src/jalview/appletgui/AppletJmolBinding.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
   3  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.appletgui;
  19
  20 import java.awt.Container;
  21 import java.util.BitSet;
  22
  23 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  24 import jalview.datamodel.SequenceI;
  25
  26 import org.jmol.api.JmolAppConsoleInterface;
  27 import org.jmol.api.JmolViewer;
  28 import org.jmol.applet.AppletConsole;
  29 import org.jmol.popup.JmolPopup;
  30
  31 class AppletJmolBinding extends jalview.ext.jmol.JalviewJmolBinding
  32 {
  33
  34   /**
  35    * Window that contains the bound Jmol instance
  36    */
  37   private AppletJmol appletJmolBinding;
  38
  39   public AppletJmolBinding(AppletJmol appletJmol, PDBEntry[] pdbentry, SequenceI[][] seq,
  40           String[][] chains, String protocol)
  41   {
  42     super(pdbentry, seq, chains, protocol);
  43     appletJmolBinding = appletJmol;
  44   }
  45
  46   public jalview.api.FeatureRenderer getFeatureRenderer()
  47   {
  48     if (appletJmolBinding.ap.av.showSequenceFeatures)
  49     {
  50       if (appletJmolBinding.fr == null)
  51       {
  52         appletJmolBinding.fr = new jalview.appletgui.FeatureRenderer(appletJmolBinding.ap.av);
  53       }
  54
  55       appletJmolBinding.fr.transferSettings(appletJmolBinding.ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer());
  56     }
  57
  58     return appletJmolBinding.fr;
  59   }
  60
  61   public jalview.api.SequenceRenderer getSequenceRenderer()
  62   {
  63     return new SequenceRenderer(appletJmolBinding.ap.av);
  64   }
  65
  66   public void sendConsoleEcho(String strEcho)
  67   {
  68     if (appletJmolBinding.scriptWindow == null)
  69       appletJmolBinding.showConsole(true);
  70
  71     appletJmolBinding.history.append("\n" + strEcho);
  72   }
  73
  74   public void sendConsoleMessage(String strStatus)
  75   {
  76     if (appletJmolBinding.history != null && strStatus != null
  77             && !strStatus.equals("Script completed"))
  78     {
  79       appletJmolBinding.history.append("\n" + strStatus);
  80     }
  81   }
  82
  83   public void showUrl(String url, String target)
  84   {
  85     appletJmolBinding.ap.alignFrame.showURL(url, target);
  86
  87   }
  88
  89   public void refreshGUI()
  90   {
  91     appletJmolBinding.updateTitleAndMenus();
  92   }
  93
  94   public void updateColours(Object source)
  95   {
  96     AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) source;
  97     colourBySequence(ap.av.getShowSequenceFeatures(), ap.av.alignment);
  98   }
  99
 100   public void showUrl(String url)
 101   {
 102     try
 103     {
 104       appletJmolBinding.ap.av.applet.getAppletContext().showDocument(new java.net.URL(url),
 105               "jmol");
 106     } catch (java.net.MalformedURLException ex)
 107     {
 108     }
 109   }
 110
 111   public void newJmolPopup(boolean translateLocale, String menuName, boolean asPopup)
 112   {
 113
 114     jmolpopup = JmolPopup.newJmolPopup(viewer,translateLocale, menuName,asPopup);
 115   }
 116
 117   public void notifyScriptTermination(String strStatus, int msWalltime)
 118   {
 119     // do nothing.
 120   }
 121
 122   public void selectionChanged(BitSet arg0)
 123   {
 124     // TODO Auto-generated method stub
 125
 126   }
 127
 128   public void refreshPdbEntries()
 129   {
 130     // TODO Auto-generated method stub
 131
 132   }
 133
 134   @Override
 135   public void showConsole(boolean show)
 136   {
 137     appletJmolBinding.showConsole(show);
 138   }
 139
 140   @Override
 141   protected JmolAppConsoleInterface createJmolConsole(JmolViewer viewer2,
 142           Container consolePanel, String buttonsToShow)
 143   {
 144     return new AppletConsole(viewer2, consolePanel);
 145   }
 146   @Override
 147   protected void releaseUIResources()
 148   {
 149     appletJmolBinding = null;
 150     if (console!=null) {
 151       try {
 152         console.setVisible(false);
 153       } catch (Error e) {} catch (Exception x) {};
 154       console=null;
 155     }
 156
 157   }
 158
 159 }