src/jalview/appletgui/AnnotationPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)
   3  * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.appletgui;
  20
  21 import java.util.*;
  22
  23 import java.awt.*;
  24 import java.awt.event.*;
  25
  26 import jalview.datamodel.*;
  27
  28 public class AnnotationPanel extends Panel implements AdjustmentListener,
  29         ActionListener, MouseListener, MouseMotionListener
  30 {
  31   AlignViewport av;
  32
  33   AlignmentPanel ap;
  34
  35   int activeRow = -1;
  36
  37   Vector activeRes;
  38
  39   static String HELIX = "Helix";
  40
  41   static String SHEET = "Sheet";
  42
  43   static String LABEL = "Label";
  44
  45   static String REMOVE = "Remove Annotation";
  46
  47   static String COLOUR = "Colour";
  48
  49   static Color HELIX_COLOUR = Color.red.darker();
  50
  51   static Color SHEET_COLOUR = Color.green.darker().darker();
  52
  53   Image image;
  54
  55   Graphics gg;
  56
  57   FontMetrics fm;
  58
  59   int imgWidth = 0;
  60
  61   boolean fastPaint = false;
  62
  63   public static int GRAPH_HEIGHT = 40;
  64
  65   boolean MAC = false;
  66
  67   public AnnotationPanel(AlignmentPanel ap)
  68   {
  69     MAC = new jalview.util.Platform().isAMac();
  70     this.ap = ap;
  71     av = ap.av;
  72     setLayout(null);
  73     adjustPanelHeight();
  74
  75     addMouseMotionListener(this);
  76
  77     addMouseListener(this);
  78
  79     // ap.annotationScroller.getVAdjustable().addAdjustmentListener( this );
  80   }
  81
  82   public AnnotationPanel(AlignViewport av)
  83   {
  84     this.av = av;
  85   }
  86
  87   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)
  88   {
  89     ap.alabels.setScrollOffset(-evt.getValue());
  90   }
  91
  92   /**
  93    * DOCUMENT ME!
  94    *
  95    * @param evt
  96    *                DOCUMENT ME!
  97    */
  98   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
  99   {
 100     AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();
 101     Annotation[] anot = aa[activeRow].annotations;
 102
 103     if (anot.length < av.getColumnSelection().getMax())
 104     {
 105       Annotation[] temp = new Annotation[av.getColumnSelection().getMax() + 2];
 106       System.arraycopy(anot, 0, temp, 0, anot.length);
 107       anot = temp;
 108       aa[activeRow].annotations = anot;
 109     }
 110
 111     String label = "";
 112     if (av.colSel != null && av.colSel.size() > 0
 113             && anot[av.colSel.getMin()] != null)
 114       label = anot[av.getColumnSelection().getMin()].displayCharacter;
 115
 116     if (evt.getActionCommand().equals(REMOVE))
 117     {
 118       for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().size(); i++)
 119       {
 120         anot[av.getColumnSelection().columnAt(i)] = null;
 121       }
 122     }
 123     else if (evt.getActionCommand().equals(LABEL))
 124     {
 125       label = enterLabel(label, "Enter Label");
 126
 127       if (label == null)
 128       {
 129         return;
 130       }
 131
 132       if ((label.length() > 0) && !aa[activeRow].hasText)
 133       {
 134         aa[activeRow].hasText = true;
 135       }
 136
 137       for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().size(); i++)
 138       {
 139         int index = av.getColumnSelection().columnAt(i);
 140
 141         if (!av.colSel.isVisible(index))
 142           continue;
 143
 144         if (anot[index] == null)
 145         {
 146           anot[index] = new Annotation(label, "", ' ', 0);
 147         }
 148
 149         anot[index].displayCharacter = label;
 150       }
 151     }
 152     else if (evt.getActionCommand().equals(COLOUR))
 153     {
 154       UserDefinedColours udc = new UserDefinedColours(this, Color.black,
 155               ap.alignFrame);
 156
 157       Color col = udc.getColor();
 158
 159       for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().size(); i++)
 160       {
 161         int index = av.getColumnSelection().columnAt(i);
 162
 163         if (!av.colSel.isVisible(index))
 164           continue;
 165
 166         if (anot[index] == null)
 167         {
 168           anot[index] = new Annotation("", "", ' ', 0);
 169         }
 170
 171         anot[index].colour = col;
 172       }
 173     }
 174     else
 175     // HELIX OR SHEET
 176     {
 177       char type = 0;
 178       String symbol = "\u03B1";
 179
 180       if (evt.getActionCommand().equals(HELIX))
 181       {
 182         type = 'H';
 183       }
 184       else if (evt.getActionCommand().equals(SHEET))
 185       {
 186         type = 'E';
 187         symbol = "\u03B2";
 188       }
 189
 190       if (!aa[activeRow].hasIcons)
 191       {
 192         aa[activeRow].hasIcons = true;
 193       }
 194
 195       label = enterLabel(symbol, "Enter Label");
 196
 197       if (label == null)
 198       {
 199         return;
 200       }
 201
 202       if ((label.length() > 0) && !aa[activeRow].hasText)
 203       {
 204         aa[activeRow].hasText = true;
 205       }
 206
 207       for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().size(); i++)
 208       {
 209         int index = av.getColumnSelection().columnAt(i);
 210
 211         if (!av.colSel.isVisible(index))
 212           continue;
 213
 214         if (anot[index] == null)
 215         {
 216           anot[index] = new Annotation(label, "", type, 0);
 217         }
 218
 219         anot[index].secondaryStructure = type;
 220         anot[index].displayCharacter = label;
 221       }
 222     }
 223
 224     adjustPanelHeight();
 225     repaint();
 226
 227     return;
 228   }
 229
 230   String enterLabel(String text, String label)
 231   {
 232     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(text, null, label, null,
 233             ap.alignFrame, "Enter Label", 400, 200, true);
 234
 235     if (dialog.accept)
 236       return dialog.getName();
 237     else
 238       return null;
 239   }
 240
 241   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 242   {
 243     AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();
 244     if (aa == null)
 245     {
 246       return;
 247     }
 248
 249     int height = 0;
 250     activeRow = -1;
 251
 252     for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 253     {
 254       if (aa[i].visible)
 255       {
 256         height += aa[i].height;
 257       }
 258
 259       if (evt.getY() < height)
 260       {
 261         if (aa[i].editable)
 262         {
 263           activeRow = i;
 264         }
 265
 266         break;
 267       }
 268     }
 269
 270     if ((evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) == InputEvent.BUTTON3_MASK
 271             && activeRow != -1)
 272     {
 273       if (av.getColumnSelection() == null)
 274       {
 275         return;
 276       }
 277
 278       PopupMenu pop = new PopupMenu("Structure type");
 279       MenuItem item = new MenuItem(HELIX);
 280       item.addActionListener(this);
 281       pop.add(item);
 282       item = new MenuItem(SHEET);
 283       item.addActionListener(this);
 284       pop.add(item);
 285       item = new MenuItem(LABEL);
 286       item.addActionListener(this);
 287       pop.add(item);
 288       item = new MenuItem(COLOUR);
 289       item.addActionListener(this);
 290       pop.add(item);
 291       item = new MenuItem(REMOVE);
 292       item.addActionListener(this);
 293       pop.add(item);
 294       ap.alignFrame.add(pop);
 295       pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());
 296
 297       return;
 298     }
 299
 300     if (aa == null)
 301     {
 302       return;
 303     }
 304
 305     ap.scalePanel.mousePressed(evt);
 306   }
 307
 308   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 309   {
 310     ap.scalePanel.mouseReleased(evt);
 311   }
 312
 313   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 314   {
 315   }
 316
 317   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 318   {
 319     ap.scalePanel.mouseDragged(evt);
 320   }
 321
 322   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 323   {
 324     AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();
 325     if (aa == null)
 326     {
 327       return;
 328     }
 329
 330     int row = -1;
 331     int height = 0;
 332     for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 333     {
 334
 335       if (aa[i].visible)
 336       {
 337         height += aa[i].height;
 338       }
 339
 340       if (evt.getY() < height)
 341       {
 342         row = i;
 343         break;
 344       }
 345     }
 346
 347     int res = evt.getX() / av.getCharWidth() + av.getStartRes();
 348
 349     if (av.hasHiddenColumns)
 350     {
 351       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);
 352     }
 353
 354     if (row > -1 && res < aa[row].annotations.length
 355             && aa[row].annotations[res] != null)
 356     {
 357       StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence position " + (res + 1));
 358       if (aa[row].annotations[res].description != null)
 359       {
 360         text.append("  " + aa[row].annotations[res].description);
 361       }
 362       ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());
 363     }
 364   }
 365
 366   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 367   {
 368     ap.scalePanel.mouseEntered(evt);
 369   }
 370
 371   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 372   {
 373     ap.scalePanel.mouseExited(evt);
 374   }
 375
 376   public int adjustPanelHeight()
 377   {
 378     // setHeight of panels
 379     AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();
 380     int height = 0;
 381
 382     if (aa != null)
 383     {
 384       for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 385       {
 386         if (!aa[i].visible)
 387         {
 388           continue;
 389         }
 390
 391         aa[i].height = 0;
 392
 393         if (aa[i].hasText)
 394         {
 395           aa[i].height += av.charHeight;
 396         }
 397
 398         if (aa[i].hasIcons)
 399         {
 400           aa[i].height += 16;
 401         }
 402
 403         if (aa[i].graph > 0)
 404         {
 405           aa[i].height += aa[i].graphHeight;
 406         }
 407
 408         if (aa[i].height == 0)
 409         {
 410           aa[i].height = 20;
 411         }
 412
 413         height += aa[i].height;
 414       }
 415     }
 416     else
 417     {
 418       height = 20;
 419     }
 420
 421     this.setSize(getSize().width, height);
 422
 423     repaint();
 424
 425     return height;
 426
 427   }
 428
 429   public void addEditableColumn(int i)
 430   {
 431     if (activeRow == -1)
 432     {
 433       AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();
 434       if (aa == null)
 435       {
 436         return;
 437       }
 438
 439       for (int j = 0; j < aa.length; j++)
 440       {
 441         if (aa[j].editable)
 442         {
 443           activeRow = j;
 444           break;
 445         }
 446       }
 447     }
 448
 449     if (activeRes == null)
 450     {
 451       activeRes = new Vector();
 452       activeRes.addElement(String.valueOf(i));
 453       return;
 454     }
 455
 456     activeRes.addElement(String.valueOf(i));
 457   }
 458
 459   public void update(Graphics g)
 460   {
 461     paint(g);
 462   }
 463
 464   public void paint(Graphics g)
 465   {
 466
 467     imgWidth = getSize().width;
 468     // (av.endRes - av.startRes + 1) * av.charWidth;
 469
 470     if (image == null || imgWidth != image.getWidth(this))
 471     {
 472       image = createImage(imgWidth, ap.annotationPanel.getSize().height);
 473       gg = image.getGraphics();
 474       gg.setFont(av.getFont());
 475       fm = gg.getFontMetrics();
 476       fastPaint = false;
 477     }
 478
 479     if (fastPaint)
 480     {
 481       g.drawImage(image, 0, 0, this);
 482       fastPaint = false;
 483       return;
 484     }
 485
 486     gg.setColor(Color.white);
 487     gg.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);
 488     drawComponent(gg, av.startRes, av.endRes + 1);
 489
 490     g.drawImage(image, 0, 0, this);
 491   }
 492
 493   public void fastPaint(int horizontal)
 494   {
 495     if (horizontal == 0 || av.alignment.getAlignmentAnnotation() == null
 496             || av.alignment.getAlignmentAnnotation().length < 1)
 497     {
 498       repaint();
 499       return;
 500     }
 501
 502     gg.copyArea(0, 0, imgWidth, getSize().height, -horizontal
 503             * av.charWidth, 0);
 504     int sr = av.startRes, er = av.endRes + 1, transX = 0;
 505
 506     if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left
 507     {
 508       transX = (er - sr - horizontal) * av.charWidth;
 509       sr = er - horizontal;
 510     }
 511     else if (horizontal < 0)
 512     {
 513       er = sr - horizontal;
 514     }
 515
 516     gg.translate(transX, 0);
 517
 518     drawComponent(gg, sr, er);
 519
 520     gg.translate(-transX, 0);
 521
 522     fastPaint = true;
 523     repaint();
 524   }
 525
 526   /**
 527    * DOCUMENT ME!
 528    *
 529    * @param g
 530    *                DOCUMENT ME!
 531    * @param startRes
 532    *                DOCUMENT ME!
 533    * @param endRes
 534    *                DOCUMENT ME!
 535    */
 536   public void drawComponent(Graphics g, int startRes, int endRes)
 537   {
 538     g.setFont(av.getFont());
 539
 540     g.setColor(Color.white);
 541     g.fillRect(0, 0, (endRes - startRes) * av.charWidth, getSize().height);
 542
 543     if (fm == null)
 544     {
 545       fm = g.getFontMetrics();
 546     }
 547
 548     if ((av.alignment.getAlignmentAnnotation() == null)
 549             || (av.alignment.getAlignmentAnnotation().length < 1))
 550     {
 551       g.setColor(Color.white);
 552       g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);
 553       g.setColor(Color.black);
 554       if (av.validCharWidth)
 555       {
 556         g.drawString("Alignment has no annotations", 20, 15);
 557       }
 558
 559       return;
 560     }
 561
 562     AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();
 563
 564     int x = 0;
 565     int y = 0;
 566     int column = 0;
 567     char lastSS;
 568     int lastSSX;
 569     int iconOffset = av.charHeight / 2;
 570     boolean validRes = false;
 571     boolean validEnd = false;
 572     boolean[] graphGroupDrawn = new boolean[aa.length];
 573
 574     // \u03B2 \u03B1
 575     for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 576     {
 577       AlignmentAnnotation row = aa[i];
 578
 579       if (!row.visible)
 580       {
 581         continue;
 582       }
 583
 584       lastSS = ' ';
 585       lastSSX = 0;
 586
 587       if (row.graph > 0)
 588       {
 589         if (row.graphGroup > -1 && graphGroupDrawn[row.graphGroup])
 590         {
 591           continue;
 592         }
 593
 594         // this is so that we draw the characters below the graph
 595         y += row.height;
 596
 597         if (row.hasText)
 598         {
 599           y -= av.charHeight;
 600         }
 601       }
 602
 603       if (row.hasText)
 604       {
 605         iconOffset = av.charHeight / 2;
 606       }
 607       else
 608       {
 609         iconOffset = 0;
 610       }
 611
 612       x = 0;
 613       while (x < endRes - startRes)
 614       {
 615         if (av.hasHiddenColumns)
 616         {
 617           column = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(
 618                   startRes + x);
 619           if (column > row.annotations.length - 1)
 620           {
 621             break;
 622           }
 623         }
 624         else
 625         {
 626           column = startRes + x;
 627         }
 628
 629         if ((row.annotations.length <= column)
 630                 || (row.annotations[column] == null))
 631         {
 632           validRes = false;
 633         }
 634         else
 635         {
 636           validRes = true;
 637         }
 638
 639         if (activeRow == i)
 640         {
 641           g.setColor(Color.red);
 642
 643           if (av.getColumnSelection() != null)
 644           {
 645             for (int n = 0; n < av.getColumnSelection().size(); n++)
 646             {
 647               int v = av.getColumnSelection().columnAt(n);
 648
 649               if (v == column)
 650               {
 651                 g
 652                         .fillRect(x * av.charWidth, y, av.charWidth,
 653                                 av.charHeight);
 654               }
 655             }
 656           }
 657         }
 658
 659         if (av.validCharWidth
 660                 && validRes
 661                 && (row.annotations[column].displayCharacter != null && row.annotations[column].displayCharacter
 662                         .length() > 0))
 663         {
 664           int charOffset = (av.getCentreColumnLabels()) ? ((av.charWidth - fm
 665                   .charsWidth(row.annotations[column].displayCharacter
 666                           .toCharArray(), 0,
 667                           row.annotations[column].displayCharacter.length())) / 2)
 668                   : (av.charWidth - fm
 669                           .charWidth(row.annotations[column].displayCharacter
 670                                   .charAt(0))) / 2;
 671
 672           if (row.annotations[column].colour == null)
 673             g.setColor(Color.black);
 674           else
 675             g.setColor(row.annotations[column].colour);
 676
 677           if (column == 0 || row.graph > 0)
 678           {
 679             g.drawString(row.annotations[column].displayCharacter,
 680                     (x * av.charWidth) + charOffset, y + iconOffset + 3);
 681           }
 682           else if (row.annotations[column - 1] == null
 683                   || (!row.annotations[column].displayCharacter
 684                           .equals(row.annotations[column - 1].displayCharacter) || (row.annotations[column].displayCharacter
 685                           .length() < 2 && row.annotations[column].secondaryStructure == ' ')))
 686           {
 687             g.drawString(row.annotations[column].displayCharacter,
 688                     (x * av.charWidth) + charOffset, y + iconOffset + 3);
 689           }
 690         }
 691
 692         if (row.hasIcons)
 693         {
 694           if (!validRes
 695                   || (row.annotations[column].secondaryStructure != lastSS))
 696           {
 697             switch (lastSS)
 698             {
 699             case 'H':
 700               g.setColor(HELIX_COLOUR);
 701               if (MAC)
 702               {
 703                 // Off by 1 offset when drawing rects and ovals
 704                 // to offscreen image on the MAC
 705                 g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,
 706                         (x * av.charWidth) - lastSSX, 7, 8, 8);
 707                 break;
 708               }
 709
 710               int sCol = (lastSSX / av.charWidth) + startRes;
 711               int x1 = lastSSX;
 712               int x2 = (x * av.charWidth);
 713
 714               if (sCol == 0
 715                       || row.annotations[sCol - 1] == null
 716                       || row.annotations[sCol - 1].secondaryStructure != 'H')
 717               {
 718                 g.fillArc(lastSSX, y + 4 + iconOffset, av.charWidth, 8, 90,
 719                         180);
 720                 x1 += av.charWidth / 2;
 721               }
 722
 723               if (row.annotations[column] == null
 724                       || row.annotations[column].secondaryStructure != 'H')
 725               {
 726                 g.fillArc((x * av.charWidth) - av.charWidth, y + 4
 727                         + iconOffset, av.charWidth, 8, 270, 180);
 728                 x2 -= av.charWidth / 2;
 729               }
 730
 731               g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 8);
 732               break;
 733
 734             case 'E':
 735               g.setColor(SHEET_COLOUR);
 736               g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, (x * av.charWidth)
 737                       - lastSSX - 4, 7);
 738               g.fillPolygon(new int[]
 739               { (x * av.charWidth) - 4, (x * av.charWidth) - 4,
 740                   (x * av.charWidth) }, new int[]
 741               { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset },
 742                       3);
 743
 744               break;
 745
 746             default:
 747               g.setColor(Color.gray);
 748               g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset, (x * av.charWidth)
 749                       - lastSSX, 2);
 750
 751               break;
 752             }
 753
 754             if (validRes)
 755             {
 756               lastSS = row.annotations[column].secondaryStructure;
 757             }
 758             else
 759             {
 760               lastSS = ' ';
 761             }
 762
 763             lastSSX = (x * av.charWidth);
 764           }
 765         }
 766
 767         column++;
 768         x++;
 769       }
 770
 771       if (column >= row.annotations.length)
 772       {
 773         column = row.annotations.length - 1;
 774         validEnd = false;
 775       }
 776       else
 777       {
 778         validEnd = true;
 779       }
 780
 781       // x ++;
 782
 783       if (row.hasIcons)
 784       {
 785         switch (lastSS)
 786         {
 787         case 'H':
 788           g.setColor(HELIX_COLOUR);
 789           if (MAC)
 790           {
 791             // Off by 1 offset when drawing rects and ovals
 792             // to offscreen image on the MAC
 793             g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, (x * av.charWidth)
 794                     - lastSSX, 7, 8, 8);
 795             break;
 796           }
 797
 798           int sCol = (lastSSX / av.charWidth) + startRes;
 799           int x1 = lastSSX;
 800           int x2 = (x * av.charWidth);
 801
 802           if (sCol == 0 || row.annotations[sCol - 1] == null
 803                   || row.annotations[sCol - 1].secondaryStructure != 'H')
 804           {
 805             g
 806                     .fillArc(lastSSX, y + 4 + iconOffset, av.charWidth, 8,
 807                             90, 180);
 808             x1 += av.charWidth / 2;
 809           }
 810
 811           if (row.annotations[column] == null
 812                   || row.annotations[column].secondaryStructure != 'H')
 813           {
 814             g.fillArc((x * av.charWidth) - av.charWidth,
 815                     y + 4 + iconOffset, av.charWidth, 8, 270, 180);
 816             x2 -= av.charWidth / 2;
 817           }
 818
 819           g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 8);
 820
 821           break;
 822
 823         case 'E':
 824           g.setColor(SHEET_COLOUR);
 825
 826           if (!validEnd || row.annotations[endRes] == null
 827                   || row.annotations[endRes].secondaryStructure != 'E')
 828           {
 829             g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, (x * av.charWidth)
 830                     - lastSSX - 4, 7);
 831             g.fillPolygon(new int[]
 832             { (x * av.charWidth) - 4, (x * av.charWidth) - 4,
 833                 (x * av.charWidth) }, new int[]
 834             { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 7 + iconOffset }, 3);
 835           }
 836           else
 837           {
 838             g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, x * av.charWidth
 839                     - lastSSX, 7);
 840           }
 841           break;
 842
 843         default:
 844           g.setColor(Color.gray);
 845           if (!av.wrapAlignment || endRes == av.endRes)
 846           {
 847             g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset, (x * av.charWidth)
 848                     - lastSSX, 2);
 849           }
 850
 851           break;
 852         }
 853       }
 854
 855       if (row.graph > 0)
 856       {
 857         if (row.graph == AlignmentAnnotation.LINE_GRAPH)
 858         {
 859           if (row.graphGroup > -1 && !graphGroupDrawn[row.graphGroup])
 860           {
 861             float groupmax = -999999, groupmin = 9999999;
 862             for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
 863             {
 864               if (aa[gg].graphGroup != row.graphGroup)
 865               {
 866                 continue;
 867               }
 868
 869               if (aa[gg] != row)
 870               {
 871                 aa[gg].visible = false;
 872               }
 873
 874               if (aa[gg].graphMax > groupmax)
 875               {
 876                 groupmax = aa[gg].graphMax;
 877               }
 878               if (aa[gg].graphMin < groupmin)
 879               {
 880                 groupmin = aa[gg].graphMin;
 881               }
 882             }
 883
 884             for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
 885             {
 886               if (aa[gg].graphGroup == row.graphGroup)
 887               {
 888                 drawLineGraph(g, aa[gg], startRes, endRes, y, groupmin,
 889                         groupmax, row.graphHeight);
 890               }
 891             }
 892
 893             graphGroupDrawn[row.graphGroup] = true;
 894           }
 895           else
 896           {
 897             drawLineGraph(g, row, startRes, endRes, y, row.graphMin,
 898                     row.graphMax, row.graphHeight);
 899           }
 900         }
 901         else if (row.graph == AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH)
 902         {
 903           drawBarGraph(g, row, startRes, endRes, row.graphMin,
 904                   row.graphMax, y);
 905         }
 906       }
 907
 908       if (row.graph > 0 && row.hasText)
 909       {
 910         y += av.charHeight;
 911       }
 912
 913       if (row.graph == 0)
 914       {
 915         y += aa[i].height;
 916       }
 917     }
 918   }
 919
 920   public void drawLineGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation aa, int sRes,
 921           int eRes, int y, float min, float max, int graphHeight)
 922   {
 923     if (sRes > aa.annotations.length)
 924     {
 925       return;
 926     }
 927
 928     int x = 0;
 929
 930     // Adjustment for fastpaint to left
 931     if (eRes < av.endRes)
 932     {
 933       eRes++;
 934     }
 935
 936     eRes = Math.min(eRes, aa.annotations.length);
 937
 938     int y1 = y, y2 = y;
 939     float range = max - min;
 940
 941     // //Draw origin
 942     if (min < 0)
 943     {
 944       y2 = y - (int) ((0 - min / range) * graphHeight);
 945     }
 946
 947     g.setColor(Color.gray);
 948     g.drawLine(x - av.charWidth, y2, (eRes - sRes) * av.charWidth, y2);
 949
 950     eRes = Math.min(eRes, aa.annotations.length);
 951
 952     int column;
 953     int aaMax = aa.annotations.length - 1;
 954
 955     while (x < eRes - sRes)
 956     {
 957       column = sRes + x;
 958       if (av.hasHiddenColumns)
 959       {
 960         column = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(column);
 961       }
 962
 963       if (column > aaMax)
 964       {
 965         break;
 966       }
 967
 968       if (aa.annotations[column] == null) // || coaa.annotations[column - 1] ==
 969                                           // null)
 970       {
 971         x++;
 972         continue;
 973       }
 974
 975       if (aa.annotations[column].colour == null)
 976         g.setColor(Color.black);
 977       else
 978         g.setColor(aa.annotations[column].colour);
 979       if (column == 0 || aa.annotations[column - 1] == null)
 980       {
 981         y1 = y
 982                 - (int) (((aa.annotations[column].value - min) / range) * graphHeight);
 983       }
 984       else
 985       {
 986         y1 = y
 987                 - (int) (((aa.annotations[column - 1].value - min) / range) * graphHeight);
 988       }
 989       y2 = y
 990               - (int) (((aa.annotations[column].value - min) / range) * graphHeight);
 991
 992       g.drawLine(x * av.charWidth - av.charWidth / 2, y1, x * av.charWidth
 993               + av.charWidth / 2, y2);
 994       x++;
 995     }
 996
 997     if (aa.threshold != null)
 998     {
 999       g.setColor(aa.threshold.colour);
1000
1001       y2 = (int) (y - ((aa.threshold.value - min) / range) * graphHeight);
1002       g.drawLine(0, y2, (eRes - sRes) * av.charWidth, y2);
1003     }
1004   }
1005
1006   public void drawBarGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation aa, int sRes,
1007           int eRes, float min, float max, int y)
1008   {
1009     if (sRes > aa.annotations.length)
1010     {
1011       return;
1012     }
1013
1014     eRes = Math.min(eRes, aa.annotations.length);
1015
1016     int x = 0, y1 = y, y2 = y;
1017
1018     float range = max - min;
1019
1020     if (min < 0)
1021     {
1022       y2 = y - (int) ((0 - min / (range)) * aa.graphHeight);
1023     }
1024
1025     g.setColor(Color.gray);
1026
1027     g.drawLine(x, y2, (eRes - sRes) * av.charWidth, y2);
1028
1029     int column;
1030     int aaMax = aa.annotations.length - 1;
1031
1032     while (x < eRes - sRes)
1033     {
1034       column = sRes + x;
1035       if (av.hasHiddenColumns)
1036       {
1037         column = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(column);
1038       }
1039
1040       if (column > aaMax)
1041       {
1042         break;
1043       }
1044
1045       if (aa.annotations[column] == null)
1046       {
1047         x++;
1048         continue;
1049       }
1050
1051       if (aa.annotations[column].colour == null)
1052         g.setColor(Color.black);
1053       else
1054         g.setColor(aa.annotations[column].colour);
1055
1056       y1 = y
1057               - (int) (((aa.annotations[column].value - min) / (range)) * aa.graphHeight);
1058
1059       if (y1 - y2 > 0)
1060       {
1061         g.fillRect(x * av.charWidth, y2, av.charWidth, y1 - y2);
1062       }
1063       else
1064       {
1065         g.fillRect(x * av.charWidth, y1, av.charWidth, y2 - y1);
1066       }
1067
1068       x++;
1069
1070     }
1071     if (aa.threshold != null)
1072     {
1073       g.setColor(aa.threshold.colour);
1074       y2 = (int) (y - ((aa.threshold.value - min) / range) * aa.graphHeight);
1075       g.drawLine(0, y2, (eRes - sRes) * av.charWidth, y2);
1076     }
1077   }
1078
1079   // used by overview window
1080   public void drawGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation aa, int width,
1081           int y, int sRes, int eRes)
1082   {
1083     eRes = Math.min(eRes, aa.annotations.length);
1084     g.setColor(Color.white);
1085     g.fillRect(0, 0, width, y);
1086     g.setColor(new Color(0, 0, 180));
1087
1088     int x = 0, height;
1089
1090     for (int j = sRes; j < eRes; j++)
1091     {
1092       if (aa.annotations[j].colour == null)
1093         g.setColor(Color.black);
1094       else
1095         g.setColor(aa.annotations[j].colour);
1096
1097       height = (int) ((aa.annotations[j].value / aa.graphMax) * GRAPH_HEIGHT);
1098       if (height > y)
1099       {
1100         height = y;
1101       }
1102       g.fillRect(x, y - height, av.charWidth, height);
1103       x += av.charWidth;
1104     }
1105   }
1106 }