src/jalview/appletgui/AnnotationRowFilter.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.schemes.AnnotationColourGradient;
  24 import jalview.util.MessageManager;
  25
  26 import java.awt.Button;
  27 import java.awt.Checkbox;
  28 import java.awt.Choice;
  29 import java.awt.Frame;
  30 import java.awt.Panel;
  31 import java.awt.Scrollbar;
  32 import java.awt.TextField;
  33 import java.awt.event.ActionEvent;
  34 import java.util.Vector;
  35
  36 @SuppressWarnings("serial")
  37 public abstract class AnnotationRowFilter extends Panel
  38 {
  39   protected AlignViewport av;
  40
  41   protected AlignmentPanel ap;
  42
  43   protected int[] annmap;
  44
  45   protected boolean enableSeqAss = false;
  46
  47   private jalview.datamodel.AlignmentAnnotation currentAnnotation;
  48
  49   protected boolean adjusting = false;
  50
  51   protected Checkbox currentColours = new Checkbox();
  52
  53   protected Panel minColour = new Panel();
  54
  55   protected Panel maxColour = new Panel();
  56
  57   protected Checkbox seqAssociated = new Checkbox();
  58
  59   protected Checkbox thresholdIsMin = new Checkbox();
  60
  61   protected Scrollbar slider = new Scrollbar(Scrollbar.HORIZONTAL);
  62
  63   protected TextField thresholdValue = new TextField(20);
  64
  65   protected Frame frame;
  66
  67   protected Button ok = new Button();
  68
  69   protected Button cancel = new Button();
  70
  71   /**
  72    * enabled if the user is dragging the slider - try to keep updates to a
  73    * minimun
  74    */
  75   protected boolean sliderDragging = false;
  76
  77   public AnnotationRowFilter(AlignViewport av, final AlignmentPanel ap)
  78   {
  79     this.av = av;
  80     this.ap = ap;
  81   }
  82
  83   public AnnotationRowFilter()
  84   {
  85
  86   }
  87
  88   protected int getSelectedThresholdItem(int indexValue)
  89   {
  90     int selectedThresholdItem = -1;
  91     if (indexValue == 1)
  92     {
  93       selectedThresholdItem = AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD;
  94     }
  95     else if (indexValue == 2)
  96     {
  97       selectedThresholdItem = AnnotationColourGradient.BELOW_THRESHOLD;
  98     }
  99     return selectedThresholdItem;
 100   }
 101
 102   public void modelChanged()
 103   {
 104     seqAssociated.setEnabled(enableSeqAss);
 105   }
 106
 107   public void ok_actionPerformed(ActionEvent e)
 108   {
 109     updateView();
 110     frame.setVisible(false);
 111   }
 112
 113   public void cancel_actionPerformed(ActionEvent e)
 114   {
 115     reset();
 116     ap.paintAlignment(true);
 117     frame.setVisible(false);
 118   }
 119
 120   public void thresholdCheck_actionPerformed(ActionEvent e)
 121   {
 122     updateView();
 123   }
 124
 125   public void annotations_actionPerformed(ActionEvent e)
 126   {
 127     updateView();
 128   }
 129
 130   public void threshold_actionPerformed(ActionEvent e)
 131   {
 132     updateView();
 133   }
 134
 135   public void thresholdValue_actionPerformed(ActionEvent e)
 136   {
 137     try
 138     {
 139       float f = Float.parseFloat(thresholdValue.getText());
 140       slider.setValue((int) (f * 1000));
 141       updateView();
 142     } catch (NumberFormatException ex)
 143     {
 144     }
 145   }
 146
 147   protected void populateThresholdComboBox(Choice threshold)
 148   {
 149     threshold.addItem(MessageManager
 150             .getString("label.threshold_feature_no_threshold"));
 151     threshold.addItem(MessageManager
 152             .getString("label.threshold_feature_above_threshold"));
 153     threshold.addItem(MessageManager
 154             .getString("label.threshold_feature_below_threshold"));
 155   }
 156
 157   public jalview.datamodel.AlignmentAnnotation getCurrentAnnotation()
 158   {
 159     return currentAnnotation;
 160   }
 161
 162   public void setCurrentAnnotation(
 163           jalview.datamodel.AlignmentAnnotation currentAnnotation)
 164   {
 165     this.currentAnnotation = currentAnnotation;
 166   }
 167
 168   public abstract void valueChanged(boolean updateAllAnnotation);
 169
 170   public abstract void updateView();
 171
 172   public abstract void reset();
 173 }