src/jalview/appletgui/AnnotationPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9)
   3  * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
   4  *
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  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  24 import jalview.datamodel.Annotation;
  25 import jalview.renderer.AnnotationRenderer;
  26 import jalview.renderer.AwtRenderPanelI;
  27 import jalview.util.MessageManager;
  28
  29 import java.awt.Color;
  30 import java.awt.Dimension;
  31 import java.awt.Font;
  32 import java.awt.FontMetrics;
  33 import java.awt.Graphics;
  34 import java.awt.Image;
  35 import java.awt.MenuItem;
  36 import java.awt.Panel;
  37 import java.awt.PopupMenu;
  38 import java.awt.event.ActionEvent;
  39 import java.awt.event.ActionListener;
  40 import java.awt.event.AdjustmentEvent;
  41 import java.awt.event.AdjustmentListener;
  42 import java.awt.event.InputEvent;
  43 import java.awt.event.MouseEvent;
  44 import java.awt.event.MouseListener;
  45 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  46
  47 public class AnnotationPanel extends Panel implements AwtRenderPanelI,
  48         AdjustmentListener, ActionListener, MouseListener,
  49         MouseMotionListener
  50 {
  51   AlignViewport av;
  52
  53   AlignmentPanel ap;
  54
  55   int activeRow = -1;
  56
  57   final String HELIX = "Helix";
  58
  59   final String SHEET = "Sheet";
  60
  61   /**
  62    * For RNA secondary structure "stems" aka helices
  63    */
  64   final String STEM = "RNA Helix";
  65
  66   final String LABEL = "Label";
  67
  68   final String REMOVE = "Remove Annotation";
  69
  70   final String COLOUR = "Colour";
  71
  72   final Color HELIX_COLOUR = Color.red.darker();
  73
  74   final Color SHEET_COLOUR = Color.green.darker().darker();
  75
  76   Image image;
  77
  78   Graphics gg;
  79
  80   FontMetrics fm;
  81
  82   int imgWidth = 0;
  83
  84   boolean fastPaint = false;
  85
  86   // Used For mouse Dragging and resizing graphs
  87   int graphStretch = -1;
  88
  89   int graphStretchY = -1;
  90
  91   boolean mouseDragging = false;
  92
  93   public static int GRAPH_HEIGHT = 40;
  94
  95   boolean MAC = false;
  96
  97   public final AnnotationRenderer renderer;
  98
  99   public AnnotationPanel(AlignmentPanel ap)
 100   {
 101     MAC = new jalview.util.Platform().isAMac();
 102     this.ap = ap;
 103     av = ap.av;
 104     setLayout(null);
 105     int height = adjustPanelHeight();
 106     ap.apvscroll.setValues(0, getSize().height, 0, height);
 107
 108     addMouseMotionListener(this);
 109
 110     addMouseListener(this);
 111
 112     // ap.annotationScroller.getVAdjustable().addAdjustmentListener( this );
 113     renderer = new AnnotationRenderer();
 114   }
 115
 116   public AnnotationPanel(AlignViewport av)
 117   {
 118     this.av = av;
 119     renderer = new AnnotationRenderer();
 120   }
 121
 122   @Override
 123   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)
 124   {
 125   }
 126
 127   /**
 128    * DOCUMENT ME!
 129    *
 130    * @param evt
 131    *          DOCUMENT ME!
 132    */
 133   @Override
 134   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 135   {
 136     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 137     if (aa == null)
 138     {
 139       return;
 140     }
 141     Annotation[] anot = aa[activeRow].annotations;
 142
 143     if (anot.length < av.getColumnSelection().getMax())
 144     {
 145       Annotation[] temp = new Annotation[av.getColumnSelection().getMax() + 2];
 146       System.arraycopy(anot, 0, temp, 0, anot.length);
 147       anot = temp;
 148       aa[activeRow].annotations = anot;
 149     }
 150
 151     String label = "";
 152     if (av.getColumnSelection() != null
 153             && av.getColumnSelection().size() > 0
 154             && anot[av.getColumnSelection().getMin()] != null)
 155     {
 156       label = anot[av.getColumnSelection().getMin()].displayCharacter;
 157     }
 158
 159     if (evt.getActionCommand().equals(REMOVE))
 160     {
 161       for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().size(); i++)
 162       {
 163         anot[av.getColumnSelection().columnAt(i)] = null;
 164       }
 165     }
 166     else if (evt.getActionCommand().equals(LABEL))
 167     {
 168       label = enterLabel(label, "Enter Label");
 169
 170       if (label == null)
 171       {
 172         return;
 173       }
 174
 175       if ((label.length() > 0) && !aa[activeRow].hasText)
 176       {
 177         aa[activeRow].hasText = true;
 178       }
 179
 180       for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().size(); i++)
 181       {
 182         int index = av.getColumnSelection().columnAt(i);
 183
 184         if (!av.getColumnSelection().isVisible(index))
 185         {
 186           continue;
 187         }
 188
 189         if (anot[index] == null)
 190         {
 191           anot[index] = new Annotation(label, "", ' ', 0);
 192         }
 193
 194         anot[index].displayCharacter = label;
 195       }
 196     }
 197     else if (evt.getActionCommand().equals(COLOUR))
 198     {
 199       UserDefinedColours udc = new UserDefinedColours(this, Color.black,
 200               ap.alignFrame);
 201
 202       Color col = udc.getColor();
 203
 204       for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().size(); i++)
 205       {
 206         int index = av.getColumnSelection().columnAt(i);
 207
 208         if (!av.getColumnSelection().isVisible(index))
 209         {
 210           continue;
 211         }
 212
 213         if (anot[index] == null)
 214         {
 215           anot[index] = new Annotation("", "", ' ', 0);
 216         }
 217
 218         anot[index].colour = col;
 219       }
 220     }
 221     else
 222     // HELIX OR SHEET
 223     {
 224       char type = 0;
 225       String symbol = "\u03B1";
 226
 227       if (evt.getActionCommand().equals(HELIX))
 228       {
 229         type = 'H';
 230       }
 231       else if (evt.getActionCommand().equals(SHEET))
 232       {
 233         type = 'E';
 234         symbol = "\u03B2";
 235       }
 236
 237       // Added by LML to color stems
 238       else if (evt.getActionCommand().equals(STEM))
 239       {
 240         type = 'S';
 241         symbol = "\u03C3";
 242       }
 243
 244       if (!aa[activeRow].hasIcons)
 245       {
 246         aa[activeRow].hasIcons = true;
 247       }
 248
 249       label = enterLabel(symbol, "Enter Label");
 250
 251       if (label == null)
 252       {
 253         return;
 254       }
 255
 256       if ((label.length() > 0) && !aa[activeRow].hasText)
 257       {
 258         aa[activeRow].hasText = true;
 259         if (evt.getActionCommand().equals(STEM))
 260         {
 261           aa[activeRow].showAllColLabels = true;
 262         }
 263       }
 264
 265       for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().size(); i++)
 266       {
 267         int index = av.getColumnSelection().columnAt(i);
 268
 269         if (!av.getColumnSelection().isVisible(index))
 270         {
 271           continue;
 272         }
 273
 274         if (anot[index] == null)
 275         {
 276           anot[index] = new Annotation(label, "", type, 0);
 277         }
 278
 279         anot[index].secondaryStructure = type != 'S' ? type : label
 280                 .length() == 0 ? ' ' : label.charAt(0);
 281         anot[index].displayCharacter = label;
 282       }
 283     }
 284
 285     av.getAlignment().validateAnnotation(aa[activeRow]);
 286
 287     ap.alignmentChanged();
 288     adjustPanelHeight();
 289     repaint();
 290
 291     return;
 292   }
 293
 294   String enterLabel(String text, String label)
 295   {
 296     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(text, null, label, null,
 297             ap.alignFrame, "Enter Label", 400, 200, true);
 298
 299     if (dialog.accept)
 300     {
 301       return dialog.getName();
 302     }
 303     else
 304     {
 305       return null;
 306     }
 307   }
 308
 309   @Override
 310   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 311   {
 312     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 313     if (aa == null)
 314     {
 315       return;
 316     }
 317
 318     int height = -scrollOffset;
 319     activeRow = -1;
 320
 321     for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 322     {
 323       if (aa[i].visible)
 324       {
 325         height += aa[i].height;
 326       }
 327
 328       if (evt.getY() < height)
 329       {
 330         if (aa[i].editable)
 331         {
 332           activeRow = i;
 333         }
 334         else if (aa[i].graph > 0)
 335         {
 336           // Stretch Graph
 337           graphStretch = i;
 338           graphStretchY = evt.getY();
 339         }
 340
 341         break;
 342       }
 343     }
 344
 345     if ((evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) == InputEvent.BUTTON3_MASK
 346             && activeRow != -1)
 347     {
 348       if (av.getColumnSelection() == null)
 349       {
 350         return;
 351       }
 352
 353       PopupMenu pop = new PopupMenu(
 354               MessageManager.getString("label.structure_type"));
 355       MenuItem item;
 356       /*
 357        * Just display the needed structure options
 358        */
 359       if (av.getAlignment().isNucleotide() == true)
 360       {
 361         item = new MenuItem(STEM);
 362         item.addActionListener(this);
 363         pop.add(item);
 364       }
 365       else
 366       {
 367         item = new MenuItem(HELIX);
 368         item.addActionListener(this);
 369         pop.add(item);
 370         item = new MenuItem(SHEET);
 371         item.addActionListener(this);
 372         pop.add(item);
 373       }
 374       item = new MenuItem(LABEL);
 375       item.addActionListener(this);
 376       pop.add(item);
 377       item = new MenuItem(COLOUR);
 378       item.addActionListener(this);
 379       pop.add(item);
 380       item = new MenuItem(REMOVE);
 381       item.addActionListener(this);
 382       pop.add(item);
 383       ap.alignFrame.add(pop);
 384       pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());
 385
 386       return;
 387     }
 388
 389     ap.scalePanel.mousePressed(evt);
 390   }
 391
 392   @Override
 393   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 394   {
 395     graphStretch = -1;
 396     graphStretchY = -1;
 397     mouseDragging = false;
 398     if (needValidating)
 399     {
 400       ap.validate();
 401       needValidating = false;
 402     }
 403     ap.scalePanel.mouseReleased(evt);
 404   }
 405
 406   @Override
 407   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 408   {
 409   }
 410
 411   boolean needValidating = false;
 412
 413   @Override
 414   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 415   {
 416     if (graphStretch > -1)
 417     {
 418       av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[graphStretch].graphHeight += graphStretchY
 419               - evt.getY();
 420       if (av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[graphStretch].graphHeight < 0)
 421       {
 422         av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[graphStretch].graphHeight = 0;
 423       }
 424       graphStretchY = evt.getY();
 425       av.calcPanelHeight();
 426       needValidating = true;
 427       ap.paintAlignment(true);
 428     }
 429     else
 430     {
 431       ap.scalePanel.mouseDragged(evt);
 432     }
 433   }
 434
 435   @Override
 436   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 437   {
 438     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 439     if (aa == null)
 440     {
 441       return;
 442     }
 443
 444     int row = -1;
 445     int height = -scrollOffset;
 446     for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 447     {
 448
 449       if (aa[i].visible)
 450       {
 451         height += aa[i].height;
 452       }
 453
 454       if (evt.getY() < height)
 455       {
 456         row = i;
 457         break;
 458       }
 459     }
 460
 461     int res = evt.getX() / av.getCharWidth() + av.getStartRes();
 462
 463     if (av.hasHiddenColumns())
 464     {
 465       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);
 466     }
 467
 468     if (row > -1 && res < aa[row].annotations.length
 469             && aa[row].annotations[res] != null)
 470     {
 471       StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence position " + (res + 1));
 472       if (aa[row].annotations[res].description != null)
 473       {
 474         text.append("  " + aa[row].annotations[res].description);
 475       }
 476       ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());
 477     }
 478   }
 479
 480   @Override
 481   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 482   {
 483     ap.scalePanel.mouseEntered(evt);
 484   }
 485
 486   @Override
 487   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 488   {
 489     ap.scalePanel.mouseExited(evt);
 490   }
 491
 492   public int adjustPanelHeight()
 493   {
 494     return adjustPanelHeight(true);
 495   }
 496
 497   public int adjustPanelHeight(boolean repaint)
 498   {
 499     int height = av.calcPanelHeight();
 500     this.setSize(new Dimension(getSize().width, height));
 501     if (repaint)
 502     {
 503       repaint();
 504     }
 505     return height;
 506   }
 507
 508   /**
 509    * calculate the height for visible annotation, revalidating bounds where
 510    * necessary ABSTRACT GUI METHOD
 511    *
 512    * @return total height of annotation
 513    */
 514
 515   public void addEditableColumn(int i)
 516   {
 517     if (activeRow == -1)
 518     {
 519       AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 520       if (aa == null)
 521       {
 522         return;
 523       }
 524
 525       for (int j = 0; j < aa.length; j++)
 526       {
 527         if (aa[j].editable)
 528         {
 529           activeRow = j;
 530           break;
 531         }
 532       }
 533     }
 534   }
 535
 536   @Override
 537   public void update(Graphics g)
 538   {
 539     paint(g);
 540   }
 541
 542   @Override
 543   public void paint(Graphics g)
 544   {
 545     Dimension d = getSize();
 546     imgWidth = d.width;
 547     // (av.endRes - av.startRes + 1) * av.charWidth;
 548     if (imgWidth < 1 || d.height < 1)
 549     {
 550       return;
 551     }
 552     if (image == null || imgWidth != image.getWidth(this)
 553             || d.height != image.getHeight(this))
 554     {
 555       image = createImage(imgWidth, d.height);
 556       gg = image.getGraphics();
 557       gg.setFont(av.getFont());
 558       fm = gg.getFontMetrics();
 559       fastPaint = false;
 560     }
 561
 562     if (fastPaint)
 563     {
 564       g.drawImage(image, 0, 0, this);
 565       fastPaint = false;
 566       return;
 567     }
 568
 569     gg.setColor(Color.white);
 570     gg.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);
 571     drawComponent(gg, av.startRes, av.endRes + 1);
 572
 573     g.drawImage(image, 0, 0, this);
 574   }
 575
 576   public void fastPaint(int horizontal)
 577   {
 578     if (horizontal == 0
 579             || av.getAlignment().getAlignmentAnnotation() == null
 580             || av.getAlignment().getAlignmentAnnotation().length < 1)
 581     {
 582       repaint();
 583       return;
 584     }
 585
 586     gg.copyArea(0, 0, imgWidth, getSize().height,
 587             -horizontal * av.getCharWidth(), 0);
 588     int sr = av.startRes, er = av.endRes + 1, transX = 0;
 589
 590     if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left
 591     {
 592       transX = (er - sr - horizontal) * av.getCharWidth();
 593       sr = er - horizontal;
 594     }
 595     else if (horizontal < 0)
 596     {
 597       er = sr - horizontal;
 598     }
 599
 600     gg.translate(transX, 0);
 601
 602     drawComponent(gg, sr, er);
 603
 604     gg.translate(-transX, 0);
 605
 606     fastPaint = true;
 607     repaint();
 608   }
 609
 610   /**
 611    * DOCUMENT ME!
 612    *
 613    * @param g
 614    *          DOCUMENT ME!
 615    * @param startRes
 616    *          DOCUMENT ME!
 617    * @param endRes
 618    *          DOCUMENT ME!
 619    */
 620   public void drawComponent(Graphics g, int startRes, int endRes)
 621   {
 622     Font ofont = av.getFont();
 623     g.setFont(ofont);
 624
 625     g.setColor(Color.white);
 626     g.fillRect(0, 0, (endRes - startRes) * av.getCharWidth(),
 627             getSize().height);
 628
 629     if (fm == null)
 630     {
 631       fm = g.getFontMetrics();
 632     }
 633
 634     if ((av.getAlignment().getAlignmentAnnotation() == null)
 635             || (av.getAlignment().getAlignmentAnnotation().length < 1))
 636     {
 637       g.setColor(Color.white);
 638       g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);
 639       g.setColor(Color.black);
 640       if (av.validCharWidth)
 641       {
 642         g.drawString(MessageManager
 643                 .getString("label.alignment_has_no_annotations"), 20, 15);
 644       }
 645
 646       return;
 647     }
 648     g.translate(0, -scrollOffset);
 649     renderer.drawComponent(this, av, g, activeRow, startRes, endRes);
 650     g.translate(0, +scrollOffset);
 651   }
 652
 653   int scrollOffset = 0;
 654
 655   public void setScrollOffset(int value, boolean repaint)
 656   {
 657     scrollOffset = value;
 658     if (repaint)
 659     {
 660       repaint();
 661     }
 662   }
 663
 664   @Override
 665   public FontMetrics getFontMetrics()
 666   {
 667     return fm;
 668   }
 669
 670   @Override
 671   public Image getFadedImage()
 672   {
 673     return image;
 674   }
 675
 676   @Override
 677   public int getFadedImageWidth()
 678   {
 679     return imgWidth;
 680   }
 681
 682   private int[] bounds = new int[2];
 683
 684   @Override
 685   public int[] getVisibleVRange()
 686   {
 687     if (ap != null && ap.alabels != null)
 688     {
 689       int sOffset = -ap.alabels.scrollOffset;
 690       int visHeight = sOffset + ap.annotationPanelHolder.getHeight();
 691       bounds[0] = sOffset;
 692       bounds[1] = visHeight;
 693       return bounds;
 694     }
 695     else
 696     {
 697       return null;
 698     }
 699   }
 700 }