src/jalview/appletgui/AnnotationPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import java.awt.*;\r
  25 import java.awt.event.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 \r
  29 public class AnnotationPanel\r
  30     extends Panel\r
  31     implements AdjustmentListener, ActionListener, MouseListener, MouseMotionListener\r
  32 {\r
  33   AlignViewport av;\r
  34   AlignmentPanel ap;\r
  35   int activeRow = -1;\r
  36 \r
  37   Vector activeRes;\r
  38   static String HELIX = "Helix";\r
  39   static String SHEET = "Sheet";\r
  40   static String LABEL = "Label";\r
  41   static String REMOVE = "Remove Annotation";\r
  42   static String COLOUR = "Colour";\r
  43   static Color HELIX_COLOUR = Color.red.darker();\r
  44   static Color SHEET_COLOUR = Color.green.darker().darker();\r
  45 \r
  46   Image image;\r
  47   Graphics gg;\r
  48   FontMetrics fm;\r
  49   int imgWidth = 0;\r
  50 \r
  51   boolean fastPaint = false;\r
  52 \r
  53   public static int GRAPH_HEIGHT = 40;\r
  54 \r
  55   boolean MAC = false;\r
  56 \r
  57   public AnnotationPanel(AlignmentPanel ap)\r
  58   {\r
  59     if (System.getProperty("os.name").startsWith("Mac"))\r
  60     {\r
  61       MAC = true;\r
  62     }\r
  63 \r
  64     this.ap = ap;\r
  65     av = ap.av;\r
  66     setLayout(null);\r
  67     adjustPanelHeight();\r
  68 \r
  69     addMouseMotionListener(this);\r
  70 \r
  71     addMouseListener(this);\r
  72 \r
  73 \r
  74     // ap.annotationScroller.getVAdjustable().addAdjustmentListener( this );\r
  75   }\r
  76 \r
  77   public AnnotationPanel(AlignViewport av)\r
  78   {\r
  79     this.av = av;\r
  80   }\r
  81 \r
  82   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
  83   {\r
  84     ap.alabels.setScrollOffset( -evt.getValue());\r
  85   }\r
  86 \r
  87   /**\r
  88    * DOCUMENT ME!\r
  89    *\r
  90    * @param evt DOCUMENT ME!\r
  91    */\r
  92   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
  93   {\r
  94     AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
  95     Annotation[] anot = aa[activeRow].annotations;\r
  96 \r
  97     if (anot.length < av.getColumnSelection().getMax())\r
  98     {\r
  99       Annotation[] temp = new Annotation[av.getColumnSelection().getMax() + 2];\r
 100       System.arraycopy(anot, 0, temp, 0, anot.length);\r
 101       anot = temp;\r
 102       aa[activeRow].annotations = anot;\r
 103     }\r
 104 \r
 105     String label = "";\r
 106     if (av.colSel != null && av.colSel.size() > 0\r
 107         && anot[av.colSel.getMin()] != null)\r
 108       label = anot[av.getColumnSelection().getMin()].displayCharacter;\r
 109 \r
 110 \r
 111     if (evt.getActionCommand().equals(REMOVE))\r
 112     {\r
 113       for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().size(); i++)\r
 114       {\r
 115         anot[av.getColumnSelection().columnAt(i)] = null;\r
 116       }\r
 117     }\r
 118     else if (evt.getActionCommand().equals(LABEL))\r
 119     {\r
 120       label = enterLabel(label, "Enter Label");\r
 121 \r
 122       if (label == null)\r
 123       {\r
 124         return;\r
 125       }\r
 126 \r
 127       if ( (label.length() > 0) && !aa[activeRow].hasText)\r
 128       {\r
 129         aa[activeRow].hasText = true;\r
 130       }\r
 131 \r
 132       for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().size(); i++)\r
 133       {\r
 134         int index = av.getColumnSelection().columnAt(i);\r
 135 \r
 136         if(!av.colSel.isVisible(index))\r
 137           continue;\r
 138 \r
 139         if (anot[index] == null)\r
 140         {\r
 141           anot[index] = new Annotation(label, "", ' ', 0);\r
 142         }\r
 143 \r
 144         anot[index].displayCharacter = label;\r
 145       }\r
 146     }\r
 147     else if (evt.getActionCommand().equals(COLOUR))\r
 148     {\r
 149       UserDefinedColours udc = new UserDefinedColours(\r
 150           this,\r
 151          Color.black, ap.alignFrame);\r
 152 \r
 153       Color col = udc.getColor();\r
 154 \r
 155       for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().size(); i++)\r
 156       {\r
 157         int index = av.getColumnSelection().columnAt(i);\r
 158 \r
 159         if(!av.colSel.isVisible(index))\r
 160           continue;\r
 161 \r
 162         if (anot[index] == null)\r
 163         {\r
 164           anot[index] = new Annotation("", "", ' ', 0);\r
 165         }\r
 166 \r
 167         anot[index].colour = col;\r
 168       }\r
 169     }\r
 170     else // HELIX OR SHEET\r
 171     {\r
 172       char type = 0;\r
 173       String symbol = "\u03B1";\r
 174 \r
 175       if (evt.getActionCommand().equals(HELIX))\r
 176       {\r
 177         type = 'H';\r
 178       }\r
 179       else if (evt.getActionCommand().equals(SHEET))\r
 180       {\r
 181         type = 'E';\r
 182         symbol = "\u03B2";\r
 183       }\r
 184 \r
 185       if (!aa[activeRow].hasIcons)\r
 186       {\r
 187         aa[activeRow].hasIcons = true;\r
 188       }\r
 189 \r
 190       label = enterLabel(symbol, "Enter Label");\r
 191 \r
 192       if (label == null)\r
 193       {\r
 194         return;\r
 195       }\r
 196 \r
 197       if ( (label.length() > 0) && !aa[activeRow].hasText)\r
 198       {\r
 199         aa[activeRow].hasText = true;\r
 200       }\r
 201 \r
 202       for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().size(); i++)\r
 203       {\r
 204         int index = av.getColumnSelection().columnAt(i);\r
 205 \r
 206         if(!av.colSel.isVisible(index))\r
 207           continue;\r
 208 \r
 209         if (anot[index] == null)\r
 210         {\r
 211           anot[index] = new Annotation(label, "", type, 0);\r
 212         }\r
 213 \r
 214         anot[index].secondaryStructure = type;\r
 215         anot[index].displayCharacter = label;\r
 216       }\r
 217     }\r
 218 \r
 219     adjustPanelHeight();\r
 220     repaint();\r
 221 \r
 222     return;\r
 223   }\r
 224 \r
 225   String enterLabel(String text, String label)\r
 226   {\r
 227     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(text,null,label,null,\r
 228         ap.alignFrame,"Enter Label", 400,200);\r
 229 \r
 230     if(dialog.accept)\r
 231       return dialog.getName();\r
 232     else\r
 233       return null;\r
 234   }\r
 235 \r
 236   public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 237   {\r
 238       AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 239       if (aa == null)\r
 240       {\r
 241         return;\r
 242       }\r
 243 \r
 244       int height = 0;\r
 245       activeRow = -1;\r
 246 \r
 247 \r
 248       for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 249       {\r
 250         if (aa[i].visible)\r
 251         {\r
 252           height += aa[i].height;\r
 253         }\r
 254 \r
 255         if (evt.getY() < height)\r
 256         {\r
 257           if (aa[i].editable)\r
 258           {\r
 259             activeRow = i;\r
 260           }\r
 261 \r
 262           break;\r
 263         }\r
 264       }\r
 265 \r
 266       if ( (evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) ==\r
 267         InputEvent.BUTTON3_MASK  && activeRow != -1)\r
 268       {\r
 269         if (av.getColumnSelection() == null)\r
 270         {\r
 271           return;\r
 272         }\r
 273 \r
 274         PopupMenu pop = new PopupMenu("Structure type");\r
 275         MenuItem item = new MenuItem(HELIX);\r
 276         item.addActionListener(this);\r
 277         pop.add(item);\r
 278         item = new MenuItem(SHEET);\r
 279         item.addActionListener(this);\r
 280         pop.add(item);\r
 281         item = new MenuItem(LABEL);\r
 282         item.addActionListener(this);\r
 283         pop.add(item);\r
 284         item = new MenuItem(COLOUR);\r
 285         item.addActionListener(this);\r
 286         pop.add(item);\r
 287         item = new MenuItem(REMOVE);\r
 288         item.addActionListener(this);\r
 289         pop.add(item);\r
 290         ap.alignFrame.add(pop);\r
 291         pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 292 \r
 293         return;\r
 294       }\r
 295 \r
 296       if (aa == null)\r
 297       {\r
 298         return;\r
 299       }\r
 300 \r
 301       ap.scalePanel.mousePressed(evt);\r
 302   }\r
 303 \r
 304   public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 305   {\r
 306     ap.scalePanel.mouseReleased(evt);\r
 307   }\r
 308 \r
 309   public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
 310   {}\r
 311 \r
 312   public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 313   {\r
 314     ap.scalePanel.mouseDragged(evt);\r
 315   }\r
 316 \r
 317   public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 318   {\r
 319     AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 320     if (aa == null)\r
 321     {\r
 322       return;\r
 323     }\r
 324 \r
 325     int row = -1;\r
 326     int height = 0;\r
 327     for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 328     {\r
 329 \r
 330       if (aa[i].visible)\r
 331       {\r
 332         height += aa[i].height;\r
 333       }\r
 334 \r
 335       if (evt.getY() < height)\r
 336       {\r
 337         row = i;\r
 338         break;\r
 339       }\r
 340     }\r
 341 \r
 342     int res = evt.getX() / av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 343 \r
 344     if (av.hasHiddenColumns)\r
 345     {\r
 346       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 347     }\r
 348 \r
 349     if (row > -1 && res < aa[row].annotations.length && aa[row].annotations[res] != null)\r
 350     {\r
 351       StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence position " + (res + 1));\r
 352       if (aa[row].annotations[res].description != null)\r
 353       {\r
 354         text.append("  " + aa[row].annotations[res].description);\r
 355       }\r
 356       ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 357     }\r
 358   }\r
 359   public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
 360   {\r
 361     ap.scalePanel.mouseEntered(evt);\r
 362   }\r
 363   public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
 364   {\r
 365     ap.scalePanel.mouseExited(evt);\r
 366   }\r
 367 \r
 368 \r
 369   public int adjustPanelHeight()\r
 370   {\r
 371     // setHeight of panels\r
 372     AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 373 \r
 374     int height = 0;\r
 375     if (aa != null)\r
 376     {\r
 377       for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 378       {\r
 379         if (!aa[i].visible)\r
 380         {\r
 381           continue;\r
 382         }\r
 383 \r
 384         aa[i].height = 0;\r
 385 \r
 386         if (aa[i].hasText)\r
 387         {\r
 388           aa[i].height += av.charHeight;\r
 389         }\r
 390         if (aa[i].hasIcons)\r
 391         {\r
 392           aa[i].height += 16;\r
 393         }\r
 394 \r
 395         if (aa[i].graph > 0)\r
 396         {\r
 397           aa[i].height += GRAPH_HEIGHT;\r
 398         }\r
 399 \r
 400         if (aa[i].height == 0)\r
 401         {\r
 402           aa[i].height = 20;\r
 403         }\r
 404         height += aa[i].height;\r
 405       }\r
 406     }\r
 407     else\r
 408     {\r
 409       height = 20;\r
 410     }\r
 411 \r
 412     this.setSize(getSize().width, height);\r
 413 \r
 414     repaint();\r
 415 \r
 416     return height;\r
 417 \r
 418   }\r
 419 \r
 420   public void addEditableColumn(int i)\r
 421   {\r
 422     if (activeRow == -1)\r
 423     {\r
 424       AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 425       if (aa == null)\r
 426       {\r
 427         return;\r
 428       }\r
 429 \r
 430       for (int j = 0; j < aa.length; j++)\r
 431       {\r
 432         if (aa[j].editable)\r
 433         {\r
 434           activeRow = j;\r
 435           break;\r
 436         }\r
 437       }\r
 438     }\r
 439 \r
 440     if (activeRes == null)\r
 441     {\r
 442       activeRes = new Vector();\r
 443       activeRes.addElement(String.valueOf(i));\r
 444       return;\r
 445     }\r
 446 \r
 447     activeRes.addElement(String.valueOf(i));\r
 448   }\r
 449 \r
 450 \r
 451   public void update(Graphics g)\r
 452   {\r
 453     paint(g);\r
 454   }\r
 455 \r
 456   public void paint(Graphics g)\r
 457   {\r
 458 \r
 459     imgWidth = getSize().width;\r
 460     //(av.endRes - av.startRes + 1) * av.charWidth;\r
 461 \r
 462     if (image == null || imgWidth != image.getWidth(this))\r
 463     {\r
 464       image = createImage(imgWidth, ap.annotationPanel.getSize().height);\r
 465       gg = image.getGraphics();\r
 466       gg.setFont(av.getFont());\r
 467       fm = gg.getFontMetrics();\r
 468       fastPaint = false;\r
 469     }\r
 470 \r
 471     if (fastPaint)\r
 472     {\r
 473       g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 474       fastPaint = false;\r
 475       return;\r
 476     }\r
 477 \r
 478     gg.setColor(Color.white);\r
 479     gg.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);\r
 480     drawComponent(gg, av.startRes, av.endRes + 1);\r
 481 \r
 482     g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 483   }\r
 484 \r
 485   public void fastPaint(int horizontal)\r
 486   {\r
 487     if (horizontal == 0\r
 488         || av.alignment.getAlignmentAnnotation() == null\r
 489         || av.alignment.getAlignmentAnnotation().length < 1\r
 490         )\r
 491     {\r
 492       repaint();\r
 493       return;\r
 494     }\r
 495 \r
 496     gg.copyArea(0, 0, imgWidth, getSize().height, -horizontal * av.charWidth, 0);\r
 497     int sr = av.startRes, er = av.endRes + 1, transX = 0;\r
 498 \r
 499     if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left\r
 500     {\r
 501       transX = (er - sr - horizontal) * av.charWidth;\r
 502       sr = er - horizontal;\r
 503     }\r
 504     else if (horizontal < 0)\r
 505     {\r
 506       er = sr - horizontal;\r
 507     }\r
 508 \r
 509     gg.translate(transX, 0);\r
 510 \r
 511     drawComponent(gg, sr, er);\r
 512 \r
 513     gg.translate( -transX, 0);\r
 514 \r
 515     fastPaint = true;\r
 516     repaint();\r
 517   }\r
 518 \r
 519   /**\r
 520    * DOCUMENT ME!\r
 521    *\r
 522    * @param g DOCUMENT ME!\r
 523    * @param startRes DOCUMENT ME!\r
 524    * @param endRes DOCUMENT ME!\r
 525    */\r
 526   public void drawComponent(Graphics g, int startRes, int endRes)\r
 527   {\r
 528     g.setFont(av.getFont());\r
 529 \r
 530     g.setColor(Color.white);\r
 531     g.fillRect(0, 0, (endRes - startRes) * av.charWidth, getSize().height);\r
 532 \r
 533     if (fm == null)\r
 534     {\r
 535       fm = g.getFontMetrics();\r
 536     }\r
 537 \r
 538     if ( (av.alignment.getAlignmentAnnotation() == null) ||\r
 539         (av.alignment.getAlignmentAnnotation().length < 1))\r
 540     {\r
 541       g.setColor(Color.white);\r
 542       g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);\r
 543       g.setColor(Color.black);\r
 544       if (av.validCharWidth)\r
 545       {\r
 546         g.drawString("Alignment has no annotations", 20, 15);\r
 547       }\r
 548 \r
 549       return;\r
 550     }\r
 551 \r
 552     AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 553 \r
 554     int x = 0;\r
 555     int y = 0;\r
 556     int column = 0;\r
 557     char lastSS;\r
 558     int lastSSX;\r
 559     int iconOffset = av.charHeight / 2;\r
 560     boolean validRes = false;\r
 561 \r
 562     boolean[] graphGroupDrawn = new boolean[aa.length];\r
 563 \r
 564     //\u03B2 \u03B1\r
 565     for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 566     {\r
 567       AlignmentAnnotation row = aa[i];\r
 568 \r
 569       if (!row.visible)\r
 570       {\r
 571         continue;\r
 572       }\r
 573 \r
 574       lastSS = ' ';\r
 575       lastSSX = 0;\r
 576 \r
 577       if (row.graph > 0)\r
 578       {\r
 579         if (row.graphGroup > -1 && graphGroupDrawn[row.graphGroup])\r
 580         {\r
 581           continue;\r
 582         }\r
 583 \r
 584         // this is so that we draw the characters below the graph\r
 585         y += row.height;\r
 586 \r
 587         if (row.hasText)\r
 588         {\r
 589           y -= av.charHeight;\r
 590         }\r
 591       }\r
 592 \r
 593       if (row.hasText)\r
 594       {\r
 595         iconOffset = av.charHeight / 2;\r
 596       }\r
 597       else\r
 598       {\r
 599         iconOffset = 0;\r
 600       }\r
 601 \r
 602       x = 0;\r
 603       while (x < endRes - startRes)\r
 604       {\r
 605         if (av.hasHiddenColumns)\r
 606         {\r
 607           column = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(startRes + x);\r
 608           if (column > row.annotations.length - 1)\r
 609           {\r
 610             break;\r
 611           }\r
 612         }\r
 613         else\r
 614         {\r
 615           column = startRes + x;\r
 616         }\r
 617 \r
 618         if ( (row.annotations.length <= column) ||\r
 619             (row.annotations[column] == null))\r
 620         {\r
 621           validRes = false;\r
 622         }\r
 623         else\r
 624         {\r
 625           validRes = true;\r
 626         }\r
 627 \r
 628         if (activeRow == i)\r
 629         {\r
 630           g.setColor(Color.red);\r
 631 \r
 632           if (av.getColumnSelection() != null)\r
 633           {\r
 634             for (int n = 0; n < av.getColumnSelection().size(); n++)\r
 635             {\r
 636               int v = av.getColumnSelection().columnAt(n);\r
 637 \r
 638               if (v == column)\r
 639               {\r
 640                 g.fillRect(x * av.charWidth, y,\r
 641                            av.charWidth, av.charHeight);\r
 642               }\r
 643             }\r
 644           }\r
 645         }\r
 646 \r
 647 \r
 648 \r
 649         if (av.validCharWidth && validRes &&\r
 650             (row.annotations[column].displayCharacter.length() > 0))\r
 651         {\r
 652           int charOffset = (av.charWidth -\r
 653                             fm.charWidth(row.annotations[column].\r
 654                                          displayCharacter.charAt(\r
 655                                              0))) / 2;\r
 656 \r
 657           if (row.annotations[column].colour == null)\r
 658             g.setColor(Color.black);\r
 659           else\r
 660             g.setColor(row.annotations[column].colour);\r
 661 \r
 662           if (column == 0 || row.graph > 0)\r
 663           {\r
 664             g.drawString(row.annotations[column].displayCharacter,\r
 665                          (x * av.charWidth) + charOffset,\r
 666                          y + iconOffset + 3);\r
 667           }\r
 668           else if (\r
 669               row.annotations[column - 1] == null\r
 670               || (!row.annotations[column].displayCharacter.equals(\r
 671                   row.annotations[column - 1].displayCharacter)\r
 672                   ||\r
 673                   (row.annotations[column].displayCharacter.length() < 2 &&\r
 674                    row.annotations[column].secondaryStructure == ' ')))\r
 675           {\r
 676             g.drawString(row.annotations[column].displayCharacter,\r
 677                          (x * av.charWidth) + charOffset,\r
 678                          y + iconOffset + 3);\r
 679           }\r
 680         }\r
 681 \r
 682         if (row.hasIcons)\r
 683         {\r
 684           if (!validRes ||\r
 685               (row.annotations[column].secondaryStructure != lastSS))\r
 686           {\r
 687             switch (lastSS)\r
 688             {\r
 689               case 'H':\r
 690                 g.setColor(HELIX_COLOUR);\r
 691                 if (MAC)\r
 692                 {\r
 693                   //Off by 1 offset when drawing rects and ovals\r
 694                   //to offscreen image on the MAC\r
 695                   g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,\r
 696                                   (x * av.charWidth) - lastSSX, 7, 8, 8);\r
 697                   break;\r
 698                 }\r
 699 \r
 700                 int sCol = (lastSSX / av.charWidth) + startRes;\r
 701                 int x1 = lastSSX;\r
 702                 int x2 = (x * av.charWidth);\r
 703 \r
 704                 if (sCol == 0 ||\r
 705                     row.annotations[sCol - 1] == null ||\r
 706                     row.annotations[sCol - 1].secondaryStructure != 'H')\r
 707                 {\r
 708                   g.fillArc(lastSSX, y + 4 + iconOffset, av.charWidth, 8, 90,\r
 709                             180);\r
 710                   x1 += av.charWidth / 2;\r
 711                 }\r
 712 \r
 713                 if (row.annotations[column] == null ||\r
 714                     row.annotations[column].secondaryStructure != 'H')\r
 715                 {\r
 716                   g.fillArc( (x * av.charWidth) - av.charWidth,\r
 717                             y + 4 + iconOffset, av.charWidth, 8, 270, 180);\r
 718                   x2 -= av.charWidth / 2;\r
 719                 }\r
 720 \r
 721                 g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 8);\r
 722                 break;\r
 723 \r
 724               case 'E':\r
 725                 g.setColor(SHEET_COLOUR);\r
 726                 g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,\r
 727                            (x * av.charWidth) - lastSSX - 4, 7);\r
 728                 g.fillPolygon(new int[]\r
 729                               { (x * av.charWidth) - 4,\r
 730                               (x * av.charWidth) - 4,\r
 731                               (x * av.charWidth)},\r
 732                               new int[]\r
 733                               {\r
 734                               y + iconOffset, y + 14 + iconOffset,\r
 735                               y + 8 + iconOffset\r
 736                 }, 3);\r
 737 \r
 738                 break;\r
 739 \r
 740               default:\r
 741                 g.setColor(Color.gray);\r
 742                 g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset,\r
 743                            (x * av.charWidth) - lastSSX, 2);\r
 744 \r
 745                 break;\r
 746             }\r
 747 \r
 748             if (validRes)\r
 749             {\r
 750               lastSS = row.annotations[column].secondaryStructure;\r
 751             }\r
 752             else\r
 753             {\r
 754               lastSS = ' ';\r
 755             }\r
 756 \r
 757             lastSSX = (x * av.charWidth);\r
 758           }\r
 759         }\r
 760 \r
 761         column++;\r
 762         x++;\r
 763       }\r
 764 \r
 765       if (column >= row.annotations.length)\r
 766       {\r
 767         column = row.annotations.length - 1;\r
 768       }\r
 769 \r
 770       //  x ++;\r
 771 \r
 772       if (row.hasIcons)\r
 773       {\r
 774         switch (lastSS)\r
 775         {\r
 776           case 'H':\r
 777             g.setColor(HELIX_COLOUR);\r
 778             if (MAC)\r
 779             {\r
 780               //Off by 1 offset when drawing rects and ovals\r
 781               //to offscreen image on the MAC\r
 782               g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,\r
 783                               (x * av.charWidth) - lastSSX, 7, 8, 8);\r
 784               break;\r
 785             }\r
 786 \r
 787             int sCol = (lastSSX / av.charWidth) + startRes;\r
 788             int x1 = lastSSX;\r
 789             int x2 = (x * av.charWidth);\r
 790 \r
 791             if (sCol == 0 ||\r
 792                 row.annotations[sCol - 1] == null ||\r
 793                 row.annotations[sCol - 1].secondaryStructure != 'H')\r
 794             {\r
 795               g.fillArc(lastSSX, y + 4 + iconOffset, av.charWidth, 8, 90, 180);\r
 796               x1 += av.charWidth / 2;\r
 797             }\r
 798 \r
 799             if (row.annotations[column] == null ||\r
 800                 row.annotations[column].secondaryStructure != 'H')\r
 801             {\r
 802               g.fillArc( (x * av.charWidth) - av.charWidth,\r
 803                         y + 4 + iconOffset, av.charWidth, 8, 270,\r
 804                         180);\r
 805               x2 -= av.charWidth / 2;\r
 806             }\r
 807 \r
 808             g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 8);\r
 809 \r
 810             break;\r
 811 \r
 812           case 'E':\r
 813             g.setColor(SHEET_COLOUR);\r
 814 \r
 815             if (row.annotations[endRes] == null\r
 816                 || row.annotations[endRes].secondaryStructure != 'E')\r
 817             {\r
 818               g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,\r
 819                          (x * av.charWidth) - lastSSX - 4, 7);\r
 820               g.fillPolygon(new int[]\r
 821                             { (x * av.charWidth) - 4,\r
 822                             (x * av.charWidth) - 4,\r
 823                             (x * av.charWidth)},\r
 824                             new int[]\r
 825                             {\r
 826                             y + iconOffset, y + 14 + iconOffset,\r
 827                             y + 7 + iconOffset\r
 828               }, 3);\r
 829             }\r
 830             else\r
 831             {\r
 832               g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,\r
 833                          x * av.charWidth - lastSSX, 7);\r
 834             }\r
 835             break;\r
 836 \r
 837           default:\r
 838             g.setColor(Color.gray);\r
 839             if (!av.wrapAlignment || endRes == av.endRes)\r
 840             {\r
 841               g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset,\r
 842                          (x * av.charWidth) - lastSSX, 2);\r
 843             }\r
 844 \r
 845             break;\r
 846         }\r
 847       }\r
 848 \r
 849       if (row.graph > 0)\r
 850       {\r
 851         if (row.graph == AlignmentAnnotation.LINE_GRAPH)\r
 852         {\r
 853           if (row.graphGroup > -1 && !graphGroupDrawn[row.graphGroup])\r
 854           {\r
 855             float groupmax = -999999, groupmin = 9999999;\r
 856             for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)\r
 857             {\r
 858               if (aa[gg].graphGroup != row.graphGroup)\r
 859               {\r
 860                 continue;\r
 861               }\r
 862 \r
 863               if (aa[gg] != row)\r
 864               {\r
 865                 aa[gg].visible = false;\r
 866               }\r
 867 \r
 868               if (aa[gg].graphMax > groupmax)\r
 869               {\r
 870                 groupmax = aa[gg].graphMax;\r
 871               }\r
 872               if (aa[gg].graphMin < groupmin)\r
 873               {\r
 874                 groupmin = aa[gg].graphMin;\r
 875               }\r
 876             }\r
 877 \r
 878             for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)\r
 879             {\r
 880               if (aa[gg].graphGroup == row.graphGroup)\r
 881               {\r
 882                 drawLineGraph(g, aa[gg], startRes, endRes, y,\r
 883                               groupmin, groupmax,\r
 884                               row.graphHeight);\r
 885               }\r
 886             }\r
 887 \r
 888             graphGroupDrawn[row.graphGroup] = true;\r
 889           }\r
 890           else\r
 891           {\r
 892             drawLineGraph(g, row, startRes, endRes,\r
 893                           y, row.graphMin, row.graphMax, row.graphHeight);\r
 894           }\r
 895         }\r
 896         else if (row.graph == AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH)\r
 897         {\r
 898           drawBarGraph(g, row, startRes, endRes,\r
 899                        row.graphMin, row.graphMax, y);\r
 900         }\r
 901       }\r
 902 \r
 903       if (row.graph > 0 && row.hasText)\r
 904       {\r
 905         y += av.charHeight;\r
 906       }\r
 907 \r
 908       if (row.graph == 0)\r
 909       {\r
 910         y += aa[i].height;\r
 911       }\r
 912     }\r
 913   }\r
 914 \r
 915   public void drawLineGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation aa,\r
 916                             int sRes, int eRes,\r
 917                             int y,\r
 918                             float min, float max,\r
 919                             int graphHeight)\r
 920   {\r
 921     if (sRes > aa.annotations.length)\r
 922     {\r
 923       return;\r
 924     }\r
 925 \r
 926     int x = 0;\r
 927 \r
 928     //Adjustment for fastpaint to left\r
 929     if (eRes < av.endRes)\r
 930     {\r
 931       eRes++;\r
 932     }\r
 933 \r
 934     eRes = Math.min(eRes, aa.annotations.length);\r
 935 \r
 936     if (sRes == 0)\r
 937     {\r
 938       sRes++;\r
 939       x += av.charWidth;\r
 940     }\r
 941 \r
 942     int y1 = y, y2 = y;\r
 943     float range = max - min;\r
 944 \r
 945     ////Draw origin\r
 946     if (min < 0)\r
 947     {\r
 948       y2 = y - (int) ( (0 - min / range) * graphHeight);\r
 949     }\r
 950 \r
 951     g.setColor(Color.gray);\r
 952     g.drawLine(x - av.charWidth, y2, (eRes - sRes) * av.charWidth, y2);\r
 953 \r
 954     eRes = Math.min(eRes, aa.annotations.length);\r
 955 \r
 956     int column;\r
 957     int aaMax = aa.annotations.length - 1;\r
 958 \r
 959     while (x < eRes - sRes)\r
 960     {\r
 961       column = sRes + x;\r
 962       if (av.hasHiddenColumns)\r
 963       {\r
 964         column = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(column);\r
 965       }\r
 966 \r
 967       if (column > aaMax)\r
 968       {\r
 969         break;\r
 970       }\r
 971 \r
 972       if (aa.annotations[column] == null || aa.annotations[column - 1] == null)\r
 973       {\r
 974         x++;\r
 975         continue;\r
 976       }\r
 977 \r
 978       if (aa.annotations[column].colour == null)\r
 979         g.setColor(Color.black);\r
 980       else\r
 981         g.setColor(aa.annotations[column].colour);\r
 982 \r
 983       y1 = y -\r
 984           (int) ( ( (aa.annotations[column - 1].value - min) / range) * graphHeight);\r
 985       y2 = y -\r
 986           (int) ( ( (aa.annotations[column].value - min) / range) * graphHeight);\r
 987 \r
 988       g.drawLine(x * av.charWidth - av.charWidth / 2, y1,\r
 989                  x * av.charWidth + av.charWidth / 2, y2);\r
 990       x++;\r
 991     }\r
 992 \r
 993     if (aa.threshold != null)\r
 994     {\r
 995       g.setColor(aa.threshold.colour);\r
 996 \r
 997       y2 = (int) (y - ( (aa.threshold.value - min) / range) * graphHeight);\r
 998       g.drawLine(0, y2, (eRes - sRes) * av.charWidth, y2);\r
 999     }\r
1000   }\r
1001 \r
1002   public void drawBarGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation aa,\r
1003                            int sRes, int eRes,\r
1004                            float min, float max,\r
1005                            int y)\r
1006   {\r
1007     if (sRes > aa.annotations.length)\r
1008     {\r
1009       return;\r
1010     }\r
1011 \r
1012     eRes = Math.min(eRes, aa.annotations.length);\r
1013 \r
1014     int x = 0, y1 = y, y2 = y;\r
1015 \r
1016     float range = max - min;\r
1017 \r
1018     if (min < 0)\r
1019     {\r
1020       y2 = y - (int) ( (0 - min / (range)) * aa.graphHeight);\r
1021     }\r
1022 \r
1023     g.setColor(Color.gray);\r
1024 \r
1025     g.drawLine(x, y2, (eRes - sRes) * av.charWidth, y2);\r
1026 \r
1027     int column;\r
1028     int aaMax = aa.annotations.length - 1;\r
1029 \r
1030     while (x < eRes - sRes)\r
1031     {\r
1032       column = sRes + x;\r
1033       if (av.hasHiddenColumns)\r
1034       {\r
1035         column = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(column);\r
1036       }\r
1037 \r
1038       if (column > aaMax)\r
1039       {\r
1040         break;\r
1041       }\r
1042 \r
1043       if (aa.annotations[column] == null)\r
1044       {\r
1045         x++;\r
1046         continue;\r
1047       }\r
1048 \r
1049       if (aa.annotations[column].colour == null)\r
1050         g.setColor(Color.black);\r
1051       else\r
1052         g.setColor(aa.annotations[column].colour);\r
1053 \r
1054       y1 = y -\r
1055           (int) ( ( (aa.annotations[column].value - min) / (range)) * aa.graphHeight);\r
1056 \r
1057       if (y1 - y2 > 0)\r
1058       {\r
1059         g.fillRect(x * av.charWidth, y2, av.charWidth, y1 - y2);\r
1060       }\r
1061       else\r
1062       {\r
1063         g.fillRect(x * av.charWidth, y1, av.charWidth, y2 - y1);\r
1064       }\r
1065 \r
1066       x++;\r
1067 \r
1068     }\r
1069     if (aa.threshold != null)\r
1070     {\r
1071       g.setColor(aa.threshold.colour);\r
1072       y2 = (int) (y - ( (aa.threshold.value - min) / range) * aa.graphHeight);\r
1073       g.drawLine(0, y2, (eRes - sRes) * av.charWidth, y2);\r
1074     }\r
1075   }\r
1076 \r
1077   // used by overview window\r
1078   public void drawGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation aa, int width, int y,\r
1079                         int sRes, int eRes)\r
1080   {\r
1081     g.setColor(Color.white);\r
1082     g.fillRect(0, 0, width, y);\r
1083     g.setColor(new Color(0, 0, 180));\r
1084 \r
1085     int x = 0, height;\r
1086 \r
1087     for (int j = sRes; j < eRes; j++)\r
1088     {\r
1089       if (aa.annotations[j].colour == null)\r
1090         g.setColor(Color.black);\r
1091       else\r
1092         g.setColor(aa.annotations[j].colour);\r
1093 \r
1094       height = (int) ( (aa.annotations[j].value / aa.graphMax) * GRAPH_HEIGHT);\r
1095       if (height > y)\r
1096       {\r
1097         height = y;\r
1098       }\r
1099       g.fillRect(x, y - height, av.charWidth, height);\r
1100       x += av.charWidth;\r
1101     }\r
1102   }\r
1103 }\r