src/jalview/appletgui/Finder.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)
   3  * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.appletgui;
  20
  21 import java.util.*;
  22
  23 import java.awt.*;
  24 import java.awt.event.*;
  25
  26 import jalview.datamodel.*;
  27
  28 public class Finder extends Panel implements ActionListener
  29 {
  30   AlignViewport av;
  31
  32   AlignmentPanel ap;
  33
  34   Frame frame;
  35
  36   SearchResults searchResults;
  37
  38   int seqIndex = 0;
  39
  40   int resIndex = -1;
  41
  42   public Finder(final AlignmentPanel ap)
  43   {
  44     try
  45     {
  46       jbInit();
  47
  48     } catch (Exception e)
  49     {
  50       e.printStackTrace();
  51     }
  52
  53     this.av = ap.av;
  54     this.ap = ap;
  55     frame = new Frame();
  56     frame.add(this);
  57     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Find", 340, 120);
  58     frame.repaint();
  59     frame.addWindowListener(new WindowAdapter()
  60     {
  61       public void windowClosing(WindowEvent evt)
  62       {
  63         ap.highlightSearchResults(null);
  64       }
  65     });
  66     textfield.requestFocus();
  67   }
  68
  69   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
  70   {
  71     if (evt.getSource() == textfield)
  72     {
  73       doSearch(false);
  74     }
  75
  76     else if (evt.getSource() == findNext)
  77     {
  78       doSearch(false);
  79     }
  80
  81     else if (evt.getSource() == findAll)
  82     {
  83       resIndex = -1;
  84       seqIndex = 0;
  85       doSearch(true);
  86     }
  87     else if (evt.getSource() == createNewGroup)
  88     {
  89       createNewGroup_actionPerformed();
  90     }
  91   }
  92
  93   public void createNewGroup_actionPerformed()
  94   {
  95     SequenceI[] seqs = new SequenceI[searchResults.getSize()];
  96     SequenceFeature[] features = new SequenceFeature[searchResults
  97             .getSize()];
  98
  99     for (int i = 0; i < searchResults.getSize(); i++)
 100     {
 101       seqs[i] = searchResults.getResultSequence(i);
 102
 103       features[i] = new SequenceFeature(textfield.getText().trim(),
 104               "Search Results", null, searchResults.getResultStart(i),
 105               searchResults.getResultEnd(i), "Search Results");
 106     }
 107
 108     if (ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(seqs,
 109             features, true, ap))
 110     {
 111       ap.alignFrame.sequenceFeatures.setState(true);
 112       av.showSequenceFeatures(true);
 113       ap.highlightSearchResults(null);
 114     }
 115   }
 116
 117   void doSearch(boolean findAll)
 118   {
 119     if (jalview.bin.JalviewLite.currentAlignFrame != null)
 120     {
 121       ap = jalview.bin.JalviewLite.currentAlignFrame.alignPanel;
 122       av = ap.av;
 123     }
 124     createNewGroup.setEnabled(false);
 125     jalview.analysis.Finder finder = new jalview.analysis.Finder(av
 126             .getAlignment(), av.getSelectionGroup(), seqIndex, resIndex);
 127     finder.setCaseSensitive(caseSensitive.getState());
 128     finder.setFindAll(findAll);
 129
 130     String searchString = textfield.getText();
 131
 132     finder.find(searchString);
 133     seqIndex = finder.getSeqIndex();
 134     resIndex = finder.getResIndex();
 135     searchResults = finder.getSearchResults();
 136     Vector idMatch = finder.getIdMatch();
 137     boolean haveResults=false;
 138     // set or reset the GUI
 139     if ((idMatch.size() > 0))
 140     {
 141       haveResults=true;
 142       ap.idPanel.highlightSearchResults(idMatch);
 143     } else {
 144       ap.idPanel.highlightSearchResults(null);
 145     }
 146
 147     if (searchResults.getSize() > 0)
 148     {
 149       haveResults=true;
 150       createNewGroup.setEnabled(true);
 151
 152     }
 153     else
 154     {
 155       searchResults = null;
 156     }
 157
 158     // if allResults is null, this effectively switches displaySearch flag in
 159     // seqCanvas
 160     ap.highlightSearchResults(searchResults);
 161     // TODO: add enablers for 'SelectSequences' or 'SelectColumns' or
 162     // 'SelectRegion' selection
 163     if (!haveResults)
 164     {
 165     ap.alignFrame.statusBar.setText("Finished searching.");
 166     resIndex = -1;
 167     seqIndex = 0;
 168     }
 169     if (findAll)
 170     {
 171       String message = (idMatch.size()>0) ? ""+idMatch.size()+" IDs" : "";
 172       if (idMatch.size()>0 && searchResults!=null && searchResults.getSize()>0) {
 173         message += " and ";
 174       }
 175       if (searchResults!=null) {
 176         message += searchResults.getSize() + " subsequence matches.";
 177       }
 178       ap.alignFrame.statusBar.setText("Search results: " + searchString
 179               + " : " + message);
 180
 181     }
 182
 183   }
 184
 185   Label jLabel1 = new Label();
 186
 187   protected TextField textfield = new TextField();
 188
 189   protected Button findAll = new Button();
 190
 191   protected Button findNext = new Button();
 192
 193   Panel jPanel1 = new Panel();
 194
 195   GridLayout gridLayout1 = new GridLayout();
 196
 197   protected Button createNewGroup = new Button();
 198
 199   Checkbox caseSensitive = new Checkbox();
 200
 201   private void jbInit() throws Exception
 202   {
 203     jLabel1.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 204     jLabel1.setText("Find");
 205     jLabel1.setBounds(new Rectangle(3, 30, 34, 15));
 206     this.setLayout(null);
 207     textfield.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 208     textfield.setText("");
 209     textfield.setBounds(new Rectangle(40, 27, 133, 21));
 210     textfield.addKeyListener(new java.awt.event.KeyAdapter()
 211     {
 212       public void keyTyped(KeyEvent e)
 213       {
 214         textfield_keyTyped(e);
 215       }
 216     });
 217     textfield.addActionListener(this);
 218     findAll.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 219     findAll.setLabel("Find all");
 220     findAll.addActionListener(this);
 221     findNext.setEnabled(false);
 222     findNext.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 223     findNext.setLabel("Find Next");
 224     findNext.addActionListener(this);
 225     jPanel1.setBounds(new Rectangle(180, 5, 141, 64));
 226     jPanel1.setLayout(gridLayout1);
 227     gridLayout1.setHgap(0);
 228     gridLayout1.setRows(3);
 229     gridLayout1.setVgap(2);
 230     createNewGroup.setEnabled(false);
 231     createNewGroup.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 232     createNewGroup.setLabel("New Feature");
 233     createNewGroup.addActionListener(this);
 234     caseSensitive.setLabel("Match Case");
 235     caseSensitive.setBounds(new Rectangle(40, 49, 126, 23));
 236     jPanel1.add(findNext, null);
 237     jPanel1.add(findAll, null);
 238     jPanel1.add(createNewGroup, null);
 239     this.add(caseSensitive);
 240     this.add(textfield, null);
 241     this.add(jLabel1, null);
 242     this.add(jPanel1, null);
 243   }
 244
 245   void textfield_keyTyped(KeyEvent e)
 246   {
 247     findNext.setEnabled(true);
 248   }
 249
 250 }