src/jalview/appletgui/AnnotationPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  24 import jalview.datamodel.Annotation;
  25 import jalview.datamodel.SequenceI;
  26 import jalview.renderer.AnnotationRenderer;
  27 import jalview.renderer.AwtRenderPanelI;
  28 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  29 import jalview.util.Comparison;
  30 import jalview.util.MessageManager;
  31 import jalview.util.Platform;
  32 import jalview.viewmodel.ViewportListenerI;
  33 import jalview.viewmodel.ViewportRanges;
  34
  35 import java.awt.Color;
  36 import java.awt.Dimension;
  37 import java.awt.Font;
  38 import java.awt.FontMetrics;
  39 import java.awt.Graphics;
  40 import java.awt.Image;
  41 import java.awt.MenuItem;
  42 import java.awt.Panel;
  43 import java.awt.PopupMenu;
  44 import java.awt.event.ActionEvent;
  45 import java.awt.event.ActionListener;
  46 import java.awt.event.AdjustmentEvent;
  47 import java.awt.event.AdjustmentListener;
  48 import java.awt.event.InputEvent;
  49 import java.awt.event.MouseEvent;
  50 import java.awt.event.MouseListener;
  51 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  52 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  53
  54 public class AnnotationPanel extends Panel
  55         implements AwtRenderPanelI, AdjustmentListener, ActionListener,
  56         MouseListener, MouseMotionListener, ViewportListenerI
  57 {
  58   AlignViewport av;
  59
  60   AlignmentPanel ap;
  61
  62   int activeRow = -1;
  63
  64   final String HELIX = "Helix";
  65
  66   final String SHEET = "Sheet";
  67
  68   /**
  69    * For RNA secondary structure "stems" aka helices
  70    */
  71   final String STEM = "RNA Helix";
  72
  73   final String LABEL = "Label";
  74
  75   final String REMOVE = "Remove Annotation";
  76
  77   final String COLOUR = "Colour";
  78
  79   final Color HELIX_COLOUR = Color.red.darker();
  80
  81   final Color SHEET_COLOUR = Color.green.darker().darker();
  82
  83   Image image;
  84
  85   Graphics gg;
  86
  87   FontMetrics fm;
  88
  89   int imgWidth = 0;
  90
  91   boolean fastPaint = false;
  92
  93   // Used For mouse Dragging and resizing graphs
  94   int graphStretch = -1;
  95
  96   int graphStretchY = -1;
  97
  98   boolean mouseDragging = false;
  99
 100   public static int GRAPH_HEIGHT = 40;
 101
 102   // boolean MAC = false;
 103
 104   public final AnnotationRenderer renderer;
 105
 106   public AnnotationPanel(AlignmentPanel ap)
 107   {
 108     new jalview.util.Platform();
 109     // MAC = Platform.isAMac();
 110     this.ap = ap;
 111     av = ap.av;
 112     setLayout(null);
 113     int height = adjustPanelHeight();
 114     ap.apvscroll.setValues(0, getSize().height, 0, height);
 115
 116     addMouseMotionListener(this);
 117
 118     addMouseListener(this);
 119
 120     // ap.annotationScroller.getVAdjustable().addAdjustmentListener( this );
 121     renderer = new AnnotationRenderer();
 122
 123     av.getRanges().addPropertyChangeListener(this);
 124   }
 125
 126   public AnnotationPanel(AlignViewport av)
 127   {
 128     this.av = av;
 129     renderer = new AnnotationRenderer();
 130
 131   }
 132
 133   @Override
 134   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)
 135   {
 136   }
 137
 138   /**
 139    * DOCUMENT ME!
 140    *
 141    * @param evt
 142    *          DOCUMENT ME!
 143    */
 144   @Override
 145   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 146   {
 147     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 148     if (aa == null)
 149     {
 150       return;
 151     }
 152     Annotation[] anot = aa[activeRow].annotations;
 153
 154     if (anot.length < av.getColumnSelection().getMax())
 155     {
 156       Annotation[] temp = new Annotation[av.getColumnSelection().getMax()
 157               + 2];
 158       System.arraycopy(anot, 0, temp, 0, anot.length);
 159       anot = temp;
 160       aa[activeRow].annotations = anot;
 161     }
 162
 163     String label = "";
 164     if (av.getColumnSelection() != null
 165             && !av.getColumnSelection().isEmpty()
 166             && anot[av.getColumnSelection().getMin()] != null)
 167     {
 168       label = anot[av.getColumnSelection().getMin()].displayCharacter;
 169     }
 170
 171     if (evt.getActionCommand().equals(REMOVE))
 172     {
 173       for (int index : av.getColumnSelection().getSelected())
 174       {
 175         if (av.getAlignment().getHiddenColumns().isVisible(index))
 176         {
 177           anot[index] = null;
 178         }
 179       }
 180     }
 181     else if (evt.getActionCommand().equals(LABEL))
 182     {
 183       label = enterLabel(label, "Enter Label");
 184
 185       if (label == null)
 186       {
 187         return;
 188       }
 189
 190       if ((label.length() > 0) && !aa[activeRow].hasText)
 191       {
 192         aa[activeRow].hasText = true;
 193       }
 194
 195       for (int index : av.getColumnSelection().getSelected())
 196       {
 197         // TODO: JAL-2001 - provide a fast method to list visible selected
 198         // columns
 199         if (!av.getAlignment().getHiddenColumns().isVisible(index))
 200         {
 201           continue;
 202         }
 203
 204         if (anot[index] == null)
 205         {
 206           anot[index] = new Annotation(label, "", ' ', 0);
 207         }
 208
 209         anot[index].displayCharacter = label;
 210       }
 211     }
 212     else if (evt.getActionCommand().equals(COLOUR))
 213     {
 214       UserDefinedColours udc = new UserDefinedColours(this, Color.black,
 215               ap.alignFrame);
 216
 217       Color col = udc.getColor();
 218
 219       for (int index : av.getColumnSelection().getSelected())
 220       {
 221         if (!av.getAlignment().getHiddenColumns().isVisible(index))
 222         {
 223           continue;
 224         }
 225
 226         if (anot[index] == null)
 227         {
 228           anot[index] = new Annotation("", "", ' ', 0);
 229         }
 230
 231         anot[index].colour = col;
 232       }
 233     }
 234     else
 235     // HELIX OR SHEET
 236     {
 237       char type = 0;
 238       String symbol = "\u03B1";
 239
 240       if (evt.getActionCommand().equals(HELIX))
 241       {
 242         type = 'H';
 243       }
 244       else if (evt.getActionCommand().equals(SHEET))
 245       {
 246         type = 'E';
 247         symbol = "\u03B2";
 248       }
 249
 250       // Added by LML to color stems
 251       else if (evt.getActionCommand().equals(STEM))
 252       {
 253         type = 'S';
 254         int column = av.getColumnSelection().getSelectedRanges().get(0)[0];
 255         symbol = aa[activeRow].getDefaultRnaHelixSymbol(column);
 256       }
 257
 258       if (!aa[activeRow].hasIcons)
 259       {
 260         aa[activeRow].hasIcons = true;
 261       }
 262
 263       label = enterLabel(symbol, "Enter Label");
 264
 265       if (label == null)
 266       {
 267         return;
 268       }
 269
 270       if ((label.length() > 0) && !aa[activeRow].hasText)
 271       {
 272         aa[activeRow].hasText = true;
 273         if (evt.getActionCommand().equals(STEM))
 274         {
 275           aa[activeRow].showAllColLabels = true;
 276         }
 277       }
 278
 279       for (int index : av.getColumnSelection().getSelected())
 280       {
 281         if (!av.getAlignment().getHiddenColumns().isVisible(index))
 282         {
 283           continue;
 284         }
 285
 286         if (anot[index] == null)
 287         {
 288           anot[index] = new Annotation(label, "", type, 0);
 289         }
 290
 291         anot[index].secondaryStructure = type != 'S' ? type
 292                 : label.length() == 0 ? ' ' : label.charAt(0);
 293         anot[index].displayCharacter = label;
 294       }
 295     }
 296
 297     av.getAlignment().validateAnnotation(aa[activeRow]);
 298
 299     ap.alignmentChanged();
 300     adjustPanelHeight();
 301     repaint();
 302
 303     return;
 304   }
 305
 306   String enterLabel(String text, String label)
 307   {
 308     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(text, null, label, null,
 309             ap.alignFrame, "Enter Label", 400, 200, true);
 310
 311     if (dialog.accept)
 312     {
 313       return dialog.getName();
 314     }
 315     else
 316     {
 317       return null;
 318     }
 319   }
 320
 321   @Override
 322   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 323   {
 324     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 325     if (aa == null)
 326     {
 327       return;
 328     }
 329
 330     int height = -scrollOffset;
 331     activeRow = -1;
 332
 333     for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 334     {
 335       if (aa[i].visible)
 336       {
 337         height += aa[i].height;
 338       }
 339
 340       if (evt.getY() < height)
 341       {
 342         if (aa[i].editable)
 343         {
 344           activeRow = i;
 345         }
 346         else if (aa[i].graph != AlignmentAnnotation.NO_GRAPH)
 347         {
 348           // Stretch Graph
 349           graphStretch = i;
 350           graphStretchY = evt.getY();
 351         }
 352
 353         break;
 354       }
 355     }
 356
 357     if ((evt.getModifiersEx()
 358             & InputEvent.BUTTON3_DOWN_MASK) == InputEvent.BUTTON3_DOWN_MASK
 359             && activeRow != -1)
 360     {
 361       if (av.getColumnSelection() == null
 362               || av.getColumnSelection().isEmpty())
 363       {
 364         return;
 365       }
 366
 367       PopupMenu pop = new PopupMenu(
 368               MessageManager.getString("label.structure_type"));
 369       MenuItem item;
 370
 371       if (av.getAlignment().isNucleotide())
 372       {
 373         item = new MenuItem(STEM);
 374         item.addActionListener(this);
 375         pop.add(item);
 376       }
 377       else
 378       {
 379         item = new MenuItem(HELIX);
 380         item.addActionListener(this);
 381         pop.add(item);
 382         item = new MenuItem(SHEET);
 383         item.addActionListener(this);
 384         pop.add(item);
 385       }
 386       item = new MenuItem(LABEL);
 387       item.addActionListener(this);
 388       pop.add(item);
 389       item = new MenuItem(COLOUR);
 390       item.addActionListener(this);
 391       pop.add(item);
 392       item = new MenuItem(REMOVE);
 393       item.addActionListener(this);
 394       pop.add(item);
 395       ap.alignFrame.add(pop);
 396       pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());
 397
 398       return;
 399     }
 400
 401     ap.scalePanel.mousePressed(evt);
 402   }
 403
 404   @Override
 405   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 406   {
 407     graphStretch = -1;
 408     graphStretchY = -1;
 409     mouseDragging = false;
 410     if (needValidating)
 411     {
 412       ap.validate();
 413       needValidating = false;
 414     }
 415     ap.scalePanel.mouseReleased(evt);
 416   }
 417
 418   @Override
 419   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 420   {
 421   }
 422
 423   boolean needValidating = false;
 424
 425   @Override
 426   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 427   {
 428     if (graphStretch > -1)
 429     {
 430       av.getAlignment()
 431               .getAlignmentAnnotation()[graphStretch].graphHeight += graphStretchY
 432                       - evt.getY();
 433       if (av.getAlignment()
 434               .getAlignmentAnnotation()[graphStretch].graphHeight < 0)
 435       {
 436         av.getAlignment()
 437                 .getAlignmentAnnotation()[graphStretch].graphHeight = 0;
 438       }
 439       graphStretchY = evt.getY();
 440       av.calcPanelHeight();
 441       needValidating = true;
 442       // TODO: only update overview visible geometry
 443       ap.paintAlignment(true, false);
 444     }
 445     else
 446     {
 447       ap.scalePanel.mouseDragged(evt);
 448     }
 449   }
 450
 451   @Override
 452   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 453   {
 454     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 455     if (aa == null)
 456     {
 457       return;
 458     }
 459
 460     int row = -1;
 461     int height = -scrollOffset;
 462     for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 463     {
 464
 465       if (aa[i].visible)
 466       {
 467         height += aa[i].height;
 468       }
 469
 470       if (evt.getY() < height)
 471       {
 472         row = i;
 473         break;
 474       }
 475     }
 476
 477     int column = evt.getX() / av.getCharWidth()
 478             + av.getRanges().getStartRes();
 479
 480     if (av.hasHiddenColumns())
 481     {
 482       column = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 483               .visibleToAbsoluteColumn(column);
 484     }
 485
 486     if (row > -1 && column < aa[row].annotations.length
 487             && aa[row].annotations[column] != null)
 488     {
 489       StringBuilder text = new StringBuilder();
 490       text.append(MessageManager.getString("label.column")).append(" ")
 491               .append(column + 1);
 492       String description = aa[row].annotations[column].description;
 493       if (description != null && description.length() > 0)
 494       {
 495         text.append("  ").append(description);
 496       }
 497
 498       /*
 499        * if the annotation is sequence-specific, show the sequence number
 500        * in the alignment, and (if not a gap) the residue and position
 501        */
 502       SequenceI seqref = aa[row].sequenceRef;
 503       if (seqref != null)
 504       {
 505         int seqIndex = av.getAlignment().findIndex(seqref);
 506         if (seqIndex != -1)
 507         {
 508           text.append(", ")
 509                   .append(MessageManager.getString("label.sequence"))
 510                   .append(" ").append(seqIndex + 1);
 511           char residue = seqref.getCharAt(column);
 512           if (!Comparison.isGap(residue))
 513           {
 514             text.append(" ");
 515             String name;
 516             if (av.getAlignment().isNucleotide())
 517             {
 518               name = ResidueProperties.nucleotideName
 519                       .get(String.valueOf(residue));
 520               text.append(" Nucleotide: ")
 521                       .append(name != null ? name : residue);
 522             }
 523             else
 524             {
 525               name = 'X' == residue ? "X"
 526                       : ('*' == residue ? "STOP"
 527                               : ResidueProperties.aa2Triplet
 528                                       .get(String.valueOf(residue)));
 529               text.append(" Residue: ")
 530                       .append(name != null ? name : residue);
 531             }
 532             int residuePos = seqref.findPosition(column);
 533             text.append(" (").append(residuePos).append(")");
 534             // int residuePos = seqref.findPosition(column);
 535             // text.append(residue).append(" (")
 536             // .append(residuePos).append(")");
 537           }
 538         }
 539       }
 540
 541       ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());
 542     }
 543   }
 544
 545   @Override
 546   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 547   {
 548     ap.scalePanel.mouseEntered(evt);
 549   }
 550
 551   @Override
 552   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 553   {
 554     ap.scalePanel.mouseExited(evt);
 555   }
 556
 557   public int adjustPanelHeight()
 558   {
 559     return adjustPanelHeight(true);
 560   }
 561
 562   public int adjustPanelHeight(boolean repaint)
 563   {
 564     int height = av.calcPanelHeight();
 565     this.setSize(new Dimension(getSize().width, height));
 566     if (repaint)
 567     {
 568       repaint();
 569     }
 570     return height;
 571   }
 572
 573   /**
 574    * calculate the height for visible annotation, revalidating bounds where
 575    * necessary ABSTRACT GUI METHOD
 576    *
 577    * @return total height of annotation
 578    */
 579
 580   public void addEditableColumn(int i)
 581   {
 582     if (activeRow == -1)
 583     {
 584       AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 585       if (aa == null)
 586       {
 587         return;
 588       }
 589
 590       for (int j = 0; j < aa.length; j++)
 591       {
 592         if (aa[j].editable)
 593         {
 594           activeRow = j;
 595           break;
 596         }
 597       }
 598     }
 599   }
 600
 601   @Override
 602   public void update(Graphics g)
 603   {
 604     paint(g);
 605   }
 606
 607   @Override
 608   public void paint(Graphics g)
 609   {
 610     Dimension d = getSize();
 611     imgWidth = d.width;
 612     // (av.endRes - av.startRes + 1) * av.charWidth;
 613     if (imgWidth < 1 || d.height < 1)
 614     {
 615       return;
 616     }
 617     if (image == null || imgWidth != image.getWidth(this)
 618             || d.height != image.getHeight(this))
 619     {
 620       image = createImage(imgWidth, d.height);
 621       gg = image.getGraphics();
 622       gg.setFont(av.getFont());
 623       fm = gg.getFontMetrics();
 624       fastPaint = false;
 625     }
 626
 627     if (fastPaint)
 628     {
 629       g.drawImage(image, 0, 0, this);
 630       fastPaint = false;
 631       return;
 632     }
 633
 634     gg.setColor(Color.white);
 635     gg.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);
 636     drawComponent(gg, av.getRanges().getStartRes(),
 637             av.getRanges().getEndRes() + 1);
 638
 639     g.drawImage(image, 0, 0, this);
 640   }
 641
 642   public void fastPaint(int horizontal)
 643   {
 644     if (horizontal == 0 || gg == null
 645             || av.getAlignment().getAlignmentAnnotation() == null
 646             || av.getAlignment().getAlignmentAnnotation().length < 1)
 647     {
 648       repaint();
 649       return;
 650     }
 651
 652     gg.copyArea(0, 0, imgWidth, getSize().height,
 653             -horizontal * av.getCharWidth(), 0);
 654     int sr = av.getRanges().getStartRes(),
 655             er = av.getRanges().getEndRes() + 1, transX = 0;
 656
 657     if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left
 658     {
 659       transX = (er - sr - horizontal) * av.getCharWidth();
 660       sr = er - horizontal;
 661     }
 662     else if (horizontal < 0)
 663     {
 664       er = sr - horizontal;
 665     }
 666
 667     gg.translate(transX, 0);
 668
 669     drawComponent(gg, sr, er);
 670
 671     gg.translate(-transX, 0);
 672
 673     fastPaint = true;
 674     repaint();
 675   }
 676
 677   /**
 678    * DOCUMENT ME!
 679    *
 680    * @param g
 681    *          DOCUMENT ME!
 682    * @param startRes
 683    *          DOCUMENT ME!
 684    * @param endRes
 685    *          DOCUMENT ME!
 686    */
 687   public void drawComponent(Graphics g, int startRes, int endRes)
 688   {
 689     Font ofont = av.getFont();
 690     g.setFont(ofont);
 691
 692     g.setColor(Color.white);
 693     g.fillRect(0, 0, (endRes - startRes) * av.getCharWidth(),
 694             getSize().height);
 695
 696     if (fm == null)
 697     {
 698       fm = g.getFontMetrics();
 699     }
 700
 701     if ((av.getAlignment().getAlignmentAnnotation() == null)
 702             || (av.getAlignment().getAlignmentAnnotation().length < 1))
 703     {
 704       g.setColor(Color.white);
 705       g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);
 706       g.setColor(Color.black);
 707       if (av.validCharWidth)
 708       {
 709         g.drawString(MessageManager
 710                 .getString("label.alignment_has_no_annotations"), 20, 15);
 711       }
 712
 713       return;
 714     }
 715     g.translate(0, -scrollOffset);
 716     renderer.drawComponent(this, av, g, activeRow, startRes, endRes);
 717     g.translate(0, +scrollOffset);
 718   }
 719
 720   int scrollOffset = 0;
 721
 722   public void setScrollOffset(int value, boolean repaint)
 723   {
 724     scrollOffset = value;
 725     if (repaint)
 726     {
 727       repaint();
 728     }
 729   }
 730
 731   @Override
 732   public FontMetrics getFontMetrics()
 733   {
 734     return fm;
 735   }
 736
 737   @Override
 738   public Image getFadedImage()
 739   {
 740     return image;
 741   }
 742
 743   @Override
 744   public int getFadedImageWidth()
 745   {
 746     return imgWidth;
 747   }
 748
 749   private int[] bounds = new int[2];
 750
 751   @Override
 752   public int[] getVisibleVRange()
 753   {
 754     if (ap != null && ap.alabels != null)
 755     {
 756       int sOffset = -ap.alabels.scrollOffset;
 757       int visHeight = sOffset + ap.annotationPanelHolder.getHeight();
 758       bounds[0] = sOffset;
 759       bounds[1] = visHeight;
 760       return bounds;
 761     }
 762     else
 763     {
 764       return null;
 765     }
 766   }
 767
 768   @Override
 769   public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 770   {
 771     // Respond to viewport range changes (e.g. alignment panel was scrolled)
 772     // Both scrolling and resizing change viewport ranges: scrolling changes
 773     // both start and end points, but resize only changes end values.
 774     // Here we only want to fastpaint on a scroll, with resize using a normal
 775     // paint, so scroll events are identified as changes to the horizontal or
 776     // vertical start value.
 777     if (evt.getPropertyName().equals(ViewportRanges.STARTRES))
 778     {
 779       fastPaint((int) evt.getNewValue() - (int) evt.getOldValue());
 780     }
 781     else if (evt.getPropertyName().equals(ViewportRanges.STARTRESANDSEQ))
 782     {
 783       fastPaint(((int[]) evt.getNewValue())[0]
 784               - ((int[]) evt.getOldValue())[0]);
 785     }
 786     else if (evt.getPropertyName().equals(ViewportRanges.MOVE_VIEWPORT))
 787     {
 788       repaint();
 789     }
 790   }
 791 }