src/jalview/appletgui/AppletJmolBinding.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
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  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  24 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  25 import jalview.datamodel.SequenceI;
  26 import jalview.ext.jmol.JalviewJmolBinding;
  27 import jalview.io.DataSourceType;
  28 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  29
  30 import java.awt.Container;
  31 import java.util.Map;
  32
  33 import org.jmol.api.JmolAppConsoleInterface;
  34 import org.jmol.console.AppletConsole;
  35 import javajs.util.BS;
  36
  37 class AppletJmolBinding extends JalviewJmolBinding
  38 {
  39
  40   /**
  41    * Window that contains the bound Jmol instance
  42    */
  43   private AppletJmol appletJmolBinding;
  44
  45   public AppletJmolBinding(AppletJmol appletJmol,
  46           StructureSelectionManager sSm, PDBEntry[] pdbentry,
  47           SequenceI[][] seq, DataSourceType protocol)
  48   {
  49     super(sSm, pdbentry, seq, protocol);
  50     appletJmolBinding = appletJmol;
  51   }
  52
  53   @Override
  54   public jalview.api.SequenceRenderer getSequenceRenderer(
  55           AlignmentViewPanel alignment)
  56   {
  57     return new SequenceRenderer(((AlignmentPanel) alignment).av);
  58   }
  59
  60   @Override
  61   public void sendConsoleEcho(String strEcho)
  62   {
  63     if (appletJmolBinding.scriptWindow == null)
  64     {
  65       appletJmolBinding.showConsole(true);
  66     }
  67
  68     appletJmolBinding.addToHistory(strEcho);
  69   }
  70
  71   @Override
  72   public void sendConsoleMessage(String strStatus)
  73   {
  74     if (appletJmolBinding.history != null && strStatus != null
  75             && !strStatus.equals("Script completed"))
  76     {
  77       appletJmolBinding.addToHistory(strStatus);
  78     }
  79   }
  80
  81   @Override
  82   public void showUrl(String url, String target)
  83   {
  84     appletJmolBinding.ap.alignFrame.showURL(url, target);
  85
  86   }
  87
  88   @Override
  89   public void refreshGUI()
  90   {
  91     appletJmolBinding.updateTitleAndMenus();
  92   }
  93
  94   @Override
  95   public void updateColours(Object source)
  96   {
  97     AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) source;
  98     updateStructureColours(ap);
  99   }
 100
 101   @Override
 102   public void showUrl(String url)
 103   {
 104     try
 105     {
 106       appletJmolBinding.ap.av.applet.getAppletContext()
 107               .showDocument(new java.net.URL(url), "jmol");
 108     } catch (java.net.MalformedURLException ex)
 109     {
 110     }
 111   }
 112
 113   public void newJmolPopup(boolean translateLocale, String menuName,
 114           boolean asPopup)
 115   {
 116     // jmolpopup = new JmolAwtPopup(); // is this used?
 117     // jmolpopup.jpiInitialize((viewer), menuName);
 118   }
 119
 120   @Override
 121   public void notifyScriptTermination(String strStatus, int msWalltime)
 122   {
 123     // do nothing.
 124   }
 125
 126   @Override
 127   public void selectionChanged(BS arg0)
 128   {
 129     // TODO Auto-generated method stub
 130
 131   }
 132
 133   @Override
 134   public void refreshPdbEntries()
 135   {
 136     // noop
 137   }
 138
 139   @Override
 140   public void showConsole(boolean show)
 141   {
 142     appletJmolBinding.showConsole(show);
 143   }
 144
 145   @Override
 146   protected JmolAppConsoleInterface createJmolConsole(
 147           Container consolePanel, String buttonsToShow)
 148   {
 149     JmolAppConsoleInterface appc = new AppletConsole();
 150     appc.start(jmolViewer);
 151     return appc;
 152   }
 153
 154   @Override
 155   protected void releaseUIResources()
 156   {
 157     appletJmolBinding = null;
 158     closeConsole();
 159   }
 160
 161   @Override
 162   public void releaseReferences(Object svl)
 163   {
 164   }
 165
 166   @Override
 167   public int[] resizeInnerPanel(String data)
 168   {
 169     return null;
 170   }
 171
 172   @Override
 173   public Map<String, Object> getJSpecViewProperty(String arg0)
 174   {
 175     return null;
 176   }
 177 }