src/jalview/appletgui/AppletJmol.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
   3  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.appletgui;
  19
  20 import java.util.*;
  21 import java.awt.*;
  22 import java.awt.event.*;
  23
  24 import jalview.datamodel.*;
  25 import jalview.structure.*;
  26 import jalview.io.*;
  27
  28 import org.jmol.api.*;
  29 import org.jmol.adapter.smarter.SmarterJmolAdapter;
  30
  31 import org.jmol.popup.*;
  32 import jalview.schemes.*;
  33
  34 public class AppletJmol extends EmbmenuFrame implements StructureListener,
  35         JmolStatusListener, KeyListener, ActionListener, ItemListener
  36
  37 {
  38   Menu fileMenu = new Menu("File");
  39
  40   Menu viewMenu = new Menu("View");
  41
  42   Menu coloursMenu = new Menu("Colours");
  43
  44   Menu chainMenu = new Menu("Show Chain");
  45
  46   Menu helpMenu = new Menu("Help");
  47
  48   MenuItem mappingMenuItem = new MenuItem("View Mapping");
  49
  50   CheckboxMenuItem seqColour = new CheckboxMenuItem("By Sequence", true);
  51
  52   MenuItem chain = new MenuItem("By Chain");
  53
  54   MenuItem charge = new MenuItem("Charge & Cysteine");
  55
  56   MenuItem zappo = new MenuItem("Zappo");
  57
  58   MenuItem taylor = new MenuItem("Taylor");
  59
  60   MenuItem hydro = new MenuItem("Hydrophobicity");
  61
  62   MenuItem helix = new MenuItem("Helix Propensity");
  63
  64   MenuItem strand = new MenuItem("Strand Propensity");
  65
  66   MenuItem turn = new MenuItem("Turn Propensity");
  67
  68   MenuItem buried = new MenuItem("Buried Index");
  69
  70   MenuItem user = new MenuItem("User Defined Colours");
  71
  72   MenuItem jmolHelp = new MenuItem("Jmol Help");
  73
  74   JmolViewer viewer;
  75
  76   JmolPopup jmolpopup;
  77
  78   Panel scriptWindow;
  79
  80   TextField inputLine;
  81
  82   TextArea history;
  83
  84   SequenceI[] sequence;
  85
  86   String[] chains;
  87
  88   StructureSelectionManager ssm;
  89
  90   RenderPanel renderPanel;
  91
  92   AlignmentPanel ap;
  93
  94   String fileLoadingError;
  95
  96   boolean loadedInline;
  97
  98   PDBEntry pdbentry;
  99
 100   boolean colourBySequence = true;
 101
 102   Vector atomsPicked = new Vector();
 103
 104   /**
 105    * datasource protocol for access to PDBEntry
 106    */
 107   String protocol = null;
 108
 109   public AppletJmol(PDBEntry pdbentry, SequenceI[] seq, String[] chains,
 110           AlignmentPanel ap, String protocol)
 111   {
 112     this.ap = ap;
 113     this.sequence = seq;
 114     this.chains = chains;
 115     this.pdbentry = pdbentry;
 116     this.protocol = protocol;
 117     if (pdbentry.getId() == null || pdbentry.getId().length() < 1)
 118     {
 119       if (protocol.equals(AppletFormatAdapter.PASTE))
 120       {
 121         pdbentry.setId("PASTED PDB"
 122                 + (chains == null ? "_" : chains.toString()));
 123       }
 124       else
 125       {
 126         pdbentry.setId(pdbentry.getFile());
 127       }
 128     }
 129
 130     if (jalview.bin.JalviewLite.debug)
 131     {
 132       System.err
 133               .println("AppletJmol: PDB ID is '" + pdbentry.getId() + "'");
 134     }
 135
 136     String alreadyMapped = StructureSelectionManager
 137             .getStructureSelectionManager().alreadyMappedToFile(
 138                     pdbentry.getId());
 139     MCview.PDBfile reader = null;
 140     if (alreadyMapped != null)
 141     {
 142       reader = StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager()
 143               .setMapping(seq, chains, pdbentry.getFile(), protocol);
 144       // PROMPT USER HERE TO ADD TO NEW OR EXISTING VIEW?
 145       // FOR NOW, LETS JUST OPEN A NEW WINDOW
 146     }
 147     MenuBar menuBar = new MenuBar();
 148     menuBar.add(fileMenu);
 149     fileMenu.add(mappingMenuItem);
 150     menuBar.add(viewMenu);
 151     mappingMenuItem.addActionListener(this);
 152     viewMenu.add(chainMenu);
 153     menuBar.add(coloursMenu);
 154     menuBar.add(helpMenu);
 155
 156     charge.addActionListener(this);
 157     hydro.addActionListener(this);
 158     chain.addActionListener(this);
 159     seqColour.addItemListener(this);
 160     zappo.addActionListener(this);
 161     taylor.addActionListener(this);
 162     helix.addActionListener(this);
 163     strand.addActionListener(this);
 164     turn.addActionListener(this);
 165     buried.addActionListener(this);
 166     user.addActionListener(this);
 167
 168     jmolHelp.addActionListener(this);
 169
 170     coloursMenu.add(seqColour);
 171     coloursMenu.add(chain);
 172     coloursMenu.add(charge);
 173     coloursMenu.add(zappo);
 174     coloursMenu.add(taylor);
 175     coloursMenu.add(hydro);
 176     coloursMenu.add(helix);
 177     coloursMenu.add(strand);
 178     coloursMenu.add(turn);
 179     coloursMenu.add(buried);
 180     coloursMenu.add(user);
 181
 182     helpMenu.add(jmolHelp);
 183
 184     setMenuBar(menuBar);
 185
 186     renderPanel = new RenderPanel();
 187     embedMenuIfNeeded(renderPanel);
 188     this.add(renderPanel, BorderLayout.CENTER);
 189     viewer = JmolViewer.allocateViewer(renderPanel,
 190             new SmarterJmolAdapter());
 191
 192     viewer.setAppletContext("jalview", ap.av.applet.getDocumentBase(),
 193             ap.av.applet.getCodeBase(), null);
 194
 195     viewer.setJmolStatusListener(this);
 196
 197     jmolpopup = JmolPopup.newJmolPopup(viewer);
 198
 199     this.addWindowListener(new WindowAdapter()
 200     {
 201       public void windowClosing(WindowEvent evt)
 202       {
 203         closeViewer();
 204       }
 205     });
 206
 207     if (pdbentry.getFile() != null)
 208     {
 209       // import structure data from pdbentry.getFile based on given protocol
 210       if (protocol.equals(AppletFormatAdapter.PASTE))
 211       {
 212         loadInline(pdbentry.getFile());
 213       }
 214       else if (protocol.equals(AppletFormatAdapter.FILE)
 215               || protocol.equals(AppletFormatAdapter.URL))
 216       {
 217         viewer.openFile(pdbentry.getFile());
 218       }
 219       else
 220       {
 221         // probably CLASSLOADER based datasource..
 222         // Try and get a reader on the datasource, and pass that to Jmol
 223         try
 224         {
 225           java.io.Reader freader = null;
 226           if (reader != null)
 227           {
 228             if (jalview.bin.JalviewLite.debug)
 229             {
 230               System.err
 231                       .println("AppletJmol:Trying to reuse existing PDBfile IO parser.");
 232             }
 233             // re-use the one we opened earlier
 234             freader = reader.getReader();
 235           }
 236           if (freader == null)
 237           {
 238             if (jalview.bin.JalviewLite.debug)
 239             {
 240               System.err
 241                       .println("AppletJmol:Creating new PDBfile IO parser.");
 242             }
 243             FileParse fp = new FileParse(pdbentry.getFile(), protocol);
 244             fp.mark();
 245             // reader = new MCview.PDBfile(fp);
 246             // could set ID, etc.
 247             // if (!reader.isValid())
 248             // {
 249             // throw new Exception("Invalid datasource.
 250             // "+reader.getWarningMessage());
 251             // }
 252             // fp.reset();
 253             freader = fp.getReader();
 254           }
 255           if (freader == null)
 256           {
 257             throw new Exception(
 258                     "Invalid datasource. Could not obtain Reader.");
 259           }
 260           viewer.openReader(pdbentry.getFile(), pdbentry.getId(), freader);
 261         } catch (Exception e)
 262         {
 263           // give up!
 264           System.err.println("Couldn't access pdbentry id="
 265                   + pdbentry.getId() + " and file=" + pdbentry.getFile()
 266                   + " using protocol=" + protocol);
 267           e.printStackTrace();
 268         }
 269       }
 270     }
 271
 272     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(this, "Jmol", 400, 400);
 273   }
 274
 275   public void loadInline(String string)
 276   {
 277     loadedInline = true;
 278     viewer.openStringInline(string);
 279   }
 280
 281   void setChainMenuItems(Vector chains)
 282   {
 283     chainMenu.removeAll();
 284
 285     MenuItem menuItem = new MenuItem("All");
 286     menuItem.addActionListener(this);
 287
 288     chainMenu.add(menuItem);
 289
 290     CheckboxMenuItem menuItemCB;
 291     for (int c = 0; c < chains.size(); c++)
 292     {
 293       menuItemCB = new CheckboxMenuItem(chains.elementAt(c).toString(),
 294               true);
 295       menuItemCB.addItemListener(this);
 296       chainMenu.add(menuItemCB);
 297     }
 298   }
 299
 300   boolean allChainsSelected = false;
 301
 302   void centerViewer()
 303   {
 304     StringBuffer cmd = new StringBuffer();
 305     for (int i = 0; i < chainMenu.getItemCount(); i++)
 306     {
 307       if (chainMenu.getItem(i) instanceof CheckboxMenuItem)
 308       {
 309         CheckboxMenuItem item = (CheckboxMenuItem) chainMenu.getItem(i);
 310         if (item.getState())
 311           cmd.append(":" + item.getLabel() + " or ");
 312       }
 313     }
 314
 315     if (cmd.length() > 0)
 316       cmd.setLength(cmd.length() - 4);
 317
 318     viewer
 319             .evalString("select *;restrict " + cmd + ";cartoon;center "
 320                     + cmd);
 321   }
 322
 323   void closeViewer()
 324   {
 325     viewer.setModeMouse(org.jmol.viewer.JmolConstants.MOUSE_NONE);
 326     viewer.evalStringQuiet("zap");
 327     viewer.setJmolStatusListener(null);
 328     viewer = null;
 329
 330     // We'll need to find out what other
 331     // listeners need to be shut down in Jmol
 332     StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager()
 333             .removeStructureViewerListener(this, pdbentry.getId());
 334
 335     this.setVisible(false);
 336   }
 337
 338   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 339   {
 340     if (evt.getSource() == mappingMenuItem)
 341     {
 342       jalview.appletgui.CutAndPasteTransfer cap = new jalview.appletgui.CutAndPasteTransfer(
 343               false, null);
 344       Frame frame = new Frame();
 345       frame.add(cap);
 346
 347       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "PDB - Sequence Mapping",
 348               550, 600);
 349       cap.setText(StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager()
 350               .printMapping(pdbentry.getFile()));
 351     }
 352     else if (evt.getSource() == charge)
 353     {
 354       colourBySequence = false;
 355       seqColour.setState(false);
 356       viewer
 357               .evalStringQuiet("select *;color white;select ASP,GLU;color red;"
 358                       + "select LYS,ARG;color blue;select CYS;color yellow");
 359     }
 360
 361     else if (evt.getSource() == chain)
 362     {
 363       colourBySequence = false;
 364       seqColour.setState(false);
 365       viewer.evalStringQuiet("select *;color chain");
 366     }
 367     else if (evt.getSource() == zappo)
 368     {
 369       setJalviewColourScheme(new ZappoColourScheme());
 370     }
 371     else if (evt.getSource() == taylor)
 372     {
 373       setJalviewColourScheme(new TaylorColourScheme());
 374     }
 375     else if (evt.getSource() == hydro)
 376     {
 377       setJalviewColourScheme(new HydrophobicColourScheme());
 378     }
 379     else if (evt.getSource() == helix)
 380     {
 381       setJalviewColourScheme(new HelixColourScheme());
 382     }
 383     else if (evt.getSource() == strand)
 384     {
 385       setJalviewColourScheme(new StrandColourScheme());
 386     }
 387     else if (evt.getSource() == turn)
 388     {
 389       setJalviewColourScheme(new TurnColourScheme());
 390     }
 391     else if (evt.getSource() == buried)
 392     {
 393       setJalviewColourScheme(new BuriedColourScheme());
 394     }
 395     else if (evt.getSource() == user)
 396     {
 397       new UserDefinedColours(this);
 398     }
 399     else if (evt.getSource() == jmolHelp)
 400     {
 401       try
 402       {
 403         ap.av.applet.getAppletContext().showDocument(
 404                 new java.net.URL(
 405                         "http://jmol.sourceforge.net/docs/JmolUserGuide/"),
 406                 "jmolHelp");
 407       } catch (java.net.MalformedURLException ex)
 408       {
 409       }
 410     }
 411     else
 412     {
 413       allChainsSelected = true;
 414       for (int i = 0; i < chainMenu.getItemCount(); i++)
 415       {
 416         if (chainMenu.getItem(i) instanceof CheckboxMenuItem)
 417           ((CheckboxMenuItem) chainMenu.getItem(i)).setState(true);
 418       }
 419       centerViewer();
 420       allChainsSelected = false;
 421     }
 422   }
 423
 424   public void setJalviewColourScheme(ColourSchemeI cs)
 425   {
 426     colourBySequence = false;
 427     seqColour.setState(false);
 428
 429     if (cs == null)
 430       return;
 431
 432     String res;
 433     int index;
 434     Color col;
 435
 436     Enumeration en = ResidueProperties.aa3Hash.keys();
 437     StringBuffer command = new StringBuffer("select *;color white;");
 438     while (en.hasMoreElements())
 439     {
 440       res = en.nextElement().toString();
 441       index = ((Integer) ResidueProperties.aa3Hash.get(res)).intValue();
 442       if (index > 20)
 443         continue;
 444
 445       col = cs.findColour(ResidueProperties.aa[index].charAt(0));
 446
 447       command.append("select " + res + ";color[" + col.getRed() + ","
 448               + col.getGreen() + "," + col.getBlue() + "];");
 449     }
 450
 451     viewer.evalStringQuiet(command.toString());
 452   }
 453
 454   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 455   {
 456     if (evt.getSource() == seqColour)
 457     {
 458       lastCommand = null;
 459       colourBySequence = seqColour.getState();
 460       colourBySequence(ap);
 461     }
 462     else if (!allChainsSelected)
 463       centerViewer();
 464   }
 465
 466   public void keyPressed(KeyEvent evt)
 467   {
 468     if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_ENTER && scriptWindow.isVisible())
 469     {
 470       viewer.evalString(inputLine.getText());
 471       history.append("\n$ " + inputLine.getText());
 472       inputLine.setText("");
 473     }
 474
 475   }
 476
 477   public void keyTyped(KeyEvent evt)
 478   {
 479   }
 480
 481   public void keyReleased(KeyEvent evt)
 482   {
 483   }
 484
 485   // ////////////////////////////////
 486   // /StructureListener
 487   public String getPdbFile()
 488   {
 489     return "???";
 490   }
 491
 492   String lastMessage;
 493
 494   public void mouseOverStructure(int atomIndex, String strInfo)
 495   {
 496     int pdbResNum;
 497
 498     int chainSeparator = strInfo.indexOf(":");
 499
 500     if (chainSeparator == -1)
 501       chainSeparator = strInfo.indexOf(".");
 502
 503     pdbResNum = Integer.parseInt(strInfo.substring(
 504             strInfo.indexOf("]") + 1, chainSeparator));
 505
 506     String chainId;
 507
 508     if (strInfo.indexOf(":") > -1)
 509       chainId = strInfo.substring(strInfo.indexOf(":") + 1, strInfo
 510               .indexOf("."));
 511     else
 512     {
 513       chainId = " ";
 514     }
 515
 516     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(strInfo))
 517       ssm.mouseOverStructure(pdbResNum, chainId, pdbentry.getFile());
 518
 519     lastMessage = strInfo;
 520   }
 521
 522   StringBuffer resetLastRes = new StringBuffer();
 523
 524   StringBuffer eval = new StringBuffer();
 525
 526   public void highlightAtom(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
 527           String pdbfile)
 528   {
 529     if (!pdbfile.equals(pdbentry.getFile()))
 530       return;
 531
 532     if (resetLastRes.length() > 0)
 533     {
 534       viewer.evalStringQuiet(resetLastRes.toString());
 535     }
 536
 537     eval.setLength(0);
 538     eval.append("select " + pdbResNum);
 539
 540     resetLastRes.setLength(0);
 541     resetLastRes.append("select " + pdbResNum);
 542
 543     eval.append(":");
 544     resetLastRes.append(":");
 545     if (!chain.equals(" "))
 546     {
 547       eval.append(chain);
 548       resetLastRes.append(chain);
 549     }
 550
 551     eval.append(";wireframe 100;" + eval.toString() + " and not hetero;");
 552
 553     resetLastRes.append(";wireframe 0;" + resetLastRes.toString()
 554             + " and not hetero; spacefill 0;");
 555
 556     eval.append("spacefill 200;select none");
 557
 558     viewer.evalStringQuiet(eval.toString());
 559
 560   }
 561
 562   public void updateColours(Object source)
 563   {
 564     colourBySequence((AlignmentPanel) source);
 565   }
 566
 567   // End StructureListener
 568   // //////////////////////////
 569
 570   public Color getColour(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
 571           String pdbfile)
 572   {
 573     if (!pdbfile.equals(pdbentry.getFile()))
 574       return null;
 575
 576     return new Color(viewer.getAtomArgb(atomIndex));
 577   }
 578
 579   String lastCommand;
 580
 581   FeatureRenderer fr = null;
 582
 583   public void colourBySequence(AlignmentPanel sourceap)
 584   {
 585     this.ap = sourceap;
 586
 587     if (!colourBySequence)
 588       return;
 589
 590     StructureMapping[] mapping = ssm.getMapping(pdbentry.getFile());
 591
 592     if (mapping.length < 1)
 593       return;
 594
 595     SequenceRenderer sr = new SequenceRenderer(ap.av);
 596
 597     boolean showFeatures = false;
 598
 599     if (ap.av.showSequenceFeatures)
 600     {
 601       showFeatures = true;
 602       if (fr == null)
 603       {
 604         fr = new jalview.appletgui.FeatureRenderer(ap.av);
 605       }
 606
 607       fr.transferSettings(ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer());
 608     }
 609
 610     StringBuffer command = new StringBuffer();
 611
 612     int lastPos = -1;
 613     for (int s = 0; s < sequence.length; s++)
 614     {
 615       for (int sp, m = 0; m < mapping.length; m++)
 616       {
 617         if (mapping[m].getSequence() == sequence[s]
 618                 && (sp = ap.av.alignment.findIndex(sequence[s])) > -1)
 619         {
 620           SequenceI asp = ap.av.alignment.getSequenceAt(sp);
 621           for (int r = 0; r < asp.getLength(); r++)
 622           {
 623             // no mapping to gaps in sequence
 624             if (jalview.util.Comparison.isGap(asp.getCharAt(r)))
 625             {
 626               continue;
 627             }
 628             int pos = mapping[m].getPDBResNum(asp.findPosition(r));
 629
 630             if (pos < 1 || pos == lastPos)
 631               continue;
 632
 633             lastPos = pos;
 634
 635             Color col = sr.getResidueBoxColour(sequence[s], r);
 636
 637             if (showFeatures)
 638               col = fr.findFeatureColour(col, sequence[s], r);
 639
 640             if (command.toString().endsWith(
 641                     ":" + mapping[m].getChain() + ";color[" + col.getRed()
 642                             + "," + col.getGreen() + "," + col.getBlue()
 643                             + "]"))
 644             {
 645               command = condenseCommand(command.toString(), pos);
 646               continue;
 647             }
 648
 649             command.append(";select " + pos);
 650
 651             if (!mapping[m].getChain().equals(" "))
 652             {
 653               command.append(":" + mapping[m].getChain());
 654             }
 655
 656             command.append(";color[" + col.getRed() + "," + col.getGreen()
 657                     + "," + col.getBlue() + "]");
 658           }
 659           break;
 660         }
 661       }
 662     }
 663
 664     if (lastCommand == null || !lastCommand.equals(command.toString()))
 665     {
 666       viewer.evalStringQuiet(command.toString());
 667     }
 668     lastCommand = command.toString();
 669   }
 670
 671   StringBuffer condenseCommand(String command, int pos)
 672   {
 673
 674     StringBuffer sb = new StringBuffer(command.substring(0, command
 675             .lastIndexOf("select") + 7));
 676
 677     command = command.substring(sb.length());
 678
 679     String start;
 680
 681     if (command.indexOf("-") > -1)
 682     {
 683       start = command.substring(0, command.indexOf("-"));
 684     }
 685     else
 686     {
 687       start = command.substring(0, command.indexOf(":"));
 688     }
 689
 690     sb.append(start + "-" + pos + command.substring(command.indexOf(":")));
 691
 692     return sb;
 693   }
 694
 695   // ///////////////////////////////
 696   // JmolStatusListener
 697
 698   public String eval(String strEval)
 699   {
 700     // System.out.println(strEval);
 701     // "# 'eval' is implemented only for the applet.";
 702     return null;
 703   }
 704
 705   public void createImage(String file, String type, int quality)
 706   {
 707   }
 708
 709   public void setCallbackFunction(String callbackType,
 710           String callbackFunction)
 711   {
 712   }
 713
 714   public void notifyFileLoaded(String fullPathName, String fileName,
 715           String modelName, Object clientFile, String errorMsg)
 716   {
 717     if (errorMsg != null)
 718     {
 719       fileLoadingError = errorMsg;
 720       repaint();
 721       return;
 722     }
 723
 724     fileLoadingError = null;
 725
 726     if (fileName != null)
 727     {
 728       // FILE LOADED OK
 729       jmolpopup.updateComputedMenus();
 730       viewer
 731               .evalStringQuiet("select backbone;restrict;cartoon;wireframe off;spacefill off");
 732
 733       ssm = StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager();
 734       MCview.PDBfile pdb;
 735       if (loadedInline)
 736       {
 737         pdb = ssm.setMapping(sequence, chains, pdbentry.getFile(),
 738                 AppletFormatAdapter.PASTE);
 739         pdbentry.setFile("INLINE" + pdb.id);
 740       }
 741       else
 742       {
 743         // TODO: Jmol can in principle retrieve from CLASSLOADER but this needs
 744         // to be tested. See mantis bug
 745         // https://mantis.lifesci.dundee.ac.uk/view.php?id=36605
 746
 747         pdb = ssm.setMapping(sequence, chains, pdbentry.getFile(),
 748                 AppletFormatAdapter.URL);
 749
 750       }
 751
 752       pdbentry.setId(pdb.id);
 753
 754       ssm.addStructureViewerListener(this);
 755
 756       Vector chains = new Vector();
 757       for (int i = 0; i < pdb.chains.size(); i++)
 758       {
 759         chains.addElement(((MCview.PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).id);
 760       }
 761       setChainMenuItems(chains);
 762
 763       colourBySequence(ap);
 764
 765       StringBuffer title = new StringBuffer(sequence[0].getName() + ":"
 766               + pdbentry.getId());
 767
 768       if (pdbentry.getProperty() != null)
 769       {
 770         if (pdbentry.getProperty().get("method") != null)
 771         {
 772           title.append(" Method: ");
 773           title.append(pdbentry.getProperty().get("method"));
 774         }
 775         if (pdbentry.getProperty().get("chains") != null)
 776         {
 777           title.append(" Chain:");
 778           title.append(pdbentry.getProperty().get("chains"));
 779         }
 780       }
 781
 782       this.setTitle(title.toString());
 783
 784     }
 785     else
 786       return;
 787   }
 788
 789   public void notifyFrameChanged(int frameNo)
 790   {
 791     boolean isAnimationRunning = (frameNo <= -2);
 792   }
 793
 794   public void notifyScriptStart(String statusMessage, String additionalInfo)
 795   {
 796   }
 797
 798   public void sendConsoleEcho(String strEcho)
 799   {
 800     if (scriptWindow == null)
 801       showConsole(true);
 802
 803     history.append("\n" + strEcho);
 804   }
 805
 806   public void sendConsoleMessage(String strStatus)
 807   {
 808     if (history != null && strStatus != null
 809             && !strStatus.equals("Script completed"))
 810     {
 811       history.append("\n" + strStatus);
 812     }
 813   }
 814
 815   public void notifyScriptTermination(String strStatus, int msWalltime)
 816   {
 817   }
 818
 819   public void handlePopupMenu(int x, int y)
 820   {
 821     jmolpopup.show(x, y);
 822   }
 823
 824   public void notifyNewPickingModeMeasurement(int iatom, String strMeasure)
 825   {
 826     notifyAtomPicked(iatom, strMeasure);
 827   }
 828
 829   public void notifyNewDefaultModeMeasurement(int count, String strInfo)
 830   {
 831   }
 832
 833   public void notifyAtomPicked(int atomIndex, String strInfo)
 834   {
 835
 836     int chainSeparator = strInfo.indexOf(":");
 837
 838     if (chainSeparator == -1)
 839       chainSeparator = strInfo.indexOf(".");
 840
 841     String picked = strInfo.substring(strInfo.indexOf("]") + 1,
 842             chainSeparator);
 843
 844     if (strInfo.indexOf(":") > -1)
 845       picked += strInfo.substring(strInfo.indexOf(":") + 1, strInfo
 846               .indexOf("."));
 847
 848     picked += ".CA";
 849
 850     if (!atomsPicked.contains(picked))
 851     {
 852       viewer.evalString("select " + picked + ";label %n %r:%c");
 853       atomsPicked.addElement(picked);
 854     }
 855     else
 856     {
 857       viewer.evalString("select " + picked + ";label off");
 858       atomsPicked.removeElement(picked);
 859     }
 860   }
 861
 862   public void notifyAtomHovered(int atomIndex, String strInfo)
 863   {
 864     mouseOverStructure(atomIndex, strInfo);
 865   }
 866
 867   public void sendSyncScript(String script, String appletName)
 868   {
 869   }
 870
 871   public void showUrl(String url)
 872   {
 873     try
 874     {
 875       ap.av.applet.getAppletContext().showDocument(new java.net.URL(url),
 876               "jmolOutput");
 877     } catch (java.net.MalformedURLException ex)
 878     {
 879     }
 880   }
 881
 882   public void showConsole(boolean showConsole)
 883   {
 884     if (scriptWindow == null)
 885     {
 886       scriptWindow = new Panel(new BorderLayout());
 887       inputLine = new TextField();
 888       history = new TextArea(5, 40);
 889       scriptWindow.add(history, BorderLayout.CENTER);
 890       scriptWindow.add(inputLine, BorderLayout.SOUTH);
 891       add(scriptWindow, BorderLayout.SOUTH);
 892       scriptWindow.setVisible(false);
 893       history.setEditable(false);
 894       inputLine.addKeyListener(this);
 895     }
 896
 897     scriptWindow.setVisible(!scriptWindow.isVisible());
 898     validate();
 899   }
 900
 901   public float functionXY(String functionName, int x, int y)
 902   {
 903     return 0;
 904   }
 905
 906   // /End JmolStatusListener
 907   // /////////////////////////////
 908
 909   class RenderPanel extends Panel
 910   {
 911     Dimension currentSize = new Dimension();
 912
 913     Rectangle rectClip = new Rectangle();
 914
 915     public void update(Graphics g)
 916     {
 917       paint(g);
 918     }
 919
 920     public void paint(Graphics g)
 921     {
 922       currentSize = this.getSize();
 923       rectClip = g.getClipBounds();
 924
 925       if (viewer == null)
 926       {
 927         g.setColor(Color.black);
 928         g.fillRect(0, 0, currentSize.width, currentSize.height);
 929         g.setColor(Color.white);
 930         g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 931         g.drawString("Retrieving PDB data....", 20, currentSize.height / 2);
 932       }
 933       else
 934       {
 935         viewer.renderScreenImage(g, currentSize, rectClip);
 936       }
 937     }
 938   }
 939
 940 }