src/jalview/appletgui/AppletJmolBinding.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
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  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
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  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  24 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  25 import jalview.datamodel.SequenceI;
  26 import jalview.ext.jmol.JalviewJmolBinding;
  27 import jalview.io.DataSourceType;
  28 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  29
  30 import java.awt.Container;
  31 import java.util.Map;
  32
  33 import org.jmol.api.JmolAppConsoleInterface;
  34 import org.jmol.console.AppletConsole;
  35 import org.jmol.java.BS;
  36
  37 class AppletJmolBinding extends JalviewJmolBinding
  38 {
  39
  40   /**
  41    * Window that contains the bound Jmol instance
  42    */
  43   private AppletJmol appletJmolBinding;
  44
  45   public AppletJmolBinding(AppletJmol appletJmol,
  46           StructureSelectionManager sSm, PDBEntry[] pdbentry,
  47           SequenceI[][] seq, DataSourceType protocol)
  48   {
  49     super(sSm, pdbentry, seq, protocol);
  50     appletJmolBinding = appletJmol;
  51   }
  52
  53   @Override
  54   public jalview.api.FeatureRenderer getFeatureRenderer(
  55           AlignmentViewPanel alignment)
  56   {
  57     AlignmentPanel alignPanel = (AlignmentPanel) alignment;
  58     if (alignPanel.av.isShowSequenceFeatures())
  59     {
  60       return alignPanel.getFeatureRenderer();
  61     }
  62     else
  63     {
  64       return null;
  65     }
  66   }
  67
  68   @Override
  69   public jalview.api.SequenceRenderer getSequenceRenderer(
  70           AlignmentViewPanel alignment)
  71   {
  72     return new SequenceRenderer(((AlignmentPanel) alignment).av);
  73   }
  74
  75   @Override
  76   public void sendConsoleEcho(String strEcho)
  77   {
  78     if (appletJmolBinding.scriptWindow == null)
  79     {
  80       appletJmolBinding.showConsole(true);
  81     }
  82
  83     appletJmolBinding.addToHistory(strEcho);
  84   }
  85
  86   @Override
  87   public void sendConsoleMessage(String strStatus)
  88   {
  89     if (appletJmolBinding.history != null && strStatus != null
  90             && !strStatus.equals("Script completed"))
  91     {
  92       appletJmolBinding.addToHistory(strStatus);
  93     }
  94   }
  95
  96   @Override
  97   public void showUrl(String url, String target)
  98   {
  99     appletJmolBinding.ap.alignFrame.showURL(url, target);
 100
 101   }
 102
 103   @Override
 104   public void refreshGUI()
 105   {
 106     appletJmolBinding.updateTitleAndMenus();
 107   }
 108
 109   @Override
 110   public void updateColours(Object source)
 111   {
 112     AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) source;
 113     colourBySequence(ap);
 114   }
 115
 116   @Override
 117   public void showUrl(String url)
 118   {
 119     try
 120     {
 121       appletJmolBinding.ap.av.applet.getAppletContext().showDocument(
 122               new java.net.URL(url), "jmol");
 123     } catch (java.net.MalformedURLException ex)
 124     {
 125     }
 126   }
 127
 128   public void newJmolPopup(boolean translateLocale, String menuName,
 129           boolean asPopup)
 130   {
 131     // jmolpopup = new JmolAwtPopup(); // is this used?
 132     // jmolpopup.jpiInitialize((viewer), menuName);
 133   }
 134
 135   @Override
 136   public void notifyScriptTermination(String strStatus, int msWalltime)
 137   {
 138     // do nothing.
 139   }
 140
 141   @Override
 142   public void selectionChanged(BS arg0)
 143   {
 144     // TODO Auto-generated method stub
 145
 146   }
 147
 148   @Override
 149   public void refreshPdbEntries()
 150   {
 151     // noop
 152   }
 153
 154   @Override
 155   public void showConsole(boolean show)
 156   {
 157     appletJmolBinding.showConsole(show);
 158   }
 159
 160   @Override
 161   protected JmolAppConsoleInterface createJmolConsole(
 162           Container consolePanel, String buttonsToShow)
 163   {
 164     JmolAppConsoleInterface appc = new AppletConsole();
 165     appc.start(viewer);
 166     return appc;
 167   }
 168
 169   @Override
 170   protected void releaseUIResources()
 171   {
 172     appletJmolBinding = null;
 173     closeConsole();
 174   }
 175
 176   @Override
 177   public void releaseReferences(Object svl)
 178   {
 179   }
 180
 181   @Override
 182   public int[] resizeInnerPanel(String data)
 183   {
 184     // TODO Auto-generated method stub
 185     return null;
 186   }
 187
 188   @Override
 189   public Map<String, Object> getJSpecViewProperty(String arg0)
 190   {
 191     // TODO Auto-generated method stub
 192     return null;
 193   }
 194 }