src/jalview/appletgui/AppletJmolBinding.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  24 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  25 import jalview.datamodel.SequenceI;
  26 import jalview.ext.jmol.JalviewJmolBinding;
  27 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  28
  29 import java.awt.Container;
  30 import java.util.Map;
  31
  32 import javajs.awt.Dimension;
  33
  34 import org.jmol.api.JmolAppConsoleInterface;
  35 import org.jmol.console.AppletConsole;
  36 import org.jmol.java.BS;
  37
  38 class AppletJmolBinding extends JalviewJmolBinding
  39 {
  40
  41   /**
  42    * Window that contains the bound Jmol instance
  43    */
  44   private AppletJmol appletJmolBinding;
  45
  46   public AppletJmolBinding(AppletJmol appletJmol,
  47           StructureSelectionManager sSm, PDBEntry[] pdbentry,
  48           SequenceI[][] seq, String protocol)
  49   {
  50     super(sSm, pdbentry, seq, protocol);
  51     appletJmolBinding = appletJmol;
  52   }
  53
  54   @Override
  55   public jalview.api.FeatureRenderer getFeatureRenderer(
  56           AlignmentViewPanel alignment)
  57   {
  58     AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) alignment;
  59     if (appletJmolBinding.ap.av.isShowSequenceFeatures())
  60     {
  61       if (appletJmolBinding.fr == null)
  62       {
  63         appletJmolBinding.fr = new jalview.appletgui.FeatureRenderer(
  64                 appletJmolBinding.ap.av);
  65       }
  66
  67       appletJmolBinding.fr
  68               .transferSettings(appletJmolBinding.ap.seqPanel.seqCanvas
  69                       .getFeatureRenderer());
  70     }
  71
  72     return appletJmolBinding.fr;
  73   }
  74
  75   @Override
  76   public jalview.api.SequenceRenderer getSequenceRenderer(
  77           AlignmentViewPanel alignment)
  78   {
  79     return new SequenceRenderer(((AlignmentPanel) alignment).av);
  80   }
  81
  82   @Override
  83   public void sendConsoleEcho(String strEcho)
  84   {
  85     if (appletJmolBinding.scriptWindow == null)
  86     {
  87       appletJmolBinding.showConsole(true);
  88     }
  89
  90     appletJmolBinding.addToHistory(strEcho);
  91   }
  92
  93   @Override
  94   public void sendConsoleMessage(String strStatus)
  95   {
  96     if (appletJmolBinding.history != null && strStatus != null
  97             && !strStatus.equals("Script completed"))
  98     {
  99       appletJmolBinding.addToHistory(strStatus);
 100     }
 101   }
 102
 103   @Override
 104   public void showUrl(String url, String target)
 105   {
 106     appletJmolBinding.ap.alignFrame.showURL(url, target);
 107
 108   }
 109
 110   @Override
 111   public void refreshGUI()
 112   {
 113     appletJmolBinding.updateTitleAndMenus();
 114   }
 115
 116   @Override
 117   public void updateColours(Object source)
 118   {
 119     AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) source;
 120     colourBySequence(ap);
 121   }
 122
 123   @Override
 124   public void showUrl(String url)
 125   {
 126     try
 127     {
 128       appletJmolBinding.ap.av.applet.getAppletContext().showDocument(
 129               new java.net.URL(url), "jmol");
 130     } catch (java.net.MalformedURLException ex)
 131     {
 132     }
 133   }
 134
 135   public void newJmolPopup(boolean translateLocale, String menuName,
 136           boolean asPopup)
 137   {
 138     // jmolpopup = new JmolAwtPopup(); // is this used?
 139     // jmolpopup.jpiInitialize((viewer), menuName);
 140   }
 141
 142   @Override
 143   public void notifyScriptTermination(String strStatus, int msWalltime)
 144   {
 145     // do nothing.
 146   }
 147
 148   @Override
 149   public void selectionChanged(BS arg0)
 150   {
 151     // TODO Auto-generated method stub
 152
 153   }
 154
 155   @Override
 156   public void refreshPdbEntries()
 157   {
 158     // noop
 159   }
 160
 161   @Override
 162   public void showConsole(boolean show)
 163   {
 164     appletJmolBinding.showConsole(show);
 165   }
 166
 167   @Override
 168   protected JmolAppConsoleInterface createJmolConsole(
 169           Container consolePanel, String buttonsToShow)
 170   {
 171     JmolAppConsoleInterface appc = new AppletConsole();
 172     appc.start(viewer);
 173     return appc;
 174   }
 175
 176   @Override
 177   protected void releaseUIResources()
 178   {
 179     appletJmolBinding = null;
 180     closeConsole();
 181   }
 182
 183   @Override
 184   public void releaseReferences(Object svl)
 185   {
 186   }
 187
 188   @Override
 189   public Dimension resizeInnerPanel(String data)
 190   {
 191     // TODO Auto-generated method stub
 192     return null;
 193   }
 194
 195   @Override
 196   public Map<String, Object> getJSpecViewProperty(String arg0)
 197   {
 198     // TODO Auto-generated method stub
 199     return null;
 200   }
 201 }