src/jalview/appletgui/AppletJmolBinding.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
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  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.appletgui;
  19
  20 import java.awt.Container;
  21 import java.util.BitSet;
  22
  23 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  24 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  25 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  28
  29 import org.jmol.api.JmolAppConsoleInterface;
  30 import org.jmol.api.JmolViewer;
  31 import org.jmol.applet.AppletConsole;
  32 import org.jmol.popup.JmolPopup;
  33
  34 class AppletJmolBinding extends jalview.ext.jmol.JalviewJmolBinding
  35 {
  36
  37   /**
  38    * Window that contains the bound Jmol instance
  39    */
  40   private AppletJmol appletJmolBinding;
  41
  42   public AppletJmolBinding(AppletJmol appletJmol, StructureSelectionManager sSm, PDBEntry[] pdbentry,
  43           SequenceI[][] seq, String[][] chains, String protocol)
  44   {
  45     super(sSm, pdbentry, seq, chains, protocol);
  46     appletJmolBinding = appletJmol;
  47   }
  48
  49   public jalview.api.FeatureRenderer getFeatureRenderer(AlignmentViewPanel alignment)
  50   {
  51     AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel)alignment;
  52     if (appletJmolBinding.ap.av.showSequenceFeatures)
  53     {
  54       if (appletJmolBinding.fr == null)
  55       {
  56         appletJmolBinding.fr = new jalview.appletgui.FeatureRenderer(
  57                 appletJmolBinding.ap.av);
  58       }
  59
  60       appletJmolBinding.fr
  61               .transferSettings(appletJmolBinding.ap.seqPanel.seqCanvas
  62                       .getFeatureRenderer());
  63     }
  64
  65     return appletJmolBinding.fr;
  66   }
  67
  68   public jalview.api.SequenceRenderer getSequenceRenderer(AlignmentViewPanel alignment)
  69   {
  70     return new SequenceRenderer(((AlignmentPanel)alignment).av);
  71   }
  72
  73   public void sendConsoleEcho(String strEcho)
  74   {
  75     if (appletJmolBinding.scriptWindow == null)
  76       appletJmolBinding.showConsole(true);
  77
  78     appletJmolBinding.history.append("\n" + strEcho);
  79   }
  80
  81   public void sendConsoleMessage(String strStatus)
  82   {
  83     if (appletJmolBinding.history != null && strStatus != null
  84             && !strStatus.equals("Script completed"))
  85     {
  86       appletJmolBinding.history.append("\n" + strStatus);
  87     }
  88   }
  89
  90   public void showUrl(String url, String target)
  91   {
  92     appletJmolBinding.ap.alignFrame.showURL(url, target);
  93
  94   }
  95
  96   public void refreshGUI()
  97   {
  98     appletJmolBinding.updateTitleAndMenus();
  99   }
 100
 101   public void updateColours(Object source)
 102   {
 103     AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) source;
 104     colourBySequence(ap.av.getShowSequenceFeatures(), ap);
 105   }
 106
 107   public void showUrl(String url)
 108   {
 109     try
 110     {
 111       appletJmolBinding.ap.av.applet.getAppletContext().showDocument(
 112               new java.net.URL(url), "jmol");
 113     } catch (java.net.MalformedURLException ex)
 114     {
 115     }
 116   }
 117
 118   public void newJmolPopup(boolean translateLocale, String menuName,
 119           boolean asPopup)
 120   {
 121
 122     jmolpopup = JmolPopup.newJmolPopup(viewer, translateLocale, menuName,
 123             asPopup);
 124   }
 125
 126   public void notifyScriptTermination(String strStatus, int msWalltime)
 127   {
 128     // do nothing.
 129   }
 130
 131   public void selectionChanged(BitSet arg0)
 132   {
 133     // TODO Auto-generated method stub
 134
 135   }
 136
 137   public void refreshPdbEntries()
 138   {
 139     // TODO Auto-generated method stub
 140
 141   }
 142
 143   @Override
 144   public void showConsole(boolean show)
 145   {
 146     appletJmolBinding.showConsole(show);
 147   }
 148
 149   @Override
 150   protected JmolAppConsoleInterface createJmolConsole(JmolViewer viewer2,
 151           Container consolePanel, String buttonsToShow)
 152   {
 153     return new AppletConsole(viewer2, consolePanel);
 154   }
 155
 156   @Override
 157   protected void releaseUIResources()
 158   {
 159     appletJmolBinding = null;
 160     if (console != null)
 161     {
 162       try
 163       {
 164         console.setVisible(false);
 165       } catch (Error e)
 166       {
 167       } catch (Exception x)
 168       {
 169       }
 170       ;
 171       console = null;
 172     }
 173
 174   }
 175
 176   @Override
 177   public void releaseReferences(Object svl)
 178   {
 179   }
 180
 181 }