src/jalview/appletgui/AppletJmolBinding.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  24 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  25 import jalview.datamodel.SequenceI;
  26 import jalview.ext.jmol.JalviewJmolBinding;
  27 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  28
  29 import java.awt.Container;
  30 import java.util.Map;
  31
  32 import javajs.awt.Dimension;
  33
  34 import org.jmol.api.JmolAppConsoleInterface;
  35 import org.jmol.console.AppletConsole;
  36 import org.jmol.java.BS;
  37
  38 class AppletJmolBinding extends JalviewJmolBinding
  39 {
  40
  41   /**
  42    * Window that contains the bound Jmol instance
  43    */
  44   private AppletJmol appletJmolBinding;
  45
  46   public AppletJmolBinding(AppletJmol appletJmol,
  47           StructureSelectionManager sSm, PDBEntry[] pdbentry,
  48           SequenceI[][] seq, String[][] chains, String protocol)
  49   {
  50     super(sSm, pdbentry, seq, chains, protocol);
  51     appletJmolBinding = appletJmol;
  52   }
  53
  54   @Override
  55   public jalview.api.FeatureRenderer getFeatureRenderer(
  56           AlignmentViewPanel alignment)
  57   {
  58     AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) alignment;
  59     if (appletJmolBinding.ap.av.isShowSequenceFeatures())
  60     {
  61       if (appletJmolBinding.fr == null)
  62       {
  63         appletJmolBinding.fr = new jalview.appletgui.FeatureRenderer(
  64                 appletJmolBinding.ap.av);
  65       }
  66
  67       appletJmolBinding.fr
  68               .transferSettings(appletJmolBinding.ap.seqPanel.seqCanvas
  69                       .getFeatureRenderer());
  70     }
  71
  72     return appletJmolBinding.fr;
  73   }
  74
  75   @Override
  76   public jalview.api.SequenceRenderer getSequenceRenderer(
  77           AlignmentViewPanel alignment)
  78   {
  79     return new SequenceRenderer(((AlignmentPanel) alignment).av);
  80   }
  81
  82   @Override
  83   public void sendConsoleEcho(String strEcho)
  84   {
  85     if (appletJmolBinding.scriptWindow == null)
  86     {
  87       appletJmolBinding.showConsole(true);
  88     }
  89
  90     appletJmolBinding.addToHistory(strEcho);
  91   }
  92
  93   @Override
  94   public void sendConsoleMessage(String strStatus)
  95   {
  96     if (appletJmolBinding.history != null && strStatus != null
  97             && !strStatus.equals("Script completed"))
  98     {
  99       appletJmolBinding.addToHistory(strStatus);
 100     }
 101   }
 102
 103   @Override
 104   public void showUrl(String url, String target)
 105   {
 106     appletJmolBinding.ap.alignFrame.showURL(url, target);
 107
 108   }
 109
 110   @Override
 111   public void refreshGUI()
 112   {
 113     appletJmolBinding.updateTitleAndMenus();
 114   }
 115
 116   public void updateColours(Object source)
 117   {
 118     AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) source;
 119     colourBySequence(ap);
 120   }
 121
 122   public void showUrl(String url)
 123   {
 124     try
 125     {
 126       appletJmolBinding.ap.av.applet.getAppletContext().showDocument(
 127               new java.net.URL(url), "jmol");
 128     } catch (java.net.MalformedURLException ex)
 129     {
 130     }
 131   }
 132
 133   public void newJmolPopup(boolean translateLocale, String menuName,
 134           boolean asPopup)
 135   {
 136     // jmolpopup = new JmolAwtPopup(); // is this used?
 137     // jmolpopup.jpiInitialize((viewer), menuName);
 138   }
 139
 140   @Override
 141   public void notifyScriptTermination(String strStatus, int msWalltime)
 142   {
 143     // do nothing.
 144   }
 145
 146   public void selectionChanged(BS arg0)
 147   {
 148     // TODO Auto-generated method stub
 149
 150   }
 151
 152   @Override
 153   public void refreshPdbEntries()
 154   {
 155     // noop
 156   }
 157
 158   @Override
 159   public void showConsole(boolean show)
 160   {
 161     appletJmolBinding.showConsole(show);
 162   }
 163
 164   @Override
 165   protected JmolAppConsoleInterface createJmolConsole(
 166           Container consolePanel, String buttonsToShow)
 167   {
 168     JmolAppConsoleInterface appc = new AppletConsole();
 169     appc.start(viewer);
 170     return appc;
 171   }
 172
 173   @Override
 174   protected void releaseUIResources()
 175   {
 176     appletJmolBinding = null;
 177     closeConsole();
 178   }
 179
 180   @Override
 181   public void releaseReferences(Object svl)
 182   {
 183   }
 184
 185   @Override
 186   public Dimension resizeInnerPanel(String data)
 187   {
 188     // TODO Auto-generated method stub
 189     return null;
 190   }
 191
 192   @Override
 193   public Map<String, Object> getJSpecViewProperty(String arg0)
 194   {
 195     // TODO Auto-generated method stub
 196     return null;
 197   }
 198 }