src/jalview/appletgui/AppletJmolBinding.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  24 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  25 import jalview.datamodel.SequenceI;
  26 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  27
  28 import java.awt.Container;
  29 import java.util.BitSet;
  30
  31 import org.jmol.api.JmolAppConsoleInterface;
  32 import org.jmol.api.JmolViewer;
  33 import org.jmol.popup.JmolPopup;
  34
  35 class AppletJmolBinding extends jalview.ext.jmol.JalviewJmolBinding
  36 {
  37
  38   /**
  39    * Window that contains the bound Jmol instance
  40    */
  41   private AppletJmol appletJmolBinding;
  42
  43   public AppletJmolBinding(AppletJmol appletJmol,
  44           StructureSelectionManager sSm, PDBEntry[] pdbentry,
  45           SequenceI[][] seq, String[][] chains, String protocol)
  46   {
  47     super(sSm, pdbentry, seq, chains, protocol);
  48     appletJmolBinding = appletJmol;
  49   }
  50
  51   public jalview.api.FeatureRenderer getFeatureRenderer(
  52           AlignmentViewPanel alignment)
  53   {
  54     AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) alignment;
  55     if (appletJmolBinding.ap.av.showSequenceFeatures)
  56     {
  57       if (appletJmolBinding.fr == null)
  58       {
  59         appletJmolBinding.fr = new jalview.appletgui.FeatureRenderer(
  60                 appletJmolBinding.ap.av);
  61       }
  62
  63       appletJmolBinding.fr
  64               .transferSettings(appletJmolBinding.ap.seqPanel.seqCanvas
  65                       .getFeatureRenderer());
  66     }
  67
  68     return appletJmolBinding.fr;
  69   }
  70
  71   public jalview.api.SequenceRenderer getSequenceRenderer(
  72           AlignmentViewPanel alignment)
  73   {
  74     return new SequenceRenderer(((AlignmentPanel) alignment).av);
  75   }
  76
  77   public void sendConsoleEcho(String strEcho)
  78   {
  79     if (appletJmolBinding.scriptWindow == null)
  80       appletJmolBinding.showConsole(true);
  81
  82     appletJmolBinding.history.append("\n" + strEcho);
  83   }
  84
  85   public void sendConsoleMessage(String strStatus)
  86   {
  87     if (appletJmolBinding.history != null && strStatus != null
  88             && !strStatus.equals("Script completed"))
  89     {
  90       appletJmolBinding.history.append("\n" + strStatus);
  91     }
  92   }
  93
  94   public void showUrl(String url, String target)
  95   {
  96     appletJmolBinding.ap.alignFrame.showURL(url, target);
  97
  98   }
  99
 100   public void refreshGUI()
 101   {
 102     appletJmolBinding.updateTitleAndMenus();
 103   }
 104
 105   public void updateColours(Object source)
 106   {
 107     AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) source;
 108     colourBySequence(ap.av.getShowSequenceFeatures(), ap);
 109   }
 110
 111   public void showUrl(String url)
 112   {
 113     try
 114     {
 115       appletJmolBinding.ap.av.applet.getAppletContext().showDocument(
 116               new java.net.URL(url), "jmol");
 117     } catch (java.net.MalformedURLException ex)
 118     {
 119     }
 120   }
 121
 122   public void newJmolPopup(boolean translateLocale, String menuName,
 123           boolean asPopup)
 124   {
 125
 126     jmolpopup = new JmolPopup();
 127     jmolpopup.initialize(viewer, translateLocale, menuName, asPopup);
 128   }
 129
 130   public void notifyScriptTermination(String strStatus, int msWalltime)
 131   {
 132     // do nothing.
 133   }
 134
 135   public void selectionChanged(BitSet arg0)
 136   {
 137     // TODO Auto-generated method stub
 138
 139   }
 140
 141   public void refreshPdbEntries()
 142   {
 143     // TODO Auto-generated method stub
 144
 145   }
 146
 147   @Override
 148   public void showConsole(boolean show)
 149   {
 150     appletJmolBinding.showConsole(show);
 151   }
 152
 153   @Override
 154   protected JmolAppConsoleInterface createJmolConsole(JmolViewer viewer2,
 155           Container consolePanel, String buttonsToShow)
 156   {
 157     // return new org.jmol.console.AppletConsole(viewer2, consolePanel);
 158     JmolAppConsoleInterface appc = new org.jmol.console.AppletConsole()
 159             .getAppConsole(viewer2);
 160     return appc;
 161   }
 162
 163   @Override
 164   protected void releaseUIResources()
 165   {
 166     appletJmolBinding = null;
 167     if (console != null)
 168     {
 169       try
 170       {
 171         console.setVisible(false);
 172       } catch (Error e)
 173       {
 174       } catch (Exception x)
 175       {
 176       }
 177       ;
 178       console = null;
 179     }
 180
 181   }
 182
 183   @Override
 184   public void releaseReferences(Object svl)
 185   {
 186   }
 187
 188   @Override
 189   public void resizeInnerPanel(String data)
 190   {
 191     // TODO Auto-generated method stub
 192
 193   }
 194 }