src/jalview/appletgui/AnnotationLabels.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19
  20 package jalview.appletgui;
  21
  22 import java.awt.*;
  23 import java.awt.event.*;
  24 import java.util.Vector;
  25
  26 import jalview.datamodel.*;
  27
  28 public class AnnotationLabels
  29     extends Panel implements ActionListener
  30 {
  31   boolean active = false;
  32   AlignmentPanel ap;
  33   AlignViewport av;
  34   boolean resizing = false;
  35   int oldY, mouseX;
  36   static String ADDNEW = "Add new row";
  37   static String HIDE = "Hide this row";
  38   static String DELETE = "Delete this row";
  39   static String SHOWALL = "Show all hidden rows";
  40   static String OUTPUT_TEXT = "Show Values In Textbox";
  41   static String COPYCONS_SEQ = "Copy Consensus Sequence";
  42
  43   int selectedRow = 0;
  44   int scrollOffset = 0;
  45
  46   public AnnotationLabels(AlignmentPanel ap)
  47   {
  48     this.ap = ap;
  49     this.av = ap.av;
  50     setLayout(null);
  51     addMouseListener(new MouseAdapter()
  52     {
  53       public void mousePressed(MouseEvent evt)
  54       {
  55         doMousePressed(evt);
  56       }
  57     });
  58   }
  59
  60   public AnnotationLabels(AlignViewport av)
  61 {
  62   this.av = av;
  63 }
  64
  65
  66   public void setScrollOffset(int y)
  67   {
  68     scrollOffset = y;
  69     repaint();
  70   }
  71
  72   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
  73   {
  74     AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();
  75
  76     if (evt.getActionCommand().equals(HIDE))
  77     {
  78       aa[selectedRow].visible = false;
  79     }
  80     else if (evt.getActionCommand().equals(SHOWALL))
  81     {
  82       for (int i = 0; i < aa.length; i++)
  83       {
  84         aa[i].visible = true;
  85       }
  86     }
  87     else if (evt.getActionCommand().equals(OUTPUT_TEXT))
  88     {
  89       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, ap.alignFrame);
  90       Frame frame = new Frame();
  91       frame.add(cap);
  92       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,
  93                                        ap.alignFrame.getTitle() + " - " +
  94                                        aa[selectedRow].label, 500, 100);
  95       cap.setText(aa[selectedRow].toString());
  96     }
  97     else if (evt.getActionCommand().equals(COPYCONS_SEQ))
  98     {
  99       SequenceI cons=av.getConsensusSeq();
 100       if (cons!=null)
 101         copy_annotseqtoclipboard(cons);
 102
 103     }
 104     ap.annotationPanel.adjustPanelHeight();
 105     setSize(getSize().width, ap.annotationPanel.getSize().height);
 106     ap.validate();
 107     ap.repaint();
 108   }
 109
 110   public void doMousePressed(MouseEvent evt)
 111   {
 112     int y = evt.getY() - scrollOffset;
 113     AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.alignment.getAlignmentAnnotation();
 114     int height = 0;
 115     for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 116     {
 117       if (!aa[i].visible)
 118       {
 119         continue;
 120       }
 121
 122       height += aa[i].height;
 123       if (y < height)
 124       {
 125         selectedRow = i;
 126         break;
 127       }
 128     }
 129
 130     PopupMenu pop = new PopupMenu("Annotations");
 131     MenuItem item = new MenuItem(HIDE);
 132     item.addActionListener(this);
 133     pop.add(item);
 134     item = new MenuItem(SHOWALL);
 135     item.addActionListener(this);
 136     pop.add(item);
 137     this.add(pop);
 138     item = new MenuItem(OUTPUT_TEXT);
 139     item.addActionListener(this);
 140     pop.add(item);
 141
 142     if (aa[selectedRow].label.equals("Consensus"))
 143     {
 144       pop.addSeparator();
 145       final CheckboxMenuItem cbmi = new CheckboxMenuItem(
 146           "Ignore Gaps In Consensus",
 147           ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
 148
 149       cbmi.addItemListener(new ItemListener()
 150       {
 151         public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 152         {
 153           ap.av.setIgnoreGapsConsensus(cbmi.getState());
 154           ap.repaint();
 155         }
 156       });
 157       pop.add(cbmi);
 158       final MenuItem cpcons=new MenuItem(COPYCONS_SEQ);
 159       cpcons.addActionListener(this);
 160       pop.add(cpcons);
 161     }
 162
 163      pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());
 164
 165   }
 166 /**
 167      * DOCUMENT ME!
 168      *
 169      * @param e DOCUMENT ME!
 170      */
 171     protected void copy_annotseqtoclipboard(SequenceI sq)
 172     {
 173       if (sq==null || sq.getLength()<1)
 174         return;
 175       jalview.appletgui.AlignFrame.copiedSequences = new StringBuffer();
 176       jalview.appletgui.AlignFrame.copiedSequences.append(sq.getName() + "\t" +
 177           sq.getStart() + "\t" +
 178           sq.getEnd() + "\t" +
 179           sq.getSequence() + "\n");
 180       if (av.hasHiddenColumns)
 181       {
 182         jalview.appletgui.AlignFrame.copiedHiddenColumns=new Vector();
 183         for(int i=0; i<av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size(); i++)
 184         {
 185           int[] region = (int[])
 186               av.getColumnSelection().getHiddenColumns().elementAt(i);
 187
 188           jalview.appletgui.AlignFrame.copiedHiddenColumns.addElement(new int[]{region[0],
 189                             region[1]});
 190         }
 191       }
 192     }
 193
 194   public void paint(Graphics g)
 195   {
 196     drawComponent(g, getSize().width);
 197   }
 198
 199   public void drawComponent(Graphics g, int width)
 200   {
 201     g.setFont(av.getFont());
 202     FontMetrics fm = g.getFontMetrics(av.getFont());
 203     g.setColor(Color.white);
 204     g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);
 205
 206     g.translate(0, scrollOffset);
 207     g.setColor(Color.black);
 208
 209     AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();
 210     int y = g.getFont().getSize();
 211     int x = 0;
 212
 213     if (aa != null)
 214     {
 215       for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 216       {
 217         if (!aa[i].visible)
 218         {
 219           continue;
 220         }
 221
 222         x = width - fm.stringWidth(aa[i].label) - 3;
 223
 224         if (aa[i].graph>0)
 225         {
 226           y += (aa[i].height / 3);
 227         }
 228
 229         g.drawString(aa[i].label, x, y);
 230
 231         if (aa[i].graph>0)
 232         {
 233           y += (2 * aa[i].height / 3);
 234         }
 235         else
 236         {
 237           y += aa[i].height;
 238         }
 239       }
 240     }
 241   }
 242
 243 }