src/jalview/appletgui/AppletJmolBinding.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package jalview.appletgui;
  20
  21 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  22 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  23 import jalview.datamodel.SequenceI;
  24 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  25
  26 import java.awt.Container;
  27 import java.util.BitSet;
  28
  29 import org.jmol.api.JmolAppConsoleInterface;
  30 import org.jmol.api.JmolViewer;
  31 import org.jmol.popup.JmolPopup;
  32
  33 class AppletJmolBinding extends jalview.ext.jmol.JalviewJmolBinding
  34 {
  35
  36   /**
  37    * Window that contains the bound Jmol instance
  38    */
  39   private AppletJmol appletJmolBinding;
  40
  41   public AppletJmolBinding(AppletJmol appletJmol,
  42           StructureSelectionManager sSm, PDBEntry[] pdbentry,
  43           SequenceI[][] seq, String[][] chains, String protocol)
  44   {
  45     super(sSm, pdbentry, seq, chains, protocol);
  46     appletJmolBinding = appletJmol;
  47   }
  48
  49   public jalview.api.FeatureRenderer getFeatureRenderer(
  50           AlignmentViewPanel alignment)
  51   {
  52     AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) alignment;
  53     if (appletJmolBinding.ap.av.showSequenceFeatures)
  54     {
  55       if (appletJmolBinding.fr == null)
  56       {
  57         appletJmolBinding.fr = new jalview.appletgui.FeatureRenderer(
  58                 appletJmolBinding.ap.av);
  59       }
  60
  61       appletJmolBinding.fr
  62               .transferSettings(appletJmolBinding.ap.seqPanel.seqCanvas
  63                       .getFeatureRenderer());
  64     }
  65
  66     return appletJmolBinding.fr;
  67   }
  68
  69   public jalview.api.SequenceRenderer getSequenceRenderer(
  70           AlignmentViewPanel alignment)
  71   {
  72     return new SequenceRenderer(((AlignmentPanel) alignment).av);
  73   }
  74
  75   public void sendConsoleEcho(String strEcho)
  76   {
  77     if (appletJmolBinding.scriptWindow == null)
  78       appletJmolBinding.showConsole(true);
  79
  80     appletJmolBinding.history.append("\n" + strEcho);
  81   }
  82
  83   public void sendConsoleMessage(String strStatus)
  84   {
  85     if (appletJmolBinding.history != null && strStatus != null
  86             && !strStatus.equals("Script completed"))
  87     {
  88       appletJmolBinding.history.append("\n" + strStatus);
  89     }
  90   }
  91
  92   public void showUrl(String url, String target)
  93   {
  94     appletJmolBinding.ap.alignFrame.showURL(url, target);
  95
  96   }
  97
  98   public void refreshGUI()
  99   {
 100     appletJmolBinding.updateTitleAndMenus();
 101   }
 102
 103   public void updateColours(Object source)
 104   {
 105     AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) source;
 106     colourBySequence(ap.av.getShowSequenceFeatures(), ap);
 107   }
 108
 109   public void showUrl(String url)
 110   {
 111     try
 112     {
 113       appletJmolBinding.ap.av.applet.getAppletContext().showDocument(
 114               new java.net.URL(url), "jmol");
 115     } catch (java.net.MalformedURLException ex)
 116     {
 117     }
 118   }
 119
 120   public void newJmolPopup(boolean translateLocale, String menuName,
 121           boolean asPopup)
 122   {
 123
 124     jmolpopup = new JmolPopup();
 125     jmolpopup.initialize(viewer, translateLocale, menuName, asPopup);
 126   }
 127
 128   public void notifyScriptTermination(String strStatus, int msWalltime)
 129   {
 130     // do nothing.
 131   }
 132
 133   public void selectionChanged(BitSet arg0)
 134   {
 135     // TODO Auto-generated method stub
 136
 137   }
 138
 139   public void refreshPdbEntries()
 140   {
 141     // TODO Auto-generated method stub
 142
 143   }
 144
 145   @Override
 146   public void showConsole(boolean show)
 147   {
 148     appletJmolBinding.showConsole(show);
 149   }
 150
 151   @Override
 152   protected JmolAppConsoleInterface createJmolConsole(JmolViewer viewer2,
 153           Container consolePanel, String buttonsToShow)
 154   {
 155     // return new org.jmol.console.AppletConsole(viewer2, consolePanel);
 156     JmolAppConsoleInterface appc = new org.jmol.console.AppletConsole()
 157             .getAppConsole(viewer2);
 158     return appc;
 159   }
 160
 161   @Override
 162   protected void releaseUIResources()
 163   {
 164     appletJmolBinding = null;
 165     if (console != null)
 166     {
 167       try
 168       {
 169         console.setVisible(false);
 170       } catch (Error e)
 171       {
 172       } catch (Exception x)
 173       {
 174       }
 175       ;
 176       console = null;
 177     }
 178
 179   }
 180
 181   @Override
 182   public void releaseReferences(Object svl)
 183   {
 184   }
 185
 186   @Override
 187   public void resizeInnerPanel(String data)
 188   {
 189     // TODO Auto-generated method stub
 190
 191   }
 192 }