src/jalview/appletgui/AppletJmol.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19
  20 package jalview.appletgui;
  21
  22 import java.util.*;
  23 import java.awt.*;
  24 import java.awt.event.*;
  25
  26 import jalview.datamodel.*;
  27 import jalview.structure.*;
  28 import jalview.io.*;
  29
  30 import org.jmol.api.*;
  31 import org.jmol.adapter.smarter.SmarterJmolAdapter;
  32
  33 import org.jmol.popup.*;
  34 import jalview.schemes.*;
  35
  36
  37 public class AppletJmol extends Frame
  38     implements  StructureListener, JmolStatusListener,
  39     KeyListener, ActionListener, ItemListener
  40
  41 {
  42   Menu fileMenu = new Menu("File");
  43   Menu viewMenu = new Menu("View");
  44   Menu coloursMenu = new Menu("Colours");
  45   Menu chainMenu = new Menu("Show Chain");
  46   Menu helpMenu = new Menu("Help");
  47   MenuItem mappingMenuItem = new MenuItem("View Mapping");
  48
  49   CheckboxMenuItem seqColour = new CheckboxMenuItem("By Sequence", true);
  50   MenuItem chain = new MenuItem("By Chain");
  51   MenuItem charge = new MenuItem("Charge & Cysteine");
  52   MenuItem zappo = new MenuItem("Zappo");
  53   MenuItem taylor = new MenuItem("Taylor");
  54   MenuItem hydro = new MenuItem("Hydrophobicity");
  55   MenuItem helix = new MenuItem("Helix Propensity");
  56   MenuItem strand = new MenuItem("Strand Propensity");
  57   MenuItem turn = new MenuItem("Turn Propensity");
  58   MenuItem buried = new MenuItem("Buried Index");
  59   MenuItem user = new MenuItem("User Defined Colours");
  60
  61   MenuItem jmolHelp = new MenuItem("Jmol Help");
  62
  63   JmolViewer viewer;
  64   JmolPopup jmolpopup;
  65
  66   Panel scriptWindow;
  67   TextField inputLine;
  68   TextArea history;
  69   SequenceI[] sequence;
  70   String [] chains;
  71   StructureSelectionManager ssm;
  72   RenderPanel renderPanel;
  73   AlignmentPanel ap;
  74   String fileLoadingError;
  75   boolean loadedInline;
  76   PDBEntry pdbentry;
  77   boolean colourBySequence = true;
  78   Vector atomsPicked = new Vector();
  79
  80   public AppletJmol(PDBEntry pdbentry,
  81                     SequenceI[] seq,
  82                     String[] chains,
  83                     AlignmentPanel ap,
  84                     String protocol)
  85   {
  86     this.ap = ap;
  87     this.sequence = seq;
  88     this.chains = chains;
  89     this.pdbentry = pdbentry;
  90
  91    String alreadyMapped = StructureSelectionManager
  92         .getStructureSelectionManager()
  93         .alreadyMappedToFile(pdbentry.getId());
  94
  95     if (alreadyMapped != null)
  96     {
  97        StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager()
  98             .setMapping(seq, chains, pdbentry.getFile(), protocol);
  99        //PROMPT USER HERE TO ADD TO NEW OR EXISTING VIEW?
 100        //FOR NOW, LETS JUST OPEN A NEW WINDOW
 101     }
 102
 103     renderPanel = new RenderPanel();
 104
 105     this.add(renderPanel, BorderLayout.CENTER);
 106     viewer = JmolViewer.allocateViewer(renderPanel, new SmarterJmolAdapter());
 107
 108     viewer.setAppletContext("jalview",
 109                        ap.av.applet.getDocumentBase(),
 110                             ap.av.applet.getCodeBase(),
 111                             null);
 112
 113     viewer.setJmolStatusListener(this);
 114
 115     jmolpopup = JmolPopup.newJmolPopup(viewer);
 116
 117     this.addWindowListener(new WindowAdapter()
 118         {
 119           public void windowClosing(WindowEvent evt)
 120           {
 121             closeViewer();
 122           }
 123         });
 124
 125     MenuBar menuBar = new MenuBar();
 126     menuBar.add(fileMenu);
 127     fileMenu.add(mappingMenuItem);
 128     menuBar.add(viewMenu);
 129     mappingMenuItem.addActionListener(this);
 130     viewMenu.add(chainMenu);
 131     menuBar.add(coloursMenu);
 132     menuBar.add(helpMenu);
 133
 134     charge.addActionListener(this);
 135     hydro.addActionListener(this);
 136     chain.addActionListener(this);
 137     seqColour.addItemListener(this);
 138     zappo.addActionListener(this);
 139     taylor.addActionListener(this);
 140     helix.addActionListener(this);
 141     strand.addActionListener(this);
 142     turn.addActionListener(this);
 143     buried.addActionListener(this);
 144     user.addActionListener(this);
 145
 146     jmolHelp.addActionListener(this);
 147
 148     coloursMenu.add(seqColour);
 149     coloursMenu.add(chain);
 150     coloursMenu.add(charge);
 151     coloursMenu.add(zappo);
 152     coloursMenu.add(taylor);
 153     coloursMenu.add(hydro);
 154     coloursMenu.add(helix);
 155     coloursMenu.add(strand);
 156     coloursMenu.add(turn);
 157     coloursMenu.add(buried);
 158     coloursMenu.add(user);
 159
 160     helpMenu.add(jmolHelp);
 161
 162     this.setMenuBar(menuBar);
 163
 164     if(pdbentry.getFile()!=null)
 165     {
 166       if (protocol.equals(AppletFormatAdapter.PASTE))
 167         loadInline(pdbentry.getFile());
 168       else
 169           viewer.openFile(pdbentry.getFile());
 170     }
 171
 172     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(this, "Jmol", 400,400);
 173   }
 174
 175   public void loadInline(String string)
 176   {
 177     loadedInline = true;
 178     viewer.openStringInline(string);
 179   }
 180
 181
 182   void setChainMenuItems(Vector chains)
 183   {
 184     chainMenu.removeAll();
 185
 186     MenuItem menuItem = new MenuItem("All");
 187     menuItem.addActionListener(this);
 188
 189     chainMenu.add(menuItem);
 190
 191     CheckboxMenuItem menuItemCB;
 192     for (int c = 0; c < chains.size(); c++)
 193     {
 194       menuItemCB = new CheckboxMenuItem(chains.elementAt(c).toString(), true);
 195       menuItemCB.addItemListener(this);
 196       chainMenu.add(menuItemCB);
 197     }
 198   }
 199
 200   boolean allChainsSelected = false;
 201   void centerViewer()
 202   {
 203     StringBuffer cmd = new StringBuffer();
 204     for (int i = 0; i < chainMenu.getItemCount(); i++)
 205     {
 206       if (chainMenu.getItem(i) instanceof CheckboxMenuItem)
 207       {
 208         CheckboxMenuItem item = (CheckboxMenuItem) chainMenu.getItem(i);
 209         if (item.getState())
 210           cmd.append(":" + item.getLabel() + " or ");
 211       }
 212     }
 213
 214     if (cmd.length() > 0)
 215       cmd.setLength(cmd.length() - 4);
 216
 217     viewer.evalString("select *;restrict "
 218                       + cmd + ";cartoon;center " + cmd);
 219   }
 220
 221
 222   void closeViewer()
 223   {
 224     viewer.setModeMouse(org.jmol.viewer.JmolConstants.MOUSE_NONE);
 225     viewer.evalStringQuiet("zap");
 226     viewer.setJmolStatusListener(null);
 227     viewer = null;
 228
 229     //We'll need to find out what other
 230     // listeners need to be shut down in Jmol
 231     StructureSelectionManager
 232         .getStructureSelectionManager()
 233         .removeStructureViewerListener(this, pdbentry.getId());
 234
 235     this.setVisible(false);
 236   }
 237
 238   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 239   {
 240     if(evt.getSource()==mappingMenuItem)
 241     {
 242       jalview.appletgui.CutAndPasteTransfer cap
 243           = new jalview.appletgui.CutAndPasteTransfer(false, null);
 244       Frame frame = new Frame();
 245       frame.add(cap);
 246
 247       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "PDB - Sequence Mapping", 550,
 248                                        600);
 249       cap.setText(
 250           StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager().printMapping(
 251               pdbentry.getFile())
 252           );
 253     }
 254     else if (evt.getSource() == charge)
 255     {
 256       colourBySequence = false;
 257       seqColour.setState(false);
 258       viewer.evalStringQuiet("select *;color white;select ASP,GLU;color red;"
 259                       +"select LYS,ARG;color blue;select CYS;color yellow");
 260     }
 261
 262     else if (evt.getSource() == chain)
 263     {
 264       colourBySequence = false;
 265       seqColour.setState(false);
 266       viewer.evalStringQuiet("select *;color chain");
 267     }
 268     else if (evt.getSource() == zappo)
 269     {
 270       setJalviewColourScheme(new ZappoColourScheme());
 271     }
 272     else if (evt.getSource() == taylor)
 273     {
 274      setJalviewColourScheme(new TaylorColourScheme());
 275     }
 276     else if (evt.getSource() == hydro)
 277     {
 278       setJalviewColourScheme(new HydrophobicColourScheme());
 279     }
 280     else if (evt.getSource() == helix)
 281     {
 282       setJalviewColourScheme(new HelixColourScheme());
 283     }
 284     else if (evt.getSource() == strand)
 285     {
 286       setJalviewColourScheme(new StrandColourScheme());
 287     }
 288     else if (evt.getSource() == turn)
 289     {
 290       setJalviewColourScheme(new TurnColourScheme());
 291     }
 292     else if (evt.getSource() == buried)
 293     {
 294       setJalviewColourScheme(new BuriedColourScheme());
 295     }
 296     else if (evt.getSource() == user)
 297     {
 298       new UserDefinedColours(this);
 299     }
 300     else if(evt.getSource() == jmolHelp)
 301     {
 302       try{
 303         ap.av.applet.getAppletContext().showDocument(
 304             new java.net.URL("http://jmol.sourceforge.net/docs/JmolUserGuide/"),
 305             "jmolHelp");
 306       }catch(java.net.MalformedURLException ex){}
 307     }
 308     else
 309     {
 310       allChainsSelected = true;
 311       for (int i = 0; i < chainMenu.getItemCount(); i++)
 312       {
 313         if (chainMenu.getItem(i) instanceof CheckboxMenuItem)
 314           ( (CheckboxMenuItem) chainMenu.getItem(i)).setState(true);
 315       }
 316       centerViewer();
 317       allChainsSelected = false;
 318     }
 319   }
 320
 321   public void setJalviewColourScheme(ColourSchemeI cs)
 322   {
 323     colourBySequence = false;
 324     seqColour.setState(false);
 325
 326     if(cs==null)
 327       return;
 328
 329     String res;
 330     int index;
 331     Color col;
 332
 333     Enumeration en = ResidueProperties.aa3Hash.keys();
 334     StringBuffer command = new StringBuffer("select *;color white;");
 335     while(en.hasMoreElements())
 336     {
 337       res = en.nextElement().toString();
 338       index = ((Integer) ResidueProperties.aa3Hash.get(res)).intValue();
 339       if(index>20)
 340         continue;
 341
 342       col = cs.findColour(ResidueProperties.aa[index].charAt(0));
 343
 344       command.append("select "+res+";color["
 345                         + col.getRed() + ","
 346                         + col.getGreen() + ","
 347                         + col.getBlue() + "];");
 348     }
 349
 350     viewer.evalStringQuiet(command.toString());
 351   }
 352
 353   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 354   {
 355     if (evt.getSource() == seqColour)
 356     {
 357       lastCommand = null;
 358       colourBySequence = seqColour.getState();
 359       colourBySequence(ap);
 360     }
 361     else if (!allChainsSelected)
 362       centerViewer();
 363   }
 364
 365   public void keyPressed(KeyEvent evt)
 366   {
 367     if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_ENTER
 368         && scriptWindow.isVisible())
 369     {
 370       viewer.evalString(inputLine.getText());
 371       history.append("\n$ "+inputLine.getText());
 372       inputLine.setText("");
 373     }
 374
 375   }
 376
 377   public void keyTyped(KeyEvent evt)
 378   {  }
 379
 380   public void keyReleased(KeyEvent evt){}
 381
 382   //////////////////////////////////
 383   ///StructureListener
 384   public String getPdbFile()
 385   {
 386     return "???";
 387   }
 388
 389
 390
 391   String lastMessage;
 392   public void mouseOverStructure(int atomIndex, String strInfo)
 393   {
 394       int pdbResNum;
 395
 396       int chainSeparator = strInfo.indexOf(":");
 397
 398       if(chainSeparator==-1)
 399         chainSeparator = strInfo.indexOf(".");
 400
 401       pdbResNum = Integer.parseInt(
 402           strInfo.substring(strInfo.indexOf("]")+ 1, chainSeparator));
 403
 404       String chainId;
 405
 406       if (strInfo.indexOf(":") > -1)
 407         chainId = strInfo.substring
 408             (strInfo.indexOf(":")+1, strInfo.indexOf("."));
 409       else
 410       {
 411         chainId = " ";
 412       }
 413
 414       if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(strInfo))
 415         ssm.mouseOverStructure(pdbResNum, chainId, pdbentry.getFile());
 416
 417       lastMessage = strInfo;
 418   }
 419
 420   StringBuffer resetLastRes = new StringBuffer();
 421   StringBuffer eval = new StringBuffer();
 422
 423   public void highlightAtom(int atomIndex, int pdbResNum, String chain, String pdbfile)
 424   {
 425     if (!pdbfile.equals(pdbentry.getFile()))
 426       return;
 427
 428     if (resetLastRes.length() > 0)
 429     {
 430       viewer.evalStringQuiet(resetLastRes.toString());
 431     }
 432
 433     eval.setLength(0);
 434     eval.append("select " + pdbResNum);
 435
 436     resetLastRes.setLength(0);
 437     resetLastRes.append("select " + pdbResNum);
 438
 439     if (!chain.equals(" "))
 440     {
 441       eval.append(":" + chain);
 442       resetLastRes.append(":" + chain);
 443     }
 444
 445     eval.append(";wireframe 100;"+eval.toString()+".CA;");
 446
 447     resetLastRes.append(";wireframe 0;"+resetLastRes.toString()+".CA;spacefill 0;");
 448
 449     eval.append("spacefill 200;select none");
 450
 451     viewer.evalStringQuiet(eval.toString());
 452
 453   }
 454
 455   public void updateColours(Object source)
 456   {
 457     colourBySequence( (AlignmentPanel) source);
 458   }
 459
 460 //End StructureListener
 461 ////////////////////////////
 462
 463   public Color getColour(int atomIndex, int pdbResNum, String chain, String pdbfile)
 464   {
 465     if (!pdbfile.equals(pdbentry.getFile()))
 466       return null;
 467
 468     return new Color(viewer.getAtomArgb(atomIndex));
 469   }
 470
 471   String lastCommand;
 472   FeatureRenderer fr=null;
 473   public void colourBySequence(AlignmentPanel sourceap)
 474   {
 475     this.ap = sourceap;
 476
 477     if (!colourBySequence)
 478       return;
 479
 480     StructureMapping[] mapping = ssm.getMapping(pdbentry.getFile());
 481
 482     if (mapping.length < 1)
 483       return;
 484
 485     SequenceRenderer sr = new SequenceRenderer(ap.av);
 486
 487     boolean showFeatures = false;
 488
 489     if (ap.av.showSequenceFeatures)
 490     {
 491       showFeatures = true;
 492       if (fr == null)
 493       {
 494         fr = new jalview.appletgui.FeatureRenderer(ap.av);
 495       }
 496
 497       fr.transferSettings(ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer());
 498     }
 499
 500     StringBuffer command = new StringBuffer();
 501
 502     int lastPos = -1;
 503     for (int s = 0; s < sequence.length; s++)
 504     {
 505       for (int m = 0; m < mapping.length; m++)
 506       {
 507         if (mapping[m].getSequence() == sequence[s]
 508             && ap.av.alignment.findIndex(sequence[s]) > -1)
 509         {
 510           for (int r = 0; r < sequence[s].getLength(); r++)
 511           {
 512             int pos = mapping[m].getPDBResNum(
 513                 sequence[s].findPosition(r));
 514
 515             if (pos < 1 || pos == lastPos)
 516               continue;
 517
 518             lastPos = pos;
 519
 520             Color col = sr.getResidueBoxColour(sequence[s], r);
 521
 522             if (showFeatures)
 523               col = fr.findFeatureColour(col, sequence[s], r);
 524
 525             if (command.toString().endsWith(":" + mapping[m].getChain() +
 526                                             ";color["
 527                                             + col.getRed() + ","
 528                                             + col.getGreen() + ","
 529                                             + col.getBlue() + "]"))
 530             {
 531               command = condenseCommand(command.toString(), pos);
 532               continue;
 533             }
 534
 535             command.append(";select " + pos);
 536
 537             if (!mapping[m].getChain().equals(" "))
 538             {
 539               command.append(":" + mapping[m].getChain());
 540             }
 541
 542             command.append(";color["
 543                            + col.getRed() + ","
 544                            + col.getGreen() + ","
 545                            + col.getBlue() + "]");
 546           }
 547           break;
 548         }
 549       }
 550     }
 551
 552     if (lastCommand == null || !lastCommand.equals(command.toString()))
 553     {
 554       viewer.evalStringQuiet(command.toString());
 555     }
 556     lastCommand = command.toString();
 557   }
 558
 559
 560   StringBuffer condenseCommand(String command, int pos)
 561   {
 562
 563     StringBuffer sb = new StringBuffer(command.substring(0, command.lastIndexOf("select")+7));
 564
 565     command = command.substring(sb.length());
 566
 567     String start;
 568
 569     if (command.indexOf("-") > -1)
 570     {
 571       start = command.substring(0,command.indexOf("-"));
 572     }
 573     else
 574     {
 575       start = command.substring(0, command.indexOf(":"));
 576     }
 577
 578     sb.append(start+"-"+pos+command.substring(command.indexOf(":")));
 579
 580     return sb;
 581   }
 582
 583   /////////////////////////////////
 584   //JmolStatusListener
 585
 586   public String eval(String strEval)
 587   {
 588    // System.out.println(strEval);
 589    //"# 'eval' is implemented only for the applet.";
 590     return null;
 591   }
 592
 593   public void createImage(String file, String type, int quality)
 594   {}
 595
 596   public void setCallbackFunction(String callbackType,
 597                                   String callbackFunction)
 598   {}
 599
 600   public void notifyFileLoaded(String fullPathName, String fileName,
 601                                String modelName, Object clientFile,
 602                                String errorMsg)
 603   {
 604     if(errorMsg!=null)
 605     {
 606       fileLoadingError = errorMsg;
 607       repaint();
 608       return;
 609     }
 610
 611     fileLoadingError = null;
 612
 613     if (fileName != null)
 614     {
 615       //FILE LOADED OK
 616       jmolpopup.updateComputedMenus();
 617             viewer.evalStringQuiet(
 618           "select backbone;restrict;cartoon;wireframe off;spacefill off");
 619
 620       ssm = StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager();
 621
 622       MCview.PDBfile pdb;
 623       if (loadedInline)
 624       {
 625         pdb = ssm.setMapping(sequence,chains,
 626                                 pdbentry.getFile(),
 627                                 AppletFormatAdapter.PASTE);
 628         pdbentry.setFile("INLINE"+pdb.id);
 629       }
 630       else
 631       {
 632          pdb = ssm.setMapping(sequence,chains,
 633                               pdbentry.getFile(),
 634                               AppletFormatAdapter.URL);
 635       }
 636
 637       pdbentry.setId(pdb.id);
 638
 639       ssm.addStructureViewerListener(this);
 640
 641       Vector chains = new Vector();
 642       for (int i = 0; i < pdb.chains.size(); i++)
 643       {
 644         chains.addElement( ( (MCview.PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).id);
 645       }
 646       setChainMenuItems(chains);
 647
 648       colourBySequence(ap);
 649
 650       StringBuffer title = new StringBuffer(sequence[0].getName() + ":" +
 651                                             pdbentry.getId());
 652
 653       if (pdbentry.getProperty() != null)
 654       {
 655         if (pdbentry.getProperty().get("method") != null)
 656         {
 657           title.append(" Method: ");
 658           title.append(pdbentry.getProperty().get("method"));
 659         }
 660         if (pdbentry.getProperty().get("chains") != null)
 661         {
 662           title.append(" Chain:");
 663           title.append(pdbentry.getProperty().get("chains"));
 664         }
 665       }
 666
 667
 668       viewer.evalStringQuiet("set picking label");
 669
 670       this.setTitle(title.toString());
 671
 672     }
 673     else
 674       return;
 675   }
 676
 677   public void notifyFrameChanged(int frameNo)
 678   {
 679     boolean isAnimationRunning = (frameNo <= -2);
 680   }
 681
 682   public void notifyScriptStart(String statusMessage, String additionalInfo)
 683   {}
 684
 685   public void sendConsoleEcho(String strEcho)
 686   {
 687     if (scriptWindow == null)
 688       showConsole(true);
 689
 690     history.append("\n"+strEcho);
 691   }
 692
 693   public void sendConsoleMessage(String strStatus)
 694   {
 695     if(history!=null && strStatus!=null
 696        && !strStatus.equals("Script completed"))
 697     {
 698       history.append("\n"+strStatus);
 699     }
 700   }
 701
 702   public void notifyScriptTermination(String strStatus, int msWalltime)
 703   {  }
 704
 705   public void handlePopupMenu(int x, int y)
 706   {
 707     jmolpopup.show(x, y);
 708   }
 709
 710   public void notifyNewPickingModeMeasurement(int iatom, String strMeasure)
 711   {
 712     notifyAtomPicked(iatom, strMeasure);
 713   }
 714
 715   public void notifyNewDefaultModeMeasurement(int count, String strInfo)
 716   {}
 717
 718   public void notifyAtomPicked(int atomIndex, String strInfo)
 719   {
 720
 721     int chainSeparator = strInfo.indexOf(":");
 722
 723     if(chainSeparator==-1)
 724       chainSeparator = strInfo.indexOf(".");
 725
 726     String picked =
 727         strInfo.substring(strInfo.indexOf("]")+ 1, chainSeparator);
 728
 729
 730     if (strInfo.indexOf(":") > -1)
 731       picked+=strInfo.substring(strInfo.indexOf(":")+1,
 732                                strInfo.indexOf("."));
 733
 734     picked+=".CA";
 735
 736     if (!atomsPicked.contains(picked))
 737     {
 738       viewer.evalString("select "+picked+";label %n %r:%c");
 739       atomsPicked.addElement(picked);
 740     }
 741     else
 742     {
 743       viewer.evalString("select "+picked+";label off");
 744       atomsPicked.removeElement(picked);
 745     }
 746   }
 747
 748   public void notifyAtomHovered(int atomIndex, String strInfo)
 749   {
 750     mouseOverStructure(atomIndex, strInfo);
 751   }
 752
 753   public void sendSyncScript(String script, String appletName)
 754   {}
 755
 756   public void showUrl(String url)
 757   {
 758     try{
 759       ap.av.applet.getAppletContext().showDocument(new java.net.URL(url),
 760           "jmolOutput");
 761     }catch(java.net.MalformedURLException ex)
 762     {}
 763   }
 764
 765   public void showConsole(boolean showConsole)
 766   {
 767     if (scriptWindow == null)
 768     {
 769       scriptWindow = new Panel(new BorderLayout());
 770       inputLine = new TextField();
 771       history = new TextArea(5, 40);
 772       scriptWindow.add(history, BorderLayout.CENTER);
 773       scriptWindow.add(inputLine, BorderLayout.SOUTH);
 774       add(scriptWindow, BorderLayout.SOUTH);
 775       scriptWindow.setVisible(false);
 776       history.setEditable(false);
 777       inputLine.addKeyListener(this);
 778     }
 779
 780     scriptWindow.setVisible(!scriptWindow.isVisible());
 781     validate();
 782   }
 783
 784   public float functionXY(String functionName, int x, int y)
 785   {
 786     return 0;
 787   }
 788
 789   ///End JmolStatusListener
 790   ///////////////////////////////
 791
 792
 793   class RenderPanel
 794       extends Panel
 795   {
 796     Dimension currentSize = new Dimension();
 797     Rectangle rectClip = new Rectangle();
 798
 799     public void update(Graphics g) {
 800       paint(g);
 801     }
 802     public void paint(Graphics g)
 803     {
 804       currentSize = this.getSize();
 805       rectClip = g.getClipBounds();
 806
 807       if (viewer == null)
 808       {
 809         g.setColor(Color.black);
 810         g.fillRect(0, 0, currentSize.width, currentSize.height);
 811         g.setColor(Color.white);
 812         g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 813         g.drawString("Retrieving PDB data....", 20, currentSize.height / 2);
 814       }
 815       else
 816       {
 817         viewer.renderScreenImage(g, currentSize, rectClip);
 818       }
 819     }
 820   }
 821
 822 }