src/jalview/appletgui/FeatureSettings.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.appletgui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.util.*;\r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 \r
  26 \r
  27 public class FeatureSettings extends Panel implements ItemListener,\r
  28     MouseListener, MouseMotionListener, ActionListener, AdjustmentListener\r
  29 {\r
  30   FeatureRenderer fr;\r
  31   AlignmentPanel ap;\r
  32   AlignViewport av;\r
  33   Frame frame;\r
  34   Panel groupPanel;\r
  35   Panel featurePanel = new Panel();\r
  36   ScrollPane scrollPane;\r
  37   boolean alignmentHasFeatures = false;\r
  38   Image linkImage;\r
  39   Scrollbar transparency ;\r
  40 \r
  41   public FeatureSettings(AlignViewport av, final AlignmentPanel ap)\r
  42   {\r
  43     this.ap = ap;\r
  44     this.av = av;\r
  45     fr = ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer();\r
  46 \r
  47     transparency = new Scrollbar(Scrollbar.HORIZONTAL,\r
  48      100 - (int)(fr.transparency*100), 1, 1, 100);\r
  49 \r
  50     if(fr.transparencySetter!=null)\r
  51     {\r
  52       transparency.addAdjustmentListener(this);\r
  53     }\r
  54     else\r
  55       transparency.setEnabled(false);\r
  56 \r
  57     java.net.URL url = getClass().getResource("/images/link.gif");\r
  58     if (url != null)\r
  59     {\r
  60       linkImage = java.awt.Toolkit.getDefaultToolkit().getImage(url);\r
  61     }\r
  62 \r
  63 \r
  64     if(av.featuresDisplayed==null)\r
  65       fr.findAllFeatures();\r
  66 \r
  67     setTableData();\r
  68 \r
  69     this.setLayout(new BorderLayout());\r
  70     scrollPane = new ScrollPane();\r
  71     scrollPane.add(featurePanel);\r
  72     if (alignmentHasFeatures)\r
  73       add(scrollPane, BorderLayout.CENTER);\r
  74 \r
  75     Button invert = new Button("Invert Selection");\r
  76     invert.addActionListener(this);\r
  77 \r
  78     Panel lowerPanel = new Panel(new GridLayout(2,1,5,10));\r
  79     lowerPanel.add(invert);\r
  80 \r
  81     Panel tPanel = new Panel(new BorderLayout());\r
  82 \r
  83     if(fr.transparencySetter!=null)\r
  84     {\r
  85       tPanel.add(transparency, BorderLayout.CENTER);\r
  86       tPanel.add(new Label("Transparency"), BorderLayout.EAST);\r
  87     }\r
  88     else\r
  89       tPanel.add(new Label("Transparency not available in this web browser"), BorderLayout.CENTER);\r
  90 \r
  91     lowerPanel.add(tPanel, BorderLayout.SOUTH);\r
  92 \r
  93     add(lowerPanel, BorderLayout.SOUTH);\r
  94 \r
  95 \r
  96 \r
  97     if(groupPanel!=null)\r
  98     {\r
  99       groupPanel.setLayout(\r
 100           new GridLayout( fr.featureGroups.size() / 4 + 1, 4));\r
 101       groupPanel.validate();\r
 102 \r
 103       add(groupPanel, BorderLayout.NORTH);\r
 104     }\r
 105     frame = new Frame();\r
 106     frame.add(this);\r
 107     int height = featurePanel.getComponentCount()*50 +30;\r
 108 \r
 109     height = Math.max(100, height);\r
 110     height = Math.min(400, height);\r
 111 \r
 112     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Feature Settings", 280,\r
 113                                      height);\r
 114   }\r
 115 \r
 116   public void paint(Graphics g)\r
 117   {\r
 118     g.setColor(Color.black);\r
 119     g.drawString("No Features added to this alignment!!", 10, 20);\r
 120   }\r
 121 \r
 122   void setTableData()\r
 123   {\r
 124     alignmentHasFeatures = false;\r
 125 \r
 126     if(fr.featureGroups==null)\r
 127       fr.featureGroups = new Hashtable();\r
 128 \r
 129     Vector allFeatures = new Vector();\r
 130     Vector allGroups = new Vector();\r
 131     SequenceFeature[] tmpfeatures;\r
 132     String group;\r
 133 \r
 134 \r
 135     for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 136     {\r
 137       if (av.alignment.getSequenceAt(i).getSequenceFeatures() == null)\r
 138         continue;\r
 139 \r
 140       alignmentHasFeatures = true;\r
 141 \r
 142       tmpfeatures = av.alignment.getSequenceAt(i).getSequenceFeatures();\r
 143       int index = 0;\r
 144       while (index < tmpfeatures.length)\r
 145       {\r
 146         if(tmpfeatures[index].getFeatureGroup()!=null)\r
 147         {\r
 148           group = tmpfeatures[index].featureGroup;\r
 149           if(!allGroups.contains(group))\r
 150            {\r
 151              allGroups.addElement(group);\r
 152 \r
 153              boolean visible = true;\r
 154              if (fr.featureGroups.containsKey(group))\r
 155              {\r
 156                visible = ( (Boolean) fr.featureGroups.get(group)).booleanValue();\r
 157              }\r
 158 \r
 159              fr.featureGroups.put(group, new Boolean(visible));\r
 160 \r
 161              if (groupPanel == null)\r
 162              {\r
 163                groupPanel = new Panel();\r
 164              }\r
 165 \r
 166              Checkbox check =  new MyCheckbox(\r
 167                 group,\r
 168                 visible,\r
 169                 (fr.featureLinks!=null && fr.featureLinks.containsKey(group))\r
 170                  );\r
 171 \r
 172 \r
 173              check.addMouseListener(this);\r
 174              check.setFont(new Font("Serif", Font.BOLD, 12));\r
 175              check.addItemListener(this);\r
 176              groupPanel.add(check);\r
 177            }\r
 178         }\r
 179 \r
 180         if (!allFeatures.contains(tmpfeatures[index].getType()))\r
 181         {\r
 182             allFeatures.addElement(tmpfeatures[index].getType());\r
 183         }\r
 184          index ++;\r
 185       }\r
 186     }\r
 187 \r
 188     resetTable(false);\r
 189   }\r
 190 \r
 191  //This routine adds and removes checkboxes depending on\r
 192  //Group selection states\r
 193   void resetTable(boolean groupsChanged)\r
 194   {\r
 195     SequenceFeature [] tmpfeatures;\r
 196     String group=null, type;\r
 197     Vector visibleChecks = new Vector();\r
 198 \r
 199      for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 200      {\r
 201          if (av.alignment.getSequenceAt(i).getSequenceFeatures() == null)\r
 202            continue;\r
 203 \r
 204          tmpfeatures = av.alignment.getSequenceAt(i).getSequenceFeatures();\r
 205          int index = 0;\r
 206          while (index < tmpfeatures.length)\r
 207          {\r
 208            group = tmpfeatures[index].featureGroup;\r
 209 \r
 210            if (group==null || fr.featureGroups.get(group)==null ||\r
 211                ((Boolean) fr.featureGroups.get(group)).booleanValue())\r
 212            {\r
 213              type = tmpfeatures[index].getType();\r
 214              if(!visibleChecks.contains(type) )\r
 215              {\r
 216                visibleChecks.addElement(type);\r
 217              }\r
 218            }\r
 219            index++;\r
 220          }\r
 221      }\r
 222 \r
 223        Component[] comps;\r
 224        int cSize = featurePanel.getComponentCount();\r
 225        Checkbox check;\r
 226        //This will remove any checkboxes which shouldn't be\r
 227        //visible\r
 228        for (int i = 0; i < cSize; i++)\r
 229        {\r
 230          comps = featurePanel.getComponents();\r
 231          check = (Checkbox) comps[i];\r
 232          if (!visibleChecks.contains(check.getLabel()))\r
 233          {\r
 234            featurePanel.remove(i);\r
 235            cSize --;\r
 236            i--;\r
 237          }\r
 238        }\r
 239 \r
 240        if(fr.renderOrder!=null)\r
 241        {\r
 242          //First add the checks in the previous render order,\r
 243          //in case the window has been closed and reopened\r
 244          for(int ro=fr.renderOrder.length-1; ro>-1; ro--)\r
 245          {\r
 246               String item = fr.renderOrder[ro];\r
 247 \r
 248               if(!visibleChecks.contains(item))\r
 249                 continue;\r
 250 \r
 251               visibleChecks.removeElement(item);\r
 252 \r
 253               addCheck(false, item);\r
 254          }\r
 255        }\r
 256 \r
 257        // now add checkboxes which should be visible,\r
 258        // if they have not already been added\r
 259        Enumeration en = visibleChecks.elements();\r
 260 \r
 261        while(en.hasMoreElements())\r
 262        {\r
 263          addCheck(groupsChanged, en.nextElement().toString());\r
 264        }\r
 265 \r
 266 \r
 267    featurePanel.setLayout(new GridLayout(featurePanel.getComponentCount(), 1, 10,5));\r
 268    featurePanel.validate();\r
 269 \r
 270 \r
 271    if(scrollPane!=null)\r
 272      scrollPane.validate();\r
 273 \r
 274    itemStateChanged(null);\r
 275   }\r
 276 \r
 277   void addCheck(boolean groupsChanged, String type)\r
 278   {\r
 279     boolean addCheck;\r
 280     Component [] comps = featurePanel.getComponents();\r
 281     Checkbox check;\r
 282     addCheck = true;\r
 283     for (int i = 0; i < featurePanel.getComponentCount(); i++)\r
 284     {\r
 285       check = (Checkbox) comps[i];\r
 286       if (check.getLabel().equals(type))\r
 287       {\r
 288         addCheck = false;\r
 289         break;\r
 290       }\r
 291     }\r
 292 \r
 293     if (addCheck)\r
 294     {\r
 295       boolean selected = false;\r
 296       if (groupsChanged || av.featuresDisplayed.containsKey(type))\r
 297       {\r
 298         selected = true;\r
 299       }\r
 300 \r
 301       check = new MyCheckbox(type,\r
 302                              selected,\r
 303           (fr.featureLinks!=null && fr.featureLinks.containsKey(type))\r
 304            );\r
 305 \r
 306       check.addMouseListener(this);\r
 307       check.addMouseMotionListener(this);\r
 308       check.setBackground(fr.getColour(type));\r
 309       check.addItemListener(this);\r
 310       featurePanel.add(check);\r
 311     }\r
 312   }\r
 313 \r
 314   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 315   {\r
 316     for(int i=0; i<featurePanel.getComponentCount(); i++)\r
 317     {\r
 318       Checkbox check = (Checkbox)featurePanel.getComponent(i);\r
 319       check.setState(!check.getState());\r
 320     }\r
 321     selectionChanged();\r
 322   }\r
 323 \r
 324   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)\r
 325   {\r
 326     if (evt != null)\r
 327     {\r
 328       //Is the source a top level featureGroup?\r
 329       Checkbox source = (Checkbox) evt.getSource();\r
 330       if (fr.featureGroups.containsKey(source.getLabel()))\r
 331       {\r
 332         fr.featureGroups.put(source.getLabel(), new Boolean(source.getState()));\r
 333         ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 334         if (ap.overviewPanel != null)\r
 335           ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 336 \r
 337         resetTable(true);\r
 338         return;\r
 339       }\r
 340     }\r
 341     selectionChanged();\r
 342   }\r
 343 \r
 344   void selectionChanged()\r
 345   {\r
 346       Component[] comps = featurePanel.getComponents();\r
 347       int cSize = comps.length;\r
 348 \r
 349       Object[][] tmp = new Object[cSize][3];\r
 350       int tmpSize = 0;\r
 351       for (int i = 0; i < cSize; i++)\r
 352       {\r
 353         Checkbox check = (Checkbox) comps[i];\r
 354         tmp[tmpSize][0] = check.getLabel();\r
 355         tmp[tmpSize][1] = fr.getColour(check.getLabel());\r
 356         tmp[tmpSize][2] = new Boolean(check.getState());\r
 357         tmpSize++;\r
 358       }\r
 359 \r
 360       Object[][]data = new Object[tmpSize][3];\r
 361       System.arraycopy(tmp, 0, data,0, tmpSize);\r
 362 \r
 363       fr.setFeaturePriority(data);\r
 364       ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 365       if (ap.overviewPanel != null)\r
 366         ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 367   }\r
 368 \r
 369   MyCheckbox selectedCheck;\r
 370   boolean dragging = false;\r
 371 \r
 372   public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 373   {\r
 374 \r
 375     selectedCheck = (MyCheckbox)evt.getSource();\r
 376 \r
 377     if(fr.featureLinks!=null\r
 378        && fr.featureLinks.containsKey(selectedCheck.getLabel() )\r
 379         )\r
 380       {\r
 381         if(evt.getX()>selectedCheck.stringWidth+20)\r
 382         {\r
 383           evt.consume();\r
 384         }\r
 385       }\r
 386 \r
 387   }\r
 388 \r
 389   public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 390   {\r
 391     if(((Component)evt.getSource()).getParent()!=featurePanel)\r
 392       return;\r
 393       dragging = true;\r
 394   }\r
 395 \r
 396   public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 397   {\r
 398     if(((Component)evt.getSource()).getParent()!=featurePanel)\r
 399       return;\r
 400 \r
 401     Component comp = null;\r
 402     Checkbox  target = null;\r
 403 \r
 404     int height = evt.getY()+evt.getComponent().getLocation().y;\r
 405 \r
 406     if(height > this.getSize().height)\r
 407      {\r
 408        comp = featurePanel.getComponent(featurePanel.getComponentCount()-1);\r
 409      }\r
 410      else if(height < 0)\r
 411      {\r
 412        comp = featurePanel.getComponent(0);\r
 413      }\r
 414      else\r
 415      {\r
 416        comp = featurePanel.getComponentAt(evt.getX(),\r
 417                                   evt.getY() +\r
 418                                   evt.getComponent().getLocation().y);\r
 419      }\r
 420 \r
 421     if(comp!=null && comp instanceof Checkbox)\r
 422       target = (Checkbox)comp;\r
 423 \r
 424     if (   selectedCheck != null\r
 425         && target != null\r
 426         && selectedCheck != target)\r
 427     {\r
 428       int targetIndex = -1;\r
 429       for(int i=0; i<featurePanel.getComponentCount(); i++)\r
 430       {\r
 431           if(target==featurePanel.getComponent(i))\r
 432           { targetIndex = i; break; }\r
 433       }\r
 434 \r
 435       featurePanel.remove(selectedCheck);\r
 436       featurePanel.add(selectedCheck, targetIndex);\r
 437       featurePanel.validate();\r
 438       itemStateChanged(null);\r
 439     }\r
 440   }\r
 441 \r
 442   public void setUserColour(String feature, Color col)\r
 443   {\r
 444     fr.setColour(feature, col);\r
 445     featurePanel.removeAll();\r
 446     resetTable(false);\r
 447     ap.repaint();\r
 448   }\r
 449 \r
 450   public void mouseEntered(MouseEvent evt){}\r
 451   public void mouseExited(MouseEvent evt){}\r
 452   public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
 453   {\r
 454     MyCheckbox check = (MyCheckbox) evt.getSource();\r
 455 \r
 456     if (fr.featureLinks!=null\r
 457         && fr.featureLinks.containsKey(check.getLabel()))\r
 458     {\r
 459       if (evt.getX() > check.stringWidth + 20)\r
 460       {\r
 461         evt.consume();\r
 462         String link = fr.featureLinks.get(check.getLabel()).toString();\r
 463         ap.alignFrame.showURL(link.substring(link.indexOf("|") + 1),\r
 464                               link.substring(0, link.indexOf("|")));\r
 465       }\r
 466     }\r
 467 \r
 468     if(check.getParent()!=featurePanel)\r
 469       return;\r
 470 \r
 471     if(evt.getClickCount()>1)\r
 472     {\r
 473        new UserDefinedColours(this, check.getLabel(),\r
 474                               fr.getColour(check.getLabel()));\r
 475     }\r
 476   }\r
 477   public void mouseMoved(MouseEvent evt){}\r
 478 \r
 479   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 480   {\r
 481     fr.transparency = ( (float) (100 - transparency.getValue()) / 100f);\r
 482     ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 483 \r
 484   }\r
 485 \r
 486   class MyCheckbox extends Checkbox\r
 487   {\r
 488     public int stringWidth;\r
 489     boolean hasLink;\r
 490     public MyCheckbox(String label, boolean checked, boolean haslink)\r
 491     {\r
 492       super(label, checked);\r
 493       FontMetrics fm = av.nullFrame.getFontMetrics(av.nullFrame.getFont());\r
 494       stringWidth = fm.stringWidth(label);\r
 495       this.hasLink = haslink;\r
 496     }\r
 497 \r
 498     public void paint(Graphics g)\r
 499     {\r
 500       if (hasLink)\r
 501         g.drawImage(linkImage, stringWidth + 25,(\r
 502         getSize().height-linkImage.getHeight(this))/2,\r
 503                     this);\r
 504     }\r
 505   }\r
 506 }\r
 507 \r
 508 \r