src/jalview/appletgui/ExtJmol.java

   1 package jalview.appletgui;
   2
   3 import java.awt.Container;
   4 import java.util.BitSet;
   5 import java.util.Hashtable;
   6 import java.util.Vector;
   7
   8 import org.jmol.api.JmolAppConsoleInterface;
   9 import org.jmol.api.JmolViewer;
  10
  11 import jalview.api.FeatureRenderer;
  12 import jalview.api.SequenceRenderer;
  13 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  14 import jalview.datamodel.SequenceI;
  15 import jalview.ext.jmol.JalviewJmolBinding;
  16
  17 /**
  18  * bind an alignment view to an external Jmol instance.
  19  * @author JimP
  20  *
  21  */
  22 public class ExtJmol extends JalviewJmolBinding
  23 {
  24
  25   private AlignmentPanel ap;
  26
  27   protected ExtJmol(jalview.appletgui.AlignFrame alframe, PDBEntry[] pdbentry, SequenceI[][] seq, String[][] chains,
  28           String protocol)
  29   {
  30     super(pdbentry, seq, chains, protocol);
  31   }
  32
  33   public ExtJmol(JmolViewer viewer, AlignmentPanel alignPanel,
  34           SequenceI[][] seqs)
  35   {
  36     super(viewer);
  37     ap = alignPanel;
  38     this.sequence = seqs;
  39     notifyFileLoaded(null, null, null, null, 0);
  40   }
  41
  42   public void updateColours(Object source)
  43   {
  44
  45     // TODO Auto-generated method stub
  46
  47   }
  48
  49   public void showUrl(String arg0)
  50   {
  51     showUrl(arg0, "jmol");
  52   }
  53
  54   public FeatureRenderer getFeatureRenderer()
  55   {
  56     if (ap.av.showSequenceFeatures)
  57     {
  58       return ap.getFeatureRenderer();
  59     }
  60     else
  61     {
  62       return null;
  63     }
  64   }
  65
  66   public SequenceRenderer getSequenceRenderer()
  67   {
  68     return ap.getSequenceRenderer();
  69   }
  70
  71   public void notifyScriptTermination(String strStatus, int msWalltime)
  72   {
  73     // ignore
  74   }
  75
  76   public void sendConsoleEcho(String strEcho)
  77   {
  78     // ignore
  79   }
  80
  81   public void sendConsoleMessage(String strStatus)
  82   {
  83     // ignore
  84   }
  85
  86   public void showUrl(String url, String target)
  87   {
  88     ap.alignFrame.showURL(url, target);
  89   }
  90
  91   public void refreshGUI()
  92   {
  93     // ignore
  94   }
  95
  96   public void selectionChanged(BitSet arg0)
  97   {
  98     System.out.println(arg0);
  99   }
 100
 101   public void refreshPdbEntries()
 102   {
 103     Vector pdbe = new Vector();
 104     Hashtable fileids = new Hashtable();
 105     SequenceI[] sq = ap.av.getAlignment().getSequencesArray();
 106     for (int s=0;s<sq.length;s++)
 107     {
 108       Vector pdbids = sq[s].getPDBId();
 109       if (pdbids!=null)
 110       {
 111         for (int pe=0,peSize=pdbids.size(); pe<peSize; pe++)
 112         {
 113           PDBEntry pentry = (PDBEntry) pdbids.elementAt(pe);
 114           if (!fileids.containsKey(pentry.getId())) {
 115             pdbe.addElement(pentry);
 116           }
 117         }
 118       }
 119     }
 120     pdbentry = new PDBEntry[pdbe.size()];
 121     for (int pe=0;pe<pdbe.size(); pe++)
 122     {
 123       pdbentry[pe] = (PDBEntry) pdbe.elementAt(pe);
 124     }
 125   }
 126
 127   @Override
 128   public void showConsole(boolean show)
 129   {
 130     // This never gets called because we haven't overriden the associated Jmol's console
 131     System.err.println("WARNING: unexpected call to ExtJmol's showConsole method. (showConsole="+show);
 132   }
 133
 134   @Override
 135   protected JmolAppConsoleInterface createJmolConsole(JmolViewer viewer2,
 136           Container consolePanel, String buttonsToShow)
 137   {
 138     // TODO Auto-generated method stub
 139     return null;
 140   }
 141   @Override
 142   protected void releaseUIResources()
 143   {
 144     ap = null;
 145     if (console!=null) {
 146       try {
 147         console.setVisible(false);
 148       } catch (Error e) {} catch (Exception x) {};
 149       console=null;
 150     }
 151
 152   }
 153
 154 }