src/jalview/appletgui/CutAndPasteTransfer.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)
   3  * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.appletgui;
  20
  21 import java.awt.*;
  22 import java.awt.event.*;
  23
  24 import jalview.datamodel.*;
  25 import jalview.io.*;
  26
  27 public class CutAndPasteTransfer extends Panel implements ActionListener,
  28         MouseListener
  29 {
  30   boolean pdbImport = false;
  31
  32   boolean treeImport = false;
  33
  34   boolean annotationImport = false;
  35
  36   Sequence seq;
  37
  38   AlignFrame alignFrame;
  39
  40   public CutAndPasteTransfer(boolean forImport, AlignFrame alignFrame)
  41   {
  42     try
  43     {
  44       jbInit();
  45     } catch (Exception e)
  46     {
  47       e.printStackTrace();
  48     }
  49
  50     this.alignFrame = alignFrame;
  51
  52     if (!forImport)
  53     {
  54       buttonPanel.setVisible(false);
  55     }
  56   }
  57
  58   public String getText()
  59   {
  60     return textarea.getText();
  61   }
  62
  63   public void setText(String text)
  64   {
  65     textarea.setText(text);
  66   }
  67
  68   public void setPDBImport(Sequence seq)
  69   {
  70     this.seq = seq;
  71     accept.setLabel("Accept");
  72     addSequences.setVisible(false);
  73     pdbImport = true;
  74   }
  75
  76   public void setTreeImport()
  77   {
  78     treeImport = true;
  79     accept.setLabel("Accept");
  80     addSequences.setVisible(false);
  81   }
  82
  83   public void setAnnotationImport()
  84   {
  85     annotationImport = true;
  86     accept.setLabel("Accept");
  87     addSequences.setVisible(false);
  88   }
  89
  90   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
  91   {
  92     if (evt.getSource() == accept)
  93     {
  94       ok(true);
  95     }
  96     else if (evt.getSource() == addSequences)
  97     {
  98       ok(false);
  99     }
 100     else if (evt.getSource() == cancel)
 101     {
 102       cancel();
 103     }
 104   }
 105
 106   protected void ok(boolean newWindow)
 107   {
 108     String text = getText();
 109     int length = text.length();
 110     textarea.append("\n");
 111     if (textarea.getText().length() == length)
 112     {
 113       String warning = "\n\n#################################################\n"
 114               + "WARNING!! THIS IS THE MAXIMUM SIZE OF TEXTAREA!!\n"
 115               + "\nCAN'T INPUT FULL ALIGNMENT"
 116               + "\n\nYOU MUST DELETE THIS WARNING TO CONTINUE"
 117               + "\n\nMAKE SURE LAST SEQUENCE PASTED IS COMPLETE"
 118               + "\n#################################################\n";
 119       textarea.setText(text.substring(0, text.length() - warning.length())
 120               + warning);
 121
 122       textarea.setCaretPosition(text.length());
 123     }
 124
 125     if (pdbImport)
 126     {
 127       PDBEntry pdb = new PDBEntry();
 128       pdb.setFile(text);
 129
 130       if (alignFrame.alignPanel.av.applet.jmolAvailable)
 131         new jalview.appletgui.AppletJmol(pdb, new Sequence[]
 132         { seq }, null, alignFrame.alignPanel, AppletFormatAdapter.PASTE);
 133       else
 134
 135         new MCview.AppletPDBViewer(pdb, new Sequence[]
 136         { seq }, null, alignFrame.alignPanel, AppletFormatAdapter.PASTE);
 137
 138     }
 139     else if (treeImport)
 140     {
 141       try
 142       {
 143         jalview.io.NewickFile fin = new jalview.io.NewickFile(textarea
 144                 .getText(), "Paste");
 145
 146         fin.parse();
 147         if (fin.getTree() != null)
 148         {
 149           alignFrame.loadTree(fin, "Pasted tree file");
 150         }
 151
 152       } catch (Exception ex)
 153       {
 154         textarea.setText("Could not parse Newick file!\n" + ex);
 155         return;
 156       }
 157     }
 158     else if (annotationImport)
 159     {
 160       if (new AnnotationFile().readAnnotationFile(
 161               alignFrame.viewport.alignment, textarea.getText(),
 162               jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE))
 163       {
 164         alignFrame.alignPanel.fontChanged();
 165         alignFrame.alignPanel.setScrollValues(0, 0);
 166
 167       }
 168       else
 169       {
 170         alignFrame.parseFeaturesFile(textarea.getText(),
 171                 jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE);
 172       }
 173     }
 174     else if (alignFrame != null)
 175     {
 176       Alignment al = null;
 177
 178       String format = new IdentifyFile().Identify(text,
 179               AppletFormatAdapter.PASTE);
 180       try
 181       {
 182         al = new AppletFormatAdapter().readFile(text,
 183                 AppletFormatAdapter.PASTE, format);
 184       } catch (java.io.IOException ex)
 185       {
 186         ex.printStackTrace();
 187       }
 188
 189       if (al != null)
 190       {
 191         if (newWindow)
 192         {
 193           AlignFrame af = new AlignFrame(al, alignFrame.viewport.applet,
 194                   "Cut & Paste input - " + format, false);
 195           af.statusBar.setText("Successfully pasted alignment file");
 196         }
 197         else
 198         {
 199           alignFrame.addSequences(al.getSequencesArray());
 200         }
 201       }
 202     }
 203
 204     if (this.getParent() instanceof Frame)
 205     {
 206       ((Frame) this.getParent()).setVisible(false);
 207     }
 208     else
 209     {
 210       ((Dialog) this.getParent()).setVisible(false);
 211     }
 212   }
 213
 214   protected void cancel()
 215   {
 216     textarea.setText("");
 217     if (this.getParent() instanceof Frame)
 218     {
 219       ((Frame) this.getParent()).setVisible(false);
 220     }
 221     else
 222     {
 223       ((Dialog) this.getParent()).setVisible(false);
 224     }
 225   }
 226
 227   protected TextArea textarea = new TextArea();
 228
 229   Button accept = new Button("New Window");
 230
 231   Button addSequences = new Button("Add to Current Alignment");
 232
 233   Button cancel = new Button("Close");
 234
 235   protected Panel buttonPanel = new Panel();
 236
 237   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();
 238
 239   private void jbInit() throws Exception
 240   {
 241     textarea.setFont(new java.awt.Font("Monospaced", Font.PLAIN, 10));
 242     textarea.setText("Paste your alignment file here");
 243     textarea.addMouseListener(this);
 244     this.setLayout(borderLayout1);
 245     accept.addActionListener(this);
 246     addSequences.addActionListener(this);
 247     cancel.addActionListener(this);
 248     this.add(buttonPanel, BorderLayout.SOUTH);
 249     buttonPanel.add(accept, null);
 250     buttonPanel.add(addSequences);
 251     buttonPanel.add(cancel, null);
 252     this.add(textarea, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 253   }
 254
 255   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 256   {
 257     if (textarea.getText().startsWith("Paste your"))
 258     {
 259       textarea.setText("");
 260     }
 261   }
 262
 263   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 264   {
 265   }
 266
 267   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 268   {
 269   }
 270
 271   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 272   {
 273   }
 274
 275   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 276   {
 277   }
 278 }