src/jalview/appletgui/CutAndPasteTransfer.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
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   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
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  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package jalview.appletgui;
  20
  21 import java.awt.*;
  22 import java.awt.event.*;
  23
  24 import jalview.datamodel.*;
  25 import jalview.io.*;
  26 import jalview.schemes.TCoffeeColourScheme;
  27
  28 public class CutAndPasteTransfer extends Panel implements ActionListener,
  29         MouseListener
  30 {
  31   boolean pdbImport = false;
  32
  33   boolean treeImport = false;
  34
  35   boolean annotationImport = false;
  36
  37   Sequence seq;
  38
  39   AlignFrame alignFrame;
  40
  41   public CutAndPasteTransfer(boolean forImport, AlignFrame alignFrame)
  42   {
  43     try
  44     {
  45       jbInit();
  46     } catch (Exception e)
  47     {
  48       e.printStackTrace();
  49     }
  50
  51     this.alignFrame = alignFrame;
  52
  53     if (!forImport)
  54     {
  55       buttonPanel.setVisible(false);
  56     }
  57   }
  58
  59   public String getText()
  60   {
  61     return textarea.getText();
  62   }
  63
  64   public void setText(String text)
  65   {
  66     textarea.setText(text);
  67   }
  68
  69   public void setPDBImport(Sequence seq)
  70   {
  71     this.seq = seq;
  72     accept.setLabel("Accept");
  73     addSequences.setVisible(false);
  74     pdbImport = true;
  75   }
  76
  77   public void setTreeImport()
  78   {
  79     treeImport = true;
  80     accept.setLabel("Accept");
  81     addSequences.setVisible(false);
  82   }
  83
  84   public void setAnnotationImport()
  85   {
  86     annotationImport = true;
  87     accept.setLabel("Accept");
  88     addSequences.setVisible(false);
  89   }
  90
  91   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
  92   {
  93     if (evt.getSource() == accept)
  94     {
  95       ok(true);
  96     }
  97     else if (evt.getSource() == addSequences)
  98     {
  99       ok(false);
 100     }
 101     else if (evt.getSource() == cancel)
 102     {
 103       cancel();
 104     }
 105   }
 106
 107   protected void ok(boolean newWindow)
 108   {
 109     String text = getText();
 110     int length = text.length();
 111     textarea.append("\n");
 112     if (textarea.getText().length() == length)
 113     {
 114       String warning = "\n\n#################################################\n"
 115               + "WARNING!! THIS IS THE MAXIMUM SIZE OF TEXTAREA!!\n"
 116               + "\nCAN'T INPUT FULL ALIGNMENT"
 117               + "\n\nYOU MUST DELETE THIS WARNING TO CONTINUE"
 118               + "\n\nMAKE SURE LAST SEQUENCE PASTED IS COMPLETE"
 119               + "\n#################################################\n";
 120       textarea.setText(text.substring(0, text.length() - warning.length())
 121               + warning);
 122
 123       textarea.setCaretPosition(text.length());
 124     }
 125
 126     if (pdbImport)
 127     {
 128       PDBEntry pdb = new PDBEntry();
 129       pdb.setFile(text);
 130
 131       if (alignFrame.alignPanel.av.applet.jmolAvailable)
 132         new jalview.appletgui.AppletJmol(pdb, new Sequence[]
 133         { seq }, null, alignFrame.alignPanel, AppletFormatAdapter.PASTE);
 134       else
 135
 136         new MCview.AppletPDBViewer(pdb, new Sequence[]
 137         { seq }, null, alignFrame.alignPanel, AppletFormatAdapter.PASTE);
 138
 139     }
 140     else if (treeImport)
 141     {
 142       try
 143       {
 144         jalview.io.NewickFile fin = new jalview.io.NewickFile(
 145                 textarea.getText(), "Paste");
 146
 147         fin.parse();
 148         if (fin.getTree() != null)
 149         {
 150           alignFrame.loadTree(fin, "Pasted tree file");
 151         }
 152
 153       } catch (Exception ex)
 154       {
 155         // TODO: JAL-1102 - should have a warning message in dialog, not simply
 156         // overwrite the broken input data with the exception
 157         textarea.setText("Could not parse Newick file!\n" + ex);
 158         return;
 159       }
 160     }
 161     else if (annotationImport)
 162     {
 163       TCoffeeScoreFile tcf = null;
 164       try
 165       {
 166         tcf = new TCoffeeScoreFile(textarea.getText(),
 167                 jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE);
 168         if (tcf.isValid())
 169         {
 170           if (tcf.annotateAlignment(alignFrame.viewport.getAlignment(),
 171                   true))
 172           {
 173             alignFrame.tcoffeeColour.setEnabled(true);
 174             alignFrame.alignPanel.fontChanged();
 175             alignFrame.changeColour(new TCoffeeColourScheme(
 176                     alignFrame.viewport.getAlignment()));
 177             alignFrame.statusBar
 178                     .setText("Successfully pasted T-Coffee scores to alignment.");
 179           }
 180           else
 181           {
 182             // file valid but didn't get added to alignment for some reason
 183             alignFrame.statusBar.setText("Failed to add T-Coffee scores: "
 184                     + (tcf.getWarningMessage() != null ? tcf
 185                             .getWarningMessage() : ""));
 186           }
 187         }
 188         else
 189         {
 190           tcf = null;
 191         }
 192       } catch (Exception x)
 193       {
 194         tcf = null;
 195       }
 196       if (tcf == null)
 197       {
 198         if (new AnnotationFile().readAnnotationFile(
 199                 alignFrame.viewport.getAlignment(), textarea.getText(),
 200                 jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE))
 201         {
 202           alignFrame.alignPanel.fontChanged();
 203           alignFrame.alignPanel.setScrollValues(0, 0);
 204           alignFrame.statusBar
 205                   .setText("Successfully pasted annotation to alignment.");
 206
 207         }
 208         else
 209         {
 210           if (!alignFrame.parseFeaturesFile(textarea.getText(),
 211                   jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE))
 212           {
 213             alignFrame.statusBar
 214                     .setText("Couldn't parse pasted text as a valid annotation, feature, GFF, or T-Coffee score file.");
 215           }
 216         }
 217       }
 218     }
 219     else if (alignFrame != null)
 220     {
 221       Alignment al = null;
 222
 223       String format = new IdentifyFile().Identify(text,
 224               AppletFormatAdapter.PASTE);
 225       try
 226       {
 227         al = new AppletFormatAdapter().readFile(text,
 228                 AppletFormatAdapter.PASTE, format);
 229       } catch (java.io.IOException ex)
 230       {
 231         ex.printStackTrace();
 232       }
 233
 234       if (al != null)
 235       {
 236         if (newWindow)
 237         {
 238           AlignFrame af = new AlignFrame(al, alignFrame.viewport.applet,
 239                   "Cut & Paste input - " + format, false);
 240           af.statusBar.setText("Successfully pasted alignment file");
 241         }
 242         else
 243         {
 244           alignFrame.addSequences(al.getSequencesArray());
 245           alignFrame.statusBar
 246                   .setText("Successfully pasted alignment file");
 247         }
 248       }
 249     }
 250     // TODO: dialog should indicate if data was parsed correctly or not - see
 251     // JAL-1102
 252     if (this.getParent() instanceof Frame)
 253     {
 254       ((Frame) this.getParent()).setVisible(false);
 255     }
 256     else
 257     {
 258       ((Dialog) this.getParent()).setVisible(false);
 259     }
 260   }
 261
 262   protected void cancel()
 263   {
 264     textarea.setText("");
 265     if (this.getParent() instanceof Frame)
 266     {
 267       ((Frame) this.getParent()).setVisible(false);
 268     }
 269     else
 270     {
 271       ((Dialog) this.getParent()).setVisible(false);
 272     }
 273   }
 274
 275   protected TextArea textarea = new TextArea();
 276
 277   Button accept = new Button("New Window");
 278
 279   Button addSequences = new Button("Add to Current Alignment");
 280
 281   Button cancel = new Button("Close");
 282
 283   protected Panel buttonPanel = new Panel();
 284
 285   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();
 286
 287   private void jbInit() throws Exception
 288   {
 289     textarea.setFont(new java.awt.Font("Monospaced", Font.PLAIN, 10));
 290     textarea.setText("Paste your alignment file here");
 291     textarea.addMouseListener(this);
 292     this.setLayout(borderLayout1);
 293     accept.addActionListener(this);
 294     addSequences.addActionListener(this);
 295     cancel.addActionListener(this);
 296     this.add(buttonPanel, BorderLayout.SOUTH);
 297     buttonPanel.add(accept, null);
 298     buttonPanel.add(addSequences);
 299     buttonPanel.add(cancel, null);
 300     this.add(textarea, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 301   }
 302
 303   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 304   {
 305     if (textarea.getText().startsWith("Paste your"))
 306     {
 307       textarea.setText("");
 308     }
 309   }
 310
 311   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 312   {
 313   }
 314
 315   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 316   {
 317   }
 318
 319   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 320   {
 321   }
 322
 323   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 324   {
 325   }
 326 }