src/jalview/appletgui/FeatureColourChooser.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)
   3  * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.appletgui;
  20
  21 import java.util.*;
  22
  23 import java.awt.*;
  24 import java.awt.event.*;
  25
  26 import jalview.datamodel.*;
  27 import jalview.schemes.*;
  28 import java.awt.Rectangle;
  29
  30 public class FeatureColourChooser extends Panel implements
  31         ActionListener, AdjustmentListener, ItemListener, MouseListener
  32 {
  33   JVDialog frame;
  34   Frame owner;
  35   FeatureRenderer fr;
  36   FeatureSettings fs = null;
  37   // AlignmentPanel ap;
  38
  39   GraduatedColor cs;
  40   Object oldcs;
  41
  42   Hashtable oldgroupColours;
  43
  44
  45   boolean adjusting = false;
  46   private float min,max;
  47   String type=null;
  48
  49   private AlignFrame af=null;
  50   public FeatureColourChooser(AlignFrame af, String type)
  51   {
  52     this.af = af;
  53     init(af.getSeqcanvas().getFeatureRenderer(), type);
  54   }
  55   public FeatureColourChooser(FeatureSettings fsettings, String type)
  56   {
  57     this.fs = fsettings;
  58     init(fsettings.fr, type);
  59     // this.ap = fsettings.ap;
  60   }
  61   private void init(FeatureRenderer frenderer,String type) {
  62     this.type = type;
  63     fr = frenderer;
  64     float mm[] = ((float[][]) fr.minmax.get(type))[0];
  65     min = mm[0];
  66     max = mm[1];
  67     oldcs = fr.featureColours.get(type);
  68     if (oldcs instanceof GraduatedColor)
  69     {
  70       cs = new GraduatedColor((GraduatedColor) oldcs, min, max);
  71     } else {
  72       // promote original color to a graduated color
  73       Color bl = Color.black;
  74       if (oldcs instanceof Color)
  75       {
  76         bl = (Color) oldcs;
  77       }
  78       // original colour becomes the maximum colour
  79       cs = new GraduatedColor(Color.white,bl,mm[0],mm[1]);
  80     }
  81     minColour.setBackground(cs.getMinColor());
  82     maxColour.setBackground(cs.getMaxColor());
  83     minColour.setForeground(cs.getMinColor());
  84     maxColour.setForeground(cs.getMaxColor());
  85     colourFromLabel.setState(cs.isColourByLabel());
  86     adjusting = true;
  87
  88     try
  89     {
  90       jbInit();
  91     } catch (Exception ex)
  92     {
  93     }
  94     threshold.select(cs.getThreshType()==AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD ? 0 : cs.getThreshType() == AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD ? 1 : 2);
  95
  96     adjusting = false;
  97     changeColour();
  98     colourFromLabel.addItemListener(this);
  99     slider.addAdjustmentListener(this);
 100     slider.addMouseListener(this);
 101     owner = (af!=null) ? af : fs.frame;
 102     frame = new JVDialog(owner,"Graduated Feature Colour for "+type,true,480,248);
 103     frame.setMainPanel(this);
 104     validate();
 105     frame.setVisible(true);
 106     if (frame.accept) {
 107       changeColour();
 108     } else {
 109       // cancel
 110         reset();
 111         PaintRefresher.Refresh(this, fr.av.getSequenceSetId());
 112         frame.setVisible(false);
 113     }
 114   }
 115
 116   public FeatureColourChooser()
 117   {
 118     try
 119     {
 120       jbInit();
 121     } catch (Exception ex)
 122     {
 123       ex.printStackTrace();
 124     }
 125   }
 126
 127   private void jbInit() throws Exception
 128   {
 129     Label minLabel = new Label("Min:"),maxLabel=new Label("Max:");
 130     minLabel.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 131     maxLabel.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 132     //minColour.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 133     //minColour.setLabel("Min Colour");
 134
 135     minColour.setBounds(0,0,40,27);
 136     maxColour.setBounds(0,0,40,27);
 137     minColour.addMouseListener(this);
 138
 139     maxColour.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 140     maxColour.addMouseListener(this);
 141
 142     thresholdIsMin.addItemListener(this);
 143
 144     this.setLayout(new GridLayout(4,1));
 145     jPanel1.setLayout(new FlowLayout());
 146     jPanel2.setLayout(new FlowLayout());
 147     jPanel3.setLayout(new GridLayout(1,1));
 148     jPanel4.setLayout(new FlowLayout());
 149     jPanel1.setBackground(Color.white);
 150     jPanel2.setBackground(Color.white);
 151     jPanel4.setBackground(Color.white);
 152     threshold.addItemListener(this);
 153     threshold.addItem("No Threshold");
 154     threshold.addItem("Above Threshold");
 155     threshold.addItem("Below Threshold");
 156     thresholdValue.addActionListener(this);
 157     slider.setBackground(Color.white);
 158     slider.setEnabled(false);
 159     slider.setSize(new Dimension(93, 21));
 160     thresholdValue.setEnabled(false);
 161     thresholdValue.setSize(new Dimension(79,22)); //setBounds(new Rectangle(248, 2, 79, 22));
 162     thresholdValue.setColumns(5);
 163     jPanel3.setBackground(Color.white);
 164
 165     colourFromLabel.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 166     colourFromLabel.setLabel("Colour by Label");
 167     colourFromLabel.setSize(new Dimension(139,22));
 168     //threshold.setBounds(new Rectangle(11, 3, 139, 22));
 169     thresholdIsMin.setBackground(Color.white);
 170     thresholdIsMin.setLabel("Threshold is min/max");
 171     thresholdIsMin.setSize(new Dimension(135,23));
 172     //thresholdIsMin.setBounds(new Rectangle(328, 3, 135, 23));
 173     jPanel1.add(minLabel);
 174     jPanel1.add(minColour);
 175     jPanel1.add(maxLabel);
 176     jPanel1.add(maxColour);
 177     jPanel1.add(colourFromLabel);
 178     jPanel2.add(threshold);
 179     jPanel3.add(slider);
 180     jPanel4.add(thresholdValue);
 181     jPanel4.add(thresholdIsMin);
 182     this.add(jPanel1);//, java.awt.BorderLayout.NORTH);
 183     this.add(jPanel2);//, java.awt.BorderLayout.NORTH);
 184     this.add(jPanel3);//, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 185     this.add(jPanel4);//, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 186   }
 187
 188   Panel minColour = new Panel();
 189
 190   Panel maxColour = new Panel();
 191
 192
 193   Panel jPanel1 = new Panel();
 194
 195   Panel jPanel2 = new Panel();
 196
 197   Choice threshold = new Choice();
 198
 199   Panel jPanel3 = new Panel();
 200   Panel jPanel4 = new Panel();
 201
 202   Scrollbar slider = new Scrollbar(Scrollbar.HORIZONTAL);
 203
 204   TextField thresholdValue = new TextField(20);
 205
 206
 207 //  BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();
 208
 209   Checkbox thresholdIsMin = new Checkbox();
 210   Checkbox colourFromLabel = new Checkbox();
 211
 212   private GraphLine threshline;
 213
 214   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 215   {
 216     if (evt.getSource() == thresholdValue)
 217     {
 218       try
 219       {
 220         float f = new Float(thresholdValue.getText()).floatValue();
 221         slider.setValue((int) (f * 1000));
 222         adjustmentValueChanged(null);
 223       } catch (NumberFormatException ex)
 224       {
 225       }
 226     }
 227     else if (evt.getSource() == minColour)
 228     {
 229       minColour_actionPerformed(null);
 230     }
 231     else if (evt.getSource() == maxColour)
 232     {
 233       maxColour_actionPerformed(null);
 234     }
 235     else
 236     {
 237       changeColour();
 238     }
 239   }
 240
 241   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 242   {
 243     maxColour.setEnabled(!colourFromLabel.getState());
 244     minColour.setEnabled(!colourFromLabel.getState());
 245     changeColour();
 246   }
 247
 248   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)
 249   {
 250     if (!adjusting)
 251     {
 252       thresholdValue.setText(((float) slider.getValue() / 1000f) + "");
 253       valueChanged();
 254     }
 255   }
 256   protected void valueChanged() {
 257     threshline.value = (float) slider.getValue() / 1000f;
 258     cs.setThresh(threshline.value);
 259     changeColour();
 260     PaintRefresher.Refresh(this, fr.av.getSequenceSetId());
 261     // ap.paintAlignment(false);
 262   }
 263   public void minColour_actionPerformed(Color newCol)
 264   {
 265     if (newCol == null)
 266     {
 267       UserDefinedColours udc = new UserDefinedColours(this,minColour.getBackground(),owner, "Select Colour for Minimum Value"); // frame.owner,
 268     } else {
 269       minColour.setBackground(newCol);
 270       minColour.setForeground(newCol);
 271       minColour.repaint();
 272       changeColour();
 273     }
 274
 275   }
 276
 277   public void maxColour_actionPerformed(Color newCol)
 278   {
 279     if (newCol == null)
 280     {
 281
 282       // UserDefinedColours udc = new UserDefinedColours(this, "Select Colour for Maximum Value",maxColour.getBackground(),true);
 283       UserDefinedColours udc = new UserDefinedColours(this, maxColour.getBackground(), owner, "Select Colour for Maximum Value");
 284     } else {
 285       maxColour.setBackground(newCol);
 286       maxColour.setForeground(newCol);
 287       maxColour.repaint();
 288       changeColour();
 289     }
 290   }
 291
 292   void changeColour()
 293   {
 294     // Check if combobox is still adjusting
 295     if (adjusting)
 296     {
 297       return;
 298     }
 299
 300     int aboveThreshold = AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD;
 301     if (threshold.getSelectedItem().equals("Above Threshold"))
 302     {
 303       aboveThreshold = AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD;
 304     }
 305     else if (threshold.getSelectedItem().equals("Below Threshold"))
 306     {
 307       aboveThreshold = AnnotationColourGradient.BELOW_THRESHOLD;
 308     }
 309
 310     slider.setEnabled(true);
 311     thresholdValue.setEnabled(true);
 312     GraduatedColor acg = new GraduatedColor(minColour.getBackground(), maxColour.getBackground(), min, max);
 313
 314     acg.setColourByLabel(colourFromLabel.getState());
 315     maxColour.setEnabled(!colourFromLabel.getState());
 316     minColour.setEnabled(!colourFromLabel.getState());
 317     if (aboveThreshold == AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD)
 318     {
 319       slider.setEnabled(false);
 320       thresholdValue.setEnabled(false);
 321       thresholdValue.setText("");
 322     }
 323
 324     else if (aboveThreshold != AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD
 325             && threshline == null)
 326     {
 327       // todo visual indication of feature threshold
 328       threshline = new jalview.datamodel.GraphLine(
 329                       (max - min) / 2f,
 330                       "Threshold", Color.black);
 331     }
 332
 333     if (aboveThreshold != AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD)
 334     {
 335       adjusting = true;
 336       acg.setThresh(threshline.value);
 337
 338       float range = max * 1000f
 339               - min * 1000f;
 340
 341       slider.setMinimum((int) (min * 1000));
 342       slider.setMaximum((int) (max * 1000));
 343       slider.setValue((int) (threshline.value * 1000));
 344       thresholdValue.setText(threshline.value + "");
 345       slider.setEnabled(true);
 346       thresholdValue.setEnabled(true);
 347       adjusting = false;
 348     }
 349
 350     acg.setThreshType(aboveThreshold);
 351     if (thresholdIsMin.getState() && aboveThreshold != AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD)
 352     {
 353       if (aboveThreshold==AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD)
 354       {
 355         acg = new GraduatedColor(acg, threshline.value, max);
 356       } else {
 357         acg = new GraduatedColor(acg, min,threshline.value);
 358       }
 359     }
 360
 361     fr.featureColours.put(type,acg);
 362     cs = acg;
 363     PaintRefresher.Refresh(this, fr.av.getSequenceSetId());
 364     // ap.paintAlignment(false);
 365   }
 366
 367   void reset()
 368   {
 369     fr.featureColours.put(type, oldcs);
 370     PaintRefresher.Refresh(this, fr.av.getSequenceSetId());
 371     // ap.paintAlignment(true);
 372
 373   }
 374
 375   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 376   {
 377   }
 378
 379   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 380   {
 381   }
 382
 383   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 384   {
 385     if (evt.getSource()==minColour || evt.getSource()==maxColour)
 386     {
 387       // relay the event
 388       actionPerformed(new ActionEvent(evt.getSource(), 1, "Clicked"));
 389     } else {
 390       PaintRefresher.Refresh(this, fr.av.getSequenceSetId());
 391     }
 392     // ap.paintAlignment(true);
 393   }
 394
 395   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 396   {
 397   }
 398
 399   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 400   {
 401   }
 402
 403 }