src/jalview/appletgui/AnnotationPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import java.awt.*;\r
  25 import java.awt.event.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 \r
  29 public class AnnotationPanel\r
  30     extends Panel implements AdjustmentListener\r
  31 {\r
  32   AlignViewport av;\r
  33   AlignmentPanel ap;\r
  34   int activeRow = -1;\r
  35 \r
  36   Vector activeRes;\r
  37   static String HELIX = "Helix";\r
  38   static String SHEET = "Sheet";\r
  39   static String LABEL = "Label";\r
  40   static String REMOVE = "Remove Annotation";\r
  41   static String COLOUR = "Colour";\r
  42   static Color HELIX_COLOUR = Color.red.darker();\r
  43   static Color SHEET_COLOUR = Color.green.darker().darker();\r
  44 \r
  45   Image image;\r
  46   Graphics gg;\r
  47   FontMetrics fm;\r
  48   int imgWidth = 0;\r
  49 \r
  50   boolean fastPaint = false;\r
  51 \r
  52   public static int GRAPH_HEIGHT = 40;\r
  53 \r
  54   boolean MAC = false;\r
  55 \r
  56   public AnnotationPanel(AlignmentPanel ap)\r
  57   {\r
  58     if (System.getProperty("os.name").startsWith("Mac"))\r
  59       MAC = true;\r
  60 \r
  61     this.ap = ap;\r
  62     av = ap.av;\r
  63     setLayout(null);\r
  64     adjustPanelHeight();\r
  65 \r
  66     addMouseMotionListener(new MouseMotionAdapter()\r
  67     {\r
  68       public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
  69       {\r
  70         doMouseMoved(evt);\r
  71       }\r
  72     });\r
  73 \r
  74     // ap.annotationScroller.getVAdjustable().addAdjustmentListener( this );\r
  75   }\r
  76 \r
  77 \r
  78   public AnnotationPanel(AlignViewport av)\r
  79   {\r
  80     this.av = av;\r
  81   }\r
  82 \r
  83 \r
  84   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
  85   {\r
  86     ap.alabels.setScrollOffset( -evt.getValue());\r
  87   }\r
  88 \r
  89   public int adjustPanelHeight()\r
  90   {\r
  91     // setHeight of panels\r
  92     AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
  93 \r
  94 \r
  95     int height = 0;\r
  96     if (aa != null)\r
  97     {\r
  98       for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
  99       {\r
 100         if (!aa[i].visible)\r
 101         {\r
 102           continue;\r
 103         }\r
 104 \r
 105         aa[i].height = 0;\r
 106 \r
 107         if (aa[i].hasText)\r
 108         {\r
 109           aa[i].height += av.charHeight;\r
 110         }\r
 111         if (aa[i].hasIcons)\r
 112         {\r
 113           aa[i].height += 16;\r
 114         }\r
 115 \r
 116         if (aa[i].graph>0)\r
 117         {\r
 118           aa[i].height += GRAPH_HEIGHT;\r
 119         }\r
 120 \r
 121         if (aa[i].height == 0)\r
 122         {\r
 123           aa[i].height = 20;\r
 124         }\r
 125         height += aa[i].height;\r
 126       }\r
 127     }\r
 128     else\r
 129     {\r
 130       height = 20;\r
 131     }\r
 132 \r
 133     this.setSize(getSize().width, height);\r
 134 \r
 135     repaint();\r
 136 \r
 137     return height;\r
 138 \r
 139   }\r
 140 \r
 141   public void addEditableColumn(int i)\r
 142   {\r
 143     if (activeRow == -1)\r
 144     {\r
 145       AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 146       if(aa ==null)\r
 147         return;\r
 148 \r
 149       for (int j = 0; j < aa.length; j++)\r
 150       {\r
 151         if (aa[j].editable)\r
 152         {\r
 153           activeRow = j;\r
 154           break;\r
 155         }\r
 156       }\r
 157     }\r
 158 \r
 159     if (activeRes == null)\r
 160     {\r
 161       activeRes = new Vector();\r
 162       activeRes.addElement(String.valueOf(i));\r
 163       return;\r
 164     }\r
 165 \r
 166     activeRes.addElement(String.valueOf(i));\r
 167   }\r
 168 \r
 169   public void doMouseMoved(MouseEvent evt)\r
 170   {\r
 171     AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 172     if (aa == null)\r
 173     {\r
 174       return;\r
 175     }\r
 176 \r
 177     int row = -1;\r
 178     int height = 0;\r
 179     for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 180     {\r
 181 \r
 182       if (aa[i].visible)\r
 183       {\r
 184         height += aa[i].height;\r
 185       }\r
 186 \r
 187       if (evt.getY() < height)\r
 188       {\r
 189         row = i;\r
 190         break;\r
 191       }\r
 192     }\r
 193 \r
 194     int res = evt.getX() / av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 195 \r
 196     if(av.hasHiddenColumns)\r
 197           res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 198 \r
 199         if (row > -1 && res < aa[row].annotations.length && aa[row].annotations[res] != null)\r
 200         {\r
 201           StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence position " + (res + 1));\r
 202           if (aa[row].annotations[res].description != null)\r
 203             text.append("  " + aa[row].annotations[res].description);\r
 204           ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 205         }\r
 206   }\r
 207 \r
 208   public void update(Graphics g)\r
 209   {\r
 210     paint(g);\r
 211   }\r
 212 \r
 213   public void paint(Graphics g)\r
 214   {\r
 215 \r
 216     imgWidth = (av.endRes - av.startRes + 1) * av.charWidth;\r
 217 \r
 218     if (image == null || imgWidth != image.getWidth(this))\r
 219     {\r
 220       image = createImage(imgWidth, ap.annotationPanel.getSize().height);\r
 221       gg = image.getGraphics();\r
 222       gg.setFont(av.getFont());\r
 223       fm = gg.getFontMetrics();\r
 224       fastPaint = false;\r
 225     }\r
 226 \r
 227     if (fastPaint)\r
 228     {\r
 229       g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 230       fastPaint = false;\r
 231       return;\r
 232     }\r
 233 \r
 234     drawComponent(gg, av.startRes, av.endRes + 1);\r
 235     g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 236   }\r
 237 \r
 238   public void fastPaint(int horizontal)\r
 239   {\r
 240     if (horizontal == 0\r
 241         || av.alignment.getAlignmentAnnotation() == null\r
 242         || av.alignment.getAlignmentAnnotation().length < 1\r
 243         )\r
 244     {\r
 245       repaint();\r
 246       return;\r
 247     }\r
 248 \r
 249     gg.copyArea(0, 0, imgWidth, getSize().height, -horizontal * av.charWidth, 0);\r
 250     int sr = av.startRes, er = av.endRes + 1, transX = 0;\r
 251 \r
 252     if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left\r
 253     {\r
 254       transX = (er - sr - horizontal) * av.charWidth;\r
 255       sr = er - horizontal;\r
 256     }\r
 257     else if (horizontal < 0)\r
 258     {\r
 259       er = sr - horizontal;\r
 260     }\r
 261 \r
 262     gg.translate(transX, 0);\r
 263 \r
 264     drawComponent(gg, sr, er);\r
 265 \r
 266     gg.translate( -transX, 0);\r
 267 \r
 268     fastPaint = true;\r
 269     repaint();\r
 270   }\r
 271 \r
 272   /**\r
 273    * DOCUMENT ME!\r
 274    *\r
 275    * @param g DOCUMENT ME!\r
 276    * @param startRes DOCUMENT ME!\r
 277    * @param endRes DOCUMENT ME!\r
 278    */\r
 279   public void drawComponent(Graphics g, int startRes, int endRes)\r
 280   {\r
 281     g.setFont(av.getFont());\r
 282 \r
 283     if (fm == null)\r
 284       fm = g.getFontMetrics();\r
 285 \r
 286 \r
 287       g.setColor(Color.white);\r
 288       g.fillRect(0, 0, (endRes - startRes) * av.charWidth, getSize().height);\r
 289 \r
 290       if ((av.alignment.getAlignmentAnnotation() == null) ||\r
 291               (av.alignment.getAlignmentAnnotation().length < 1))\r
 292       {\r
 293           g.setColor(Color.white);\r
 294           g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);\r
 295           g.setColor(Color.black);\r
 296           if(av.validCharWidth)\r
 297             g.drawString("Alignment has no annotations", 20, 15);\r
 298 \r
 299           return;\r
 300       }\r
 301 \r
 302       AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 303 \r
 304       int x = 0;\r
 305       int y = 0;\r
 306       int column=0;\r
 307       char lastSS;\r
 308       int lastSSX;\r
 309       int iconOffset = av.charHeight / 2;\r
 310       boolean validRes = false;\r
 311 \r
 312       boolean [] graphGroupDrawn = new boolean[aa.length];\r
 313 \r
 314 \r
 315       //\u03B2 \u03B1\r
 316       for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 317       {\r
 318           AlignmentAnnotation row = aa[i];\r
 319 \r
 320           if (!row.visible)\r
 321           {\r
 322               continue;\r
 323           }\r
 324 \r
 325           lastSS = ' ';\r
 326           lastSSX = 0;\r
 327 \r
 328           if (row.graph>0)\r
 329           {\r
 330               if(row.graphGroup>-1 && graphGroupDrawn[ row.graphGroup ] )\r
 331                 continue;\r
 332 \r
 333               // this is so that we draw the characters below the graph\r
 334               y += row.height;\r
 335 \r
 336               if (row.hasText)\r
 337               {\r
 338                   y -= av.charHeight;\r
 339               }\r
 340           }\r
 341 \r
 342           if (row.hasText)\r
 343           {\r
 344               iconOffset = av.charHeight / 2;\r
 345           }\r
 346           else\r
 347           {\r
 348               iconOffset = 0;\r
 349           }\r
 350 \r
 351            x = 0;\r
 352           while(x < endRes-startRes)\r
 353           {\r
 354             if (av.hasHiddenColumns)\r
 355             {\r
 356               column = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(startRes+x);\r
 357               if (column > row.annotations.length-1)\r
 358               {\r
 359                 break;\r
 360               }\r
 361             }\r
 362             else\r
 363                 column = startRes+x;\r
 364 \r
 365               if ( (row.annotations.length <= column) ||\r
 366                   (row.annotations[column] == null))\r
 367               {\r
 368                 validRes = false;\r
 369               }\r
 370               else\r
 371               {\r
 372                 validRes = true;\r
 373               }\r
 374 \r
 375 \r
 376               if (av.validCharWidth && validRes &&\r
 377                         (row.annotations[column].displayCharacter.length() > 0))\r
 378               {\r
 379                 int charOffset = (av.charWidth -\r
 380                     fm.charWidth(row.annotations[column].displayCharacter.charAt(\r
 381                             0))) / 2;\r
 382                 g.setColor(row.annotations[column].colour);\r
 383 \r
 384                 if (column == 0 || row.graph>0)\r
 385                 {\r
 386                     g.drawString(row.annotations[column].displayCharacter,\r
 387                                 (x*av.charWidth)+charOffset,\r
 388                         y + iconOffset + 3);\r
 389                 }\r
 390                 else if (\r
 391                     row.annotations[column - 1] == null\r
 392                     ||(!row.annotations[column].displayCharacter.equals(\r
 393                         row.annotations[column - 1].displayCharacter)\r
 394                     ||\r
 395               (row.annotations[column].displayCharacter.length() <2 &&\r
 396                row.annotations[column].secondaryStructure==' ')))\r
 397                 {\r
 398                     g.drawString(row.annotations[column].displayCharacter,\r
 399                        (x*av.charWidth)+charOffset,\r
 400                         y + iconOffset + 3);\r
 401                     }\r
 402               }\r
 403 \r
 404               if (row.hasIcons)\r
 405               {\r
 406                   if (!validRes ||\r
 407                           (row.annotations[column].secondaryStructure != lastSS))\r
 408                   {\r
 409                       switch (lastSS)\r
 410                       {\r
 411                       case 'H':\r
 412                         g.setColor(HELIX_COLOUR);\r
 413                         if (MAC)\r
 414                         {\r
 415                           //Off by 1 offset when drawing rects and ovals\r
 416                           //to offscreen image on the MAC\r
 417                           g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,\r
 418                                           (x*av.charWidth) - lastSSX, 7, 8, 8);\r
 419                           break;\r
 420                         }\r
 421 \r
 422                         int sCol = (lastSSX / av.charWidth) + startRes;\r
 423                         int x1 = lastSSX;\r
 424                         int x2 = (x*av.charWidth);\r
 425 \r
 426                        if(sCol==0 ||\r
 427                           row.annotations[sCol-1]==null ||\r
 428                           row.annotations[sCol-1].secondaryStructure!='H')\r
 429                        {\r
 430                          g.fillArc(lastSSX, y+4+iconOffset, av.charWidth, 8, 90,180) ;\r
 431                          x1 += av.charWidth/2;\r
 432                        }\r
 433 \r
 434                         if(row.annotations[column]==null ||\r
 435                            row.annotations[column].secondaryStructure!='H')\r
 436                         {\r
 437                           g.fillArc((x*av.charWidth)-av.charWidth,\r
 438                                     y+4+iconOffset, av.charWidth, 8, 270,180);\r
 439                           x2 -= av.charWidth/2;\r
 440                         }\r
 441 \r
 442                         g.fillRect(x1, y+4+iconOffset, x2-x1, 8);\r
 443                             break;\r
 444 \r
 445                       case 'E':\r
 446                           g.setColor(SHEET_COLOUR);\r
 447                           g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,\r
 448                               (x*av.charWidth) - lastSSX - 4, 7);\r
 449                           g.fillPolygon(new int[] { (x*av.charWidth) - 4,\r
 450                                         (x*av.charWidth) - 4,\r
 451                                         (x*av.charWidth) },\r
 452                               new int[]\r
 453                               {\r
 454                                   y + iconOffset, y + 14 + iconOffset,\r
 455                                   y + 8 + iconOffset\r
 456                               }, 3);\r
 457 \r
 458                           break;\r
 459 \r
 460 \r
 461                       default:\r
 462                           g.setColor(Color.gray);\r
 463                           g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset,\r
 464                               (x*av.charWidth) - lastSSX, 2);\r
 465 \r
 466                           break;\r
 467                       }\r
 468 \r
 469                       if (validRes)\r
 470                       {\r
 471                           lastSS = row.annotations[column].secondaryStructure;\r
 472                       }\r
 473                       else\r
 474                       {\r
 475                           lastSS = ' ';\r
 476                       }\r
 477 \r
 478                       lastSSX = (x*av.charWidth);\r
 479                   }\r
 480               }\r
 481 \r
 482 \r
 483           column++;\r
 484           x++;\r
 485           }\r
 486 \r
 487           if(column>=row.annotations.length)\r
 488               column = row.annotations.length-1;\r
 489 \r
 490         //  x ++;\r
 491 \r
 492           if (row.hasIcons)\r
 493           {\r
 494             switch (lastSS)\r
 495             {\r
 496               case 'H':\r
 497                 g.setColor(HELIX_COLOUR);\r
 498                 if (MAC)\r
 499                 {\r
 500                   //Off by 1 offset when drawing rects and ovals\r
 501                   //to offscreen image on the MAC\r
 502                   g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,\r
 503                                   (x*av.charWidth) - lastSSX, 7, 8, 8);\r
 504                   break;\r
 505                 }\r
 506 \r
 507                 int sCol = (lastSSX / av.charWidth) + startRes;\r
 508                 int x1 = lastSSX;\r
 509                 int x2 = (x*av.charWidth);\r
 510 \r
 511                 if (sCol == 0 ||\r
 512                     row.annotations[sCol - 1] == null ||\r
 513                     row.annotations[sCol - 1].secondaryStructure != 'H')\r
 514                 {\r
 515                   g.fillArc(lastSSX, y + 4 + iconOffset, av.charWidth, 8, 90, 180);\r
 516                   x1 += av.charWidth / 2;\r
 517                 }\r
 518 \r
 519                 if (row.annotations[column] == null ||\r
 520                     row.annotations[column].secondaryStructure != 'H')\r
 521                 {\r
 522                   g.fillArc((x*av.charWidth) - av.charWidth,\r
 523                             y + 4 + iconOffset, av.charWidth, 8, 270,\r
 524                             180);\r
 525                   x2 -= av.charWidth / 2;\r
 526                 }\r
 527 \r
 528                 g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 8);\r
 529 \r
 530                 break;\r
 531 \r
 532               case 'E':\r
 533                 g.setColor(SHEET_COLOUR);\r
 534 \r
 535                 if (row.annotations[endRes] == null\r
 536                     || row.annotations[endRes].secondaryStructure != 'E')\r
 537                 {\r
 538                   g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,\r
 539                              (x*av.charWidth) - lastSSX - 4, 7);\r
 540                   g.fillPolygon(new int[]\r
 541                                 {(x*av.charWidth) - 4,\r
 542                                 (x*av.charWidth) - 4,\r
 543                                (x*av.charWidth)},\r
 544                                 new int[]\r
 545                                 {\r
 546                                 y + iconOffset, y + 14 + iconOffset,\r
 547                                 y + 7 + iconOffset\r
 548                   }, 3);\r
 549                 }\r
 550                 else\r
 551                  {\r
 552                    g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,\r
 553                               (x+1) * av.charWidth - lastSSX, 7);\r
 554                  }\r
 555                 break;\r
 556 \r
 557               default:\r
 558                 g.setColor(Color.gray);\r
 559                 if(!av.wrapAlignment || endRes==av.endRes)\r
 560                 g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset,\r
 561                            (x*av.charWidth) - lastSSX, 2);\r
 562 \r
 563                 break;\r
 564             }\r
 565           }\r
 566 \r
 567           if (row.graph>0)\r
 568           {\r
 569               if(row.graph == AlignmentAnnotation.LINE_GRAPH )\r
 570               {\r
 571                 if(row.graphGroup>-1 && !graphGroupDrawn[row.graphGroup])\r
 572                  {\r
 573                    float groupmax=-999999, groupmin=9999999;\r
 574                    for(int gg=0; gg<aa.length; gg++)\r
 575                    {\r
 576                      if(aa[gg].graphGroup!=row.graphGroup)\r
 577                        continue;\r
 578 \r
 579                      if(aa[gg]!=row)\r
 580                        aa[gg].visible = false;\r
 581 \r
 582                      if(aa[gg].graphMax>groupmax)\r
 583                        groupmax = aa[gg].graphMax;\r
 584                      if(aa[gg].graphMin<groupmin)\r
 585                        groupmin = aa[gg].graphMin;\r
 586                    }\r
 587 \r
 588                    for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)\r
 589                    {\r
 590                      if (aa[gg].graphGroup == row.graphGroup)\r
 591                      {\r
 592                        drawLineGraph(g, aa[gg], startRes, endRes, y,\r
 593                                      groupmin, groupmax,\r
 594                                      row.graphHeight);\r
 595                      }\r
 596                    }\r
 597 \r
 598                    graphGroupDrawn[ row.graphGroup ] = true;\r
 599                  }\r
 600                  else\r
 601                    drawLineGraph(g, row, startRes, endRes,\r
 602                                  y, row.graphMin, row.graphMax, row.graphHeight  );\r
 603               }\r
 604               else if(row.graph == AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH )\r
 605                  drawBarGraph(g, row, startRes, endRes,\r
 606                               row.graphMin, row.graphMax, y);\r
 607           }\r
 608 \r
 609           if (row.graph>0 && row.hasText)\r
 610           {\r
 611               y += av.charHeight;\r
 612           }\r
 613 \r
 614           if (row.graph==0)\r
 615           {\r
 616               y += aa[i].height;\r
 617           }\r
 618       }\r
 619   }\r
 620 \r
 621   public void drawLineGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation aa,\r
 622                             int sRes, int eRes,\r
 623                             int y,\r
 624                             float min, float max,\r
 625                             int graphHeight)\r
 626   {\r
 627     if(sRes>aa.annotations.length)\r
 628       return;\r
 629 \r
 630 \r
 631 \r
 632     int x = 0;\r
 633 \r
 634     //Adjustment for fastpaint to left\r
 635     if(eRes<av.endRes)\r
 636       eRes++;\r
 637 \r
 638     eRes = Math.min(eRes, aa.annotations.length);\r
 639 \r
 640 \r
 641     if(sRes==0)\r
 642     {\r
 643       sRes++;\r
 644       x+=av.charWidth;\r
 645     }\r
 646 \r
 647     int y1=y, y2=y;\r
 648     float range = max - min;\r
 649 \r
 650     ////Draw origin\r
 651     if(min<0)\r
 652       y2 = y - (int)((0-min / range)*graphHeight);\r
 653 \r
 654     g.setColor(Color.gray);\r
 655     g.drawLine(x-av.charWidth,y2,(eRes-sRes)*av.charWidth,y2);\r
 656 \r
 657     eRes = Math.min(eRes, aa.annotations.length);\r
 658 \r
 659     int column;\r
 660     int aaMax = aa.annotations.length-1;\r
 661 \r
 662     while( x < eRes - sRes )\r
 663     {\r
 664       column = sRes + x;\r
 665       if(av.hasHiddenColumns)\r
 666       {\r
 667         column = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(column);\r
 668       }\r
 669 \r
 670       if (column > aaMax)\r
 671       {\r
 672         break;\r
 673       }\r
 674 \r
 675       if(aa.annotations[column]==null || aa.annotations[column-1]==null)\r
 676       {\r
 677         x++;\r
 678         continue;\r
 679       }\r
 680 \r
 681         g.setColor(aa.annotations[column].colour);\r
 682         y1 = y - (int) (((aa.annotations[column-1].value-min) / range) * graphHeight);\r
 683         y2 = y - (int) (((aa.annotations[column].value-min) / range) * graphHeight);\r
 684 \r
 685         g.drawLine(x*av.charWidth-av.charWidth/2, y1, x*av.charWidth+av.charWidth/2, y2);\r
 686         x ++;\r
 687      }\r
 688 \r
 689      if(aa.threshold!=null)\r
 690      {\r
 691          g.setColor(aa.threshold.colour);\r
 692 \r
 693          y2 = (int)(y - ((aa.threshold.value-min) / range)*graphHeight);\r
 694          g.drawLine(0,y2,(eRes-sRes)*av.charWidth,y2);\r
 695     }\r
 696   }\r
 697 \r
 698   public void drawBarGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation aa,\r
 699                            int sRes, int eRes,\r
 700                            float min, float max,\r
 701                            int y)\r
 702   {\r
 703     if(sRes>aa.annotations.length)\r
 704       return;\r
 705 \r
 706     eRes = Math.min(eRes, aa.annotations.length);\r
 707 \r
 708     int x=0, y1=y, y2=y;\r
 709 \r
 710     float range = max - min;\r
 711 \r
 712     if(min<0)\r
 713       y2 = y - (int)((0-min / (range))*aa.graphHeight);\r
 714 \r
 715     g.setColor(Color.gray);\r
 716 \r
 717     g.drawLine(x,y2,(eRes-sRes)*av.charWidth,y2);\r
 718 \r
 719     int column;\r
 720     int aaMax = aa.annotations.length-1;\r
 721 \r
 722     while( x < eRes-sRes )\r
 723     {\r
 724       column = sRes + x;\r
 725       if(av.hasHiddenColumns)\r
 726       {\r
 727         column = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(column);\r
 728       }\r
 729 \r
 730       if(column > aaMax)\r
 731       {\r
 732           break;\r
 733       }\r
 734 \r
 735       if (aa.annotations[column] == null)\r
 736       {\r
 737         x ++;\r
 738         continue;\r
 739       }\r
 740 \r
 741         g.setColor(aa.annotations[column].colour);\r
 742         y1 = y - (int) (((aa.annotations[column].value-min) / (range)) * aa.graphHeight);\r
 743 \r
 744         if(y1-y2>0)\r
 745           g.fillRect(x*av.charWidth, y2, av.charWidth, y1-y2 );\r
 746         else\r
 747           g.fillRect(x*av.charWidth, y1, av.charWidth, y2-y1 );\r
 748 \r
 749         x ++ ;\r
 750 \r
 751     }\r
 752     if(aa.threshold!=null)\r
 753     {\r
 754         g.setColor(aa.threshold.colour);\r
 755         y2 = (int)(y - ((aa.threshold.value-min) / range)*aa.graphHeight);\r
 756         g.drawLine(0,y2,(eRes-sRes)*av.charWidth,y2);\r
 757       }\r
 758   }\r
 759 \r
 760   // used by overview window\r
 761   public void drawGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation aa, int width, int y, int sRes, int eRes)\r
 762   {\r
 763       g.setColor(Color.white);\r
 764       g.fillRect(0, 0, width, y);\r
 765       g.setColor(new Color(0, 0, 180));\r
 766 \r
 767       int x = 0, height;\r
 768 \r
 769       for (int j = sRes; j < eRes; j++)\r
 770       {\r
 771           g.setColor(aa.annotations[j].colour);\r
 772 \r
 773           height = (int) ((aa.annotations[j].value / aa.graphMax) * GRAPH_HEIGHT);\r
 774           if(height>y)\r
 775               height = y;\r
 776           g.fillRect(x, y - height, av.charWidth, height);\r
 777           x += av.charWidth;\r
 778       }\r
 779     }\r
 780 }\r