src/jalview/appletgui/FeatureColourChooser.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.appletgui;
  19
  20 import java.util.*;
  21
  22 import java.awt.*;
  23 import java.awt.event.*;
  24
  25 import jalview.datamodel.*;
  26 import jalview.schemes.*;
  27
  28 public class FeatureColourChooser extends Panel implements ActionListener,
  29         AdjustmentListener, ItemListener, MouseListener
  30 {
  31   JVDialog frame;
  32
  33   Frame owner;
  34
  35   FeatureRenderer fr;
  36
  37   FeatureSettings fs = null;
  38
  39   // AlignmentPanel ap;
  40
  41   GraduatedColor cs;
  42
  43   Object oldcs;
  44
  45   Hashtable oldgroupColours;
  46
  47   boolean adjusting = false;
  48
  49   private float min, max;
  50
  51   String type = null;
  52
  53   private AlignFrame af = null;
  54
  55   public FeatureColourChooser(AlignFrame af, String type)
  56   {
  57     this.af = af;
  58     init(af.getSeqcanvas().getFeatureRenderer(), type);
  59   }
  60
  61   public FeatureColourChooser(FeatureSettings fsettings, String type)
  62   {
  63     this.fs = fsettings;
  64     init(fsettings.fr, type);
  65     // this.ap = fsettings.ap;
  66   }
  67
  68   private void init(FeatureRenderer frenderer, String type)
  69   {
  70     this.type = type;
  71     fr = frenderer;
  72     float mm[] = ((float[][]) fr.minmax.get(type))[0];
  73     min = mm[0];
  74     max = mm[1];
  75     oldcs = fr.featureColours.get(type);
  76     if (oldcs instanceof GraduatedColor)
  77     {
  78       cs = new GraduatedColor((GraduatedColor) oldcs, min, max);
  79     }
  80     else
  81     {
  82       // promote original color to a graduated color
  83       Color bl = Color.black;
  84       if (oldcs instanceof Color)
  85       {
  86         bl = (Color) oldcs;
  87       }
  88       // original colour becomes the maximum colour
  89       cs = new GraduatedColor(Color.white, bl, mm[0], mm[1]);
  90     }
  91     minColour.setBackground(cs.getMinColor());
  92     maxColour.setBackground(cs.getMaxColor());
  93     minColour.setForeground(cs.getMinColor());
  94     maxColour.setForeground(cs.getMaxColor());
  95     colourFromLabel.setState(cs.isColourByLabel());
  96     adjusting = true;
  97
  98     try
  99     {
 100       jbInit();
 101     } catch (Exception ex)
 102     {
 103     }
 104     threshold
 105             .select(cs.getThreshType() == AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD ? 0
 106                     : cs.getThreshType() == AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD ? 1
 107                             : 2);
 108
 109     adjusting = false;
 110     changeColour();
 111     colourFromLabel.addItemListener(this);
 112     slider.addAdjustmentListener(this);
 113     slider.addMouseListener(this);
 114     owner = (af != null) ? af : fs.frame;
 115     frame = new JVDialog(owner, "Graduated Feature Colour for " + type,
 116             true, 480, 248);
 117     frame.setMainPanel(this);
 118     validate();
 119     frame.setVisible(true);
 120     if (frame.accept)
 121     {
 122       changeColour();
 123     }
 124     else
 125     {
 126       // cancel
 127       reset();
 128       PaintRefresher.Refresh(this, fr.av.getSequenceSetId());
 129       frame.setVisible(false);
 130     }
 131   }
 132
 133   public FeatureColourChooser()
 134   {
 135     try
 136     {
 137       jbInit();
 138     } catch (Exception ex)
 139     {
 140       ex.printStackTrace();
 141     }
 142   }
 143
 144   private void jbInit() throws Exception
 145   {
 146     Label minLabel = new Label("Min:"), maxLabel = new Label("Max:");
 147     minLabel.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 148     maxLabel.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 149     // minColour.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 150     // minColour.setLabel("Min Colour");
 151
 152     minColour.setBounds(0, 0, 40, 27);
 153     maxColour.setBounds(0, 0, 40, 27);
 154     minColour.addMouseListener(this);
 155
 156     maxColour.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 157     maxColour.addMouseListener(this);
 158
 159     thresholdIsMin.addItemListener(this);
 160
 161     this.setLayout(new GridLayout(4, 1));
 162     jPanel1.setLayout(new FlowLayout());
 163     jPanel2.setLayout(new FlowLayout());
 164     jPanel3.setLayout(new GridLayout(1, 1));
 165     jPanel4.setLayout(new FlowLayout());
 166     jPanel1.setBackground(Color.white);
 167     jPanel2.setBackground(Color.white);
 168     jPanel4.setBackground(Color.white);
 169     threshold.addItemListener(this);
 170     threshold.addItem("No Threshold");
 171     threshold.addItem("Above Threshold");
 172     threshold.addItem("Below Threshold");
 173     thresholdValue.addActionListener(this);
 174     slider.setBackground(Color.white);
 175     slider.setEnabled(false);
 176     slider.setSize(new Dimension(93, 21));
 177     thresholdValue.setEnabled(false);
 178     thresholdValue.setSize(new Dimension(79, 22)); // setBounds(new
 179                                                    // Rectangle(248, 2, 79,
 180                                                    // 22));
 181     thresholdValue.setColumns(5);
 182     jPanel3.setBackground(Color.white);
 183
 184     colourFromLabel.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 185     colourFromLabel.setLabel("Colour by Label");
 186     colourFromLabel.setSize(new Dimension(139, 22));
 187     // threshold.setBounds(new Rectangle(11, 3, 139, 22));
 188     thresholdIsMin.setBackground(Color.white);
 189     thresholdIsMin.setLabel("Threshold is min/max");
 190     thresholdIsMin.setSize(new Dimension(135, 23));
 191     // thresholdIsMin.setBounds(new Rectangle(328, 3, 135, 23));
 192     jPanel1.add(minLabel);
 193     jPanel1.add(minColour);
 194     jPanel1.add(maxLabel);
 195     jPanel1.add(maxColour);
 196     jPanel1.add(colourFromLabel);
 197     jPanel2.add(threshold);
 198     jPanel3.add(slider);
 199     jPanel4.add(thresholdValue);
 200     jPanel4.add(thresholdIsMin);
 201     this.add(jPanel1);// , java.awt.BorderLayout.NORTH);
 202     this.add(jPanel2);// , java.awt.BorderLayout.NORTH);
 203     this.add(jPanel3);// , java.awt.BorderLayout.CENTER);
 204     this.add(jPanel4);// , java.awt.BorderLayout.CENTER);
 205   }
 206
 207   Panel minColour = new Panel();
 208
 209   Panel maxColour = new Panel();
 210
 211   Panel jPanel1 = new Panel();
 212
 213   Panel jPanel2 = new Panel();
 214
 215   Choice threshold = new Choice();
 216
 217   Panel jPanel3 = new Panel();
 218
 219   Panel jPanel4 = new Panel();
 220
 221   Scrollbar slider = new Scrollbar(Scrollbar.HORIZONTAL);
 222
 223   TextField thresholdValue = new TextField(20);
 224
 225   // BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();
 226
 227   Checkbox thresholdIsMin = new Checkbox();
 228
 229   Checkbox colourFromLabel = new Checkbox();
 230
 231   private GraphLine threshline;
 232
 233   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 234   {
 235     if (evt.getSource() == thresholdValue)
 236     {
 237       try
 238       {
 239         float f = new Float(thresholdValue.getText()).floatValue();
 240         slider.setValue((int) (f * 1000));
 241         adjustmentValueChanged(null);
 242       } catch (NumberFormatException ex)
 243       {
 244       }
 245     }
 246     else if (evt.getSource() == minColour)
 247     {
 248       minColour_actionPerformed(null);
 249     }
 250     else if (evt.getSource() == maxColour)
 251     {
 252       maxColour_actionPerformed(null);
 253     }
 254     else
 255     {
 256       changeColour();
 257     }
 258   }
 259
 260   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 261   {
 262     maxColour.setEnabled(!colourFromLabel.getState());
 263     minColour.setEnabled(!colourFromLabel.getState());
 264     changeColour();
 265   }
 266
 267   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)
 268   {
 269     if (!adjusting)
 270     {
 271       thresholdValue.setText(((float) slider.getValue() / 1000f) + "");
 272       valueChanged();
 273     }
 274   }
 275
 276   protected void valueChanged()
 277   {
 278     threshline.value = (float) slider.getValue() / 1000f;
 279     cs.setThresh(threshline.value);
 280     changeColour();
 281     PaintRefresher.Refresh(this, fr.av.getSequenceSetId());
 282     // ap.paintAlignment(false);
 283   }
 284
 285   public void minColour_actionPerformed(Color newCol)
 286   {
 287     if (newCol == null)
 288     {
 289       UserDefinedColours udc = new UserDefinedColours(this,
 290               minColour.getBackground(), owner,
 291               "Select Colour for Minimum Value"); // frame.owner,
 292     }
 293     else
 294     {
 295       minColour.setBackground(newCol);
 296       minColour.setForeground(newCol);
 297       minColour.repaint();
 298       changeColour();
 299     }
 300
 301   }
 302
 303   public void maxColour_actionPerformed(Color newCol)
 304   {
 305     if (newCol == null)
 306     {
 307
 308       // UserDefinedColours udc = new UserDefinedColours(this,
 309       // "Select Colour for Maximum Value",maxColour.getBackground(),true);
 310       UserDefinedColours udc = new UserDefinedColours(this,
 311               maxColour.getBackground(), owner,
 312               "Select Colour for Maximum Value");
 313     }
 314     else
 315     {
 316       maxColour.setBackground(newCol);
 317       maxColour.setForeground(newCol);
 318       maxColour.repaint();
 319       changeColour();
 320     }
 321   }
 322
 323   void changeColour()
 324   {
 325     // Check if combobox is still adjusting
 326     if (adjusting)
 327     {
 328       return;
 329     }
 330
 331     int aboveThreshold = AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD;
 332     if (threshold.getSelectedItem().equals("Above Threshold"))
 333     {
 334       aboveThreshold = AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD;
 335     }
 336     else if (threshold.getSelectedItem().equals("Below Threshold"))
 337     {
 338       aboveThreshold = AnnotationColourGradient.BELOW_THRESHOLD;
 339     }
 340
 341     slider.setEnabled(true);
 342     thresholdValue.setEnabled(true);
 343     GraduatedColor acg = new GraduatedColor(minColour.getBackground(),
 344             maxColour.getBackground(), min, max);
 345
 346     acg.setColourByLabel(colourFromLabel.getState());
 347     maxColour.setEnabled(!colourFromLabel.getState());
 348     minColour.setEnabled(!colourFromLabel.getState());
 349     if (aboveThreshold == AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD)
 350     {
 351       slider.setEnabled(false);
 352       thresholdValue.setEnabled(false);
 353       thresholdValue.setText("");
 354     }
 355
 356     else if (aboveThreshold != AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD
 357             && threshline == null)
 358     {
 359       // todo visual indication of feature threshold
 360       threshline = new jalview.datamodel.GraphLine((max - min) / 2f,
 361               "Threshold", Color.black);
 362     }
 363
 364     if (aboveThreshold != AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD)
 365     {
 366       adjusting = true;
 367       acg.setThresh(threshline.value);
 368
 369       float range = max * 1000f - min * 1000f;
 370
 371       slider.setMinimum((int) (min * 1000));
 372       slider.setMaximum((int) (max * 1000));
 373       slider.setValue((int) (threshline.value * 1000));
 374       thresholdValue.setText(threshline.value + "");
 375       slider.setEnabled(true);
 376       thresholdValue.setEnabled(true);
 377       adjusting = false;
 378     }
 379
 380     acg.setThreshType(aboveThreshold);
 381     if (thresholdIsMin.getState()
 382             && aboveThreshold != AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD)
 383     {
 384       if (aboveThreshold == AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD)
 385       {
 386         acg = new GraduatedColor(acg, threshline.value, max);
 387       }
 388       else
 389       {
 390         acg = new GraduatedColor(acg, min, threshline.value);
 391       }
 392     }
 393
 394     fr.featureColours.put(type, acg);
 395     cs = acg;
 396     PaintRefresher.Refresh(this, fr.av.getSequenceSetId());
 397     // ap.paintAlignment(false);
 398   }
 399
 400   void reset()
 401   {
 402     fr.featureColours.put(type, oldcs);
 403     PaintRefresher.Refresh(this, fr.av.getSequenceSetId());
 404     // ap.paintAlignment(true);
 405
 406   }
 407
 408   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 409   {
 410   }
 411
 412   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 413   {
 414   }
 415
 416   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 417   {
 418     if (evt.getSource() == minColour || evt.getSource() == maxColour)
 419     {
 420       // relay the event
 421       actionPerformed(new ActionEvent(evt.getSource(), 1, "Clicked"));
 422     }
 423     else
 424     {
 425       PaintRefresher.Refresh(this, fr.av.getSequenceSetId());
 426     }
 427     // ap.paintAlignment(true);
 428   }
 429
 430   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 431   {
 432   }
 433
 434   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 435   {
 436   }
 437
 438 }