src/jalview/appletgui/AnnotationPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import java.awt.*;\r
  25 import java.awt.event.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 \r
  29 public class AnnotationPanel\r
  30     extends Panel implements AdjustmentListener\r
  31 {\r
  32   AlignViewport av;\r
  33   AlignmentPanel ap;\r
  34   int activeRow = -1;\r
  35 \r
  36   Vector activeRes;\r
  37   static String HELIX = "Helix";\r
  38   static String SHEET = "Sheet";\r
  39   static String LABEL = "Label";\r
  40   static String REMOVE = "Remove Annotation";\r
  41   static String COLOUR = "Colour";\r
  42   static Color HELIX_COLOUR = Color.red.darker();\r
  43   static Color SHEET_COLOUR = Color.green.darker().darker();\r
  44 \r
  45   Image image;\r
  46   Graphics gg;\r
  47   FontMetrics fm;\r
  48   int imgWidth = 0;\r
  49 \r
  50   boolean fastPaint = false;\r
  51 \r
  52   public static int GRAPH_HEIGHT = 40;\r
  53 \r
  54   boolean MAC = false;\r
  55 \r
  56   public AnnotationPanel(AlignmentPanel ap)\r
  57   {\r
  58     if (System.getProperty("os.name").startsWith("Mac"))\r
  59       MAC = true;\r
  60 \r
  61     this.ap = ap;\r
  62     av = ap.av;\r
  63     this.setLayout(null);\r
  64     adjustPanelHeight();\r
  65 \r
  66     addMouseMotionListener(new MouseMotionAdapter()\r
  67     {\r
  68       public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
  69       {\r
  70         doMouseMoved(evt);\r
  71       }\r
  72     });\r
  73 \r
  74     // ap.annotationScroller.getVAdjustable().addAdjustmentListener( this );\r
  75   }\r
  76 \r
  77 \r
  78   public AnnotationPanel(AlignViewport av)\r
  79   {\r
  80     this.av = av;\r
  81   }\r
  82 \r
  83 \r
  84   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
  85   {\r
  86     ap.alabels.setScrollOffset( -evt.getValue());\r
  87   }\r
  88 \r
  89   public int adjustPanelHeight()\r
  90   {\r
  91     // setHeight of panels\r
  92     AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
  93 \r
  94 \r
  95     int height = 0;\r
  96     if (aa != null)\r
  97     {\r
  98       for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
  99       {\r
 100         if (!aa[i].visible)\r
 101         {\r
 102           continue;\r
 103         }\r
 104 \r
 105         aa[i].height = 0;\r
 106 \r
 107         if (aa[i].hasText)\r
 108         {\r
 109           aa[i].height += av.charHeight;\r
 110         }\r
 111         if (aa[i].hasIcons)\r
 112         {\r
 113           aa[i].height += 16;\r
 114         }\r
 115 \r
 116         if (aa[i].graph>0)\r
 117         {\r
 118           aa[i].height += GRAPH_HEIGHT;\r
 119         }\r
 120 \r
 121         if (aa[i].height == 0)\r
 122         {\r
 123           aa[i].height = 20;\r
 124         }\r
 125         height += aa[i].height;\r
 126       }\r
 127     }\r
 128     else\r
 129     {\r
 130       height = 20;\r
 131     }\r
 132 \r
 133     this.setSize(getSize().width, height);\r
 134     if(ap!=null)\r
 135        ap.annotationScroller.setSize(getSize().width, height);\r
 136 \r
 137 \r
 138     repaint();\r
 139 \r
 140     return height;\r
 141 \r
 142   }\r
 143 \r
 144   public void addEditableColumn(int i)\r
 145   {\r
 146     if (activeRow == -1)\r
 147     {\r
 148       AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 149       if(aa ==null)\r
 150         return;\r
 151 \r
 152       for (int j = 0; j < aa.length; j++)\r
 153       {\r
 154         if (aa[j].editable)\r
 155         {\r
 156           activeRow = j;\r
 157           break;\r
 158         }\r
 159       }\r
 160     }\r
 161 \r
 162     if (activeRes == null)\r
 163     {\r
 164       activeRes = new Vector();\r
 165       activeRes.addElement(String.valueOf(i));\r
 166       return;\r
 167     }\r
 168 \r
 169     activeRes.addElement(String.valueOf(i));\r
 170   }\r
 171 \r
 172   public void doMouseMoved(MouseEvent evt)\r
 173   {\r
 174     AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 175     if (aa == null)\r
 176     {\r
 177       return;\r
 178     }\r
 179 \r
 180     int row = -1;\r
 181     int height = 0;\r
 182     for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 183     {\r
 184 \r
 185       if (aa[i].visible)\r
 186       {\r
 187         height += aa[i].height;\r
 188       }\r
 189 \r
 190       if (evt.getY() < height)\r
 191       {\r
 192         row = i;\r
 193         break;\r
 194       }\r
 195     }\r
 196 \r
 197     int res = evt.getX() / av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 198     if (row > -1 && res < aa[row].annotations.length && aa[row].annotations[res] != null)\r
 199     {\r
 200       StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence position " + (res + 1) +\r
 201                                            "  " +\r
 202                                            aa[row].annotations[res].description);\r
 203       ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 204     }\r
 205   }\r
 206 \r
 207   public void update(Graphics g)\r
 208   {\r
 209     paint(g);\r
 210   }\r
 211 \r
 212   public void paint(Graphics g)\r
 213   {\r
 214     imgWidth = (av.endRes - av.startRes + 1) * av.charWidth;\r
 215 \r
 216     if (image == null || imgWidth != image.getWidth(this))\r
 217     {\r
 218       image = createImage(imgWidth, ap.annotationPanel.getSize().height);\r
 219       gg = image.getGraphics();\r
 220       gg.setFont(av.getFont());\r
 221       fm = gg.getFontMetrics();\r
 222       fastPaint = false;\r
 223     }\r
 224 \r
 225     if (fastPaint)\r
 226     {\r
 227       g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 228       fastPaint = false;\r
 229       return;\r
 230     }\r
 231 \r
 232     drawComponent(gg, av.startRes, av.endRes + 1);\r
 233     g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 234   }\r
 235 \r
 236   public void fastPaint(int horizontal)\r
 237   {\r
 238     if (horizontal == 0\r
 239         || av.alignment.getAlignmentAnnotation() == null\r
 240         || av.alignment.getAlignmentAnnotation().length < 1\r
 241         )\r
 242     {\r
 243       repaint();\r
 244       return;\r
 245     }\r
 246 \r
 247     gg.copyArea(0, 0, imgWidth, getSize().height, -horizontal * av.charWidth, 0);\r
 248     int sr = av.startRes, er = av.endRes + 1, transX = 0;\r
 249 \r
 250     if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left\r
 251     {\r
 252       transX = (er - sr - horizontal) * av.charWidth;\r
 253       sr = er - horizontal;\r
 254     }\r
 255     else if (horizontal < 0)\r
 256     {\r
 257       er = sr - horizontal;\r
 258     }\r
 259 \r
 260     gg.translate(transX, 0);\r
 261 \r
 262     drawComponent(gg, sr, er);\r
 263 \r
 264     gg.translate( -transX, 0);\r
 265 \r
 266     fastPaint = true;\r
 267     repaint();\r
 268   }\r
 269 \r
 270   /**\r
 271    * DOCUMENT ME!\r
 272    *\r
 273    * @param g DOCUMENT ME!\r
 274    * @param startRes DOCUMENT ME!\r
 275    * @param endRes DOCUMENT ME!\r
 276    */\r
 277   public void drawComponent(Graphics g, int startRes, int endRes)\r
 278   {\r
 279     g.setFont(av.getFont());\r
 280 \r
 281     if (fm == null)\r
 282       fm = g.getFontMetrics();\r
 283 \r
 284 \r
 285       g.setColor(Color.white);\r
 286       g.fillRect(0, 0, (endRes - startRes) * av.charWidth, getSize().height);\r
 287 \r
 288       if ((av.alignment.getAlignmentAnnotation() == null) ||\r
 289               (av.alignment.getAlignmentAnnotation().length < 1))\r
 290       {\r
 291           g.setColor(Color.white);\r
 292           g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);\r
 293           g.setColor(Color.black);\r
 294           g.drawString("Alignment has no annotations", 20, 15);\r
 295 \r
 296           return;\r
 297       }\r
 298 \r
 299       AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 300 \r
 301       int j;\r
 302       int x = 0;\r
 303       int y = 0;\r
 304       char lastSS;\r
 305       int lastSSX;\r
 306       int iconOffset = av.charHeight / 2;\r
 307       boolean validRes = false;\r
 308 \r
 309       boolean [] graphGroupDrawn = new boolean[aa.length];\r
 310 \r
 311 \r
 312       //\u03B2 \u03B1\r
 313       for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 314       {\r
 315           AlignmentAnnotation row = aa[i];\r
 316 \r
 317           if (!row.visible)\r
 318           {\r
 319               continue;\r
 320           }\r
 321 \r
 322           lastSS = ' ';\r
 323           lastSSX = 0;\r
 324 \r
 325           if (row.graph>0)\r
 326           {\r
 327               if(row.graphGroup>-1 && graphGroupDrawn[ row.graphGroup ] )\r
 328                 continue;\r
 329 \r
 330               // this is so that we draw the characters below the graph\r
 331               y += row.height;\r
 332 \r
 333               if (row.hasText)\r
 334               {\r
 335                   y -= av.charHeight;\r
 336               }\r
 337           }\r
 338 \r
 339           if (row.hasText)\r
 340           {\r
 341               iconOffset = av.charHeight / 2;\r
 342           }\r
 343           else\r
 344           {\r
 345               iconOffset = 0;\r
 346           }\r
 347 \r
 348           int column = startRes;\r
 349           while(column < endRes)\r
 350           {\r
 351               if ((row.annotations.length <= column) ||\r
 352                       (row.annotations[column] == null))\r
 353               {\r
 354                   validRes = false;\r
 355               }\r
 356               else\r
 357               {\r
 358                   validRes = true;\r
 359               }\r
 360 \r
 361               x = (column - startRes) * av.charWidth;\r
 362 \r
 363 \r
 364               if (validRes &&\r
 365                       (row.annotations[column].displayCharacter.length() > 0))\r
 366               {\r
 367                 int charOffset = (av.charWidth -\r
 368                     fm.charWidth(row.annotations[column].displayCharacter.charAt(\r
 369                             0))) / 2;\r
 370                 g.setColor(row.annotations[column].colour);\r
 371 \r
 372                 if (column == 0 || row.graph>0)\r
 373                 {\r
 374                     g.drawString(row.annotations[column].displayCharacter, x+charOffset,\r
 375                         y + iconOffset + 3);\r
 376                 }\r
 377                 else if (\r
 378                     row.annotations[column - 1] == null\r
 379                     ||(!row.annotations[column].displayCharacter.equals(\r
 380                         row.annotations[column - 1].displayCharacter)\r
 381                     ||\r
 382               (row.annotations[column].displayCharacter.length() <2 &&\r
 383                row.annotations[column].secondaryStructure==' ')))\r
 384                 {\r
 385                     g.drawString(row.annotations[column].displayCharacter, x+charOffset,\r
 386                         y + iconOffset + 3);\r
 387                     }\r
 388               }\r
 389 \r
 390               if (row.hasIcons)\r
 391               {\r
 392                   if (!validRes ||\r
 393                           (row.annotations[column].secondaryStructure != lastSS))\r
 394                   {\r
 395                       switch (lastSS)\r
 396                       {\r
 397                       case 'H':\r
 398                         g.setColor(HELIX_COLOUR);\r
 399                         if (MAC)\r
 400                         {\r
 401                           //Off by 1 offset when drawing rects and ovals\r
 402                           //to offscreen image on the MAC\r
 403                           g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,\r
 404                                           x - lastSSX, 7, 8, 8);\r
 405                           break;\r
 406                         }\r
 407 \r
 408                         int sCol = (lastSSX / av.charWidth) + startRes;\r
 409                         int x1 = lastSSX;\r
 410                         int x2 = x;\r
 411 \r
 412                        if(sCol==0 ||\r
 413                           row.annotations[sCol-1]==null ||\r
 414                           row.annotations[sCol-1].secondaryStructure!='H')\r
 415                        {\r
 416                          g.fillArc(lastSSX, y+4+iconOffset, av.charWidth, 8, 90,180) ;\r
 417                          x1 += av.charWidth/2;\r
 418                        }\r
 419 \r
 420                         if(row.annotations[column]==null ||\r
 421                            row.annotations[column].secondaryStructure!='H')\r
 422                         {\r
 423                           g.fillArc(x-av.charWidth, y+4+iconOffset, av.charWidth, 8, 270,180);\r
 424                           x2 -= av.charWidth/2;\r
 425                         }\r
 426 \r
 427                         g.fillRect(x1, y+4+iconOffset, x2-x1, 8);\r
 428                             break;\r
 429 \r
 430                       case 'E':\r
 431                           g.setColor(SHEET_COLOUR);\r
 432                           g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,\r
 433                               x - lastSSX - 4, 7);\r
 434                           g.fillPolygon(new int[] { x - 4, x - 4, x },\r
 435                               new int[]\r
 436                               {\r
 437                                   y + iconOffset, y + 14 + iconOffset,\r
 438                                   y + 8 + iconOffset\r
 439                               }, 3);\r
 440 \r
 441                           break;\r
 442 \r
 443 \r
 444                       default:\r
 445                           g.setColor(Color.gray);\r
 446                           g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset,\r
 447                               x - lastSSX, 2);\r
 448 \r
 449                           break;\r
 450                       }\r
 451 \r
 452                       if (validRes)\r
 453                       {\r
 454                           lastSS = row.annotations[column].secondaryStructure;\r
 455                       }\r
 456                       else\r
 457                       {\r
 458                           lastSS = ' ';\r
 459                       }\r
 460 \r
 461                       lastSSX = x;\r
 462                   }\r
 463               }\r
 464 \r
 465 \r
 466           column++;\r
 467           }\r
 468 \r
 469           x += av.charWidth;\r
 470 \r
 471           if (row.hasIcons)\r
 472           {\r
 473               switch (lastSS)\r
 474               {\r
 475               case 'H':\r
 476                 g.setColor(HELIX_COLOUR);\r
 477                 if (MAC)\r
 478                 {\r
 479                   //Off by 1 offset when drawing rects and ovals\r
 480                   //to offscreen image on the MAC\r
 481                   g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,\r
 482                                   x - lastSSX, 7, 8, 8);\r
 483                   break;\r
 484                 }\r
 485 \r
 486 \r
 487                 int sCol = (lastSSX / av.charWidth) + startRes;\r
 488                 int x1 = lastSSX;\r
 489                 int x2 = x;\r
 490 \r
 491                if(sCol==0 ||\r
 492                   row.annotations[sCol-1]==null ||\r
 493                   row.annotations[sCol-1].secondaryStructure!='H')\r
 494                {\r
 495                  g.fillArc(lastSSX, y+4+iconOffset, av.charWidth, 8, 90,180) ;\r
 496                  x1 += av.charWidth/2;\r
 497                }\r
 498 \r
 499                 if(row.annotations[column]==null ||\r
 500                    row.annotations[column].secondaryStructure!='H')\r
 501                 {\r
 502                   g.fillArc(x-av.charWidth, y+4+iconOffset, av.charWidth, 8, 270,180);\r
 503                   x2 -= av.charWidth/2;\r
 504                 }\r
 505 \r
 506                 g.fillRect(x1, y+4+iconOffset, x2-x1, 8);\r
 507 \r
 508                     break;\r
 509 \r
 510               case 'E':\r
 511                   g.setColor(SHEET_COLOUR);\r
 512 \r
 513                   if (row.annotations.length > endRes\r
 514                       && row.annotations[endRes].secondaryStructure != 'E')\r
 515                   {\r
 516                     g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,\r
 517                                x - lastSSX - 4, 7);\r
 518                     g.fillPolygon(new int[]\r
 519                                   {x - 4, x - 4, x},\r
 520                                   new int[]\r
 521                                   {\r
 522                                   y + iconOffset, y + 14 + iconOffset,\r
 523                                   y + 7 + iconOffset\r
 524                     }, 3);\r
 525                   }\r
 526                   else\r
 527                     g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,\r
 528                                x - lastSSX, 7);\r
 529 \r
 530                   break;\r
 531 \r
 532 \r
 533               default:\r
 534                   g.setColor(Color.gray);\r
 535                   g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset, x - lastSSX, 2);\r
 536 \r
 537                   break;\r
 538               }\r
 539           }\r
 540 \r
 541           if (row.graph>0)\r
 542           {\r
 543               if(row.graph == AlignmentAnnotation.LINE_GRAPH )\r
 544               {\r
 545                 if(row.graphGroup>-1 && !graphGroupDrawn[row.graphGroup])\r
 546                  {\r
 547                    float groupmax=-999999, groupmin=9999999;\r
 548                    for(int gg=0; gg<aa.length; gg++)\r
 549                    {\r
 550                      if(aa[gg].graphGroup!=row.graphGroup)\r
 551                        continue;\r
 552 \r
 553                      if(aa[gg]!=row)\r
 554                        aa[gg].visible = false;\r
 555 \r
 556                      if(aa[gg].graphMax>groupmax)\r
 557                        groupmax = aa[gg].graphMax;\r
 558                      if(aa[gg].graphMin<groupmin)\r
 559                        groupmin = aa[gg].graphMin;\r
 560                    }\r
 561 \r
 562                    for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)\r
 563                    {\r
 564                      if (aa[gg].graphGroup == row.graphGroup)\r
 565                      {\r
 566                        drawLineGraph(g, aa[gg], startRes, endRes, y,\r
 567                                      groupmin, groupmax,\r
 568                                      row.graphHeight);\r
 569                      }\r
 570                    }\r
 571 \r
 572                    graphGroupDrawn[ row.graphGroup ] = true;\r
 573                  }\r
 574                  else\r
 575                    drawLineGraph(g, row, startRes, endRes,\r
 576                                  y, row.graphMin, row.graphMax, row.graphHeight  );\r
 577               }\r
 578               else if(row.graph == AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH )\r
 579                  drawBarGraph(g, row, startRes, endRes,\r
 580                               row.graphMin, row.graphMax, y);\r
 581           }\r
 582 \r
 583           if (row.graph>0 && row.hasText)\r
 584           {\r
 585               y += av.charHeight;\r
 586           }\r
 587 \r
 588           if (row.graph==0)\r
 589           {\r
 590               y += aa[i].height;\r
 591           }\r
 592       }\r
 593   }\r
 594 \r
 595   public void drawLineGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation aa,\r
 596                             int sRes, int eRes,\r
 597                             int y,\r
 598                             float min, float max,\r
 599                             int graphHeight)\r
 600   {\r
 601     if(sRes>aa.annotations.length)\r
 602       return;\r
 603 \r
 604 \r
 605 \r
 606     int x = 0;\r
 607 \r
 608     //Adjustment for fastpaint to left\r
 609     if(eRes<av.endRes)\r
 610       eRes++;\r
 611 \r
 612     eRes = Math.min(eRes, aa.annotations.length);\r
 613 \r
 614 \r
 615     if(sRes==0)\r
 616     {\r
 617       sRes++;\r
 618       x+=av.charWidth;\r
 619     }\r
 620 \r
 621     int y1=y, y2=y;\r
 622     float range = max - min;\r
 623 \r
 624     ////Draw origin\r
 625     if(min<0)\r
 626       y2 = (int)(y - (0-min / range)*graphHeight);\r
 627 \r
 628     g.setColor(Color.gray);\r
 629     g.drawLine(x-av.charWidth,y2,(eRes-sRes)*av.charWidth,y2);\r
 630 \r
 631 \r
 632     for (int j = sRes; j < eRes; j++)\r
 633     {\r
 634       if(aa.annotations[j]==null || aa.annotations[j-1]==null)\r
 635       {\r
 636         x+=av.charWidth;\r
 637         continue;\r
 638       }\r
 639         g.setColor(aa.annotations[j].colour);\r
 640         y1 = y - (int) (((aa.annotations[j-1].value-min) / range) * graphHeight);\r
 641         y2 = y - (int) (((aa.annotations[j].value-min) / range) * graphHeight);\r
 642         g.drawLine(x-av.charWidth/2, y1, x+av.charWidth/2, y2);\r
 643         x += av.charWidth;\r
 644      }\r
 645 \r
 646 \r
 647      if(aa.threshold!=null)\r
 648      {\r
 649          g.setColor(aa.threshold.colour);\r
 650          y2 = (int)(y - ((aa.threshold.value-min) / range)*aa.graphHeight);\r
 651          g.drawLine(0,y2,(eRes-sRes)*av.charWidth,y2);\r
 652      }\r
 653 \r
 654   }\r
 655 \r
 656   public void drawBarGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation aa,\r
 657                            int sRes, int eRes,\r
 658                            float min, float max,\r
 659                            int y)\r
 660   {\r
 661     if(sRes>aa.annotations.length)\r
 662       return;\r
 663 \r
 664 \r
 665     eRes = Math.min(eRes, aa.annotations.length);\r
 666 \r
 667     int x=0, y1, y2;\r
 668 \r
 669     float range = max - min;\r
 670 \r
 671     y1 = y2 = y;\r
 672 \r
 673     if(min<0)\r
 674       y2 = (int)(y - (0-min / (range))*aa.graphHeight);\r
 675 \r
 676     g.setColor(Color.gray);\r
 677 \r
 678     g.drawLine(x,y2,(eRes-sRes)*av.charWidth,y2);\r
 679 \r
 680     for (int j = sRes; j < eRes; j++)\r
 681     {\r
 682 \r
 683       if (aa.annotations[j] == null)\r
 684       {\r
 685         x += av.charWidth;\r
 686         continue;\r
 687       }\r
 688 \r
 689         g.setColor(aa.annotations[j].colour);\r
 690         y1 = y - (int) (((aa.annotations[j].value-min) / (range)) * aa.graphHeight);\r
 691 \r
 692         if(y1-y2>0)\r
 693           g.fillRect(x, y2, av.charWidth, y1-y2 );\r
 694         else\r
 695           g.fillRect(x, y1, av.charWidth, y2-y1 );\r
 696 \r
 697         x += av.charWidth;\r
 698     }\r
 699 \r
 700 \r
 701     if(aa.threshold!=null)\r
 702     {\r
 703         g.setColor(aa.threshold.colour);\r
 704         y2 = (int)(y - ((aa.threshold.value-min) / range)*aa.graphHeight);\r
 705         g.drawLine(0,y2,(eRes-sRes)*av.charWidth,y2);\r
 706     }\r
 707 \r
 708 \r
 709   }\r
 710 \r
 711   // used by overview window\r
 712   public void drawGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation aa, int width, int y, int sRes, int eRes)\r
 713   {\r
 714       g.setColor(Color.white);\r
 715       g.fillRect(0, 0, width, y);\r
 716       g.setColor(new Color(0, 0, 180));\r
 717 \r
 718       int x = 0, height;\r
 719 \r
 720       for (int j = sRes; j < eRes; j++)\r
 721       {\r
 722           g.setColor(aa.annotations[j].colour);\r
 723 \r
 724           height = (int) ((aa.annotations[j].value / aa.graphMax) * GRAPH_HEIGHT);\r
 725           if(height>y)\r
 726               height = y;\r
 727           g.fillRect(x, y - height, av.charWidth, height);\r
 728           x += av.charWidth;\r
 729       }\r
 730     }\r
 731 }\r