src/jalview/appletgui/Finder.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.api.FinderI;
  25 import jalview.datamodel.SearchResultMatchI;
  26 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  27 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  28 import jalview.datamodel.SequenceI;
  29 import jalview.util.MessageManager;
  30
  31 import java.awt.Button;
  32 import java.awt.Checkbox;
  33 import java.awt.Font;
  34 import java.awt.Frame;
  35 import java.awt.GridLayout;
  36 import java.awt.Label;
  37 import java.awt.Panel;
  38 import java.awt.Rectangle;
  39 import java.awt.TextField;
  40 import java.awt.event.ActionEvent;
  41 import java.awt.event.ActionListener;
  42 import java.awt.event.KeyEvent;
  43 import java.awt.event.WindowAdapter;
  44 import java.awt.event.WindowEvent;
  45 import java.util.ArrayList;
  46 import java.util.HashMap;
  47 import java.util.List;
  48 import java.util.Map;
  49
  50 public class Finder extends Panel implements ActionListener
  51 {
  52   private AlignViewportI av;
  53
  54   private AlignmentPanel ap;
  55
  56   private TextField textfield = new TextField();
  57
  58   private Button findAll = new Button();
  59
  60   private Button findNext = new Button();
  61
  62   private Button createFeatures = new Button();
  63
  64   private Checkbox caseSensitive = new Checkbox();
  65
  66   private Checkbox searchDescription = new Checkbox();
  67
  68   private SearchResultsI searchResults;
  69
  70   /*
  71    * Finder agent per viewport searched
  72    */
  73   Map<AlignViewportI, FinderI> finders;
  74
  75   public Finder(final AlignmentPanel ap)
  76   {
  77     finders = new HashMap<>();
  78
  79     try
  80     {
  81       jbInit();
  82
  83     } catch (Exception e)
  84     {
  85       e.printStackTrace();
  86     }
  87
  88     this.av = ap.av;
  89     this.ap = ap;
  90     Frame frame = new Frame();
  91     frame.add(this);
  92     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,
  93             MessageManager.getString("action.find"), 340, 120);
  94     frame.repaint();
  95     frame.addWindowListener(new WindowAdapter()
  96     {
  97       @Override
  98       public void windowClosing(WindowEvent evt)
  99       {
 100         ap.highlightSearchResults(null);
 101       }
 102     });
 103     textfield.requestFocus();
 104   }
 105
 106   @Override
 107   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 108   {
 109     if (evt.getSource() == textfield)
 110     {
 111       doSearch(false);
 112     }
 113
 114     else if (evt.getSource() == findNext)
 115     {
 116       doSearch(false);
 117     }
 118
 119     else if (evt.getSource() == findAll)
 120     {
 121       doSearch(true);
 122     }
 123     else if (evt.getSource() == createFeatures)
 124     {
 125       createFeatures_actionPerformed();
 126     }
 127   }
 128
 129   public void createFeatures_actionPerformed()
 130   {
 131     List<SequenceI> seqs = new ArrayList<>();
 132     List<SequenceFeature> features = new ArrayList<>();
 133     String searchString = textfield.getText().trim();
 134
 135     for (SearchResultMatchI match : searchResults.getResults())
 136     {
 137       seqs.add(match.getSequence().getDatasetSequence());
 138       features.add(new SequenceFeature(searchString, "Search Results",
 139               match.getStart(), match.getEnd(), "Search Results"));
 140     }
 141
 142     if (ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(seqs,
 143             features, true, ap))
 144     {
 145       ap.alignFrame.sequenceFeatures.setState(true);
 146       av.setShowSequenceFeatures(true);
 147       ap.highlightSearchResults(null);
 148     }
 149   }
 150
 151   void doSearch(boolean doFindAll)
 152   {
 153     if (ap.av.applet.currentAlignFrame != null)
 154     {
 155       ap = ap.av.applet.currentAlignFrame.alignPanel;
 156       av = ap.av;
 157     }
 158     createFeatures.setEnabled(false);
 159     FinderI finder = finders.get(av);
 160     if (finder == null)
 161     {
 162       /*
 163        * first time we searched this viewport
 164        */
 165       finder = new jalview.analysis.Finder(av);
 166       finders.put(av, finder);
 167     }
 168
 169     String searchString = textfield.getText();
 170     boolean isCaseSensitive = caseSensitive.getState();
 171     boolean doSearchDescription = searchDescription.getState();
 172     if (doFindAll)
 173     {
 174       finder.findAll(searchString, isCaseSensitive, doSearchDescription);
 175     }
 176     else
 177     {
 178       finder.findNext(searchString, isCaseSensitive, doSearchDescription);
 179     }
 180
 181     searchResults = finder.getSearchResults();
 182
 183     List<SequenceI> idMatches = finder.getIdMatches();
 184     ap.idPanel.highlightSearchResults(idMatches);
 185
 186     if (searchResults.isEmpty())
 187     {
 188       searchResults = null;
 189     }
 190     else
 191     {
 192       createFeatures.setEnabled(true);
 193     }
 194
 195     // if allResults is null, this effectively switches displaySearch flag in
 196     // seqCanvas
 197     ap.highlightSearchResults(searchResults);
 198     // TODO: add enablers for 'SelectSequences' or 'SelectColumns' or
 199     // 'SelectRegion' selection
 200     if (idMatches.isEmpty() && searchResults == null)
 201     {
 202       ap.alignFrame.statusBar.setText(
 203               MessageManager.getString("label.finished_searching"));
 204     }
 205     else
 206     {
 207       if (doFindAll)
 208       {
 209         String message = (idMatches.size() > 0) ? "" + idMatches.size() + " IDs"
 210                 : "";
 211         if (idMatches.size() > 0 && searchResults != null
 212                 && searchResults.getSize() > 0)
 213         {
 214           message += " and ";
 215         }
 216         if (searchResults != null)
 217         {
 218           message += searchResults.getSize() + " subsequence matches.";
 219         }
 220         ap.alignFrame.statusBar.setText(MessageManager
 221                 .formatMessage("label.search_results", new String[]
 222                 { searchString, message }));
 223
 224       }
 225       else
 226       {
 227         // TODO: indicate sequence and matching position in status bar
 228         ap.alignFrame.statusBar.setText(MessageManager
 229                 .formatMessage("label.found_match_for", new String[]
 230                 { searchString }));
 231       }
 232     }
 233   }
 234
 235   private void jbInit() throws Exception
 236   {
 237     Label jLabel1 = new Label(MessageManager.getString("action.find"));
 238     jLabel1.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 239     jLabel1.setBounds(new Rectangle(3, 30, 34, 15));
 240     this.setLayout(null);
 241     textfield.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 242     textfield.setText("");
 243     textfield.setBounds(new Rectangle(40, 17, 133, 21));
 244     textfield.addKeyListener(new java.awt.event.KeyAdapter()
 245     {
 246       @Override
 247       public void keyTyped(KeyEvent e)
 248       {
 249         textfield_keyTyped();
 250       }
 251     });
 252     textfield.addActionListener(this);
 253     findAll.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 254     findAll.setLabel(MessageManager.getString("action.find_all"));
 255     findAll.addActionListener(this);
 256     findNext.setEnabled(false);
 257     findNext.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 258     findNext.setLabel(MessageManager.getString("action.find_next"));
 259     findNext.addActionListener(this);
 260
 261     Panel actionsPanel = new Panel();
 262     actionsPanel.setBounds(new Rectangle(195, 5, 141, 64));
 263     GridLayout gridLayout1 = new GridLayout();
 264     actionsPanel.setLayout(gridLayout1);
 265     gridLayout1.setHgap(0);
 266     gridLayout1.setRows(3);
 267     gridLayout1.setVgap(2);
 268     createFeatures.setEnabled(false);
 269     createFeatures.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 270     createFeatures.setLabel(MessageManager.getString("label.new_feature"));
 271     createFeatures.addActionListener(this);
 272     caseSensitive.setLabel(MessageManager.getString("label.match_case"));
 273     caseSensitive.setBounds(new Rectangle(30, 39, 126, 23));
 274
 275     searchDescription.setLabel(
 276             MessageManager.getString("label.include_description"));
 277     searchDescription.setBounds(new Rectangle(30, 59, 170, 23));
 278     actionsPanel.add(findNext, null);
 279     actionsPanel.add(findAll, null);
 280     actionsPanel.add(createFeatures, null);
 281     this.add(caseSensitive);
 282     this.add(textfield, null);
 283     this.add(jLabel1, null);
 284     this.add(actionsPanel, null);
 285     this.add(searchDescription);
 286   }
 287
 288   void textfield_keyTyped()
 289   {
 290     findNext.setEnabled(true);
 291   }
 292
 293 }