src/jalview/appletgui/AnnotationLabels.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import java.util.*;
  24
  25 import java.awt.*;
  26 import java.awt.event.*;
  27
  28 import jalview.datamodel.*;
  29 import jalview.util.MessageManager;
  30 import jalview.util.ParseHtmlBodyAndLinks;
  31
  32 public class AnnotationLabels extends Panel implements ActionListener,
  33         MouseListener, MouseMotionListener
  34 {
  35   Image image;
  36
  37   boolean active = false;
  38
  39   AlignmentPanel ap;
  40
  41   AlignViewport av;
  42
  43   boolean resizing = false;
  44
  45   int oldY, mouseX;
  46
  47   static String ADDNEW = "Add New Row";
  48
  49   static String EDITNAME = "Edit Label/Description";
  50
  51   static String HIDE = "Hide This Row";
  52
  53   static String SHOWALL = "Show All Hidden Rows";
  54
  55   static String OUTPUT_TEXT = "Show Values In Textbox";
  56
  57   static String COPYCONS_SEQ = "Copy Consensus Sequence";
  58
  59   int scrollOffset = 0;
  60
  61   int selectedRow = -1;
  62
  63   Tooltip tooltip;
  64
  65   private boolean hasHiddenRows;
  66
  67   public AnnotationLabels(AlignmentPanel ap)
  68   {
  69     this.ap = ap;
  70     this.av = ap.av;
  71     setLayout(null);
  72
  73     /**
  74      * this retrieves the adjustable height glyph from resources. we don't use
  75      * it at the moment. java.net.URL url =
  76      * getClass().getResource("/images/idwidth.gif"); Image temp = null;
  77      *
  78      * if (url != null) { temp =
  79      * java.awt.Toolkit.getDefaultToolkit().createImage(url); }
  80      *
  81      * try { MediaTracker mt = new MediaTracker(this); mt.addImage(temp, 0);
  82      * mt.waitForID(0); } catch (Exception ex) { }
  83      *
  84      * BufferedImage bi = new BufferedImage(temp.getHeight(this),
  85      * temp.getWidth(this), BufferedImage.TYPE_INT_RGB); Graphics2D g =
  86      * (Graphics2D) bi.getGraphics(); g.rotate(Math.toRadians(90));
  87      * g.drawImage(temp, 0, -bi.getWidth(this), this); image = (Image) bi;
  88      */
  89     addMouseListener(this);
  90     addMouseMotionListener(this);
  91   }
  92
  93   public AnnotationLabels(AlignViewport av)
  94   {
  95     this.av = av;
  96   }
  97
  98   public void setScrollOffset(int y, boolean repaint)
  99   {
 100     scrollOffset = y;
 101     if (repaint)
 102     {
 103       repaint();
 104     }
 105   }
 106
 107   /**
 108    *
 109    * @param y
 110    * @return -2 if no rows are visible at all, -1 if no visible rows were
 111    *         selected
 112    */
 113   int getSelectedRow(int y)
 114   {
 115     int row = -2;
 116     AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.getAlignment()
 117             .getAlignmentAnnotation();
 118
 119     if (aa == null)
 120     {
 121       return row;
 122     }
 123     int height = 0;
 124     for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 125     {
 126       row = -1;
 127       if (!aa[i].visible)
 128       {
 129         continue;
 130       }
 131       height += aa[i].height;
 132       if (y < height)
 133       {
 134         row = i;
 135         break;
 136       }
 137     }
 138
 139     return row;
 140   }
 141
 142   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 143   {
 144     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 145
 146     if (evt.getActionCommand().equals(ADDNEW))
 147     {
 148       AlignmentAnnotation newAnnotation = new AlignmentAnnotation("", null,
 149               new Annotation[ap.av.getAlignment().getWidth()]);
 150
 151       if (!editLabelDescription(newAnnotation))
 152       {
 153         return;
 154       }
 155
 156       ap.av.getAlignment().addAnnotation(newAnnotation);
 157       ap.av.getAlignment().setAnnotationIndex(newAnnotation, 0);
 158     }
 159     else if (evt.getActionCommand().equals(EDITNAME))
 160     {
 161       editLabelDescription(aa[selectedRow]);
 162     }
 163     else if (evt.getActionCommand().equals(HIDE))
 164     {
 165       aa[selectedRow].visible = false;
 166     }
 167     else if (evt.getActionCommand().equals(SHOWALL))
 168     {
 169       for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 170       {
 171         aa[i].visible = (aa[i].annotations == null) ? false : true;
 172       }
 173     }
 174     else if (evt.getActionCommand().equals(OUTPUT_TEXT))
 175     {
 176       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false,
 177               ap.alignFrame);
 178       Frame frame = new Frame();
 179       frame.add(cap);
 180       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, ap.alignFrame.getTitle()
 181               + " - " + aa[selectedRow].label, 500, 100);
 182       cap.setText(aa[selectedRow].toString());
 183     }
 184     else if (evt.getActionCommand().equals(COPYCONS_SEQ))
 185     {
 186       SequenceI cons = av.getConsensusSeq();
 187       if (cons != null)
 188       {
 189         copy_annotseqtoclipboard(cons);
 190       }
 191
 192     }
 193     ap.annotationPanel.adjustPanelHeight();
 194     setSize(getSize().width, ap.annotationPanel.getSize().height);
 195     ap.validate();
 196     ap.paintAlignment(true);
 197   }
 198
 199   boolean editLabelDescription(AlignmentAnnotation annotation)
 200   {
 201     Checkbox padGaps = new Checkbox("Fill Empty Gaps With \""
 202             + ap.av.getGapCharacter() + "\"", annotation.padGaps);
 203
 204     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(annotation.label,
 205             annotation.description, "      Annotation Label",
 206             "Annotation Description", ap.alignFrame,
 207             "Edit Annotation Name / Description", 500, 180, false);
 208
 209     Panel empty = new Panel(new FlowLayout());
 210     empty.add(padGaps);
 211     dialog.add(empty);
 212     dialog.pack();
 213
 214     dialog.setVisible(true);
 215
 216     if (dialog.accept)
 217     {
 218       annotation.label = dialog.getName();
 219       annotation.description = dialog.getDescription();
 220       annotation.setPadGaps(padGaps.getState(), av.getGapCharacter());
 221       repaint();
 222       return true;
 223     }
 224     else
 225       return false;
 226
 227   }
 228
 229   boolean resizePanel = false;
 230
 231   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 232   {
 233     resizePanel = evt.getY() < 10 && evt.getX() < 14;
 234     int row = getSelectedRow(evt.getY() + scrollOffset);
 235
 236     if (row > -1)
 237     {
 238       ParseHtmlBodyAndLinks phb = new ParseHtmlBodyAndLinks(
 239               av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[row]
 240                       .getDescription(true),
 241               true, "\n");
 242       if (tooltip == null)
 243       {
 244         tooltip = new Tooltip(phb.getNonHtmlContent(), this);
 245       }
 246       else
 247       {
 248         tooltip.setTip(phb.getNonHtmlContent());
 249       }
 250     }
 251     else if (tooltip != null)
 252     {
 253       tooltip.setTip("");
 254     }
 255   }
 256
 257   /**
 258    * curent drag position
 259    */
 260   MouseEvent dragEvent = null;
 261
 262   /**
 263    * flag to indicate drag events should be ignored
 264    */
 265   private boolean dragCancelled = false;
 266
 267   /**
 268    * clear any drag events in progress
 269    */
 270   public void cancelDrag()
 271   {
 272     dragEvent = null;
 273     dragCancelled = true;
 274   }
 275
 276   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 277   {
 278     if (dragCancelled)
 279     {
 280       return;
 281     }
 282     ;
 283     dragEvent = evt;
 284
 285     if (resizePanel)
 286     {
 287       Dimension d = ap.annotationPanelHolder.getSize(), e = ap.annotationSpaceFillerHolder
 288               .getSize(), f = ap.seqPanelHolder.getSize();
 289       int dif = evt.getY() - oldY;
 290
 291       dif /= ap.av.charHeight;
 292       dif *= ap.av.charHeight;
 293
 294       if ((d.height - dif) > 20 && (f.height + dif) > 20)
 295       {
 296         ap.annotationPanel.setSize(d.width, d.height - dif);
 297         setSize(new Dimension(e.width, d.height - dif));
 298         ap.annotationSpaceFillerHolder.setSize(new Dimension(e.width,
 299                 d.height - dif));
 300         ap.annotationPanelHolder.setSize(new Dimension(d.width, d.height
 301                 - dif));
 302         ap.apvscroll.setValues(ap.apvscroll.getValue(), d.height - dif, 0,
 303                 av.calcPanelHeight());
 304         f.height += dif;
 305         ap.seqPanelHolder.setPreferredSize(f);
 306         ap.setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());
 307         ap.validate();
 308         // ap.paintAlignment(true);
 309         ap.addNotify();
 310       }
 311
 312     }
 313     else
 314     {
 315       int diff;
 316       if ((diff = 6 - evt.getY()) > 0)
 317       {
 318         // nudge scroll up
 319         ap.apvscroll.setValue(ap.apvscroll.getValue() - diff);
 320         ap.adjustmentValueChanged(null);
 321
 322       }
 323       else if ((0 < (diff = 6
 324               - ap.annotationSpaceFillerHolder.getSize().height
 325               + evt.getY())))
 326       {
 327         // nudge scroll down
 328         ap.apvscroll.setValue(ap.apvscroll.getValue() + diff);
 329         ap.adjustmentValueChanged(null);
 330       }
 331       repaint();
 332     }
 333   }
 334
 335   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 336   {
 337   }
 338
 339   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 340   {
 341     if (!resizePanel && !dragCancelled)
 342     {
 343       int start = selectedRow;
 344
 345       int end = getSelectedRow(evt.getY() + scrollOffset);
 346
 347       if (start > -1 && start != end)
 348       {
 349         // Swap these annotations
 350         AlignmentAnnotation startAA = ap.av.getAlignment()
 351                 .getAlignmentAnnotation()[start];
 352         if (end == -1)
 353         {
 354           end = ap.av.getAlignment().getAlignmentAnnotation().length - 1;
 355         }
 356         AlignmentAnnotation endAA = ap.av.getAlignment()
 357                 .getAlignmentAnnotation()[end];
 358
 359         ap.av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[end] = startAA;
 360         ap.av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[start] = endAA;
 361       }
 362     }
 363     resizePanel = false;
 364     dragEvent = null;
 365     dragCancelled = false;
 366     repaint();
 367     ap.annotationPanel.repaint();
 368   }
 369
 370   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 371   {
 372     if (evt.getY() < 10 && evt.getX() < 14)
 373     {
 374       resizePanel = true;
 375       repaint();
 376     }
 377   }
 378
 379   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 380   {
 381     dragCancelled = false;
 382
 383     if (dragEvent == null)
 384     {
 385       resizePanel = false;
 386     }
 387     else
 388     {
 389       if (!resizePanel)
 390       {
 391         dragEvent = null;
 392       }
 393     }
 394     repaint();
 395   }
 396
 397   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 398   {
 399     oldY = evt.getY();
 400     if (resizePanel)
 401     {
 402       return;
 403     }
 404     dragCancelled = false;
 405     // todo: move below to mouseClicked ?
 406     selectedRow = getSelectedRow(evt.getY() + scrollOffset);
 407
 408     AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.getAlignment()
 409             .getAlignmentAnnotation();
 410
 411     // DETECT RIGHT MOUSE BUTTON IN AWT
 412     if ((evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) == InputEvent.BUTTON3_MASK)
 413     {
 414
 415       PopupMenu popup = new PopupMenu(
 416               MessageManager.getString("label.annotations"));
 417
 418       MenuItem item = new MenuItem(ADDNEW);
 419       item.addActionListener(this);
 420       popup.add(item);
 421       if (selectedRow < 0)
 422       {
 423         // this never happens at moment: - see comment on JAL-563
 424         if (hasHiddenRows)
 425         {
 426           item = new MenuItem(SHOWALL);
 427           item.addActionListener(this);
 428           popup.add(item);
 429         }
 430         this.add(popup);
 431         popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());
 432         return;
 433       }
 434       // add the rest if there are actually rows to show
 435       item = new MenuItem(EDITNAME);
 436       item.addActionListener(this);
 437       popup.add(item);
 438       item = new MenuItem(HIDE);
 439       item.addActionListener(this);
 440       popup.add(item);
 441       if (hasHiddenRows)
 442       {
 443         item = new MenuItem(SHOWALL);
 444         item.addActionListener(this);
 445         popup.add(item);
 446       }
 447       this.add(popup);
 448       item = new MenuItem(OUTPUT_TEXT);
 449       item.addActionListener(this);
 450       popup.add(item);
 451       if (selectedRow < aa.length)
 452       {
 453         if (aa[selectedRow].autoCalculated)
 454         {
 455           if (aa[selectedRow].label.indexOf("Consensus") > -1)
 456           {
 457             popup.addSeparator();
 458             final CheckboxMenuItem cbmi = new CheckboxMenuItem(
 459                     "Ignore Gaps In Consensus",
 460                     (aa[selectedRow].groupRef != null) ? aa[selectedRow].groupRef
 461                             .getIgnoreGapsConsensus() : ap.av
 462                             .getIgnoreGapsConsensus());
 463             final AlignmentAnnotation aaa = aa[selectedRow];
 464             cbmi.addItemListener(new ItemListener()
 465             {
 466               public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 467               {
 468                 if (aaa.groupRef != null)
 469                 {
 470                   // TODO: pass on reference to ap so the view can be updated.
 471                   aaa.groupRef.setIgnoreGapsConsensus(cbmi.getState());
 472                 }
 473                 else
 474                 {
 475                   ap.av.setIgnoreGapsConsensus(cbmi.getState());
 476                 }
 477                 ap.paintAlignment(true);
 478               }
 479             });
 480             popup.add(cbmi);
 481             if (aaa.groupRef != null)
 482             {
 483               final CheckboxMenuItem chist = new CheckboxMenuItem(
 484                       "Show Group Histogram",
 485                       aa[selectedRow].groupRef.isShowConsensusHistogram());
 486               chist.addItemListener(new ItemListener()
 487               {
 488                 public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 489                 {
 490                   // TODO: pass on reference
 491                   // to ap
 492                   // so the
 493                   // view
 494                   // can be
 495                   // updated.
 496                   aaa.groupRef.setShowConsensusHistogram(chist.getState());
 497                   ap.repaint();
 498                   // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 499                 }
 500               });
 501               popup.add(chist);
 502               final CheckboxMenuItem cprofl = new CheckboxMenuItem(
 503                       "Show Group Logo",
 504                       aa[selectedRow].groupRef.isShowSequenceLogo());
 505               cprofl.addItemListener(new ItemListener()
 506               {
 507                 public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 508                 {
 509                   // TODO: pass on reference
 510                   // to ap
 511                   // so the
 512                   // view
 513                   // can be
 514                   // updated.
 515                   aaa.groupRef.setshowSequenceLogo(cprofl.getState());
 516                   ap.repaint();
 517                   // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 518                 }
 519               });
 520
 521               popup.add(cprofl);
 522               final CheckboxMenuItem cprofn = new CheckboxMenuItem(
 523                       "Normalise Group Logo",
 524                       aa[selectedRow].groupRef.isNormaliseSequenceLogo());
 525               cprofn.addItemListener(new ItemListener()
 526               {
 527                 public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 528                 {
 529                   // TODO: pass on reference
 530                   // to ap
 531                   // so the
 532                   // view
 533                   // can be
 534                   // updated.
 535                   aaa.groupRef.setshowSequenceLogo(true);
 536                   aaa.groupRef.setNormaliseSequenceLogo(cprofn.getState());
 537                   ap.repaint();
 538                   // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 539                 }
 540               });
 541               popup.add(cprofn);
 542             }
 543             else
 544             {
 545               final CheckboxMenuItem chist = new CheckboxMenuItem(
 546                       "Show Histogram", av.isShowConsensusHistogram());
 547               chist.addItemListener(new ItemListener()
 548               {
 549                 public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 550                 {
 551                   // TODO: pass on reference
 552                   // to ap
 553                   // so the
 554                   // view
 555                   // can be
 556                   // updated.
 557                   av.setShowConsensusHistogram(chist.getState());
 558                   ap.alignFrame.showConsensusHistogram.setState(chist
 559                           .getState()); // TODO: implement
 560                                         // ap.updateGUI()/alignFrame.updateGUI
 561                                         // for applet
 562                   ap.repaint();
 563                   // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 564                 }
 565               });
 566               popup.add(chist);
 567               final CheckboxMenuItem cprof = new CheckboxMenuItem(
 568                       "Show Logo", av.isShowSequenceLogo());
 569               cprof.addItemListener(new ItemListener()
 570               {
 571                 public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 572                 {
 573                   // TODO: pass on reference
 574                   // to ap
 575                   // so the
 576                   // view
 577                   // can be
 578                   // updated.
 579                   av.setShowSequenceLogo(cprof.getState());
 580                   ap.alignFrame.showSequenceLogo.setState(cprof.getState()); // TODO:
 581                                                                              // implement
 582                                                                              // ap.updateGUI()/alignFrame.updateGUI
 583                                                                              // for
 584                                                                              // applet
 585                   ap.repaint();
 586                   // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 587                 }
 588               });
 589               popup.add(cprof);
 590               final CheckboxMenuItem cprofn = new CheckboxMenuItem(
 591                       "Normalise Logo", av.isNormaliseSequenceLogo());
 592               cprofn.addItemListener(new ItemListener()
 593               {
 594                 public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 595                 {
 596                   // TODO: pass on reference
 597                   // to ap
 598                   // so the
 599                   // view
 600                   // can be
 601                   // updated.
 602                   av.setShowSequenceLogo(true);
 603                   ap.alignFrame.normSequenceLogo.setState(cprofn.getState()); // TODO:
 604                                                                               // implement
 605                                                                               // ap.updateGUI()/alignFrame.updateGUI
 606                                                                               // for
 607                                                                               // applet
 608                   av.setNormaliseSequenceLogo(cprofn.getState());
 609                   ap.repaint();
 610                   // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 611                 }
 612               });
 613               popup.add(cprofn);
 614             }
 615
 616             item = new MenuItem(COPYCONS_SEQ);
 617             item.addActionListener(this);
 618             popup.add(item);
 619           }
 620         }
 621       }
 622       popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());
 623     }
 624     else
 625     {
 626       // selection action.
 627       if (selectedRow > -1 && selectedRow < aa.length)
 628       {
 629         if (aa[selectedRow].groupRef != null)
 630         {
 631           if (evt.getClickCount() >= 2)
 632           {
 633             // todo: make the ap scroll to the selection - not necessary, first
 634             // click highlights/scrolls, second selects
 635             ap.seqPanel.ap.idPanel.highlightSearchResults(null);
 636             ap.av.setSelectionGroup(// new SequenceGroup(
 637             aa[selectedRow].groupRef); // );
 638             ap.av.sendSelection();
 639             ap.paintAlignment(false);
 640             PaintRefresher.Refresh(ap, ap.av.getSequenceSetId());
 641           }
 642           else
 643           {
 644             ap.seqPanel.ap.idPanel
 645                     .highlightSearchResults(aa[selectedRow].groupRef
 646                             .getSequences(null));
 647           }
 648           return;
 649         }
 650         else if (aa[selectedRow].sequenceRef != null)
 651         {
 652           Vector sr = new Vector();
 653           sr.addElement(aa[selectedRow].sequenceRef);
 654           if (evt.getClickCount() == 1)
 655           {
 656             ap.seqPanel.ap.idPanel.highlightSearchResults(sr);
 657           }
 658           else if (evt.getClickCount() >= 2)
 659           {
 660             ap.seqPanel.ap.idPanel.highlightSearchResults(null);
 661             SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 662             sg.addSequence(aa[selectedRow].sequenceRef, false);
 663             ap.av.setSelectionGroup(sg);
 664             ap.paintAlignment(false);
 665             PaintRefresher.Refresh(ap, ap.av.getSequenceSetId());
 666             ap.av.sendSelection();
 667           }
 668
 669         }
 670       }
 671
 672     }
 673   }
 674
 675   /**
 676    * DOCUMENT ME!
 677    *
 678    * @param e
 679    *          DOCUMENT ME!
 680    */
 681   protected void copy_annotseqtoclipboard(SequenceI sq)
 682   {
 683     if (sq == null || sq.getLength() < 1)
 684     {
 685       return;
 686     }
 687     jalview.appletgui.AlignFrame.copiedSequences = new StringBuffer();
 688     jalview.appletgui.AlignFrame.copiedSequences.append(sq.getName() + "\t"
 689             + sq.getStart() + "\t" + sq.getEnd() + "\t"
 690             + sq.getSequenceAsString() + "\n");
 691     if (av.hasHiddenColumns())
 692     {
 693       jalview.appletgui.AlignFrame.copiedHiddenColumns = new Vector();
 694       for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size(); i++)
 695       {
 696         int[] region = (int[]) av.getColumnSelection().getHiddenColumns()
 697                 .elementAt(i);
 698
 699         jalview.appletgui.AlignFrame.copiedHiddenColumns
 700                 .addElement(new int[]
 701                 { region[0], region[1] });
 702       }
 703     }
 704   }
 705
 706   public void update(Graphics g)
 707   {
 708     paint(g);
 709   }
 710
 711   public void paint(Graphics g)
 712   {
 713     int w = getSize().width;
 714     int h = getSize().height;
 715     if (image == null || w != image.getWidth(this)
 716             || h != image.getHeight(this))
 717     {
 718       image = createImage(w, ap.annotationPanel.getSize().height);
 719     }
 720
 721     drawComponent(image.getGraphics(), w);
 722     g.drawImage(image, 0, 0, this);
 723   }
 724
 725   public void drawComponent(Graphics g, int width)
 726   {
 727     g.setFont(av.getFont());
 728     FontMetrics fm = g.getFontMetrics(av.getFont());
 729     g.setColor(Color.white);
 730     g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);
 731
 732     g.translate(0, -scrollOffset);
 733     g.setColor(Color.black);
 734
 735     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 736     int y = 0, fy = g.getFont().getSize();
 737     int x = 0, offset;
 738
 739     if (aa != null)
 740     {
 741       hasHiddenRows = false;
 742       for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 743       {
 744         if (!aa[i].visible)
 745         {
 746           hasHiddenRows = true;
 747           continue;
 748         }
 749
 750         x = width - fm.stringWidth(aa[i].label) - 3;
 751
 752         y += aa[i].height;
 753         offset = -(aa[i].height - fy) / 2;
 754
 755         g.drawString(aa[i].label, x, y + offset);
 756       }
 757     }
 758     g.translate(0, +scrollOffset);
 759     if (resizePanel)
 760     {
 761       g.setColor(Color.red);
 762       g.setPaintMode();
 763       g.drawLine(2, 8, 5, 2);
 764       g.drawLine(5, 2, 8, 8);
 765     }
 766     else if (!dragCancelled && dragEvent != null && aa != null)
 767     {
 768       g.setColor(Color.lightGray);
 769       g.drawString(aa[selectedRow].label, dragEvent.getX(),
 770               dragEvent.getY());
 771     }
 772
 773     if (!av.wrapAlignment && ((aa == null) || (aa.length < 1)))
 774     {
 775       g.setColor(Color.black);
 776       g.drawString(MessageManager.getString("label.right_click"), 2, 8);
 777       g.drawString(MessageManager.getString("label.to_add_annotation"), 2,
 778               18);
 779     }
 780   }
 781 }