src/jalview/appletgui/AppletJmolBinding.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
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  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  24 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  25 import jalview.datamodel.SequenceI;
  26 import jalview.ext.jmol.JalviewJmolBinding;
  27 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  28
  29 import java.awt.Container;
  30 import java.util.Map;
  31
  32 import org.jmol.api.JmolAppConsoleInterface;
  33 import org.jmol.console.AppletConsole;
  34 import org.jmol.java.BS;
  35
  36 class AppletJmolBinding extends JalviewJmolBinding
  37 {
  38
  39   /**
  40    * Window that contains the bound Jmol instance
  41    */
  42   private AppletJmol appletJmolBinding;
  43
  44   public AppletJmolBinding(AppletJmol appletJmol,
  45           StructureSelectionManager sSm, PDBEntry[] pdbentry,
  46           SequenceI[][] seq, String[][] chains, String protocol)
  47   {
  48     super(sSm, pdbentry, seq, chains, protocol);
  49     appletJmolBinding = appletJmol;
  50   }
  51
  52   @Override
  53   public jalview.api.FeatureRenderer getFeatureRenderer(
  54           AlignmentViewPanel alignment)
  55   {
  56     AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) alignment;
  57     if (appletJmolBinding.ap.av.isShowSequenceFeatures())
  58     {
  59       if (appletJmolBinding.fr == null)
  60       {
  61         appletJmolBinding.fr = new jalview.appletgui.FeatureRenderer(
  62                 appletJmolBinding.ap.av);
  63       }
  64
  65       appletJmolBinding.fr
  66               .transferSettings(appletJmolBinding.ap.seqPanel.seqCanvas
  67                       .getFeatureRenderer());
  68     }
  69
  70     return appletJmolBinding.fr;
  71   }
  72
  73   @Override
  74   public jalview.api.SequenceRenderer getSequenceRenderer(
  75           AlignmentViewPanel alignment)
  76   {
  77     return new SequenceRenderer(((AlignmentPanel) alignment).av);
  78   }
  79
  80   @Override
  81   public void sendConsoleEcho(String strEcho)
  82   {
  83     if (appletJmolBinding.scriptWindow == null)
  84     {
  85       appletJmolBinding.showConsole(true);
  86     }
  87
  88     appletJmolBinding.addToHistory(strEcho);
  89   }
  90
  91   @Override
  92   public void sendConsoleMessage(String strStatus)
  93   {
  94     if (appletJmolBinding.history != null && strStatus != null
  95             && !strStatus.equals("Script completed"))
  96     {
  97       appletJmolBinding.addToHistory(strStatus);
  98     }
  99   }
 100
 101   @Override
 102   public void showUrl(String url, String target)
 103   {
 104     appletJmolBinding.ap.alignFrame.showURL(url, target);
 105
 106   }
 107
 108   @Override
 109   public void refreshGUI()
 110   {
 111     appletJmolBinding.updateTitleAndMenus();
 112   }
 113
 114   @Override
 115   public void updateColours(Object source)
 116   {
 117     AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) source;
 118     colourBySequence(ap);
 119   }
 120
 121   @Override
 122   public void showUrl(String url)
 123   {
 124     try
 125     {
 126       appletJmolBinding.ap.av.applet.getAppletContext().showDocument(
 127               new java.net.URL(url), "jmol");
 128     } catch (java.net.MalformedURLException ex)
 129     {
 130     }
 131   }
 132
 133   public void newJmolPopup(boolean translateLocale, String menuName,
 134           boolean asPopup)
 135   {
 136     // jmolpopup = new JmolAwtPopup(); // is this used?
 137     // jmolpopup.jpiInitialize((viewer), menuName);
 138   }
 139
 140   @Override
 141   public void notifyScriptTermination(String strStatus, int msWalltime)
 142   {
 143     // do nothing.
 144   }
 145
 146   @Override
 147   public void selectionChanged(BS arg0)
 148   {
 149     // TODO Auto-generated method stub
 150
 151   }
 152
 153   @Override
 154   public void refreshPdbEntries()
 155   {
 156     // noop
 157   }
 158
 159   @Override
 160   public void showConsole(boolean show)
 161   {
 162     appletJmolBinding.showConsole(show);
 163   }
 164
 165   @Override
 166   protected JmolAppConsoleInterface createJmolConsole(
 167           Container consolePanel, String buttonsToShow)
 168   {
 169     JmolAppConsoleInterface appc = new AppletConsole();
 170     appc.start(viewer);
 171     return appc;
 172   }
 173
 174   @Override
 175   protected void releaseUIResources()
 176   {
 177     appletJmolBinding = null;
 178     closeConsole();
 179   }
 180
 181   @Override
 182   public void releaseReferences(Object svl)
 183   {
 184   }
 185
 186   @Override
 187   public int[] resizeInnerPanel(String data)
 188   {
 189     // TODO Auto-generated method stub
 190     return null;
 191   }
 192
 193   @Override
 194   public Map<String, Object> getJSpecViewProperty(String arg0)
 195   {
 196     // TODO Auto-generated method stub
 197     return null;
 198   }
 199 }