src/jalview/appletgui/AnnotationPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import java.awt.*;\r
  25 import java.awt.event.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 \r
  29 public class AnnotationPanel\r
  30     extends Panel implements AdjustmentListener\r
  31 {\r
  32   AlignViewport av;\r
  33   AlignmentPanel ap;\r
  34   int activeRow = -1;\r
  35 \r
  36   Vector activeRes;\r
  37   static String HELIX = "Helix";\r
  38   static String SHEET = "Sheet";\r
  39   static String LABEL = "Label";\r
  40   static String REMOVE = "Remove Annotation";\r
  41   static String COLOUR = "Colour";\r
  42   static Color HELIX_COLOUR = Color.red.darker();\r
  43   static Color SHEET_COLOUR = Color.green.darker().darker();\r
  44 \r
  45   Image image;\r
  46   Graphics gg;\r
  47   FontMetrics fm;\r
  48   int imgWidth = 0;\r
  49 \r
  50   boolean fastPaint = false;\r
  51 \r
  52   public static int GRAPH_HEIGHT = 40;\r
  53 \r
  54   boolean MAC = false;\r
  55 \r
  56   public AnnotationPanel(AlignmentPanel ap)\r
  57   {\r
  58     if (System.getProperty("os.name").startsWith("Mac"))\r
  59       MAC = true;\r
  60 \r
  61     this.ap = ap;\r
  62     av = ap.av;\r
  63     setLayout(null);\r
  64     adjustPanelHeight();\r
  65 \r
  66     addMouseMotionListener(new MouseMotionAdapter()\r
  67     {\r
  68       public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
  69       {\r
  70         doMouseMoved(evt);\r
  71       }\r
  72     });\r
  73 \r
  74     // ap.annotationScroller.getVAdjustable().addAdjustmentListener( this );\r
  75   }\r
  76 \r
  77 \r
  78   public AnnotationPanel(AlignViewport av)\r
  79   {\r
  80     this.av = av;\r
  81   }\r
  82 \r
  83 \r
  84   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
  85   {\r
  86     ap.alabels.setScrollOffset( -evt.getValue());\r
  87   }\r
  88 \r
  89   public int adjustPanelHeight()\r
  90   {\r
  91     // setHeight of panels\r
  92     AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
  93 \r
  94 \r
  95     int height = 0;\r
  96     if (aa != null)\r
  97     {\r
  98       for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
  99       {\r
 100         if (!aa[i].visible)\r
 101         {\r
 102           continue;\r
 103         }\r
 104 \r
 105         aa[i].height = 0;\r
 106 \r
 107         if (aa[i].hasText)\r
 108         {\r
 109           aa[i].height += av.charHeight;\r
 110         }\r
 111         if (aa[i].hasIcons)\r
 112         {\r
 113           aa[i].height += 16;\r
 114         }\r
 115 \r
 116         if (aa[i].graph>0)\r
 117         {\r
 118           aa[i].height += GRAPH_HEIGHT;\r
 119         }\r
 120 \r
 121         if (aa[i].height == 0)\r
 122         {\r
 123           aa[i].height = 20;\r
 124         }\r
 125         height += aa[i].height;\r
 126       }\r
 127     }\r
 128     else\r
 129     {\r
 130       height = 20;\r
 131     }\r
 132 \r
 133     this.setSize(getSize().width, height);\r
 134 \r
 135     repaint();\r
 136 \r
 137     return height;\r
 138 \r
 139   }\r
 140 \r
 141   public void addEditableColumn(int i)\r
 142   {\r
 143     if (activeRow == -1)\r
 144     {\r
 145       AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 146       if(aa ==null)\r
 147         return;\r
 148 \r
 149       for (int j = 0; j < aa.length; j++)\r
 150       {\r
 151         if (aa[j].editable)\r
 152         {\r
 153           activeRow = j;\r
 154           break;\r
 155         }\r
 156       }\r
 157     }\r
 158 \r
 159     if (activeRes == null)\r
 160     {\r
 161       activeRes = new Vector();\r
 162       activeRes.addElement(String.valueOf(i));\r
 163       return;\r
 164     }\r
 165 \r
 166     activeRes.addElement(String.valueOf(i));\r
 167   }\r
 168 \r
 169   public void doMouseMoved(MouseEvent evt)\r
 170   {\r
 171     AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 172     if (aa == null)\r
 173     {\r
 174       return;\r
 175     }\r
 176 \r
 177     int row = -1;\r
 178     int height = 0;\r
 179     for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 180     {\r
 181 \r
 182       if (aa[i].visible)\r
 183       {\r
 184         height += aa[i].height;\r
 185       }\r
 186 \r
 187       if (evt.getY() < height)\r
 188       {\r
 189         row = i;\r
 190         break;\r
 191       }\r
 192     }\r
 193 \r
 194     int res = evt.getX() / av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 195 \r
 196     if(av.hasHiddenColumns)\r
 197           res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 198 \r
 199     if (row > -1 && res < aa[row].annotations.length && aa[row].annotations[res] != null)\r
 200     {\r
 201       StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence position " + (res + 1) +\r
 202                                            "  " +\r
 203                                            aa[row].annotations[res].description);\r
 204       ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 205     }\r
 206   }\r
 207 \r
 208   public void update(Graphics g)\r
 209   {\r
 210     paint(g);\r
 211   }\r
 212 \r
 213   public void paint(Graphics g)\r
 214   {\r
 215 \r
 216     imgWidth = (av.endRes - av.startRes + 1) * av.charWidth;\r
 217 \r
 218     if (image == null || imgWidth != image.getWidth(this))\r
 219     {\r
 220       image = createImage(imgWidth, ap.annotationPanel.getSize().height);\r
 221       gg = image.getGraphics();\r
 222       gg.setFont(av.getFont());\r
 223       fm = gg.getFontMetrics();\r
 224       fastPaint = false;\r
 225     }\r
 226 \r
 227     if (fastPaint)\r
 228     {\r
 229       g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 230       fastPaint = false;\r
 231       return;\r
 232     }\r
 233 \r
 234     drawComponent(gg, av.startRes, av.endRes + 1);\r
 235     g.setColor(Color.white);\r
 236     g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);\r
 237     g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 238   }\r
 239 \r
 240   public void fastPaint(int horizontal)\r
 241   {\r
 242     if (horizontal == 0\r
 243         || av.alignment.getAlignmentAnnotation() == null\r
 244         || av.alignment.getAlignmentAnnotation().length < 1\r
 245         )\r
 246     {\r
 247       repaint();\r
 248       return;\r
 249     }\r
 250 \r
 251     gg.copyArea(0, 0, imgWidth, getSize().height, -horizontal * av.charWidth, 0);\r
 252     int sr = av.startRes, er = av.endRes + 1, transX = 0;\r
 253 \r
 254     if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left\r
 255     {\r
 256       transX = (er - sr - horizontal) * av.charWidth;\r
 257       sr = er - horizontal;\r
 258     }\r
 259     else if (horizontal < 0)\r
 260     {\r
 261       er = sr - horizontal;\r
 262     }\r
 263 \r
 264     gg.translate(transX, 0);\r
 265 \r
 266     drawComponent(gg, sr, er);\r
 267 \r
 268     gg.translate( -transX, 0);\r
 269 \r
 270     fastPaint = true;\r
 271     repaint();\r
 272   }\r
 273 \r
 274   /**\r
 275    * DOCUMENT ME!\r
 276    *\r
 277    * @param g DOCUMENT ME!\r
 278    * @param startRes DOCUMENT ME!\r
 279    * @param endRes DOCUMENT ME!\r
 280    */\r
 281   public void drawComponent(Graphics g, int startRes, int endRes)\r
 282   {\r
 283     g.setFont(av.getFont());\r
 284 \r
 285     if (fm == null)\r
 286       fm = g.getFontMetrics();\r
 287 \r
 288 \r
 289       g.setColor(Color.white);\r
 290       g.fillRect(0, 0, (endRes - startRes) * av.charWidth, getSize().height);\r
 291 \r
 292       if ((av.alignment.getAlignmentAnnotation() == null) ||\r
 293               (av.alignment.getAlignmentAnnotation().length < 1))\r
 294       {\r
 295           g.setColor(Color.white);\r
 296           g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);\r
 297           g.setColor(Color.black);\r
 298           if(av.validCharWidth)\r
 299             g.drawString("Alignment has no annotations", 20, 15);\r
 300 \r
 301           return;\r
 302       }\r
 303 \r
 304       AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 305 \r
 306       int x = 0;\r
 307       int y = 0;\r
 308       int column=0;\r
 309       char lastSS;\r
 310       int lastSSX;\r
 311       int iconOffset = av.charHeight / 2;\r
 312       boolean validRes = false;\r
 313 \r
 314       boolean [] graphGroupDrawn = new boolean[aa.length];\r
 315 \r
 316 \r
 317       //\u03B2 \u03B1\r
 318       for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 319       {\r
 320           AlignmentAnnotation row = aa[i];\r
 321 \r
 322           if (!row.visible)\r
 323           {\r
 324               continue;\r
 325           }\r
 326 \r
 327           lastSS = ' ';\r
 328           lastSSX = 0;\r
 329 \r
 330           if (row.graph>0)\r
 331           {\r
 332               if(row.graphGroup>-1 && graphGroupDrawn[ row.graphGroup ] )\r
 333                 continue;\r
 334 \r
 335               // this is so that we draw the characters below the graph\r
 336               y += row.height;\r
 337 \r
 338               if (row.hasText)\r
 339               {\r
 340                   y -= av.charHeight;\r
 341               }\r
 342           }\r
 343 \r
 344           if (row.hasText)\r
 345           {\r
 346               iconOffset = av.charHeight / 2;\r
 347           }\r
 348           else\r
 349           {\r
 350               iconOffset = 0;\r
 351           }\r
 352 \r
 353            x = 0;\r
 354           while(x < endRes-startRes)\r
 355           {\r
 356             if (av.hasHiddenColumns)\r
 357             {\r
 358               column = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(startRes+x);\r
 359               if (column > row.annotations.length-1)\r
 360               {\r
 361                 break;\r
 362               }\r
 363             }\r
 364             else\r
 365                 column = startRes+x;\r
 366 \r
 367               if ( (row.annotations.length <= column) ||\r
 368                   (row.annotations[column] == null))\r
 369               {\r
 370                 validRes = false;\r
 371               }\r
 372               else\r
 373               {\r
 374                 validRes = true;\r
 375               }\r
 376 \r
 377 \r
 378               if (av.validCharWidth && validRes &&\r
 379                         (row.annotations[column].displayCharacter.length() > 0))\r
 380               {\r
 381                 int charOffset = (av.charWidth -\r
 382                     fm.charWidth(row.annotations[column].displayCharacter.charAt(\r
 383                             0))) / 2;\r
 384                 g.setColor(row.annotations[column].colour);\r
 385 \r
 386                 if (column == 0 || row.graph>0)\r
 387                 {\r
 388                     g.drawString(row.annotations[column].displayCharacter,\r
 389                                 (x*av.charWidth)+charOffset,\r
 390                         y + iconOffset + 3);\r
 391                 }\r
 392                 else if (\r
 393                     row.annotations[column - 1] == null\r
 394                     ||(!row.annotations[column].displayCharacter.equals(\r
 395                         row.annotations[column - 1].displayCharacter)\r
 396                     ||\r
 397               (row.annotations[column].displayCharacter.length() <2 &&\r
 398                row.annotations[column].secondaryStructure==' ')))\r
 399                 {\r
 400                     g.drawString(row.annotations[column].displayCharacter,\r
 401                        (x*av.charWidth)+charOffset,\r
 402                         y + iconOffset + 3);\r
 403                     }\r
 404               }\r
 405 \r
 406               if (row.hasIcons)\r
 407               {\r
 408                   if (!validRes ||\r
 409                           (row.annotations[column].secondaryStructure != lastSS))\r
 410                   {\r
 411                       switch (lastSS)\r
 412                       {\r
 413                       case 'H':\r
 414                         g.setColor(HELIX_COLOUR);\r
 415                         if (MAC)\r
 416                         {\r
 417                           //Off by 1 offset when drawing rects and ovals\r
 418                           //to offscreen image on the MAC\r
 419                           g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,\r
 420                                           (x*av.charWidth) - lastSSX, 7, 8, 8);\r
 421                           break;\r
 422                         }\r
 423 \r
 424                         int sCol = (lastSSX / av.charWidth) + startRes;\r
 425                         int x1 = lastSSX;\r
 426                         int x2 = (x*av.charWidth);\r
 427 \r
 428                        if(sCol==0 ||\r
 429                           row.annotations[sCol-1]==null ||\r
 430                           row.annotations[sCol-1].secondaryStructure!='H')\r
 431                        {\r
 432                          g.fillArc(lastSSX, y+4+iconOffset, av.charWidth, 8, 90,180) ;\r
 433                          x1 += av.charWidth/2;\r
 434                        }\r
 435 \r
 436                         if(row.annotations[column]==null ||\r
 437                            row.annotations[column].secondaryStructure!='H')\r
 438                         {\r
 439                           g.fillArc((x*av.charWidth)-av.charWidth,\r
 440                                     y+4+iconOffset, av.charWidth, 8, 270,180);\r
 441                           x2 -= av.charWidth/2;\r
 442                         }\r
 443 \r
 444                         g.fillRect(x1, y+4+iconOffset, x2-x1, 8);\r
 445                             break;\r
 446 \r
 447                       case 'E':\r
 448                           g.setColor(SHEET_COLOUR);\r
 449                           g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,\r
 450                               (x*av.charWidth) - lastSSX - 4, 7);\r
 451                           g.fillPolygon(new int[] { (x*av.charWidth) - 4,\r
 452                                         (x*av.charWidth) - 4,\r
 453                                         (x*av.charWidth) },\r
 454                               new int[]\r
 455                               {\r
 456                                   y + iconOffset, y + 14 + iconOffset,\r
 457                                   y + 8 + iconOffset\r
 458                               }, 3);\r
 459 \r
 460                           break;\r
 461 \r
 462 \r
 463                       default:\r
 464                           g.setColor(Color.gray);\r
 465                           g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset,\r
 466                               (x*av.charWidth) - lastSSX, 2);\r
 467 \r
 468                           break;\r
 469                       }\r
 470 \r
 471                       if (validRes)\r
 472                       {\r
 473                           lastSS = row.annotations[column].secondaryStructure;\r
 474                       }\r
 475                       else\r
 476                       {\r
 477                           lastSS = ' ';\r
 478                       }\r
 479 \r
 480                       lastSSX = (x*av.charWidth);\r
 481                   }\r
 482               }\r
 483 \r
 484 \r
 485           column++;\r
 486           x++;\r
 487           }\r
 488 \r
 489           if(column>=row.annotations.length)\r
 490               column = row.annotations.length-1;\r
 491 \r
 492         //  x ++;\r
 493 \r
 494           if (row.hasIcons)\r
 495           {\r
 496             switch (lastSS)\r
 497             {\r
 498               case 'H':\r
 499                 g.setColor(HELIX_COLOUR);\r
 500                 if (MAC)\r
 501                 {\r
 502                   //Off by 1 offset when drawing rects and ovals\r
 503                   //to offscreen image on the MAC\r
 504                   g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,\r
 505                                   (x*av.charWidth) - lastSSX, 7, 8, 8);\r
 506                   break;\r
 507                 }\r
 508 \r
 509                 int sCol = (lastSSX / av.charWidth) + startRes;\r
 510                 int x1 = lastSSX;\r
 511                 int x2 = (x*av.charWidth);\r
 512 \r
 513                 if (sCol == 0 ||\r
 514                     row.annotations[sCol - 1] == null ||\r
 515                     row.annotations[sCol - 1].secondaryStructure != 'H')\r
 516                 {\r
 517                   g.fillArc(lastSSX, y + 4 + iconOffset, av.charWidth, 8, 90, 180);\r
 518                   x1 += av.charWidth / 2;\r
 519                 }\r
 520 \r
 521                 if (row.annotations[column] == null ||\r
 522                     row.annotations[column].secondaryStructure != 'H')\r
 523                 {\r
 524                   g.fillArc((x*av.charWidth) - av.charWidth,\r
 525                             y + 4 + iconOffset, av.charWidth, 8, 270,\r
 526                             180);\r
 527                   x2 -= av.charWidth / 2;\r
 528                 }\r
 529 \r
 530                 g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 8);\r
 531 \r
 532                 break;\r
 533 \r
 534               case 'E':\r
 535                 g.setColor(SHEET_COLOUR);\r
 536 \r
 537                 if (row.annotations[endRes] == null\r
 538                     || row.annotations[endRes].secondaryStructure != 'E')\r
 539                 {\r
 540                   g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,\r
 541                              (x*av.charWidth) - lastSSX - 4, 7);\r
 542                   g.fillPolygon(new int[]\r
 543                                 {(x*av.charWidth) - 4,\r
 544                                 (x*av.charWidth) - 4,\r
 545                                (x*av.charWidth)},\r
 546                                 new int[]\r
 547                                 {\r
 548                                 y + iconOffset, y + 14 + iconOffset,\r
 549                                 y + 7 + iconOffset\r
 550                   }, 3);\r
 551                 }\r
 552                 else\r
 553                  {\r
 554                    g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,\r
 555                               (x+1) * av.charWidth - lastSSX, 7);\r
 556                  }\r
 557                 break;\r
 558 \r
 559               default:\r
 560                 g.setColor(Color.gray);\r
 561                 if(!av.wrapAlignment || endRes==av.endRes)\r
 562                 g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset,\r
 563                            (x*av.charWidth) - lastSSX, 2);\r
 564 \r
 565                 break;\r
 566             }\r
 567           }\r
 568 \r
 569           if (row.graph>0)\r
 570           {\r
 571               if(row.graph == AlignmentAnnotation.LINE_GRAPH )\r
 572               {\r
 573                 if(row.graphGroup>-1 && !graphGroupDrawn[row.graphGroup])\r
 574                  {\r
 575                    float groupmax=-999999, groupmin=9999999;\r
 576                    for(int gg=0; gg<aa.length; gg++)\r
 577                    {\r
 578                      if(aa[gg].graphGroup!=row.graphGroup)\r
 579                        continue;\r
 580 \r
 581                      if(aa[gg]!=row)\r
 582                        aa[gg].visible = false;\r
 583 \r
 584                      if(aa[gg].graphMax>groupmax)\r
 585                        groupmax = aa[gg].graphMax;\r
 586                      if(aa[gg].graphMin<groupmin)\r
 587                        groupmin = aa[gg].graphMin;\r
 588                    }\r
 589 \r
 590                    for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)\r
 591                    {\r
 592                      if (aa[gg].graphGroup == row.graphGroup)\r
 593                      {\r
 594                        drawLineGraph(g, aa[gg], startRes, endRes, y,\r
 595                                      groupmin, groupmax,\r
 596                                      row.graphHeight);\r
 597                      }\r
 598                    }\r
 599 \r
 600                    graphGroupDrawn[ row.graphGroup ] = true;\r
 601                  }\r
 602                  else\r
 603                    drawLineGraph(g, row, startRes, endRes,\r
 604                                  y, row.graphMin, row.graphMax, row.graphHeight  );\r
 605               }\r
 606               else if(row.graph == AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH )\r
 607                  drawBarGraph(g, row, startRes, endRes,\r
 608                               row.graphMin, row.graphMax, y);\r
 609           }\r
 610 \r
 611           if (row.graph>0 && row.hasText)\r
 612           {\r
 613               y += av.charHeight;\r
 614           }\r
 615 \r
 616           if (row.graph==0)\r
 617           {\r
 618               y += aa[i].height;\r
 619           }\r
 620       }\r
 621   }\r
 622 \r
 623   public void drawLineGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation aa,\r
 624                             int sRes, int eRes,\r
 625                             int y,\r
 626                             float min, float max,\r
 627                             int graphHeight)\r
 628   {\r
 629     if(sRes>aa.annotations.length)\r
 630       return;\r
 631 \r
 632 \r
 633 \r
 634     int x = 0;\r
 635 \r
 636     //Adjustment for fastpaint to left\r
 637     if(eRes<av.endRes)\r
 638       eRes++;\r
 639 \r
 640     eRes = Math.min(eRes, aa.annotations.length);\r
 641 \r
 642 \r
 643     if(sRes==0)\r
 644     {\r
 645       sRes++;\r
 646       x+=av.charWidth;\r
 647     }\r
 648 \r
 649     int y1=y, y2=y;\r
 650     float range = max - min;\r
 651 \r
 652     ////Draw origin\r
 653     if(min<0)\r
 654       y2 = y - (int)((0-min / range)*graphHeight);\r
 655 \r
 656     g.setColor(Color.gray);\r
 657     g.drawLine(x-av.charWidth,y2,(eRes-sRes)*av.charWidth,y2);\r
 658 \r
 659     eRes = Math.min(eRes, aa.annotations.length);\r
 660 \r
 661     int column;\r
 662     int aaMax = aa.annotations.length-1;\r
 663 \r
 664     while( x < eRes - sRes )\r
 665     {\r
 666       column = sRes + x;\r
 667       if(av.hasHiddenColumns)\r
 668       {\r
 669         column = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(column);\r
 670       }\r
 671 \r
 672       if (column > aaMax)\r
 673       {\r
 674         break;\r
 675       }\r
 676 \r
 677       if(aa.annotations[column]==null || aa.annotations[column-1]==null)\r
 678       {\r
 679         x++;\r
 680         continue;\r
 681       }\r
 682 \r
 683         g.setColor(aa.annotations[column].colour);\r
 684         y1 = y - (int) (((aa.annotations[column-1].value-min) / range) * graphHeight);\r
 685         y2 = y - (int) (((aa.annotations[column].value-min) / range) * graphHeight);\r
 686 \r
 687         g.drawLine(x*av.charWidth-av.charWidth/2, y1, x*av.charWidth+av.charWidth/2, y2);\r
 688         x ++;\r
 689      }\r
 690 \r
 691      if(aa.threshold!=null)\r
 692      {\r
 693          g.setColor(aa.threshold.colour);\r
 694 \r
 695          y2 = (int)(y - ((aa.threshold.value-min) / range)*graphHeight);\r
 696          g.drawLine(0,y2,(eRes-sRes)*av.charWidth,y2);\r
 697     }\r
 698   }\r
 699 \r
 700   public void drawBarGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation aa,\r
 701                            int sRes, int eRes,\r
 702                            float min, float max,\r
 703                            int y)\r
 704   {\r
 705     if(sRes>aa.annotations.length)\r
 706       return;\r
 707 \r
 708     eRes = Math.min(eRes, aa.annotations.length);\r
 709 \r
 710     int x=0, y1=y, y2=y;\r
 711 \r
 712     float range = max - min;\r
 713 \r
 714     if(min<0)\r
 715       y2 = y - (int)((0-min / (range))*aa.graphHeight);\r
 716 \r
 717     g.setColor(Color.gray);\r
 718 \r
 719     g.drawLine(x,y2,(eRes-sRes)*av.charWidth,y2);\r
 720 \r
 721     int column;\r
 722     int aaMax = aa.annotations.length-1;\r
 723 \r
 724     while( x < eRes-sRes )\r
 725     {\r
 726       column = sRes + x;\r
 727       if(av.hasHiddenColumns)\r
 728       {\r
 729         column = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(column);\r
 730       }\r
 731 \r
 732       if(column > aaMax)\r
 733       {\r
 734           break;\r
 735       }\r
 736 \r
 737       if (aa.annotations[column] == null)\r
 738       {\r
 739         x ++;\r
 740         continue;\r
 741       }\r
 742 \r
 743         g.setColor(aa.annotations[column].colour);\r
 744         y1 = y - (int) (((aa.annotations[column].value-min) / (range)) * aa.graphHeight);\r
 745 \r
 746         if(y1-y2>0)\r
 747           g.fillRect(x*av.charWidth, y2, av.charWidth, y1-y2 );\r
 748         else\r
 749           g.fillRect(x*av.charWidth, y1, av.charWidth, y2-y1 );\r
 750 \r
 751         x ++ ;\r
 752 \r
 753     }\r
 754     if(aa.threshold!=null)\r
 755     {\r
 756         g.setColor(aa.threshold.colour);\r
 757         y2 = (int)(y - ((aa.threshold.value-min) / range)*aa.graphHeight);\r
 758         g.drawLine(0,y2,(eRes-sRes)*av.charWidth,y2);\r
 759       }\r
 760   }\r
 761 \r
 762   // used by overview window\r
 763   public void drawGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation aa, int width, int y, int sRes, int eRes)\r
 764   {\r
 765       g.setColor(Color.white);\r
 766       g.fillRect(0, 0, width, y);\r
 767       g.setColor(new Color(0, 0, 180));\r
 768 \r
 769       int x = 0, height;\r
 770 \r
 771       for (int j = sRes; j < eRes; j++)\r
 772       {\r
 773           g.setColor(aa.annotations[j].colour);\r
 774 \r
 775           height = (int) ((aa.annotations[j].value / aa.graphMax) * GRAPH_HEIGHT);\r
 776           if(height>y)\r
 777               height = y;\r
 778           g.fillRect(x, y - height, av.charWidth, height);\r
 779           x += av.charWidth;\r
 780       }\r
 781     }\r
 782 }\r