src/jalview/appletgui/AppletJmolBinding.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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  11  *
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  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  24 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  25 import jalview.datamodel.SequenceI;
  26 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  27
  28 import java.awt.Container;
  29 import java.util.BitSet;
  30
  31 import org.jmol.api.JmolAppConsoleInterface;
  32 import org.jmol.api.JmolViewer;
  33 import org.jmol.popup.JmolPopup;
  34
  35 class AppletJmolBinding extends jalview.ext.jmol.JalviewJmolBinding
  36 {
  37
  38   /**
  39    * Window that contains the bound Jmol instance
  40    */
  41   private AppletJmol appletJmolBinding;
  42
  43   public AppletJmolBinding(AppletJmol appletJmol,
  44           StructureSelectionManager sSm, PDBEntry[] pdbentry,
  45           SequenceI[][] seq, String[][] chains, String protocol)
  46   {
  47     super(sSm, pdbentry, seq, chains, protocol);
  48     appletJmolBinding = appletJmol;
  49   }
  50
  51   public jalview.api.FeatureRenderer getFeatureRenderer(
  52           AlignmentViewPanel alignment)
  53   {
  54     AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) alignment;
  55     if (appletJmolBinding.ap.av.isShowSequenceFeatures())
  56     {
  57       if (appletJmolBinding.fr == null)
  58       {
  59         appletJmolBinding.fr = new jalview.appletgui.FeatureRenderer(
  60                 appletJmolBinding.ap.av);
  61       }
  62
  63       appletJmolBinding.fr
  64               .transferSettings(appletJmolBinding.ap.seqPanel.seqCanvas
  65                       .getFeatureRenderer());
  66     }
  67
  68     return appletJmolBinding.fr;
  69   }
  70
  71   public jalview.api.SequenceRenderer getSequenceRenderer(
  72           AlignmentViewPanel alignment)
  73   {
  74     return new SequenceRenderer(((AlignmentPanel) alignment).av);
  75   }
  76
  77   public void sendConsoleEcho(String strEcho)
  78   {
  79     if (appletJmolBinding.scriptWindow == null)
  80     {
  81       appletJmolBinding.showConsole(true);
  82     }
  83
  84     appletJmolBinding.history.append("\n" + strEcho);
  85   }
  86
  87   public void sendConsoleMessage(String strStatus)
  88   {
  89     if (appletJmolBinding.history != null && strStatus != null
  90             && !strStatus.equals("Script completed"))
  91     {
  92       appletJmolBinding.history.append("\n" + strStatus);
  93     }
  94   }
  95
  96   public void showUrl(String url, String target)
  97   {
  98     appletJmolBinding.ap.alignFrame.showURL(url, target);
  99
 100   }
 101
 102   public void refreshGUI()
 103   {
 104     appletJmolBinding.updateTitleAndMenus();
 105   }
 106
 107   public void updateColours(Object source)
 108   {
 109     AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) source;
 110     colourBySequence(ap.av.isShowSequenceFeatures(), ap);
 111   }
 112
 113   public void showUrl(String url)
 114   {
 115     try
 116     {
 117       appletJmolBinding.ap.av.applet.getAppletContext().showDocument(
 118               new java.net.URL(url), "jmol");
 119     } catch (java.net.MalformedURLException ex)
 120     {
 121     }
 122   }
 123
 124   public void newJmolPopup(boolean translateLocale, String menuName,
 125           boolean asPopup)
 126   {
 127
 128     jmolpopup = new JmolPopup();
 129     jmolpopup.initialize(viewer, translateLocale, menuName, asPopup);
 130   }
 131
 132   public void notifyScriptTermination(String strStatus, int msWalltime)
 133   {
 134     // do nothing.
 135   }
 136
 137   public void selectionChanged(BitSet arg0)
 138   {
 139     // TODO Auto-generated method stub
 140
 141   }
 142
 143   @Override
 144   public void refreshPdbEntries()
 145   {
 146     // noop
 147   }
 148
 149   @Override
 150   public void showConsole(boolean show)
 151   {
 152     appletJmolBinding.showConsole(show);
 153   }
 154
 155   @Override
 156   protected JmolAppConsoleInterface createJmolConsole(JmolViewer viewer2,
 157           Container consolePanel, String buttonsToShow)
 158   {
 159     // return new org.jmol.console.AppletConsole(viewer2, consolePanel);
 160     JmolAppConsoleInterface appc = new org.jmol.console.AppletConsole()
 161             .getAppConsole(viewer2);
 162     return appc;
 163   }
 164
 165   @Override
 166   protected void releaseUIResources()
 167   {
 168     appletJmolBinding = null;
 169     closeConsole();
 170   }
 171
 172   @Override
 173   public void releaseReferences(Object svl)
 174   {
 175   }
 176
 177   @Override
 178   public void resizeInnerPanel(String data)
 179   {
 180     // TODO Auto-generated method stub
 181
 182   }
 183 }