src/jalview/appletgui/CutAndPasteTransfer.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
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   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.datamodel.Alignment;
  24 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  25 import jalview.datamodel.Sequence;
  26 import jalview.io.AnnotationFile;
  27 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  28 import jalview.io.IdentifyFile;
  29 import jalview.io.TCoffeeScoreFile;
  30 import jalview.schemes.TCoffeeColourScheme;
  31 import jalview.util.MessageManager;
  32
  33 import java.awt.BorderLayout;
  34 import java.awt.Button;
  35 import java.awt.Dialog;
  36 import java.awt.Font;
  37 import java.awt.Frame;
  38 import java.awt.Panel;
  39 import java.awt.TextArea;
  40 import java.awt.event.ActionEvent;
  41 import java.awt.event.ActionListener;
  42 import java.awt.event.MouseEvent;
  43 import java.awt.event.MouseListener;
  44
  45 public class CutAndPasteTransfer extends Panel implements ActionListener,
  46         MouseListener
  47 {
  48   boolean pdbImport = false;
  49
  50   boolean treeImport = false;
  51
  52   boolean annotationImport = false;
  53
  54   Sequence seq;
  55
  56   AlignFrame alignFrame;
  57
  58   public CutAndPasteTransfer(boolean forImport, AlignFrame alignFrame)
  59   {
  60     try
  61     {
  62       jbInit();
  63     } catch (Exception e)
  64     {
  65       e.printStackTrace();
  66     }
  67
  68     this.alignFrame = alignFrame;
  69
  70     if (!forImport)
  71     {
  72       buttonPanel.setVisible(false);
  73     }
  74   }
  75
  76   public String getText()
  77   {
  78     return textarea.getText();
  79   }
  80
  81   public void setText(String text)
  82   {
  83     textarea.setText(text);
  84   }
  85
  86   public void setPDBImport(Sequence seq)
  87   {
  88     this.seq = seq;
  89     accept.setLabel(MessageManager.getString("action.accept"));
  90     addSequences.setVisible(false);
  91     pdbImport = true;
  92   }
  93
  94   public void setTreeImport()
  95   {
  96     treeImport = true;
  97     accept.setLabel(MessageManager.getString("action.accept"));
  98     addSequences.setVisible(false);
  99   }
 100
 101   public void setAnnotationImport()
 102   {
 103     annotationImport = true;
 104     accept.setLabel(MessageManager.getString("action.accept"));
 105     addSequences.setVisible(false);
 106   }
 107
 108   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 109   {
 110     if (evt.getSource() == accept)
 111     {
 112       ok(true);
 113     }
 114     else if (evt.getSource() == addSequences)
 115     {
 116       ok(false);
 117     }
 118     else if (evt.getSource() == cancel)
 119     {
 120       cancel();
 121     }
 122   }
 123
 124   protected void ok(boolean newWindow)
 125   {
 126     String text = getText();
 127     int length = text.length();
 128     textarea.append("\n");
 129     if (textarea.getText().length() == length)
 130     {
 131       String warning = "\n\n#################################################\n"
 132               + "WARNING!! THIS IS THE MAXIMUM SIZE OF TEXTAREA!!\n"
 133               + "\nCAN'T INPUT FULL ALIGNMENT"
 134               + "\n\nYOU MUST DELETE THIS WARNING TO CONTINUE"
 135               + "\n\nMAKE SURE LAST SEQUENCE PASTED IS COMPLETE"
 136               + "\n#################################################\n";
 137       textarea.setText(text.substring(0, text.length() - warning.length())
 138               + warning);
 139
 140       textarea.setCaretPosition(text.length());
 141     }
 142
 143     if (pdbImport)
 144     {
 145       PDBEntry pdb = new PDBEntry();
 146       pdb.setFile(text);
 147
 148       if (alignFrame.alignPanel.av.applet.jmolAvailable)
 149       {
 150         new jalview.appletgui.AppletJmol(pdb, new Sequence[]
 151         { seq }, null, alignFrame.alignPanel, AppletFormatAdapter.PASTE);
 152       }
 153       else
 154       {
 155         new MCview.AppletPDBViewer(pdb, new Sequence[]
 156         { seq }, null, alignFrame.alignPanel, AppletFormatAdapter.PASTE);
 157       }
 158
 159     }
 160     else if (treeImport)
 161     {
 162       try
 163       {
 164         jalview.io.NewickFile fin = new jalview.io.NewickFile(
 165                 textarea.getText(), "Paste");
 166
 167         fin.parse();
 168         if (fin.getTree() != null)
 169         {
 170           alignFrame.loadTree(fin, "Pasted tree file");
 171         }
 172
 173       } catch (Exception ex)
 174       {
 175         // TODO: JAL-1102 - should have a warning message in dialog, not simply
 176         // overwrite the broken input data with the exception
 177         textarea.setText(MessageManager.formatMessage(
 178                 "label.could_not_parse_newick_file", new String[]
 179                 { ex.getMessage() }));
 180         return;
 181       }
 182     }
 183     else if (annotationImport)
 184     {
 185       TCoffeeScoreFile tcf = null;
 186       try
 187       {
 188         tcf = new TCoffeeScoreFile(textarea.getText(),
 189                 jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE);
 190         if (tcf.isValid())
 191         {
 192           if (tcf.annotateAlignment(alignFrame.viewport.getAlignment(),
 193                   true))
 194           {
 195             alignFrame.tcoffeeColour.setEnabled(true);
 196             alignFrame.alignPanel.fontChanged();
 197             alignFrame.changeColour(new TCoffeeColourScheme(
 198                     alignFrame.viewport.getAlignment()));
 199             alignFrame.statusBar
 200                     .setText(MessageManager
 201                             .getString("label.successfully_pasted_tcoffee_scores_to_alignment"));
 202           }
 203           else
 204           {
 205             // file valid but didn't get added to alignment for some reason
 206             alignFrame.statusBar.setText(MessageManager.formatMessage(
 207                     "label.failed_add_tcoffee_scores",
 208                     new String[]
 209                     { (tcf.getWarningMessage() != null ? tcf
 210                             .getWarningMessage() : "") }));
 211           }
 212         }
 213         else
 214         {
 215           tcf = null;
 216         }
 217       } catch (Exception x)
 218       {
 219         tcf = null;
 220       }
 221       if (tcf == null)
 222       {
 223         if (new AnnotationFile().annotateAlignmentView(alignFrame.viewport,
 224                 textarea.getText(),
 225                 jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE))
 226         {
 227           alignFrame.alignPanel.fontChanged();
 228           alignFrame.alignPanel.setScrollValues(0, 0);
 229           alignFrame.statusBar
 230                   .setText(MessageManager
 231                           .getString("label.successfully_pasted_annotation_to_alignment"));
 232
 233         }
 234         else
 235         {
 236           if (!alignFrame.parseFeaturesFile(textarea.getText(),
 237                   jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE))
 238           {
 239             alignFrame.statusBar
 240                     .setText(MessageManager
 241                             .getString("label.couldnt_parse_pasted_text_as_valid_annotation_feature_GFF_tcoffee_file"));
 242           }
 243         }
 244       }
 245     }
 246     else if (alignFrame != null)
 247     {
 248       Alignment al = null;
 249
 250       String format = new IdentifyFile().Identify(text,
 251               AppletFormatAdapter.PASTE);
 252       try
 253       {
 254         al = new AppletFormatAdapter().readFile(text,
 255                 AppletFormatAdapter.PASTE, format);
 256       } catch (java.io.IOException ex)
 257       {
 258         ex.printStackTrace();
 259       }
 260
 261       if (al != null)
 262       {
 263         if (newWindow)
 264         {
 265           AlignFrame af = new AlignFrame(al, alignFrame.viewport.applet,
 266                   "Cut & Paste input - " + format, false);
 267           af.statusBar
 268                   .setText(MessageManager
 269                           .getString("label.successfully_pasted_annotation_to_alignment"));
 270         }
 271         else
 272         {
 273           alignFrame.addSequences(al.getSequencesArray());
 274           alignFrame.statusBar.setText(MessageManager
 275                   .getString("label.successfully_pasted_alignment_file"));
 276         }
 277       }
 278     }
 279     // TODO: dialog should indicate if data was parsed correctly or not - see
 280     // JAL-1102
 281     if (this.getParent() instanceof Frame)
 282     {
 283       ((Frame) this.getParent()).setVisible(false);
 284     }
 285     else
 286     {
 287       ((Dialog) this.getParent()).setVisible(false);
 288     }
 289   }
 290
 291   protected void cancel()
 292   {
 293     textarea.setText("");
 294     if (this.getParent() instanceof Frame)
 295     {
 296       ((Frame) this.getParent()).setVisible(false);
 297     }
 298     else
 299     {
 300       ((Dialog) this.getParent()).setVisible(false);
 301     }
 302   }
 303
 304   protected TextArea textarea = new TextArea();
 305
 306   Button accept = new Button("New Window");
 307
 308   Button addSequences = new Button("Add to Current Alignment");
 309
 310   Button cancel = new Button("Close");
 311
 312   protected Panel buttonPanel = new Panel();
 313
 314   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();
 315
 316   private void jbInit() throws Exception
 317   {
 318     textarea.setFont(new java.awt.Font("Monospaced", Font.PLAIN, 10));
 319     textarea.setText(MessageManager
 320             .getString("label.paste_your_alignment_file"));
 321     textarea.addMouseListener(this);
 322     this.setLayout(borderLayout1);
 323     accept.addActionListener(this);
 324     addSequences.addActionListener(this);
 325     cancel.addActionListener(this);
 326     this.add(buttonPanel, BorderLayout.SOUTH);
 327     buttonPanel.add(accept, null);
 328     buttonPanel.add(addSequences);
 329     buttonPanel.add(cancel, null);
 330     this.add(textarea, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 331   }
 332
 333   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 334   {
 335     if (textarea.getText().startsWith(
 336             MessageManager.getString("label.paste_your")))
 337     {
 338       textarea.setText("");
 339     }
 340   }
 341
 342   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 343   {
 344   }
 345
 346   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 347   {
 348   }
 349
 350   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 351   {
 352   }
 353
 354   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 355   {
 356   }
 357 }