src/jalview/appletgui/ExtJmol.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package jalview.appletgui;
  20
  21 import java.awt.Container;
  22 import java.util.BitSet;
  23 import java.util.Hashtable;
  24 import java.util.Vector;
  25
  26 import org.jmol.api.JmolAppConsoleInterface;
  27 import org.jmol.api.JmolViewer;
  28
  29 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  30 import jalview.api.FeatureRenderer;
  31 import jalview.api.SequenceRenderer;
  32 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  33 import jalview.datamodel.SequenceI;
  34 import jalview.ext.jmol.JalviewJmolBinding;
  35
  36 /**
  37  * bind an alignment view to an external Jmol instance.
  38  *
  39  * @author JimP
  40  *
  41  */
  42 public class ExtJmol extends JalviewJmolBinding
  43 {
  44
  45   private AlignmentPanel ap;
  46
  47   protected ExtJmol(jalview.appletgui.AlignFrame alframe,
  48           PDBEntry[] pdbentry, SequenceI[][] seq, String[][] chains,
  49           String protocol)
  50   {
  51     super(alframe.alignPanel.getStructureSelectionManager(), pdbentry, seq,
  52             chains, protocol);
  53   }
  54
  55   public ExtJmol(JmolViewer viewer, AlignmentPanel alignPanel,
  56           SequenceI[][] seqs)
  57   {
  58     super(alignPanel.getStructureSelectionManager(), viewer);
  59     ap = alignPanel;
  60     this.sequence = seqs;
  61     notifyFileLoaded(null, null, null, null, 0);
  62   }
  63
  64   public void updateColours(Object source)
  65   {
  66
  67     // TODO Auto-generated method stub
  68
  69   }
  70
  71   public void showUrl(String arg0)
  72   {
  73     showUrl(arg0, "jmol");
  74   }
  75
  76   public FeatureRenderer getFeatureRenderer(AlignmentViewPanel alignment)
  77   {
  78     AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) alignment;
  79     if (ap.av.showSequenceFeatures)
  80     {
  81       return ap.getFeatureRenderer();
  82     }
  83     else
  84     {
  85       return null;
  86     }
  87   }
  88
  89   public SequenceRenderer getSequenceRenderer(AlignmentViewPanel alignment)
  90   {
  91     return ((AlignmentPanel) alignment).getSequenceRenderer();
  92   }
  93
  94   public void notifyScriptTermination(String strStatus, int msWalltime)
  95   {
  96     // ignore
  97   }
  98
  99   public void sendConsoleEcho(String strEcho)
 100   {
 101     // ignore
 102   }
 103
 104   public void sendConsoleMessage(String strStatus)
 105   {
 106     // ignore
 107   }
 108
 109   public void showUrl(String url, String target)
 110   {
 111     ap.alignFrame.showURL(url, target);
 112   }
 113
 114   public void refreshGUI()
 115   {
 116     // ignore
 117   }
 118
 119   public void selectionChanged(BitSet arg0)
 120   {
 121     System.out.println(arg0);
 122   }
 123
 124   public void refreshPdbEntries()
 125   {
 126     Vector pdbe = new Vector();
 127     Hashtable fileids = new Hashtable();
 128     SequenceI[] sq = ap.av.getAlignment().getSequencesArray();
 129     for (int s = 0; s < sq.length; s++)
 130     {
 131       Vector pdbids = sq[s].getPDBId();
 132       if (pdbids != null)
 133       {
 134         for (int pe = 0, peSize = pdbids.size(); pe < peSize; pe++)
 135         {
 136           PDBEntry pentry = (PDBEntry) pdbids.elementAt(pe);
 137           if (!fileids.containsKey(pentry.getId()))
 138           {
 139             pdbe.addElement(pentry);
 140           }
 141         }
 142       }
 143     }
 144     pdbentry = new PDBEntry[pdbe.size()];
 145     for (int pe = 0; pe < pdbe.size(); pe++)
 146     {
 147       pdbentry[pe] = (PDBEntry) pdbe.elementAt(pe);
 148     }
 149   }
 150
 151   @Override
 152   public void showConsole(boolean show)
 153   {
 154     // This never gets called because we haven't overriden the associated Jmol's
 155     // console
 156     System.err
 157             .println("WARNING: unexpected call to ExtJmol's showConsole method. (showConsole="
 158                     + show);
 159   }
 160
 161   @Override
 162   protected JmolAppConsoleInterface createJmolConsole(JmolViewer viewer2,
 163           Container consolePanel, String buttonsToShow)
 164   {
 165     // TODO Auto-generated method stub
 166     return null;
 167   }
 168
 169   @Override
 170   protected void releaseUIResources()
 171   {
 172     ap = null;
 173     if (console != null)
 174     {
 175       try
 176       {
 177         console.setVisible(false);
 178       } catch (Error e)
 179       {
 180       } catch (Exception x)
 181       {
 182       }
 183       ;
 184       console = null;
 185     }
 186
 187   }
 188
 189   @Override
 190   public void releaseReferences(Object svl)
 191   {
 192     // TODO Auto-generated method stub
 193
 194   }
 195
 196 }