src/jalview/appletgui/AnnotationPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import java.awt.*;\r
  25 import java.awt.event.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 \r
  29 public class AnnotationPanel\r
  30     extends Panel implements AdjustmentListener\r
  31 {\r
  32   AlignViewport av;\r
  33   AlignmentPanel ap;\r
  34   int activeRow = -1;\r
  35 \r
  36   Vector activeRes;\r
  37   static String HELIX = "Helix";\r
  38   static String SHEET = "Sheet";\r
  39   static String LABEL = "Label";\r
  40   static String REMOVE = "Remove Annotation";\r
  41   static String COLOUR = "Colour";\r
  42   static Color HELIX_COLOUR = Color.red.darker();\r
  43   static Color SHEET_COLOUR = Color.green.darker().darker();\r
  44 \r
  45   Image image;\r
  46   Graphics gg;\r
  47   FontMetrics fm;\r
  48   int imgWidth = 0;\r
  49 \r
  50   boolean fastPaint = false;\r
  51 \r
  52   public static int GRAPH_HEIGHT = 40;\r
  53 \r
  54   boolean MAC = false;\r
  55 \r
  56   public AnnotationPanel(AlignmentPanel ap)\r
  57   {\r
  58     if (System.getProperty("os.name").startsWith("Mac"))\r
  59       MAC = true;\r
  60 \r
  61     this.ap = ap;\r
  62     av = ap.av;\r
  63     setLayout(null);\r
  64     adjustPanelHeight();\r
  65 \r
  66     addMouseMotionListener(new MouseMotionAdapter()\r
  67     {\r
  68       public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
  69       {\r
  70         doMouseMoved(evt);\r
  71       }\r
  72     });\r
  73 \r
  74     // ap.annotationScroller.getVAdjustable().addAdjustmentListener( this );\r
  75   }\r
  76 \r
  77 \r
  78   public AnnotationPanel(AlignViewport av)\r
  79   {\r
  80     this.av = av;\r
  81   }\r
  82 \r
  83 \r
  84   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
  85   {\r
  86     ap.alabels.setScrollOffset( -evt.getValue());\r
  87   }\r
  88 \r
  89   public int adjustPanelHeight()\r
  90   {\r
  91     // setHeight of panels\r
  92     AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
  93 \r
  94 \r
  95     int height = 0;\r
  96     if (aa != null)\r
  97     {\r
  98       for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
  99       {\r
 100         if (!aa[i].visible)\r
 101         {\r
 102           continue;\r
 103         }\r
 104 \r
 105         aa[i].height = 0;\r
 106 \r
 107         if (aa[i].hasText)\r
 108         {\r
 109           aa[i].height += av.charHeight;\r
 110         }\r
 111         if (aa[i].hasIcons)\r
 112         {\r
 113           aa[i].height += 16;\r
 114         }\r
 115 \r
 116         if (aa[i].graph>0)\r
 117         {\r
 118           aa[i].height += GRAPH_HEIGHT;\r
 119         }\r
 120 \r
 121         if (aa[i].height == 0)\r
 122         {\r
 123           aa[i].height = 20;\r
 124         }\r
 125         height += aa[i].height;\r
 126       }\r
 127     }\r
 128     else\r
 129     {\r
 130       height = 20;\r
 131     }\r
 132 \r
 133     this.setSize(getSize().width, height);\r
 134 \r
 135     repaint();\r
 136 \r
 137     return height;\r
 138 \r
 139   }\r
 140 \r
 141   public void addEditableColumn(int i)\r
 142   {\r
 143     if (activeRow == -1)\r
 144     {\r
 145       AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 146       if(aa ==null)\r
 147         return;\r
 148 \r
 149       for (int j = 0; j < aa.length; j++)\r
 150       {\r
 151         if (aa[j].editable)\r
 152         {\r
 153           activeRow = j;\r
 154           break;\r
 155         }\r
 156       }\r
 157     }\r
 158 \r
 159     if (activeRes == null)\r
 160     {\r
 161       activeRes = new Vector();\r
 162       activeRes.addElement(String.valueOf(i));\r
 163       return;\r
 164     }\r
 165 \r
 166     activeRes.addElement(String.valueOf(i));\r
 167   }\r
 168 \r
 169   public void doMouseMoved(MouseEvent evt)\r
 170   {\r
 171     AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 172     if (aa == null)\r
 173     {\r
 174       return;\r
 175     }\r
 176 \r
 177     int row = -1;\r
 178     int height = 0;\r
 179     for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 180     {\r
 181 \r
 182       if (aa[i].visible)\r
 183       {\r
 184         height += aa[i].height;\r
 185       }\r
 186 \r
 187       if (evt.getY() < height)\r
 188       {\r
 189         row = i;\r
 190         break;\r
 191       }\r
 192     }\r
 193 \r
 194     int res = evt.getX() / av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 195 \r
 196     if(av.hasHiddenColumns)\r
 197           res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 198 \r
 199         if (row > -1 && res < aa[row].annotations.length && aa[row].annotations[res] != null)\r
 200         {\r
 201           StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence position " + (res + 1));\r
 202           if (aa[row].annotations[res].description != null)\r
 203             text.append("  " + aa[row].annotations[res].description);\r
 204           ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 205         }\r
 206   }\r
 207 \r
 208   public void update(Graphics g)\r
 209   {\r
 210     paint(g);\r
 211   }\r
 212 \r
 213   public void paint(Graphics g)\r
 214   {\r
 215 \r
 216     imgWidth = getSize().width;\r
 217         //(av.endRes - av.startRes + 1) * av.charWidth;\r
 218 \r
 219     if (image == null || imgWidth != image.getWidth(this))\r
 220     {\r
 221       image = createImage(imgWidth, ap.annotationPanel.getSize().height);\r
 222       gg = image.getGraphics();\r
 223       gg.setFont(av.getFont());\r
 224       fm = gg.getFontMetrics();\r
 225       fastPaint = false;\r
 226     }\r
 227 \r
 228     if (fastPaint)\r
 229     {\r
 230       g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 231       fastPaint = false;\r
 232       return;\r
 233     }\r
 234 \r
 235     drawComponent(gg, av.startRes, av.endRes + 1);\r
 236     g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 237   }\r
 238 \r
 239   public void fastPaint(int horizontal)\r
 240   {\r
 241     if (horizontal == 0\r
 242         || av.alignment.getAlignmentAnnotation() == null\r
 243         || av.alignment.getAlignmentAnnotation().length < 1\r
 244         )\r
 245     {\r
 246       repaint();\r
 247       return;\r
 248     }\r
 249 \r
 250     gg.copyArea(0, 0, imgWidth, getSize().height, -horizontal * av.charWidth, 0);\r
 251     int sr = av.startRes, er = av.endRes + 1, transX = 0;\r
 252 \r
 253     if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left\r
 254     {\r
 255       transX = (er - sr - horizontal) * av.charWidth;\r
 256       sr = er - horizontal;\r
 257     }\r
 258     else if (horizontal < 0)\r
 259     {\r
 260       er = sr - horizontal;\r
 261     }\r
 262 \r
 263     gg.translate(transX, 0);\r
 264 \r
 265     drawComponent(gg, sr, er);\r
 266 \r
 267     gg.translate( -transX, 0);\r
 268 \r
 269     fastPaint = true;\r
 270     repaint();\r
 271   }\r
 272 \r
 273   /**\r
 274    * DOCUMENT ME!\r
 275    *\r
 276    * @param g DOCUMENT ME!\r
 277    * @param startRes DOCUMENT ME!\r
 278    * @param endRes DOCUMENT ME!\r
 279    */\r
 280   public void drawComponent(Graphics g, int startRes, int endRes)\r
 281   {\r
 282     g.setFont(av.getFont());\r
 283 \r
 284     if (fm == null)\r
 285       fm = g.getFontMetrics();\r
 286 \r
 287 \r
 288       g.setColor(Color.white);\r
 289       g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);\r
 290 \r
 291       if ((av.alignment.getAlignmentAnnotation() == null) ||\r
 292               (av.alignment.getAlignmentAnnotation().length < 1))\r
 293       {\r
 294           g.setColor(Color.white);\r
 295           g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);\r
 296           g.setColor(Color.black);\r
 297           if(av.validCharWidth)\r
 298             g.drawString("Alignment has no annotations", 20, 15);\r
 299 \r
 300           return;\r
 301       }\r
 302 \r
 303       AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 304 \r
 305       int x = 0;\r
 306       int y = 0;\r
 307       int column=0;\r
 308       char lastSS;\r
 309       int lastSSX;\r
 310       int iconOffset = av.charHeight / 2;\r
 311       boolean validRes = false;\r
 312 \r
 313       boolean [] graphGroupDrawn = new boolean[aa.length];\r
 314 \r
 315 \r
 316       //\u03B2 \u03B1\r
 317       for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 318       {\r
 319           AlignmentAnnotation row = aa[i];\r
 320 \r
 321           if (!row.visible)\r
 322           {\r
 323               continue;\r
 324           }\r
 325 \r
 326           lastSS = ' ';\r
 327           lastSSX = 0;\r
 328 \r
 329           if (row.graph>0)\r
 330           {\r
 331               if(row.graphGroup>-1 && graphGroupDrawn[ row.graphGroup ] )\r
 332                 continue;\r
 333 \r
 334               // this is so that we draw the characters below the graph\r
 335               y += row.height;\r
 336 \r
 337               if (row.hasText)\r
 338               {\r
 339                   y -= av.charHeight;\r
 340               }\r
 341           }\r
 342 \r
 343           if (row.hasText)\r
 344           {\r
 345               iconOffset = av.charHeight / 2;\r
 346           }\r
 347           else\r
 348           {\r
 349               iconOffset = 0;\r
 350           }\r
 351 \r
 352            x = 0;\r
 353           while(x < endRes-startRes)\r
 354           {\r
 355             if (av.hasHiddenColumns)\r
 356             {\r
 357               column = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(startRes+x);\r
 358               if (column > row.annotations.length-1)\r
 359               {\r
 360                 break;\r
 361               }\r
 362             }\r
 363             else\r
 364                 column = startRes+x;\r
 365 \r
 366               if ( (row.annotations.length <= column) ||\r
 367                   (row.annotations[column] == null))\r
 368               {\r
 369                 validRes = false;\r
 370               }\r
 371               else\r
 372               {\r
 373                 validRes = true;\r
 374               }\r
 375 \r
 376 \r
 377               if (av.validCharWidth && validRes &&\r
 378                         (row.annotations[column].displayCharacter.length() > 0))\r
 379               {\r
 380                 int charOffset = (av.charWidth -\r
 381                     fm.charWidth(row.annotations[column].displayCharacter.charAt(\r
 382                             0))) / 2;\r
 383                 g.setColor(row.annotations[column].colour);\r
 384 \r
 385                 if (column == 0 || row.graph>0)\r
 386                 {\r
 387                     g.drawString(row.annotations[column].displayCharacter,\r
 388                                 (x*av.charWidth)+charOffset,\r
 389                         y + iconOffset + 3);\r
 390                 }\r
 391                 else if (\r
 392                     row.annotations[column - 1] == null\r
 393                     ||(!row.annotations[column].displayCharacter.equals(\r
 394                         row.annotations[column - 1].displayCharacter)\r
 395                     ||\r
 396               (row.annotations[column].displayCharacter.length() <2 &&\r
 397                row.annotations[column].secondaryStructure==' ')))\r
 398                 {\r
 399                     g.drawString(row.annotations[column].displayCharacter,\r
 400                        (x*av.charWidth)+charOffset,\r
 401                         y + iconOffset + 3);\r
 402                     }\r
 403               }\r
 404 \r
 405               if (row.hasIcons)\r
 406               {\r
 407                   if (!validRes ||\r
 408                           (row.annotations[column].secondaryStructure != lastSS))\r
 409                   {\r
 410                       switch (lastSS)\r
 411                       {\r
 412                       case 'H':\r
 413                         g.setColor(HELIX_COLOUR);\r
 414                         if (MAC)\r
 415                         {\r
 416                           //Off by 1 offset when drawing rects and ovals\r
 417                           //to offscreen image on the MAC\r
 418                           g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,\r
 419                                           (x*av.charWidth) - lastSSX, 7, 8, 8);\r
 420                           break;\r
 421                         }\r
 422 \r
 423                         int sCol = (lastSSX / av.charWidth) + startRes;\r
 424                         int x1 = lastSSX;\r
 425                         int x2 = (x*av.charWidth);\r
 426 \r
 427                        if(sCol==0 ||\r
 428                           row.annotations[sCol-1]==null ||\r
 429                           row.annotations[sCol-1].secondaryStructure!='H')\r
 430                        {\r
 431                          g.fillArc(lastSSX, y+4+iconOffset, av.charWidth, 8, 90,180) ;\r
 432                          x1 += av.charWidth/2;\r
 433                        }\r
 434 \r
 435                         if(row.annotations[column]==null ||\r
 436                            row.annotations[column].secondaryStructure!='H')\r
 437                         {\r
 438                           g.fillArc((x*av.charWidth)-av.charWidth,\r
 439                                     y+4+iconOffset, av.charWidth, 8, 270,180);\r
 440                           x2 -= av.charWidth/2;\r
 441                         }\r
 442 \r
 443                         g.fillRect(x1, y+4+iconOffset, x2-x1, 8);\r
 444                             break;\r
 445 \r
 446                       case 'E':\r
 447                           g.setColor(SHEET_COLOUR);\r
 448                           g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,\r
 449                               (x*av.charWidth) - lastSSX - 4, 7);\r
 450                           g.fillPolygon(new int[] { (x*av.charWidth) - 4,\r
 451                                         (x*av.charWidth) - 4,\r
 452                                         (x*av.charWidth) },\r
 453                               new int[]\r
 454                               {\r
 455                                   y + iconOffset, y + 14 + iconOffset,\r
 456                                   y + 8 + iconOffset\r
 457                               }, 3);\r
 458 \r
 459                           break;\r
 460 \r
 461 \r
 462                       default:\r
 463                           g.setColor(Color.gray);\r
 464                           g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset,\r
 465                               (x*av.charWidth) - lastSSX, 2);\r
 466 \r
 467                           break;\r
 468                       }\r
 469 \r
 470                       if (validRes)\r
 471                       {\r
 472                           lastSS = row.annotations[column].secondaryStructure;\r
 473                       }\r
 474                       else\r
 475                       {\r
 476                           lastSS = ' ';\r
 477                       }\r
 478 \r
 479                       lastSSX = (x*av.charWidth);\r
 480                   }\r
 481               }\r
 482 \r
 483 \r
 484           column++;\r
 485           x++;\r
 486           }\r
 487 \r
 488           if(column>=row.annotations.length)\r
 489               column = row.annotations.length-1;\r
 490 \r
 491         //  x ++;\r
 492 \r
 493           if (row.hasIcons)\r
 494           {\r
 495             switch (lastSS)\r
 496             {\r
 497               case 'H':\r
 498                 g.setColor(HELIX_COLOUR);\r
 499                 if (MAC)\r
 500                 {\r
 501                   //Off by 1 offset when drawing rects and ovals\r
 502                   //to offscreen image on the MAC\r
 503                   g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,\r
 504                                   (x*av.charWidth) - lastSSX, 7, 8, 8);\r
 505                   break;\r
 506                 }\r
 507 \r
 508                 int sCol = (lastSSX / av.charWidth) + startRes;\r
 509                 int x1 = lastSSX;\r
 510                 int x2 = (x*av.charWidth);\r
 511 \r
 512                 if (sCol == 0 ||\r
 513                     row.annotations[sCol - 1] == null ||\r
 514                     row.annotations[sCol - 1].secondaryStructure != 'H')\r
 515                 {\r
 516                   g.fillArc(lastSSX, y + 4 + iconOffset, av.charWidth, 8, 90, 180);\r
 517                   x1 += av.charWidth / 2;\r
 518                 }\r
 519 \r
 520                 if (row.annotations[column] == null ||\r
 521                     row.annotations[column].secondaryStructure != 'H')\r
 522                 {\r
 523                   g.fillArc((x*av.charWidth) - av.charWidth,\r
 524                             y + 4 + iconOffset, av.charWidth, 8, 270,\r
 525                             180);\r
 526                   x2 -= av.charWidth / 2;\r
 527                 }\r
 528 \r
 529                 g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 8);\r
 530 \r
 531                 break;\r
 532 \r
 533               case 'E':\r
 534                 g.setColor(SHEET_COLOUR);\r
 535 \r
 536                 if (row.annotations[endRes] == null\r
 537                     || row.annotations[endRes].secondaryStructure != 'E')\r
 538                 {\r
 539                   g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,\r
 540                              (x*av.charWidth) - lastSSX - 4, 7);\r
 541                   g.fillPolygon(new int[]\r
 542                                 {(x*av.charWidth) - 4,\r
 543                                 (x*av.charWidth) - 4,\r
 544                                (x*av.charWidth)},\r
 545                                 new int[]\r
 546                                 {\r
 547                                 y + iconOffset, y + 14 + iconOffset,\r
 548                                 y + 7 + iconOffset\r
 549                   }, 3);\r
 550                 }\r
 551                 else\r
 552                  {\r
 553                    g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,\r
 554                               x * av.charWidth - lastSSX, 7);\r
 555                  }\r
 556                 break;\r
 557 \r
 558               default:\r
 559                 g.setColor(Color.gray);\r
 560                 if(!av.wrapAlignment || endRes==av.endRes)\r
 561                 g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset,\r
 562                            (x*av.charWidth) - lastSSX, 2);\r
 563 \r
 564                 break;\r
 565             }\r
 566           }\r
 567 \r
 568           if (row.graph>0)\r
 569           {\r
 570               if(row.graph == AlignmentAnnotation.LINE_GRAPH )\r
 571               {\r
 572                 if(row.graphGroup>-1 && !graphGroupDrawn[row.graphGroup])\r
 573                  {\r
 574                    float groupmax=-999999, groupmin=9999999;\r
 575                    for(int gg=0; gg<aa.length; gg++)\r
 576                    {\r
 577                      if(aa[gg].graphGroup!=row.graphGroup)\r
 578                        continue;\r
 579 \r
 580                      if(aa[gg]!=row)\r
 581                        aa[gg].visible = false;\r
 582 \r
 583                      if(aa[gg].graphMax>groupmax)\r
 584                        groupmax = aa[gg].graphMax;\r
 585                      if(aa[gg].graphMin<groupmin)\r
 586                        groupmin = aa[gg].graphMin;\r
 587                    }\r
 588 \r
 589                    for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)\r
 590                    {\r
 591                      if (aa[gg].graphGroup == row.graphGroup)\r
 592                      {\r
 593                        drawLineGraph(g, aa[gg], startRes, endRes, y,\r
 594                                      groupmin, groupmax,\r
 595                                      row.graphHeight);\r
 596                      }\r
 597                    }\r
 598 \r
 599                    graphGroupDrawn[ row.graphGroup ] = true;\r
 600                  }\r
 601                  else\r
 602                    drawLineGraph(g, row, startRes, endRes,\r
 603                                  y, row.graphMin, row.graphMax, row.graphHeight  );\r
 604               }\r
 605               else if(row.graph == AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH )\r
 606                  drawBarGraph(g, row, startRes, endRes,\r
 607                               row.graphMin, row.graphMax, y);\r
 608           }\r
 609 \r
 610           if (row.graph>0 && row.hasText)\r
 611           {\r
 612               y += av.charHeight;\r
 613           }\r
 614 \r
 615           if (row.graph==0)\r
 616           {\r
 617               y += aa[i].height;\r
 618           }\r
 619       }\r
 620   }\r
 621 \r
 622   public void drawLineGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation aa,\r
 623                             int sRes, int eRes,\r
 624                             int y,\r
 625                             float min, float max,\r
 626                             int graphHeight)\r
 627   {\r
 628     if(sRes>aa.annotations.length)\r
 629       return;\r
 630 \r
 631 \r
 632 \r
 633     int x = 0;\r
 634 \r
 635     //Adjustment for fastpaint to left\r
 636     if(eRes<av.endRes)\r
 637       eRes++;\r
 638 \r
 639     eRes = Math.min(eRes, aa.annotations.length);\r
 640 \r
 641 \r
 642     if(sRes==0)\r
 643     {\r
 644       sRes++;\r
 645       x+=av.charWidth;\r
 646     }\r
 647 \r
 648     int y1=y, y2=y;\r
 649     float range = max - min;\r
 650 \r
 651     ////Draw origin\r
 652     if(min<0)\r
 653       y2 = y - (int)((0-min / range)*graphHeight);\r
 654 \r
 655     g.setColor(Color.gray);\r
 656     g.drawLine(x-av.charWidth,y2,(eRes-sRes)*av.charWidth,y2);\r
 657 \r
 658     eRes = Math.min(eRes, aa.annotations.length);\r
 659 \r
 660     int column;\r
 661     int aaMax = aa.annotations.length-1;\r
 662 \r
 663     while( x < eRes - sRes )\r
 664     {\r
 665       column = sRes + x;\r
 666       if(av.hasHiddenColumns)\r
 667       {\r
 668         column = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(column);\r
 669       }\r
 670 \r
 671       if (column > aaMax)\r
 672       {\r
 673         break;\r
 674       }\r
 675 \r
 676       if(aa.annotations[column]==null || aa.annotations[column-1]==null)\r
 677       {\r
 678         x++;\r
 679         continue;\r
 680       }\r
 681 \r
 682         g.setColor(aa.annotations[column].colour);\r
 683         y1 = y - (int) (((aa.annotations[column-1].value-min) / range) * graphHeight);\r
 684         y2 = y - (int) (((aa.annotations[column].value-min) / range) * graphHeight);\r
 685 \r
 686         g.drawLine(x*av.charWidth-av.charWidth/2, y1, x*av.charWidth+av.charWidth/2, y2);\r
 687         x ++;\r
 688      }\r
 689 \r
 690      if(aa.threshold!=null)\r
 691      {\r
 692          g.setColor(aa.threshold.colour);\r
 693 \r
 694          y2 = (int)(y - ((aa.threshold.value-min) / range)*graphHeight);\r
 695          g.drawLine(0,y2,(eRes-sRes)*av.charWidth,y2);\r
 696     }\r
 697   }\r
 698 \r
 699   public void drawBarGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation aa,\r
 700                            int sRes, int eRes,\r
 701                            float min, float max,\r
 702                            int y)\r
 703   {\r
 704     if(sRes>aa.annotations.length)\r
 705       return;\r
 706 \r
 707     eRes = Math.min(eRes, aa.annotations.length);\r
 708 \r
 709     int x=0, y1=y, y2=y;\r
 710 \r
 711     float range = max - min;\r
 712 \r
 713     if(min<0)\r
 714       y2 = y - (int)((0-min / (range))*aa.graphHeight);\r
 715 \r
 716     g.setColor(Color.gray);\r
 717 \r
 718     g.drawLine(x,y2,(eRes-sRes)*av.charWidth,y2);\r
 719 \r
 720     int column;\r
 721     int aaMax = aa.annotations.length-1;\r
 722 \r
 723     while( x < eRes-sRes )\r
 724     {\r
 725       column = sRes + x;\r
 726       if(av.hasHiddenColumns)\r
 727       {\r
 728         column = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(column);\r
 729       }\r
 730 \r
 731       if(column > aaMax)\r
 732       {\r
 733           break;\r
 734       }\r
 735 \r
 736       if (aa.annotations[column] == null)\r
 737       {\r
 738         x ++;\r
 739         continue;\r
 740       }\r
 741 \r
 742         g.setColor(aa.annotations[column].colour);\r
 743         y1 = y - (int) (((aa.annotations[column].value-min) / (range)) * aa.graphHeight);\r
 744 \r
 745         if(y1-y2>0)\r
 746           g.fillRect(x*av.charWidth, y2, av.charWidth, y1-y2 );\r
 747         else\r
 748           g.fillRect(x*av.charWidth, y1, av.charWidth, y2-y1 );\r
 749 \r
 750         x ++ ;\r
 751 \r
 752     }\r
 753     if(aa.threshold!=null)\r
 754     {\r
 755         g.setColor(aa.threshold.colour);\r
 756         y2 = (int)(y - ((aa.threshold.value-min) / range)*aa.graphHeight);\r
 757         g.drawLine(0,y2,(eRes-sRes)*av.charWidth,y2);\r
 758       }\r
 759   }\r
 760 \r
 761   // used by overview window\r
 762   public void drawGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation aa, int width, int y, int sRes, int eRes)\r
 763   {\r
 764       g.setColor(Color.white);\r
 765       g.fillRect(0, 0, width, y);\r
 766       g.setColor(new Color(0, 0, 180));\r
 767 \r
 768       int x = 0, height;\r
 769 \r
 770       for (int j = sRes; j < eRes; j++)\r
 771       {\r
 772           g.setColor(aa.annotations[j].colour);\r
 773 \r
 774           height = (int) ((aa.annotations[j].value / aa.graphMax) * GRAPH_HEIGHT);\r
 775           if(height>y)\r
 776               height = y;\r
 777           g.fillRect(x, y - height, av.charWidth, height);\r
 778           x += av.charWidth;\r
 779       }\r
 780     }\r
 781 }\r