src/jalview/appletgui/Finder.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package jalview.appletgui;
  20
  21 import java.util.*;
  22
  23 import java.awt.*;
  24 import java.awt.event.*;
  25
  26 import jalview.datamodel.*;
  27
  28 public class Finder extends Panel implements ActionListener
  29 {
  30   AlignViewport av;
  31
  32   AlignmentPanel ap;
  33
  34   Frame frame;
  35
  36   SearchResults searchResults;
  37
  38   int seqIndex = 0;
  39
  40   int resIndex = -1;
  41
  42   public Finder(final AlignmentPanel ap)
  43   {
  44     try
  45     {
  46       jbInit();
  47
  48     } catch (Exception e)
  49     {
  50       e.printStackTrace();
  51     }
  52
  53     this.av = ap.av;
  54     this.ap = ap;
  55     frame = new Frame();
  56     frame.add(this);
  57     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Find", 340, 120);
  58     frame.repaint();
  59     frame.addWindowListener(new WindowAdapter()
  60     {
  61       public void windowClosing(WindowEvent evt)
  62       {
  63         ap.highlightSearchResults(null);
  64       }
  65     });
  66     textfield.requestFocus();
  67   }
  68
  69   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
  70   {
  71     if (evt.getSource() == textfield)
  72     {
  73       doSearch(false);
  74     }
  75
  76     else if (evt.getSource() == findNext)
  77     {
  78       doSearch(false);
  79     }
  80
  81     else if (evt.getSource() == findAll)
  82     {
  83       resIndex = -1;
  84       seqIndex = 0;
  85       doSearch(true);
  86     }
  87     else if (evt.getSource() == createNewGroup)
  88     {
  89       createNewGroup_actionPerformed();
  90     }
  91   }
  92
  93   public void createNewGroup_actionPerformed()
  94   {
  95     SequenceI[] seqs = new SequenceI[searchResults.getSize()];
  96     SequenceFeature[] features = new SequenceFeature[searchResults
  97             .getSize()];
  98
  99     for (int i = 0; i < searchResults.getSize(); i++)
 100     {
 101       seqs[i] = searchResults.getResultSequence(i);
 102
 103       features[i] = new SequenceFeature(textfield.getText().trim(),
 104               "Search Results", null, searchResults.getResultStart(i),
 105               searchResults.getResultEnd(i), "Search Results");
 106     }
 107
 108     if (ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(seqs,
 109             features, true, ap))
 110     {
 111       ap.alignFrame.sequenceFeatures.setState(true);
 112       av.showSequenceFeatures(true);
 113       ap.highlightSearchResults(null);
 114     }
 115   }
 116
 117   void doSearch(boolean findAll)
 118   {
 119     if (ap.av.applet.currentAlignFrame != null)
 120     {
 121       ap = ap.av.applet.currentAlignFrame.alignPanel;
 122       av = ap.av;
 123     }
 124     createNewGroup.setEnabled(false);
 125     jalview.analysis.Finder finder = new jalview.analysis.Finder(
 126             av.getAlignment(), av.getSelectionGroup(), seqIndex, resIndex);
 127     finder.setCaseSensitive(caseSensitive.getState());
 128     finder.setFindAll(findAll);
 129
 130     String searchString = textfield.getText();
 131
 132     finder.find(searchString);
 133     seqIndex = finder.getSeqIndex();
 134     resIndex = finder.getResIndex();
 135     searchResults = finder.getSearchResults();
 136     Vector idMatch = finder.getIdMatch();
 137     boolean haveResults = false;
 138     // set or reset the GUI
 139     if ((idMatch.size() > 0))
 140     {
 141       haveResults = true;
 142       ap.idPanel.highlightSearchResults(idMatch);
 143     }
 144     else
 145     {
 146       ap.idPanel.highlightSearchResults(null);
 147     }
 148
 149     if (searchResults.getSize() > 0)
 150     {
 151       haveResults = true;
 152       createNewGroup.setEnabled(true);
 153
 154     }
 155     else
 156     {
 157       searchResults = null;
 158     }
 159
 160     // if allResults is null, this effectively switches displaySearch flag in
 161     // seqCanvas
 162     ap.highlightSearchResults(searchResults);
 163     // TODO: add enablers for 'SelectSequences' or 'SelectColumns' or
 164     // 'SelectRegion' selection
 165     if (!haveResults)
 166     {
 167       ap.alignFrame.statusBar.setText("Finished searching.");
 168       resIndex = -1;
 169       seqIndex = 0;
 170     }
 171     else
 172     {
 173       if (findAll)
 174       {
 175         String message = (idMatch.size() > 0) ? "" + idMatch.size()
 176                 + " IDs" : "";
 177         if (idMatch.size() > 0 && searchResults != null
 178                 && searchResults.getSize() > 0)
 179         {
 180           message += " and ";
 181         }
 182         if (searchResults != null)
 183         {
 184           message += searchResults.getSize() + " subsequence matches.";
 185         }
 186         ap.alignFrame.statusBar.setText("Search results: " + searchString
 187                 + " : " + message);
 188
 189       }
 190       else
 191       {
 192         // TODO: indicate sequence and matching position in status bar
 193         ap.alignFrame.statusBar.setText("Found match for " + searchString);
 194       }
 195     }
 196   }
 197
 198   Label jLabel1 = new Label();
 199
 200   protected TextField textfield = new TextField();
 201
 202   protected Button findAll = new Button();
 203
 204   protected Button findNext = new Button();
 205
 206   Panel jPanel1 = new Panel();
 207
 208   GridLayout gridLayout1 = new GridLayout();
 209
 210   protected Button createNewGroup = new Button();
 211
 212   Checkbox caseSensitive = new Checkbox();
 213
 214   private void jbInit() throws Exception
 215   {
 216     jLabel1.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 217     jLabel1.setText("Find");
 218     jLabel1.setBounds(new Rectangle(3, 30, 34, 15));
 219     this.setLayout(null);
 220     textfield.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 221     textfield.setText("");
 222     textfield.setBounds(new Rectangle(40, 27, 133, 21));
 223     textfield.addKeyListener(new java.awt.event.KeyAdapter()
 224     {
 225       public void keyTyped(KeyEvent e)
 226       {
 227         textfield_keyTyped(e);
 228       }
 229     });
 230     textfield.addActionListener(this);
 231     findAll.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 232     findAll.setLabel("Find all");
 233     findAll.addActionListener(this);
 234     findNext.setEnabled(false);
 235     findNext.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 236     findNext.setLabel("Find Next");
 237     findNext.addActionListener(this);
 238     jPanel1.setBounds(new Rectangle(180, 5, 141, 64));
 239     jPanel1.setLayout(gridLayout1);
 240     gridLayout1.setHgap(0);
 241     gridLayout1.setRows(3);
 242     gridLayout1.setVgap(2);
 243     createNewGroup.setEnabled(false);
 244     createNewGroup.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 245     createNewGroup.setLabel("New Feature");
 246     createNewGroup.addActionListener(this);
 247     caseSensitive.setLabel("Match Case");
 248     caseSensitive.setBounds(new Rectangle(40, 49, 126, 23));
 249     jPanel1.add(findNext, null);
 250     jPanel1.add(findAll, null);
 251     jPanel1.add(createNewGroup, null);
 252     this.add(caseSensitive);
 253     this.add(textfield, null);
 254     this.add(jLabel1, null);
 255     this.add(jPanel1, null);
 256   }
 257
 258   void textfield_keyTyped(KeyEvent e)
 259   {
 260     findNext.setEnabled(true);
 261   }
 262
 263 }