src/jalview/appletgui/AppletJmolBinding.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
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  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.appletgui;
  19
  20 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  21 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  22 import jalview.datamodel.SequenceI;
  23 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  24
  25 import java.awt.Container;
  26 import java.util.BitSet;
  27
  28 import org.jmol.api.JmolAppConsoleInterface;
  29 import org.jmol.api.JmolViewer;
  30 import org.jmol.popup.JmolPopup;
  31
  32 class AppletJmolBinding extends jalview.ext.jmol.JalviewJmolBinding
  33 {
  34
  35   /**
  36    * Window that contains the bound Jmol instance
  37    */
  38   private AppletJmol appletJmolBinding;
  39
  40   public AppletJmolBinding(AppletJmol appletJmol, StructureSelectionManager sSm, PDBEntry[] pdbentry,
  41           SequenceI[][] seq, String[][] chains, String protocol)
  42   {
  43     super(sSm, pdbentry, seq, chains, protocol);
  44     appletJmolBinding = appletJmol;
  45   }
  46
  47   public jalview.api.FeatureRenderer getFeatureRenderer(AlignmentViewPanel alignment)
  48   {
  49     AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel)alignment;
  50     if (appletJmolBinding.ap.av.showSequenceFeatures)
  51     {
  52       if (appletJmolBinding.fr == null)
  53       {
  54         appletJmolBinding.fr = new jalview.appletgui.FeatureRenderer(
  55                 appletJmolBinding.ap.av);
  56       }
  57
  58       appletJmolBinding.fr
  59               .transferSettings(appletJmolBinding.ap.seqPanel.seqCanvas
  60                       .getFeatureRenderer());
  61     }
  62
  63     return appletJmolBinding.fr;
  64   }
  65
  66   public jalview.api.SequenceRenderer getSequenceRenderer(AlignmentViewPanel alignment)
  67   {
  68     return new SequenceRenderer(((AlignmentPanel)alignment).av);
  69   }
  70
  71   public void sendConsoleEcho(String strEcho)
  72   {
  73     if (appletJmolBinding.scriptWindow == null)
  74       appletJmolBinding.showConsole(true);
  75
  76     appletJmolBinding.history.append("\n" + strEcho);
  77   }
  78
  79   public void sendConsoleMessage(String strStatus)
  80   {
  81     if (appletJmolBinding.history != null && strStatus != null
  82             && !strStatus.equals("Script completed"))
  83     {
  84       appletJmolBinding.history.append("\n" + strStatus);
  85     }
  86   }
  87
  88   public void showUrl(String url, String target)
  89   {
  90     appletJmolBinding.ap.alignFrame.showURL(url, target);
  91
  92   }
  93
  94   public void refreshGUI()
  95   {
  96     appletJmolBinding.updateTitleAndMenus();
  97   }
  98
  99   public void updateColours(Object source)
 100   {
 101     AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) source;
 102     colourBySequence(ap.av.getShowSequenceFeatures(), ap);
 103   }
 104
 105   public void showUrl(String url)
 106   {
 107     try
 108     {
 109       appletJmolBinding.ap.av.applet.getAppletContext().showDocument(
 110               new java.net.URL(url), "jmol");
 111     } catch (java.net.MalformedURLException ex)
 112     {
 113     }
 114   }
 115
 116   public void newJmolPopup(boolean translateLocale, String menuName,
 117           boolean asPopup)
 118   {
 119
 120     jmolpopup = new JmolPopup();
 121     jmolpopup.initialize(viewer, translateLocale, menuName,
 122             asPopup);
 123   }
 124
 125   public void notifyScriptTermination(String strStatus, int msWalltime)
 126   {
 127     // do nothing.
 128   }
 129
 130   public void selectionChanged(BitSet arg0)
 131   {
 132     // TODO Auto-generated method stub
 133
 134   }
 135
 136   public void refreshPdbEntries()
 137   {
 138     // TODO Auto-generated method stub
 139
 140   }
 141
 142   @Override
 143   public void showConsole(boolean show)
 144   {
 145     appletJmolBinding.showConsole(show);
 146   }
 147
 148   @Override
 149   protected JmolAppConsoleInterface createJmolConsole(JmolViewer viewer2,
 150           Container consolePanel, String buttonsToShow)
 151   {
 152     //return new org.jmol.console.AppletConsole(viewer2, consolePanel);
 153     JmolAppConsoleInterface appc = new org.jmol.console.AppletConsole().getAppConsole(viewer2);
 154     return appc;
 155   }
 156
 157   @Override
 158   protected void releaseUIResources()
 159   {
 160     appletJmolBinding = null;
 161     if (console != null)
 162     {
 163       try
 164       {
 165         console.setVisible(false);
 166       } catch (Error e)
 167       {
 168       } catch (Exception x)
 169       {
 170       }
 171       ;
 172       console = null;
 173     }
 174
 175   }
 176
 177   @Override
 178   public void releaseReferences(Object svl)
 179   {
 180   }
 181   @Override
 182   public void resizeInnerPanel(String data)
 183   {
 184     // TODO Auto-generated method stub
 185
 186   }
 187 }