src/jalview/appletgui/FeatureColourChooser.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.appletgui;
  19
  20 import java.util.*;
  21
  22 import java.awt.*;
  23 import java.awt.event.*;
  24
  25 import jalview.datamodel.*;
  26 import jalview.schemes.*;
  27 import java.awt.Rectangle;
  28
  29 public class FeatureColourChooser extends Panel implements ActionListener,
  30         AdjustmentListener, ItemListener, MouseListener
  31 {
  32   JVDialog frame;
  33
  34   Frame owner;
  35
  36   FeatureRenderer fr;
  37
  38   FeatureSettings fs = null;
  39
  40   // AlignmentPanel ap;
  41
  42   GraduatedColor cs;
  43
  44   Object oldcs;
  45
  46   Hashtable oldgroupColours;
  47
  48   boolean adjusting = false;
  49
  50   private float min, max;
  51
  52   String type = null;
  53
  54   private AlignFrame af = null;
  55
  56   public FeatureColourChooser(AlignFrame af, String type)
  57   {
  58     this.af = af;
  59     init(af.getSeqcanvas().getFeatureRenderer(), type);
  60   }
  61
  62   public FeatureColourChooser(FeatureSettings fsettings, String type)
  63   {
  64     this.fs = fsettings;
  65     init(fsettings.fr, type);
  66     // this.ap = fsettings.ap;
  67   }
  68
  69   private void init(FeatureRenderer frenderer, String type)
  70   {
  71     this.type = type;
  72     fr = frenderer;
  73     float mm[] = ((float[][]) fr.minmax.get(type))[0];
  74     min = mm[0];
  75     max = mm[1];
  76     oldcs = fr.featureColours.get(type);
  77     if (oldcs instanceof GraduatedColor)
  78     {
  79       cs = new GraduatedColor((GraduatedColor) oldcs, min, max);
  80     }
  81     else
  82     {
  83       // promote original color to a graduated color
  84       Color bl = Color.black;
  85       if (oldcs instanceof Color)
  86       {
  87         bl = (Color) oldcs;
  88       }
  89       // original colour becomes the maximum colour
  90       cs = new GraduatedColor(Color.white, bl, mm[0], mm[1]);
  91     }
  92     minColour.setBackground(cs.getMinColor());
  93     maxColour.setBackground(cs.getMaxColor());
  94     minColour.setForeground(cs.getMinColor());
  95     maxColour.setForeground(cs.getMaxColor());
  96     colourFromLabel.setState(cs.isColourByLabel());
  97     adjusting = true;
  98
  99     try
 100     {
 101       jbInit();
 102     } catch (Exception ex)
 103     {
 104     }
 105     threshold
 106             .select(cs.getThreshType() == AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD ? 0
 107                     : cs.getThreshType() == AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD ? 1
 108                             : 2);
 109
 110     adjusting = false;
 111     changeColour();
 112     colourFromLabel.addItemListener(this);
 113     slider.addAdjustmentListener(this);
 114     slider.addMouseListener(this);
 115     owner = (af != null) ? af : fs.frame;
 116     frame = new JVDialog(owner, "Graduated Feature Colour for " + type,
 117             true, 480, 248);
 118     frame.setMainPanel(this);
 119     validate();
 120     frame.setVisible(true);
 121     if (frame.accept)
 122     {
 123       changeColour();
 124     }
 125     else
 126     {
 127       // cancel
 128       reset();
 129       PaintRefresher.Refresh(this, fr.av.getSequenceSetId());
 130       frame.setVisible(false);
 131     }
 132   }
 133
 134   public FeatureColourChooser()
 135   {
 136     try
 137     {
 138       jbInit();
 139     } catch (Exception ex)
 140     {
 141       ex.printStackTrace();
 142     }
 143   }
 144
 145   private void jbInit() throws Exception
 146   {
 147     Label minLabel = new Label("Min:"), maxLabel = new Label("Max:");
 148     minLabel.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 149     maxLabel.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 150     // minColour.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 151     // minColour.setLabel("Min Colour");
 152
 153     minColour.setBounds(0, 0, 40, 27);
 154     maxColour.setBounds(0, 0, 40, 27);
 155     minColour.addMouseListener(this);
 156
 157     maxColour.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 158     maxColour.addMouseListener(this);
 159
 160     thresholdIsMin.addItemListener(this);
 161
 162     this.setLayout(new GridLayout(4, 1));
 163     jPanel1.setLayout(new FlowLayout());
 164     jPanel2.setLayout(new FlowLayout());
 165     jPanel3.setLayout(new GridLayout(1, 1));
 166     jPanel4.setLayout(new FlowLayout());
 167     jPanel1.setBackground(Color.white);
 168     jPanel2.setBackground(Color.white);
 169     jPanel4.setBackground(Color.white);
 170     threshold.addItemListener(this);
 171     threshold.addItem("No Threshold");
 172     threshold.addItem("Above Threshold");
 173     threshold.addItem("Below Threshold");
 174     thresholdValue.addActionListener(this);
 175     slider.setBackground(Color.white);
 176     slider.setEnabled(false);
 177     slider.setSize(new Dimension(93, 21));
 178     thresholdValue.setEnabled(false);
 179     thresholdValue.setSize(new Dimension(79, 22)); // setBounds(new
 180                                                    // Rectangle(248, 2, 79,
 181                                                    // 22));
 182     thresholdValue.setColumns(5);
 183     jPanel3.setBackground(Color.white);
 184
 185     colourFromLabel.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 186     colourFromLabel.setLabel("Colour by Label");
 187     colourFromLabel.setSize(new Dimension(139, 22));
 188     // threshold.setBounds(new Rectangle(11, 3, 139, 22));
 189     thresholdIsMin.setBackground(Color.white);
 190     thresholdIsMin.setLabel("Threshold is min/max");
 191     thresholdIsMin.setSize(new Dimension(135, 23));
 192     // thresholdIsMin.setBounds(new Rectangle(328, 3, 135, 23));
 193     jPanel1.add(minLabel);
 194     jPanel1.add(minColour);
 195     jPanel1.add(maxLabel);
 196     jPanel1.add(maxColour);
 197     jPanel1.add(colourFromLabel);
 198     jPanel2.add(threshold);
 199     jPanel3.add(slider);
 200     jPanel4.add(thresholdValue);
 201     jPanel4.add(thresholdIsMin);
 202     this.add(jPanel1);// , java.awt.BorderLayout.NORTH);
 203     this.add(jPanel2);// , java.awt.BorderLayout.NORTH);
 204     this.add(jPanel3);// , java.awt.BorderLayout.CENTER);
 205     this.add(jPanel4);// , java.awt.BorderLayout.CENTER);
 206   }
 207
 208   Panel minColour = new Panel();
 209
 210   Panel maxColour = new Panel();
 211
 212   Panel jPanel1 = new Panel();
 213
 214   Panel jPanel2 = new Panel();
 215
 216   Choice threshold = new Choice();
 217
 218   Panel jPanel3 = new Panel();
 219
 220   Panel jPanel4 = new Panel();
 221
 222   Scrollbar slider = new Scrollbar(Scrollbar.HORIZONTAL);
 223
 224   TextField thresholdValue = new TextField(20);
 225
 226   // BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();
 227
 228   Checkbox thresholdIsMin = new Checkbox();
 229
 230   Checkbox colourFromLabel = new Checkbox();
 231
 232   private GraphLine threshline;
 233
 234   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 235   {
 236     if (evt.getSource() == thresholdValue)
 237     {
 238       try
 239       {
 240         float f = new Float(thresholdValue.getText()).floatValue();
 241         slider.setValue((int) (f * 1000));
 242         adjustmentValueChanged(null);
 243       } catch (NumberFormatException ex)
 244       {
 245       }
 246     }
 247     else if (evt.getSource() == minColour)
 248     {
 249       minColour_actionPerformed(null);
 250     }
 251     else if (evt.getSource() == maxColour)
 252     {
 253       maxColour_actionPerformed(null);
 254     }
 255     else
 256     {
 257       changeColour();
 258     }
 259   }
 260
 261   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 262   {
 263     maxColour.setEnabled(!colourFromLabel.getState());
 264     minColour.setEnabled(!colourFromLabel.getState());
 265     changeColour();
 266   }
 267
 268   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)
 269   {
 270     if (!adjusting)
 271     {
 272       thresholdValue.setText(((float) slider.getValue() / 1000f) + "");
 273       valueChanged();
 274     }
 275   }
 276
 277   protected void valueChanged()
 278   {
 279     threshline.value = (float) slider.getValue() / 1000f;
 280     cs.setThresh(threshline.value);
 281     changeColour();
 282     PaintRefresher.Refresh(this, fr.av.getSequenceSetId());
 283     // ap.paintAlignment(false);
 284   }
 285
 286   public void minColour_actionPerformed(Color newCol)
 287   {
 288     if (newCol == null)
 289     {
 290       UserDefinedColours udc = new UserDefinedColours(this,
 291               minColour.getBackground(), owner,
 292               "Select Colour for Minimum Value"); // frame.owner,
 293     }
 294     else
 295     {
 296       minColour.setBackground(newCol);
 297       minColour.setForeground(newCol);
 298       minColour.repaint();
 299       changeColour();
 300     }
 301
 302   }
 303
 304   public void maxColour_actionPerformed(Color newCol)
 305   {
 306     if (newCol == null)
 307     {
 308
 309       // UserDefinedColours udc = new UserDefinedColours(this,
 310       // "Select Colour for Maximum Value",maxColour.getBackground(),true);
 311       UserDefinedColours udc = new UserDefinedColours(this,
 312               maxColour.getBackground(), owner,
 313               "Select Colour for Maximum Value");
 314     }
 315     else
 316     {
 317       maxColour.setBackground(newCol);
 318       maxColour.setForeground(newCol);
 319       maxColour.repaint();
 320       changeColour();
 321     }
 322   }
 323
 324   void changeColour()
 325   {
 326     // Check if combobox is still adjusting
 327     if (adjusting)
 328     {
 329       return;
 330     }
 331
 332     int aboveThreshold = AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD;
 333     if (threshold.getSelectedItem().equals("Above Threshold"))
 334     {
 335       aboveThreshold = AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD;
 336     }
 337     else if (threshold.getSelectedItem().equals("Below Threshold"))
 338     {
 339       aboveThreshold = AnnotationColourGradient.BELOW_THRESHOLD;
 340     }
 341
 342     slider.setEnabled(true);
 343     thresholdValue.setEnabled(true);
 344     GraduatedColor acg = new GraduatedColor(minColour.getBackground(),
 345             maxColour.getBackground(), min, max);
 346
 347     acg.setColourByLabel(colourFromLabel.getState());
 348     maxColour.setEnabled(!colourFromLabel.getState());
 349     minColour.setEnabled(!colourFromLabel.getState());
 350     if (aboveThreshold == AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD)
 351     {
 352       slider.setEnabled(false);
 353       thresholdValue.setEnabled(false);
 354       thresholdValue.setText("");
 355     }
 356
 357     else if (aboveThreshold != AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD
 358             && threshline == null)
 359     {
 360       // todo visual indication of feature threshold
 361       threshline = new jalview.datamodel.GraphLine((max - min) / 2f,
 362               "Threshold", Color.black);
 363     }
 364
 365     if (aboveThreshold != AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD)
 366     {
 367       adjusting = true;
 368       acg.setThresh(threshline.value);
 369
 370       float range = max * 1000f - min * 1000f;
 371
 372       slider.setMinimum((int) (min * 1000));
 373       slider.setMaximum((int) (max * 1000));
 374       slider.setValue((int) (threshline.value * 1000));
 375       thresholdValue.setText(threshline.value + "");
 376       slider.setEnabled(true);
 377       thresholdValue.setEnabled(true);
 378       adjusting = false;
 379     }
 380
 381     acg.setThreshType(aboveThreshold);
 382     if (thresholdIsMin.getState()
 383             && aboveThreshold != AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD)
 384     {
 385       if (aboveThreshold == AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD)
 386       {
 387         acg = new GraduatedColor(acg, threshline.value, max);
 388       }
 389       else
 390       {
 391         acg = new GraduatedColor(acg, min, threshline.value);
 392       }
 393     }
 394
 395     fr.featureColours.put(type, acg);
 396     cs = acg;
 397     PaintRefresher.Refresh(this, fr.av.getSequenceSetId());
 398     // ap.paintAlignment(false);
 399   }
 400
 401   void reset()
 402   {
 403     fr.featureColours.put(type, oldcs);
 404     PaintRefresher.Refresh(this, fr.av.getSequenceSetId());
 405     // ap.paintAlignment(true);
 406
 407   }
 408
 409   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 410   {
 411   }
 412
 413   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 414   {
 415   }
 416
 417   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 418   {
 419     if (evt.getSource() == minColour || evt.getSource() == maxColour)
 420     {
 421       // relay the event
 422       actionPerformed(new ActionEvent(evt.getSource(), 1, "Clicked"));
 423     }
 424     else
 425     {
 426       PaintRefresher.Refresh(this, fr.av.getSequenceSetId());
 427     }
 428     // ap.paintAlignment(true);
 429   }
 430
 431   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 432   {
 433   }
 434
 435   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 436   {
 437   }
 438
 439 }