src/jalview/appletgui/FeatureSettings.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.api.FeatureColourI;
  24 import jalview.api.FeatureSettingsControllerI;
  25 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  26 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  27 import jalview.util.MessageManager;
  28
  29 import java.awt.BorderLayout;
  30 import java.awt.Button;
  31 import java.awt.Checkbox;
  32 import java.awt.Color;
  33 import java.awt.Component;
  34 import java.awt.Dimension;
  35 import java.awt.Font;
  36 import java.awt.FontMetrics;
  37 import java.awt.Frame;
  38 import java.awt.Graphics;
  39 import java.awt.GridLayout;
  40 import java.awt.Image;
  41 import java.awt.Label;
  42 import java.awt.MenuItem;
  43 import java.awt.Panel;
  44 import java.awt.PopupMenu;
  45 import java.awt.ScrollPane;
  46 import java.awt.Scrollbar;
  47 import java.awt.event.ActionEvent;
  48 import java.awt.event.ActionListener;
  49 import java.awt.event.AdjustmentEvent;
  50 import java.awt.event.AdjustmentListener;
  51 import java.awt.event.InputEvent;
  52 import java.awt.event.ItemEvent;
  53 import java.awt.event.ItemListener;
  54 import java.awt.event.MouseEvent;
  55 import java.awt.event.MouseListener;
  56 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  57 import java.awt.event.WindowAdapter;
  58 import java.awt.event.WindowEvent;
  59 import java.util.Arrays;
  60 import java.util.Enumeration;
  61 import java.util.List;
  62 import java.util.Map;
  63 import java.util.Vector;
  64
  65 public class FeatureSettings extends Panel implements ItemListener,
  66         MouseListener, MouseMotionListener, ActionListener,
  67         AdjustmentListener, FeatureSettingsControllerI
  68 {
  69   FeatureRenderer fr;
  70
  71   AlignmentPanel ap;
  72
  73   AlignViewport av;
  74
  75   Frame frame;
  76
  77   Panel groupPanel;
  78
  79   Panel featurePanel = new Panel();
  80
  81   ScrollPane scrollPane;
  82
  83   Image linkImage;
  84
  85   Scrollbar transparency;
  86
  87   public FeatureSettings(final AlignmentPanel ap)
  88   {
  89     this.ap = ap;
  90     this.av = ap.av;
  91     ap.av.featureSettings = this;
  92     fr = ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer();
  93
  94     transparency = new Scrollbar(Scrollbar.HORIZONTAL,
  95             100 - (int) (fr.getTransparency() * 100), 1, 1, 100);
  96
  97     transparency.addAdjustmentListener(this);
  98
  99     java.net.URL url = getClass().getResource("/images/link.gif");
 100     if (url != null)
 101     {
 102       linkImage = java.awt.Toolkit.getDefaultToolkit().getImage(url);
 103     }
 104
 105     if (av.isShowSequenceFeatures() || !fr.hasRenderOrder())
 106     {
 107       fr.findAllFeatures(true); // was default - now true to make all visible
 108     }
 109
 110     discoverAllFeatureData();
 111
 112     this.setLayout(new BorderLayout());
 113     scrollPane = new ScrollPane();
 114     scrollPane.add(featurePanel);
 115     if (fr.getAllFeatureColours() != null
 116             && fr.getAllFeatureColours().size() > 0)
 117     {
 118       add(scrollPane, BorderLayout.CENTER);
 119     }
 120
 121     Button invert = new Button("Invert Selection");
 122     invert.addActionListener(this);
 123
 124     Panel lowerPanel = new Panel(new GridLayout(2, 1, 5, 10));
 125     lowerPanel.add(invert);
 126
 127     Panel tPanel = new Panel(new BorderLayout());
 128
 129     tPanel.add(transparency, BorderLayout.CENTER);
 130     tPanel.add(new Label("Transparency"), BorderLayout.EAST);
 131
 132     lowerPanel.add(tPanel, BorderLayout.SOUTH);
 133
 134     add(lowerPanel, BorderLayout.SOUTH);
 135
 136     if (groupPanel != null)
 137     {
 138       groupPanel.setLayout(new GridLayout(
 139               (fr.getFeatureGroupsSize()) / 4 + 1, 4)); // JBPNote - this was
 140                                                         // scaled on number of
 141                                                         // visible groups. seems
 142                                                         // broken
 143       groupPanel.validate();
 144
 145       add(groupPanel, BorderLayout.NORTH);
 146     }
 147     frame = new Frame();
 148     frame.add(this);
 149     final FeatureSettings me = this;
 150     frame.addWindowListener(new WindowAdapter()
 151     {
 152       @Override
 153       public void windowClosing(WindowEvent e)
 154       {
 155         if (me.av.featureSettings == me)
 156         {
 157           me.av.featureSettings = null;
 158           me.ap = null;
 159           me.av = null;
 160         }
 161       }
 162     });
 163     int height = featurePanel.getComponentCount() * 50 + 60;
 164
 165     height = Math.max(200, height);
 166     height = Math.min(400, height);
 167     int width = 300;
 168     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,
 169             MessageManager.getString("label.sequence_feature_settings"),
 170             width, height);
 171   }
 172
 173   @Override
 174   public void paint(Graphics g)
 175   {
 176     g.setColor(Color.black);
 177     g.drawString(MessageManager
 178             .getString("label.no_features_added_to_this_alignment"), 10, 20);
 179     g.drawString(MessageManager
 180             .getString("label.features_can_be_added_from_searches_1"), 10,
 181             40);
 182     g.drawString(MessageManager
 183             .getString("label.features_can_be_added_from_searches_2"), 10,
 184             60);
 185   }
 186
 187   protected void popupSort(final MyCheckbox check,
 188           final Map<String, float[][]> minmax,
 189           int x, int y)
 190   {
 191     final String type = check.type;
 192     final FeatureColourI typeCol = fr.getFeatureStyle(type);
 193     PopupMenu men = new PopupMenu(MessageManager.formatMessage(
 194             "label.settings_for_type", new String[] { type }));
 195     java.awt.MenuItem scr = new MenuItem(
 196             MessageManager.getString("label.sort_by_score"));
 197     men.add(scr);
 198     final FeatureSettings me = this;
 199     scr.addActionListener(new ActionListener()
 200     {
 201
 202       @Override
 203       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 204       {
 205         me.ap.alignFrame.avc.sortAlignmentByFeatureScore(Arrays
 206                 .asList(new String[] { type }));
 207       }
 208
 209     });
 210     MenuItem dens = new MenuItem(
 211             MessageManager.getString("label.sort_by_density"));
 212     dens.addActionListener(new ActionListener()
 213     {
 214
 215       @Override
 216       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 217       {
 218         me.ap.alignFrame.avc.sortAlignmentByFeatureDensity(Arrays
 219                 .asList(new String[] { type }));
 220       }
 221
 222     });
 223     men.add(dens);
 224
 225     if (minmax != null)
 226     {
 227       final float[][] typeMinMax = minmax.get(type);
 228       /*
 229        * final java.awt.CheckboxMenuItem chb = new
 230        * java.awt.CheckboxMenuItem("Vary Height"); // this is broken at the
 231        * moment chb.setState(minmax.get(type) != null);
 232        * chb.addActionListener(new ActionListener() {
 233        *
 234        * public void actionPerformed(ActionEvent e) {
 235        * chb.setState(chb.getState()); if (chb.getState()) { minmax.put(type,
 236        * null); } else { minmax.put(type, typeMinMax); } }
 237        *
 238        * }); men.add(chb);
 239        */
 240       if (typeMinMax != null && typeMinMax[0] != null)
 241       {
 242         // graduated colourschemes for those where minmax exists for the
 243         // positional features
 244         MenuItem mxcol = new MenuItem(
 245                 (typeCol.isSimpleColour()) ? "Graduated Colour"
 246                         : "Single Colour");
 247         men.add(mxcol);
 248         mxcol.addActionListener(new ActionListener()
 249         {
 250
 251           @Override
 252           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 253           {
 254             if (typeCol.isSimpleColour())
 255             {
 256               new FeatureColourChooser(me, type);
 257               // write back the current colour object to update the table
 258               check.updateColor(fr.getFeatureStyle(type));
 259             }
 260             else
 261             {
 262               new UserDefinedColours(me, check.type, typeCol);
 263             }
 264           }
 265
 266         });
 267       }
 268     }
 269
 270     MenuItem selectContaining = new MenuItem(
 271             MessageManager.getString("label.select_columns_containing"));
 272     selectContaining.addActionListener(new ActionListener()
 273     {
 274       @Override
 275       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 276       {
 277         me.ap.alignFrame.avc.markColumnsContainingFeatures(false, false,
 278                 false, type);
 279       }
 280     });
 281     men.add(selectContaining);
 282
 283     MenuItem selectNotContaining = new MenuItem(
 284             MessageManager.getString("label.select_columns_not_containing"));
 285     selectNotContaining.addActionListener(new ActionListener()
 286     {
 287       @Override
 288       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 289       {
 290         me.ap.alignFrame.avc.markColumnsContainingFeatures(true, false,
 291                 false, type);
 292       }
 293     });
 294     men.add(selectNotContaining);
 295
 296     MenuItem hideContaining = new MenuItem(
 297             MessageManager.getString("label.hide_columns_containing"));
 298     hideContaining.addActionListener(new ActionListener()
 299     {
 300       @Override
 301       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 302       {
 303         hideFeatureColumns(type, true);
 304       }
 305     });
 306     men.add(hideContaining);
 307
 308     MenuItem hideNotContaining = new MenuItem(
 309             MessageManager.getString("label.hide_columns_not_containing"));
 310     hideNotContaining.addActionListener(new ActionListener()
 311     {
 312       @Override
 313       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 314       {
 315         hideFeatureColumns(type, false);
 316       }
 317     });
 318     men.add(hideNotContaining);
 319
 320     this.featurePanel.add(men);
 321     men.show(this.featurePanel, x, y);
 322   }
 323
 324   @Override
 325   public void discoverAllFeatureData()
 326   {
 327     if (fr.getAllFeatureColours() != null
 328             && fr.getAllFeatureColours().size() > 0)
 329     {
 330       rebuildGroups();
 331
 332     }
 333     resetTable(false);
 334   }
 335
 336   /**
 337    * rebuilds the group panel
 338    */
 339   public void rebuildGroups()
 340   {
 341     boolean rdrw = false;
 342     if (groupPanel == null)
 343     {
 344       groupPanel = new Panel();
 345     }
 346     else
 347     {
 348       rdrw = true;
 349       groupPanel.removeAll();
 350     }
 351     // TODO: JAL-964 - smoothly incorporate new group entries if panel already
 352     // displayed and new groups present
 353     for (String group : fr.getFeatureGroups())
 354     {
 355       boolean vis = fr.checkGroupVisibility(group, false);
 356       Checkbox check = new MyCheckbox(group, vis, false);
 357       check.addMouseListener(this);
 358       check.setFont(new Font("Serif", Font.BOLD, 12));
 359       check.addItemListener(groupItemListener);
 360       // note - visibility seems to correlate with displayed. ???wtf ??
 361       check.setVisible(vis);
 362       groupPanel.add(check);
 363     }
 364     if (rdrw)
 365     {
 366       groupPanel.validate();
 367     }
 368   }
 369
 370   // This routine adds and removes checkboxes depending on
 371   // Group selection states
 372   void resetTable(boolean groupsChanged)
 373   {
 374     SequenceFeature[] tmpfeatures;
 375     String group = null, type;
 376     Vector<String> visibleChecks = new Vector<String>();
 377     AlignmentI alignment = av.getAlignment();
 378     for (int i = 0; i < alignment.getHeight(); i++)
 379     {
 380       if (alignment.getSequenceAt(i).getSequenceFeatures() == null)
 381       {
 382         continue;
 383       }
 384
 385       tmpfeatures = alignment.getSequenceAt(i).getSequenceFeatures();
 386       int index = 0;
 387       while (index < tmpfeatures.length)
 388       {
 389         group = tmpfeatures[index].featureGroup;
 390
 391         if (group == null || fr.checkGroupVisibility(group, true))
 392         {
 393           type = tmpfeatures[index].getType();
 394           if (!visibleChecks.contains(type))
 395           {
 396             visibleChecks.addElement(type);
 397           }
 398         }
 399         index++;
 400       }
 401     }
 402
 403     Component[] comps;
 404     int cSize = featurePanel.getComponentCount();
 405     MyCheckbox check;
 406     // This will remove any checkboxes which shouldn't be
 407     // visible
 408     for (int i = 0; i < cSize; i++)
 409     {
 410       comps = featurePanel.getComponents();
 411       check = (MyCheckbox) comps[i];
 412       if (!visibleChecks.contains(check.type))
 413       {
 414         featurePanel.remove(i);
 415         cSize--;
 416         i--;
 417       }
 418     }
 419
 420     if (fr.getRenderOrder() != null)
 421     {
 422       // First add the checks in the previous render order,
 423       // in case the window has been closed and reopened
 424       List<String> rol = fr.getRenderOrder();
 425       for (int ro = rol.size() - 1; ro > -1; ro--)
 426       {
 427         String item = rol.get(ro);
 428
 429         if (!visibleChecks.contains(item))
 430         {
 431           continue;
 432         }
 433
 434         visibleChecks.removeElement(item);
 435
 436         addCheck(false, item);
 437       }
 438     }
 439
 440     // now add checkboxes which should be visible,
 441     // if they have not already been added
 442     Enumeration<String> en = visibleChecks.elements();
 443
 444     while (en.hasMoreElements())
 445     {
 446       addCheck(groupsChanged, en.nextElement().toString());
 447     }
 448
 449     featurePanel.setLayout(new GridLayout(featurePanel.getComponentCount(),
 450             1, 10, 5));
 451     featurePanel.validate();
 452
 453     if (scrollPane != null)
 454     {
 455       scrollPane.validate();
 456     }
 457
 458     itemStateChanged(null);
 459   }
 460
 461   /**
 462    * update the checklist of feature types with the given type
 463    *
 464    * @param groupsChanged
 465    *          true means if the type is not in the display list then it will be
 466    *          added and displayed
 467    * @param type
 468    *          feature type to be checked for in the list.
 469    */
 470   void addCheck(boolean groupsChanged, String type)
 471   {
 472     boolean addCheck;
 473     Component[] comps = featurePanel.getComponents();
 474     MyCheckbox check;
 475     addCheck = true;
 476     for (int i = 0; i < featurePanel.getComponentCount(); i++)
 477     {
 478       check = (MyCheckbox) comps[i];
 479       if (check.type.equals(type))
 480       {
 481         addCheck = false;
 482         break;
 483       }
 484     }
 485
 486     if (addCheck)
 487     {
 488       boolean selected = false;
 489       if (groupsChanged || av.getFeaturesDisplayed().isVisible(type))
 490       {
 491         selected = true;
 492       }
 493
 494       check = new MyCheckbox(type, selected, false,
 495               fr.getFeatureStyle(type));
 496
 497       check.addMouseListener(this);
 498       check.addMouseMotionListener(this);
 499       check.addItemListener(this);
 500       if (groupsChanged)
 501       {
 502         // add at beginning of stack.
 503         featurePanel.add(check, 0);
 504       }
 505       else
 506       {
 507         // add at end of stack.
 508         featurePanel.add(check);
 509       }
 510     }
 511   }
 512
 513   @Override
 514   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 515   {
 516     for (int i = 0; i < featurePanel.getComponentCount(); i++)
 517     {
 518       Checkbox check = (Checkbox) featurePanel.getComponent(i);
 519       check.setState(!check.getState());
 520     }
 521     selectionChanged();
 522   }
 523
 524   private ItemListener groupItemListener = new ItemListener()
 525   {
 526     @Override
 527     public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 528     {
 529       Checkbox source = (Checkbox) evt.getSource();
 530       fr.setGroupVisibility(source.getLabel(), source.getState());
 531       ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();
 532       if (ap.overviewPanel != null)
 533       {
 534         ap.overviewPanel.updateOverviewImage();
 535       }
 536       resetTable(true);
 537       return;
 538     };
 539   };
 540
 541   @Override
 542   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 543   {
 544     selectionChanged();
 545   }
 546
 547   void selectionChanged()
 548   {
 549     Component[] comps = featurePanel.getComponents();
 550     int cSize = comps.length;
 551
 552     Object[][] tmp = new Object[cSize][3];
 553     int tmpSize = 0;
 554     for (int i = 0; i < cSize; i++)
 555     {
 556       MyCheckbox check = (MyCheckbox) comps[i];
 557       tmp[tmpSize][0] = check.type;
 558       tmp[tmpSize][1] = fr.getFeatureStyle(check.type);
 559       tmp[tmpSize][2] = new Boolean(check.getState());
 560       tmpSize++;
 561     }
 562
 563     Object[][] data = new Object[tmpSize][3];
 564     System.arraycopy(tmp, 0, data, 0, tmpSize);
 565
 566     fr.setFeaturePriority(data);
 567
 568     ap.paintAlignment(true);
 569   }
 570
 571   MyCheckbox selectedCheck;
 572
 573   boolean dragging = false;
 574
 575   @Override
 576   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 577   {
 578     if (((Component) evt.getSource()).getParent() != featurePanel)
 579     {
 580       return;
 581     }
 582     dragging = true;
 583   }
 584
 585   @Override
 586   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 587   {
 588     if (((Component) evt.getSource()).getParent() != featurePanel)
 589     {
 590       return;
 591     }
 592
 593     Component comp = null;
 594     Checkbox target = null;
 595
 596     int height = evt.getY() + evt.getComponent().getLocation().y;
 597
 598     if (height > featurePanel.getSize().height)
 599     {
 600
 601       comp = featurePanel
 602               .getComponent(featurePanel.getComponentCount() - 1);
 603     }
 604     else if (height < 0)
 605     {
 606       comp = featurePanel.getComponent(0);
 607     }
 608     else
 609     {
 610       comp = featurePanel.getComponentAt(evt.getX(), evt.getY()
 611               + evt.getComponent().getLocation().y);
 612     }
 613
 614     if (comp != null && comp instanceof Checkbox)
 615     {
 616       target = (Checkbox) comp;
 617     }
 618
 619     if (selectedCheck != null && target != null && selectedCheck != target)
 620     {
 621       int targetIndex = -1;
 622       for (int i = 0; i < featurePanel.getComponentCount(); i++)
 623       {
 624         if (target == featurePanel.getComponent(i))
 625         {
 626           targetIndex = i;
 627           break;
 628         }
 629       }
 630
 631       featurePanel.remove(selectedCheck);
 632       featurePanel.add(selectedCheck, targetIndex);
 633       featurePanel.validate();
 634       itemStateChanged(null);
 635     }
 636   }
 637
 638   public void setUserColour(String feature, FeatureColourI originalColour)
 639   {
 640     fr.setColour(feature, originalColour);
 641     refreshTable();
 642   }
 643
 644   public void refreshTable()
 645   {
 646     featurePanel.removeAll();
 647     resetTable(false);
 648     ap.paintAlignment(true);
 649   }
 650
 651   @Override
 652   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 653   {
 654   }
 655
 656   @Override
 657   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 658   {
 659   }
 660
 661   @Override
 662   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 663   {
 664     MyCheckbox check = (MyCheckbox) evt.getSource();
 665     if ((evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) != 0)
 666     {
 667       this.popupSort(check, fr.getMinMax(), evt.getX(), evt.getY());
 668     }
 669
 670     if (check.getParent() != featurePanel)
 671     {
 672       return;
 673     }
 674
 675     if (evt.getClickCount() > 1)
 676     {
 677       FeatureColourI fcol = fr.getFeatureStyle(check.type);
 678       if (fcol.isSimpleColour())
 679       {
 680         new UserDefinedColours(this, check.type, fcol.getColour());
 681       }
 682       else
 683       {
 684         new FeatureColourChooser(this, check.type);
 685         // write back the current colour object to update the table
 686         check.updateColor(fr.getFeatureStyle(check.type));
 687       }
 688     }
 689   }
 690
 691   @Override
 692   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 693   {
 694   }
 695
 696   @Override
 697   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)
 698   {
 699     fr.setTransparency((100 - transparency.getValue()) / 100f);
 700     ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();
 701
 702   }
 703
 704   class MyCheckbox extends Checkbox
 705   {
 706     public String type;
 707
 708     public int stringWidth;
 709
 710     boolean hasLink;
 711
 712     FeatureColourI col;
 713
 714     public void updateColor(FeatureColourI newcol)
 715     {
 716       col = newcol;
 717       if (col.isSimpleColour())
 718       {
 719         setBackground(col.getColour());
 720       }
 721       else
 722       {
 723         String vlabel = type;
 724         if (col.isAboveThreshold())
 725         {
 726           vlabel += " (>)";
 727         }
 728         else if (col.isBelowThreshold())
 729         {
 730           vlabel += " (<)";
 731         }
 732         if (col.isColourByLabel())
 733         {
 734           setBackground(Color.white);
 735           vlabel += " (by Label)";
 736         }
 737         else
 738         {
 739           setBackground(col.getMinColour());
 740         }
 741         this.setLabel(vlabel);
 742       }
 743       repaint();
 744     }
 745
 746     public MyCheckbox(String label, boolean checked, boolean haslink)
 747     {
 748       super(label, checked);
 749       type = label;
 750       FontMetrics fm = av.nullFrame.getFontMetrics(av.nullFrame.getFont());
 751       stringWidth = fm.stringWidth(label);
 752       this.hasLink = haslink;
 753     }
 754
 755     public MyCheckbox(String type, boolean selected, boolean b,
 756             FeatureColourI featureStyle)
 757     {
 758       this(type, selected, b);
 759       updateColor(featureStyle);
 760     }
 761
 762     @Override
 763     public void paint(Graphics g)
 764     {
 765       Dimension d = getSize();
 766       if (col.isColourByLabel())
 767       {
 768         g.setColor(Color.white);
 769         g.fillRect(d.width / 2, 0, d.width / 2, d.height);
 770         /*
 771          * g.setColor(Color.black); Font f=g.getFont().deriveFont(9);
 772          * g.setFont(f);
 773          *
 774          * // g.setFont(g.getFont().deriveFont( //
 775          * AffineTransform.getScaleInstance( //
 776          * width/g.getFontMetrics().stringWidth("Label"), //
 777          * height/g.getFontMetrics().getHeight()))); g.drawString("Label",
 778          * width/2, 0);
 779          */
 780
 781       }
 782       else if (col.isGraduatedColour())
 783       {
 784         Color maxCol = col.getMaxColour();
 785         g.setColor(maxCol);
 786         g.fillRect(d.width / 2, 0, d.width / 2, d.height);
 787
 788       }
 789
 790       if (hasLink)
 791       {
 792         g.drawImage(linkImage, stringWidth + 25,
 793                 (getSize().height - linkImage.getHeight(this)) / 2, this);
 794       }
 795     }
 796   }
 797
 798   /**
 799    * Hide columns containing (or not containing) a given feature type
 800    *
 801    * @param type
 802    * @param columnsContaining
 803    */
 804   void hideFeatureColumns(final String type,
 805           boolean columnsContaining)
 806   {
 807     if (ap.alignFrame.avc.markColumnsContainingFeatures(
 808             columnsContaining, false, false, type))
 809     {
 810       if (ap.alignFrame.avc.markColumnsContainingFeatures(
 811               !columnsContaining, false, false, type))
 812       {
 813         ap.alignFrame.viewport.hideSelectedColumns();
 814       }
 815     }
 816   }
 817
 818   @Override
 819   public void mousePressed(MouseEvent e)
 820   {
 821     // TODO Auto-generated method stub
 822
 823   }
 824
 825 }