src/jalview/appletgui/ExtJmol.java

   1 package jalview.appletgui;
   2
   3 import java.util.BitSet;
   4 import java.util.Hashtable;
   5 import java.util.Vector;
   6
   7 import org.jmol.api.JmolViewer;
   8
   9 import jalview.api.FeatureRenderer;
  10 import jalview.api.SequenceRenderer;
  11 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  12 import jalview.datamodel.SequenceI;
  13 import jalview.ext.jmol.JalviewJmolBinding;
  14
  15 /**
  16  * bind an alignment view to an external Jmol instance.
  17  * @author JimP
  18  *
  19  */
  20 public class ExtJmol extends JalviewJmolBinding
  21 {
  22
  23   private AlignmentPanel ap;
  24
  25   protected ExtJmol(jalview.appletgui.AlignFrame alframe, PDBEntry[] pdbentry, SequenceI[][] seq, String[][] chains,
  26           String protocol)
  27   {
  28     super(pdbentry, seq, chains, protocol);
  29   }
  30
  31   public ExtJmol(JmolViewer viewer, AlignmentPanel alignPanel,
  32           SequenceI[][] seqs)
  33   {
  34     super(viewer);
  35     ap = alignPanel;
  36     this.sequence = seqs;
  37     notifyFileLoaded(null, null, null, null, 0);
  38   }
  39
  40   public void updateColours(Object source)
  41   {
  42
  43     // TODO Auto-generated method stub
  44
  45   }
  46
  47   public void showUrl(String arg0)
  48   {
  49     showUrl(arg0, "jmol");
  50   }
  51
  52   public FeatureRenderer getFeatureRenderer()
  53   {
  54     if (ap.av.showSequenceFeatures)
  55     {
  56       return ap.getFeatureRenderer();
  57     }
  58     else
  59     {
  60       return null;
  61     }
  62   }
  63
  64   public SequenceRenderer getSequenceRenderer()
  65   {
  66     return ap.getSequenceRenderer();
  67   }
  68
  69   public void notifyScriptTermination(String strStatus, int msWalltime)
  70   {
  71     // ignore
  72   }
  73
  74   public void sendConsoleEcho(String strEcho)
  75   {
  76     // ignore
  77   }
  78
  79   public void sendConsoleMessage(String strStatus)
  80   {
  81     // ignore
  82   }
  83
  84   public void showUrl(String url, String target)
  85   {
  86     ap.alignFrame.showURL(url, target);
  87   }
  88
  89   public void refreshGUI()
  90   {
  91     // ignore
  92   }
  93
  94   public void selectionChanged(BitSet arg0)
  95   {
  96     System.out.println(arg0);
  97   }
  98
  99   public void refreshPdbEntries()
 100   {
 101     Vector pdbe = new Vector();
 102     Hashtable fileids = new Hashtable();
 103     SequenceI[] sq = ap.av.getAlignment().getSequencesArray();
 104     for (int s=0;s<sq.length;s++)
 105     {
 106       Vector pdbids = sq[s].getPDBId();
 107       if (pdbids!=null)
 108       {
 109         for (int pe=0,peSize=pdbids.size(); pe<peSize; pe++)
 110         {
 111           PDBEntry pentry = (PDBEntry) pdbids.elementAt(pe);
 112           if (!fileids.containsKey(pentry.getId())) {
 113             pdbe.addElement(pentry);
 114           }
 115         }
 116       }
 117     }
 118     pdbentry = new PDBEntry[pdbe.size()];
 119     for (int pe=0;pe<pdbe.size(); pe++)
 120     {
 121       pdbentry[pe] = (PDBEntry) pdbe.elementAt(pe);
 122     }
 123   }
 124
 125   @Override
 126   public void showConsole(boolean show)
 127   {
 128     // This never gets called because we haven't overriden the associated Jmol's console
 129     System.err.println("WARNING: unexpected call to ExtJmol's showConsole method. (showConsole="+show);
 130   }
 131 }