src/jalview/appletgui/ExtJmol.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  24 import jalview.api.FeatureRenderer;
  25 import jalview.api.SequenceRenderer;
  26 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  27 import jalview.datamodel.SequenceI;
  28 import jalview.ext.jmol.JalviewJmolBinding;
  29
  30 import java.awt.Container;
  31 import java.util.ArrayList;
  32 import java.util.BitSet;
  33 import java.util.List;
  34 import java.util.Vector;
  35
  36 import org.jmol.api.JmolAppConsoleInterface;
  37 import org.jmol.api.JmolViewer;
  38
  39 /**
  40  * bind an alignment view to an external Jmol instance.
  41  *
  42  * @author JimP
  43  *
  44  */
  45 public class ExtJmol extends JalviewJmolBinding
  46 {
  47
  48   private AlignmentPanel ap;
  49
  50   protected ExtJmol(jalview.appletgui.AlignFrame alframe,
  51           PDBEntry[] pdbentry, SequenceI[][] seq, String[][] chains,
  52           String protocol)
  53   {
  54     super(alframe.alignPanel.getStructureSelectionManager(), pdbentry, seq,
  55             chains, protocol);
  56   }
  57
  58   public ExtJmol(JmolViewer viewer, AlignmentPanel alignPanel,
  59           SequenceI[][] seqs)
  60   {
  61     super(alignPanel.getStructureSelectionManager(), seqs, viewer);
  62     ap = alignPanel;
  63     notifyFileLoaded(null, null, null, null, 0);
  64   }
  65
  66   public void updateColours(Object source)
  67   {
  68
  69     // TODO Auto-generated method stub
  70
  71   }
  72
  73   public void showUrl(String arg0)
  74   {
  75     showUrl(arg0, "jmol");
  76   }
  77
  78   public FeatureRenderer getFeatureRenderer(AlignmentViewPanel alignment)
  79   {
  80     AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) alignment;
  81     if (ap.av.isShowSequenceFeatures())
  82     {
  83       return ap.getFeatureRenderer();
  84     }
  85     else
  86     {
  87       return null;
  88     }
  89   }
  90
  91   public SequenceRenderer getSequenceRenderer(AlignmentViewPanel alignment)
  92   {
  93     return ((AlignmentPanel) alignment).getSequenceRenderer();
  94   }
  95
  96   public void notifyScriptTermination(String strStatus, int msWalltime)
  97   {
  98     // ignore
  99   }
 100
 101   public void sendConsoleEcho(String strEcho)
 102   {
 103     // ignore
 104   }
 105
 106   public void sendConsoleMessage(String strStatus)
 107   {
 108     // ignore
 109   }
 110
 111   public void showUrl(String url, String target)
 112   {
 113     ap.alignFrame.showURL(url, target);
 114   }
 115
 116   public void refreshGUI()
 117   {
 118     // ignore
 119   }
 120
 121   public void selectionChanged(BitSet arg0)
 122   {
 123     System.out.println(arg0);
 124   }
 125
 126   public void refreshPdbEntries()
 127   {
 128     List<PDBEntry> pdbe = new ArrayList<PDBEntry>();
 129     List<String> fileids = new ArrayList<String>();
 130     SequenceI[] sq = ap.av.getAlignment().getSequencesArray();
 131     for (int s = 0; s < sq.length; s++)
 132     {
 133       Vector pdbids = sq[s].getPDBId();
 134       if (pdbids != null)
 135       {
 136         for (int pe = 0, peSize = pdbids.size(); pe < peSize; pe++)
 137         {
 138           PDBEntry pentry = (PDBEntry) pdbids.elementAt(pe);
 139           if (!fileids.contains(pentry.getId()))
 140           {
 141             pdbe.add(pentry);
 142           }
 143           else
 144           {
 145             fileids.add(pentry.getId());
 146           }
 147         }
 148       }
 149     }
 150     PDBEntry[] newEntries = new PDBEntry[pdbe.size()];
 151     for (int pe = 0; pe < pdbe.size(); pe++)
 152     {
 153       newEntries[pe] = pdbe.get(pe);
 154     }
 155     setPdbentry(newEntries);
 156   }
 157
 158   @Override
 159   public void showConsole(boolean show)
 160   {
 161     // This never gets called because we haven't overriden the associated Jmol's
 162     // console
 163     System.err
 164             .println("WARNING: unexpected call to ExtJmol's showConsole method. (showConsole="
 165                     + show);
 166   }
 167
 168   @Override
 169   protected JmolAppConsoleInterface createJmolConsole(JmolViewer viewer2,
 170           Container consolePanel, String buttonsToShow)
 171   {
 172     // TODO Auto-generated method stub
 173     return null;
 174   }
 175
 176   @Override
 177   protected void releaseUIResources()
 178   {
 179     ap = null;
 180     closeConsole();
 181
 182   }
 183
 184   @Override
 185   public void releaseReferences(Object svl)
 186   {
 187     // TODO Auto-generated method stub
 188
 189   }
 190
 191 }