src/jalview/appletgui/AnnotationRowFilter.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.schemes.AnnotationColourGradient;
  24 import jalview.util.MessageManager;
  25
  26 import java.awt.Button;
  27 import java.awt.Checkbox;
  28 import java.awt.Choice;
  29 import java.awt.Frame;
  30 import java.awt.Panel;
  31 import java.awt.Scrollbar;
  32 import java.awt.TextField;
  33 import java.awt.event.ActionEvent;
  34
  35 @SuppressWarnings("serial")
  36 public abstract class AnnotationRowFilter extends Panel
  37 {
  38   protected AlignViewport av;
  39
  40   protected AlignmentPanel ap;
  41
  42   protected int[] annmap;
  43
  44   protected boolean enableSeqAss = false;
  45
  46   private jalview.datamodel.AlignmentAnnotation currentAnnotation;
  47
  48   protected boolean adjusting = false;
  49
  50   protected Checkbox currentColours = new Checkbox();
  51
  52   protected Panel minColour = new Panel();
  53
  54   protected Panel maxColour = new Panel();
  55
  56   protected Checkbox seqAssociated = new Checkbox();
  57
  58   protected Checkbox thresholdIsMin = new Checkbox();
  59
  60   protected Scrollbar slider = new Scrollbar(Scrollbar.HORIZONTAL);
  61
  62   protected Checkbox percentThreshold = new Checkbox();
  63
  64   protected TextField thresholdValue = new TextField(20);
  65
  66   protected Frame frame;
  67
  68   protected Button ok = new Button();
  69
  70   protected Button cancel = new Button();
  71
  72   /**
  73    * enabled if the user is dragging the slider - try to keep updates to a
  74    * minimun
  75    */
  76   protected boolean sliderDragging = false;
  77
  78   public AnnotationRowFilter(AlignViewport av, final AlignmentPanel ap)
  79   {
  80     this.av = av;
  81     this.ap = ap;
  82   }
  83
  84   public AnnotationRowFilter()
  85   {
  86
  87   }
  88
  89   protected int getSelectedThresholdItem(int indexValue)
  90   {
  91     int selectedThresholdItem = -1;
  92     if (indexValue == 1)
  93     {
  94       selectedThresholdItem = AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD;
  95     }
  96     else if (indexValue == 2)
  97     {
  98       selectedThresholdItem = AnnotationColourGradient.BELOW_THRESHOLD;
  99     }
 100     return selectedThresholdItem;
 101   }
 102
 103   public void modelChanged()
 104   {
 105     seqAssociated.setEnabled(enableSeqAss);
 106   }
 107
 108   public void ok_actionPerformed(ActionEvent e)
 109   {
 110     updateView();
 111     frame.setVisible(false);
 112   }
 113
 114   public void cancel_actionPerformed(ActionEvent e)
 115   {
 116     reset();
 117     ap.paintAlignment(true);
 118     frame.setVisible(false);
 119   }
 120
 121   public void thresholdCheck_actionPerformed(ActionEvent e)
 122   {
 123     updateView();
 124   }
 125
 126   public void annotations_actionPerformed(ActionEvent e)
 127   {
 128     updateView();
 129   }
 130
 131   public void threshold_actionPerformed(ActionEvent e)
 132   {
 133     updateView();
 134   }
 135
 136   protected void setThresholdValueText()
 137   {
 138     adjusting = true;
 139     if (percentThreshold.getState())
 140     {
 141       double scl = slider.getMaximum() - slider.getMinimum();
 142       scl = (slider.getValue() - slider.getMinimum()) / scl;
 143       thresholdValue.setText(100 * scl + "");
 144     }
 145     else
 146     {
 147       thresholdValue.setText((slider.getValue() / 1000f) + "");
 148     }
 149     thresholdValue.setCaretPosition(0);
 150     adjusting = false;
 151   }
 152
 153   public void thresholdValue_actionPerformed(ActionEvent e)
 154   {
 155     try
 156     {
 157       float f = Float.parseFloat(thresholdValue.getText());
 158       if (percentThreshold.getState())
 159       {
 160         slider.setValue(slider.getMinimum()
 161                 + ((int) ((f / 100f) * (slider.getMaximum() - slider
 162                         .getMinimum()))));
 163       }
 164       else
 165       {
 166         slider.setValue((int) (f * 1000));
 167       }
 168       updateView();
 169     } catch (NumberFormatException ex)
 170     {
 171     }
 172   }
 173
 174   protected void percentageValue_actionPerformed()
 175   {
 176     setThresholdValueText();
 177   }
 178
 179   protected void populateThresholdComboBox(Choice threshold)
 180   {
 181     threshold.addItem(MessageManager
 182             .getString("label.threshold_feature_no_threshold"));
 183     threshold.addItem(MessageManager
 184             .getString("label.threshold_feature_above_threshold"));
 185     threshold.addItem(MessageManager
 186             .getString("label.threshold_feature_below_threshold"));
 187   }
 188
 189   public jalview.datamodel.AlignmentAnnotation getCurrentAnnotation()
 190   {
 191     return currentAnnotation;
 192   }
 193
 194   public void setCurrentAnnotation(
 195           jalview.datamodel.AlignmentAnnotation currentAnnotation)
 196   {
 197     this.currentAnnotation = currentAnnotation;
 198   }
 199
 200   public abstract void valueChanged(boolean updateAllAnnotation);
 201
 202   public abstract void updateView();
 203
 204   public abstract void reset();
 205 }