src/jalview/appletgui/FeatureColourChooser.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
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  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package jalview.appletgui;
  20
  21 import java.util.*;
  22
  23 import java.awt.*;
  24 import java.awt.event.*;
  25
  26 import jalview.datamodel.*;
  27 import jalview.schemes.*;
  28 import jalview.util.MessageManager;
  29
  30 public class FeatureColourChooser extends Panel implements ActionListener,
  31         AdjustmentListener, ItemListener, MouseListener
  32 {
  33   JVDialog frame;
  34
  35   Frame owner;
  36
  37   FeatureRenderer fr;
  38
  39   FeatureSettings fs = null;
  40
  41   // AlignmentPanel ap;
  42
  43   GraduatedColor cs;
  44
  45   Object oldcs;
  46
  47   Hashtable oldgroupColours;
  48
  49   boolean adjusting = false;
  50
  51   private float min, max;
  52
  53   String type = null;
  54
  55   private AlignFrame af = null;
  56
  57   public FeatureColourChooser(AlignFrame af, String type)
  58   {
  59     this.af = af;
  60     init(af.getSeqcanvas().getFeatureRenderer(), type);
  61   }
  62
  63   public FeatureColourChooser(FeatureSettings fsettings, String type)
  64   {
  65     this.fs = fsettings;
  66     init(fsettings.fr, type);
  67     // this.ap = fsettings.ap;
  68   }
  69
  70   private void init(FeatureRenderer frenderer, String type)
  71   {
  72     this.type = type;
  73     fr = frenderer;
  74     float mm[] = ((float[][]) fr.minmax.get(type))[0];
  75     min = mm[0];
  76     max = mm[1];
  77     oldcs = fr.featureColours.get(type);
  78     if (oldcs instanceof GraduatedColor)
  79     {
  80       cs = new GraduatedColor((GraduatedColor) oldcs, min, max);
  81     }
  82     else
  83     {
  84       // promote original color to a graduated color
  85       Color bl = Color.black;
  86       if (oldcs instanceof Color)
  87       {
  88         bl = (Color) oldcs;
  89       }
  90       // original colour becomes the maximum colour
  91       cs = new GraduatedColor(Color.white, bl, mm[0], mm[1]);
  92     }
  93     minColour.setBackground(cs.getMinColor());
  94     maxColour.setBackground(cs.getMaxColor());
  95     minColour.setForeground(cs.getMinColor());
  96     maxColour.setForeground(cs.getMaxColor());
  97     colourFromLabel.setState(cs.isColourByLabel());
  98     adjusting = true;
  99
 100     try
 101     {
 102       jbInit();
 103     } catch (Exception ex)
 104     {
 105     }
 106     threshold
 107             .select(cs.getThreshType() == AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD ? 0
 108                     : cs.getThreshType() == AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD ? 1
 109                             : 2);
 110
 111     adjusting = false;
 112     changeColour();
 113     colourFromLabel.addItemListener(this);
 114     slider.addAdjustmentListener(this);
 115     slider.addMouseListener(this);
 116     owner = (af != null) ? af : fs.frame;
 117     frame = new JVDialog(owner, MessageManager.formatMessage("label.graduated_color_for_params", new String[]{type}),
 118             true, 480, 248);
 119     frame.setMainPanel(this);
 120     validate();
 121     frame.setVisible(true);
 122     if (frame.accept)
 123     {
 124       changeColour();
 125     }
 126     else
 127     {
 128       // cancel
 129       reset();
 130       PaintRefresher.Refresh(this, fr.av.getSequenceSetId());
 131       frame.setVisible(false);
 132     }
 133   }
 134
 135   public FeatureColourChooser()
 136   {
 137     try
 138     {
 139       jbInit();
 140     } catch (Exception ex)
 141     {
 142       ex.printStackTrace();
 143     }
 144   }
 145
 146   private void jbInit() throws Exception
 147   {
 148     Label minLabel = new Label(MessageManager.getString("label.min")), maxLabel = new Label(MessageManager.getString("label.max"));
 149     minLabel.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 150     maxLabel.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 151     // minColour.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 152     // minColour.setLabel("Min Colour");
 153
 154     minColour.setBounds(0, 0, 40, 27);
 155     maxColour.setBounds(0, 0, 40, 27);
 156     minColour.addMouseListener(this);
 157
 158     maxColour.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 159     maxColour.addMouseListener(this);
 160
 161     thresholdIsMin.addItemListener(this);
 162
 163     this.setLayout(new GridLayout(4, 1));
 164     jPanel1.setLayout(new FlowLayout());
 165     jPanel2.setLayout(new FlowLayout());
 166     jPanel3.setLayout(new GridLayout(1, 1));
 167     jPanel4.setLayout(new FlowLayout());
 168     jPanel1.setBackground(Color.white);
 169     jPanel2.setBackground(Color.white);
 170     jPanel4.setBackground(Color.white);
 171     threshold.addItemListener(this);
 172     threshold.addItem(MessageManager.getString("label.threshold_feature_no_thereshold"));
 173     threshold.addItem(MessageManager.getString("label.threshold_feature_above_thereshold"));
 174     threshold.addItem(MessageManager.getString("label.threshold_feature_below_thereshold"));
 175     thresholdValue.addActionListener(this);
 176     slider.setBackground(Color.white);
 177     slider.setEnabled(false);
 178     slider.setSize(new Dimension(93, 21));
 179     thresholdValue.setEnabled(false);
 180     thresholdValue.setSize(new Dimension(79, 22)); // setBounds(new
 181                                                    // Rectangle(248, 2, 79,
 182                                                    // 22));
 183     thresholdValue.setColumns(5);
 184     jPanel3.setBackground(Color.white);
 185
 186     colourFromLabel.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 187     colourFromLabel.setLabel(MessageManager.getString("label.colour_by_label"));
 188     colourFromLabel.setSize(new Dimension(139, 22));
 189     // threshold.setBounds(new Rectangle(11, 3, 139, 22));
 190     thresholdIsMin.setBackground(Color.white);
 191     thresholdIsMin.setLabel(MessageManager.getString("label.threshold_minmax"));
 192     thresholdIsMin.setSize(new Dimension(135, 23));
 193     // thresholdIsMin.setBounds(new Rectangle(328, 3, 135, 23));
 194     jPanel1.add(minLabel);
 195     jPanel1.add(minColour);
 196     jPanel1.add(maxLabel);
 197     jPanel1.add(maxColour);
 198     jPanel1.add(colourFromLabel);
 199     jPanel2.add(threshold);
 200     jPanel3.add(slider);
 201     jPanel4.add(thresholdValue);
 202     jPanel4.add(thresholdIsMin);
 203     this.add(jPanel1);// , java.awt.BorderLayout.NORTH);
 204     this.add(jPanel2);// , java.awt.BorderLayout.NORTH);
 205     this.add(jPanel3);// , java.awt.BorderLayout.CENTER);
 206     this.add(jPanel4);// , java.awt.BorderLayout.CENTER);
 207   }
 208
 209   Panel minColour = new Panel();
 210
 211   Panel maxColour = new Panel();
 212
 213   Panel jPanel1 = new Panel();
 214
 215   Panel jPanel2 = new Panel();
 216
 217   Choice threshold = new Choice();
 218
 219   Panel jPanel3 = new Panel();
 220
 221   Panel jPanel4 = new Panel();
 222
 223   Scrollbar slider = new Scrollbar(Scrollbar.HORIZONTAL);
 224
 225   TextField thresholdValue = new TextField(20);
 226
 227   // BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();
 228
 229   Checkbox thresholdIsMin = new Checkbox();
 230
 231   Checkbox colourFromLabel = new Checkbox();
 232
 233   private GraphLine threshline;
 234
 235   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 236   {
 237     if (evt.getSource() == thresholdValue)
 238     {
 239       try
 240       {
 241         float f = new Float(thresholdValue.getText()).floatValue();
 242         slider.setValue((int) (f * 1000));
 243         adjustmentValueChanged(null);
 244       } catch (NumberFormatException ex)
 245       {
 246       }
 247     }
 248     else if (evt.getSource() == minColour)
 249     {
 250       minColour_actionPerformed(null);
 251     }
 252     else if (evt.getSource() == maxColour)
 253     {
 254       maxColour_actionPerformed(null);
 255     }
 256     else
 257     {
 258       changeColour();
 259     }
 260   }
 261
 262   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 263   {
 264     maxColour.setEnabled(!colourFromLabel.getState());
 265     minColour.setEnabled(!colourFromLabel.getState());
 266     changeColour();
 267   }
 268
 269   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)
 270   {
 271     if (!adjusting)
 272     {
 273       thresholdValue.setText(((float) slider.getValue() / 1000f) + "");
 274       valueChanged();
 275     }
 276   }
 277
 278   protected void valueChanged()
 279   {
 280     threshline.value = (float) slider.getValue() / 1000f;
 281     cs.setThresh(threshline.value);
 282     changeColour();
 283     PaintRefresher.Refresh(this, fr.av.getSequenceSetId());
 284     // ap.paintAlignment(false);
 285   }
 286
 287   public void minColour_actionPerformed(Color newCol)
 288   {
 289     if (newCol == null)
 290     {
 291       UserDefinedColours udc = new UserDefinedColours(this,
 292               minColour.getBackground(), owner,
 293               MessageManager.getString("label.select_colour_minimum_value")); // frame.owner,
 294     }
 295     else
 296     {
 297       minColour.setBackground(newCol);
 298       minColour.setForeground(newCol);
 299       minColour.repaint();
 300       changeColour();
 301     }
 302
 303   }
 304
 305   public void maxColour_actionPerformed(Color newCol)
 306   {
 307     if (newCol == null)
 308     {
 309
 310       // UserDefinedColours udc = new UserDefinedColours(this,
 311       // "Select Colour for Maximum Value",maxColour.getBackground(),true);
 312       UserDefinedColours udc = new UserDefinedColours(this,
 313               maxColour.getBackground(), owner,
 314               MessageManager.getString("label.select_colour_maximum_value"));
 315     }
 316     else
 317     {
 318       maxColour.setBackground(newCol);
 319       maxColour.setForeground(newCol);
 320       maxColour.repaint();
 321       changeColour();
 322     }
 323   }
 324
 325   void changeColour()
 326   {
 327     // Check if combobox is still adjusting
 328     if (adjusting)
 329     {
 330       return;
 331     }
 332
 333     int aboveThreshold = AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD;
 334     if (threshold.getSelectedIndex()==1)
 335     {
 336       aboveThreshold = AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD;
 337     }
 338     else if (threshold.getSelectedIndex()==2)
 339     {
 340       aboveThreshold = AnnotationColourGradient.BELOW_THRESHOLD;
 341     }
 342
 343     slider.setEnabled(true);
 344     thresholdValue.setEnabled(true);
 345     GraduatedColor acg = new GraduatedColor(minColour.getBackground(),
 346             maxColour.getBackground(), min, max);
 347
 348     acg.setColourByLabel(colourFromLabel.getState());
 349     maxColour.setEnabled(!colourFromLabel.getState());
 350     minColour.setEnabled(!colourFromLabel.getState());
 351     if (aboveThreshold == AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD)
 352     {
 353       slider.setEnabled(false);
 354       thresholdValue.setEnabled(false);
 355       thresholdValue.setText("");
 356     }
 357
 358     else if (aboveThreshold != AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD
 359             && threshline == null)
 360     {
 361       // todo visual indication of feature threshold
 362       threshline = new jalview.datamodel.GraphLine((max - min) / 2f,
 363               "Threshold", Color.black);
 364     }
 365
 366     if (aboveThreshold != AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD)
 367     {
 368       adjusting = true;
 369       acg.setThresh(threshline.value);
 370
 371       float range = max * 1000f - min * 1000f;
 372
 373       slider.setMinimum((int) (min * 1000));
 374       slider.setMaximum((int) (max * 1000));
 375       slider.setValue((int) (threshline.value * 1000));
 376       thresholdValue.setText(threshline.value + "");
 377       slider.setEnabled(true);
 378       thresholdValue.setEnabled(true);
 379       adjusting = false;
 380     }
 381
 382     acg.setThreshType(aboveThreshold);
 383     if (thresholdIsMin.getState()
 384             && aboveThreshold != AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD)
 385     {
 386       if (aboveThreshold == AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD)
 387       {
 388         acg = new GraduatedColor(acg, threshline.value, max);
 389       }
 390       else
 391       {
 392         acg = new GraduatedColor(acg, min, threshline.value);
 393       }
 394     }
 395
 396     fr.featureColours.put(type, acg);
 397     cs = acg;
 398     PaintRefresher.Refresh(this, fr.av.getSequenceSetId());
 399     // ap.paintAlignment(false);
 400   }
 401
 402   void reset()
 403   {
 404     fr.featureColours.put(type, oldcs);
 405     PaintRefresher.Refresh(this, fr.av.getSequenceSetId());
 406     // ap.paintAlignment(true);
 407
 408   }
 409
 410   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 411   {
 412   }
 413
 414   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 415   {
 416   }
 417
 418   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 419   {
 420     if (evt.getSource() == minColour || evt.getSource() == maxColour)
 421     {
 422       // relay the event
 423       actionPerformed(new ActionEvent(evt.getSource(), 1, "Clicked"));
 424     }
 425     else
 426     {
 427       PaintRefresher.Refresh(this, fr.av.getSequenceSetId());
 428     }
 429     // ap.paintAlignment(true);
 430   }
 431
 432   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 433   {
 434   }
 435
 436   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 437   {
 438   }
 439
 440 }