src/jalview/appletgui/Finder.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.datamodel.SearchResults;
  24 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  25 import jalview.datamodel.SequenceI;
  26 import jalview.util.MessageManager;
  27 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  28
  29 import java.awt.Button;
  30 import java.awt.Checkbox;
  31 import java.awt.Font;
  32 import java.awt.Frame;
  33 import java.awt.GridLayout;
  34 import java.awt.Label;
  35 import java.awt.Panel;
  36 import java.awt.Rectangle;
  37 import java.awt.TextField;
  38 import java.awt.event.ActionEvent;
  39 import java.awt.event.ActionListener;
  40 import java.awt.event.KeyEvent;
  41 import java.awt.event.WindowAdapter;
  42 import java.awt.event.WindowEvent;
  43 import java.util.Vector;
  44
  45 public class Finder extends Panel implements ActionListener
  46 {
  47   AlignmentViewport av;
  48
  49   AlignmentPanel ap;
  50
  51   Frame frame;
  52
  53   SearchResults searchResults;
  54
  55   int seqIndex = 0;
  56
  57   int resIndex = -1;
  58
  59   public Finder(final AlignmentPanel ap)
  60   {
  61     try
  62     {
  63       jbInit();
  64
  65     } catch (Exception e)
  66     {
  67       e.printStackTrace();
  68     }
  69
  70     this.av = ap.av;
  71     this.ap = ap;
  72     frame = new Frame();
  73     frame.add(this);
  74     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,
  75             MessageManager.getString("action.find"), 340, 120);
  76     frame.repaint();
  77     frame.addWindowListener(new WindowAdapter()
  78     {
  79       public void windowClosing(WindowEvent evt)
  80       {
  81         ap.highlightSearchResults(null);
  82       }
  83     });
  84     textfield.requestFocus();
  85   }
  86
  87   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
  88   {
  89     if (evt.getSource() == textfield)
  90     {
  91       doSearch(false);
  92     }
  93
  94     else if (evt.getSource() == findNext)
  95     {
  96       doSearch(false);
  97     }
  98
  99     else if (evt.getSource() == findAll)
 100     {
 101       resIndex = -1;
 102       seqIndex = 0;
 103       doSearch(true);
 104     }
 105     else if (evt.getSource() == createNewGroup)
 106     {
 107       createNewGroup_actionPerformed();
 108     }
 109   }
 110
 111   public void createNewGroup_actionPerformed()
 112   {
 113     SequenceI[] seqs = new SequenceI[searchResults.getSize()];
 114     SequenceFeature[] features = new SequenceFeature[searchResults
 115             .getSize()];
 116
 117     for (int i = 0; i < searchResults.getSize(); i++)
 118     {
 119       seqs[i] = searchResults.getResultSequence(i);
 120
 121       features[i] = new SequenceFeature(textfield.getText().trim(),
 122               "Search Results", null, searchResults.getResultStart(i),
 123               searchResults.getResultEnd(i), "Search Results");
 124     }
 125
 126     if (ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(seqs,
 127             features, true, ap))
 128     {
 129       ap.alignFrame.sequenceFeatures.setState(true);
 130       av.setShowSequenceFeatures(true);
 131       ap.highlightSearchResults(null);
 132     }
 133   }
 134
 135   void doSearch(boolean findAll)
 136   {
 137     if (ap.av.applet.currentAlignFrame != null)
 138     {
 139       ap = ap.av.applet.currentAlignFrame.alignPanel;
 140       av = ap.av;
 141     }
 142     createNewGroup.setEnabled(false);
 143     jalview.analysis.Finder finder = new jalview.analysis.Finder(
 144             av.getAlignment(), av.getSelectionGroup(), seqIndex, resIndex);
 145     finder.setCaseSensitive(caseSensitive.getState());
 146     finder.setIncludeDescription(searchDescription.getState());
 147     finder.setFindAll(findAll);
 148
 149     String searchString = textfield.getText();
 150
 151     finder.find(searchString);
 152     seqIndex = finder.getSeqIndex();
 153     resIndex = finder.getResIndex();
 154     searchResults = finder.getSearchResults();
 155     Vector idMatch = finder.getIdMatch();
 156     boolean haveResults = false;
 157     // set or reset the GUI
 158     if ((idMatch.size() > 0))
 159     {
 160       haveResults = true;
 161       ap.idPanel.highlightSearchResults(idMatch);
 162     }
 163     else
 164     {
 165       ap.idPanel.highlightSearchResults(null);
 166     }
 167
 168     if (searchResults.getSize() > 0)
 169     {
 170       haveResults = true;
 171       createNewGroup.setEnabled(true);
 172
 173     }
 174     else
 175     {
 176       searchResults = null;
 177     }
 178
 179     // if allResults is null, this effectively switches displaySearch flag in
 180     // seqCanvas
 181     ap.highlightSearchResults(searchResults);
 182     // TODO: add enablers for 'SelectSequences' or 'SelectColumns' or
 183     // 'SelectRegion' selection
 184     if (!haveResults)
 185     {
 186       ap.alignFrame.statusBar.setText(MessageManager
 187               .getString("label.finished_searching"));
 188       resIndex = -1;
 189       seqIndex = 0;
 190     }
 191     else
 192     {
 193       if (findAll)
 194       {
 195         String message = (idMatch.size() > 0) ? "" + idMatch.size()
 196                 + " IDs" : "";
 197         if (idMatch.size() > 0 && searchResults != null
 198                 && searchResults.getSize() > 0)
 199         {
 200           message += " and ";
 201         }
 202         if (searchResults != null)
 203         {
 204           message += searchResults.getSize() + " subsequence matches.";
 205         }
 206         ap.alignFrame.statusBar.setText(MessageManager.formatMessage(
 207                 "label.search_results", new String[] { searchString,
 208                     message }));
 209
 210       }
 211       else
 212       {
 213         // TODO: indicate sequence and matching position in status bar
 214         ap.alignFrame.statusBar.setText(MessageManager.formatMessage(
 215                 "label.found_match_for", new String[] { searchString }));
 216       }
 217     }
 218   }
 219
 220   Label jLabel1 = new Label();
 221
 222   protected TextField textfield = new TextField();
 223
 224   protected Button findAll = new Button();
 225
 226   protected Button findNext = new Button();
 227
 228   Panel actionsPanel = new Panel();
 229
 230   GridLayout gridLayout1 = new GridLayout();
 231
 232   protected Button createNewGroup = new Button();
 233
 234   Checkbox caseSensitive = new Checkbox();
 235
 236   Checkbox searchDescription = new Checkbox();
 237
 238   private void jbInit() throws Exception
 239   {
 240     jLabel1.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 241     jLabel1.setText(MessageManager.getString("action.find"));
 242     jLabel1.setBounds(new Rectangle(3, 30, 34, 15));
 243     this.setLayout(null);
 244     textfield.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 245     textfield.setText("");
 246     textfield.setBounds(new Rectangle(40, 17, 133, 21));
 247     textfield.addKeyListener(new java.awt.event.KeyAdapter()
 248     {
 249       public void keyTyped(KeyEvent e)
 250       {
 251         textfield_keyTyped(e);
 252       }
 253     });
 254     textfield.addActionListener(this);
 255     findAll.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 256     findAll.setLabel(MessageManager.getString("action.find_all"));
 257     findAll.addActionListener(this);
 258     findNext.setEnabled(false);
 259     findNext.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 260     findNext.setLabel(MessageManager.getString("action.find_next"));
 261     findNext.addActionListener(this);
 262     actionsPanel.setBounds(new Rectangle(195, 5, 141, 64));
 263     actionsPanel.setLayout(gridLayout1);
 264     gridLayout1.setHgap(0);
 265     gridLayout1.setRows(3);
 266     gridLayout1.setVgap(2);
 267     createNewGroup.setEnabled(false);
 268     createNewGroup.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 269     createNewGroup.setLabel(MessageManager.getString("label.new_feature"));
 270     createNewGroup.addActionListener(this);
 271     caseSensitive.setLabel(MessageManager.getString("label.match_case"));
 272     caseSensitive.setBounds(new Rectangle(30, 39, 126, 23));
 273
 274     searchDescription.setLabel(MessageManager
 275             .getString("label.include_description"));
 276     searchDescription.setBounds(new Rectangle(30, 59, 170, 23));
 277     actionsPanel.add(findNext, null);
 278     actionsPanel.add(findAll, null);
 279     actionsPanel.add(createNewGroup, null);
 280     this.add(caseSensitive);
 281     this.add(textfield, null);
 282     this.add(jLabel1, null);
 283     this.add(actionsPanel, null);
 284     this.add(searchDescription);
 285   }
 286
 287   void textfield_keyTyped(KeyEvent e)
 288   {
 289     findNext.setEnabled(true);
 290   }
 291
 292 }