         if (!aa[i].visible)
 788         {
 789           hasHiddenRows = true;
 790           continue;
 791         }
 792
 793         x = width - fm.stringWidth(aa[i].label) - 3;
 794
 795         y += aa[i].height;
 796         offset = -(aa[i].height - fy) / 2;
 797
 798         g.drawString(aa[i].label, x, y + offset);
 799       }
 800     }
 801     g.translate(0, +scrollOffset);
 802     if (resizePanel)
 803     {
 804       g.setColor(Color.red);
 805       g.setPaintMode();
 806       g.drawLine(2, 8, 5, 2);
 807       g.drawLine(5, 2, 8, 8);
 808     }
 809     else if (!dragCancelled && dragEvent != null && aa != null)
 810     {
 811       g.setColor(Color.lightGray);
 812       g.drawString(aa[selectedRow].label, dragEvent.getX(),
 813               dragEvent.getY());
 814     }
 815
 816     if (!av.wrapAlignment && ((aa == null) || (aa.length < 1)))
 817     {
 818       g.setColor(Color.black);
 819       g.drawString(MessageManager.getString("label.right_click"), 2, 8);
 820       g.drawString(MessageManager.getString("label.to_add_annotation"), 2,
 821               18);
 822     }
 823   }
 824 }