src/jalview/appletgui/ExtJmol.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
   3  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.appletgui;
  19
  20 import java.awt.Container;
  21 import java.util.BitSet;
  22 import java.util.Hashtable;
  23 import java.util.Vector;
  24
  25 import org.jmol.api.JmolAppConsoleInterface;
  26 import org.jmol.api.JmolViewer;
  27
  28 import jalview.api.FeatureRenderer;
  29 import jalview.api.SequenceRenderer;
  30 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  31 import jalview.datamodel.SequenceI;
  32 import jalview.ext.jmol.JalviewJmolBinding;
  33
  34 /**
  35  * bind an alignment view to an external Jmol instance.
  36  * @author JimP
  37  *
  38  */
  39 public class ExtJmol extends JalviewJmolBinding
  40 {
  41
  42   private AlignmentPanel ap;
  43
  44   protected ExtJmol(jalview.appletgui.AlignFrame alframe, PDBEntry[] pdbentry, SequenceI[][] seq, String[][] chains,
  45           String protocol)
  46   {
  47     super(pdbentry, seq, chains, protocol);
  48   }
  49
  50   public ExtJmol(JmolViewer viewer, AlignmentPanel alignPanel,
  51           SequenceI[][] seqs)
  52   {
  53     super(viewer);
  54     ap = alignPanel;
  55     this.sequence = seqs;
  56     notifyFileLoaded(null, null, null, null, 0);
  57   }
  58
  59   public void updateColours(Object source)
  60   {
  61
  62     // TODO Auto-generated method stub
  63
  64   }
  65
  66   public void showUrl(String arg0)
  67   {
  68     showUrl(arg0, "jmol");
  69   }
  70
  71   public FeatureRenderer getFeatureRenderer()
  72   {
  73     if (ap.av.showSequenceFeatures)
  74     {
  75       return ap.getFeatureRenderer();
  76     }
  77     else
  78     {
  79       return null;
  80     }
  81   }
  82
  83   public SequenceRenderer getSequenceRenderer()
  84   {
  85     return ap.getSequenceRenderer();
  86   }
  87
  88   public void notifyScriptTermination(String strStatus, int msWalltime)
  89   {
  90     // ignore
  91   }
  92
  93   public void sendConsoleEcho(String strEcho)
  94   {
  95     // ignore
  96   }
  97
  98   public void sendConsoleMessage(String strStatus)
  99   {
 100     // ignore
 101   }
 102
 103   public void showUrl(String url, String target)
 104   {
 105     ap.alignFrame.showURL(url, target);
 106   }
 107
 108   public void refreshGUI()
 109   {
 110     // ignore
 111   }
 112
 113   public void selectionChanged(BitSet arg0)
 114   {
 115     System.out.println(arg0);
 116   }
 117
 118   public void refreshPdbEntries()
 119   {
 120     Vector pdbe = new Vector();
 121     Hashtable fileids = new Hashtable();
 122     SequenceI[] sq = ap.av.getAlignment().getSequencesArray();
 123     for (int s=0;s<sq.length;s++)
 124     {
 125       Vector pdbids = sq[s].getPDBId();
 126       if (pdbids!=null)
 127       {
 128         for (int pe=0,peSize=pdbids.size(); pe<peSize; pe++)
 129         {
 130           PDBEntry pentry = (PDBEntry) pdbids.elementAt(pe);
 131           if (!fileids.containsKey(pentry.getId())) {
 132             pdbe.addElement(pentry);
 133           }
 134         }
 135       }
 136     }
 137     pdbentry = new PDBEntry[pdbe.size()];
 138     for (int pe=0;pe<pdbe.size(); pe++)
 139     {
 140       pdbentry[pe] = (PDBEntry) pdbe.elementAt(pe);
 141     }
 142   }
 143
 144   @Override
 145   public void showConsole(boolean show)
 146   {
 147     // This never gets called because we haven't overriden the associated Jmol's console
 148     System.err.println("WARNING: unexpected call to ExtJmol's showConsole method. (showConsole="+show);
 149   }
 150
 151   @Override
 152   protected JmolAppConsoleInterface createJmolConsole(JmolViewer viewer2,
 153           Container consolePanel, String buttonsToShow)
 154   {
 155     // TODO Auto-generated method stub
 156     return null;
 157   }
 158   @Override
 159   protected void releaseUIResources()
 160   {
 161     ap = null;
 162     if (console!=null) {
 163       try {
 164         console.setVisible(false);
 165       } catch (Error e) {} catch (Exception x) {};
 166       console=null;
 167     }
 168
 169   }
 170
 171 }