src/jalview/appletgui/Finder.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package jalview.appletgui;
  20
  21 import java.util.*;
  22
  23 import java.awt.*;
  24 import java.awt.event.*;
  25
  26 import jalview.datamodel.*;
  27 import jalview.util.MessageManager;
  28
  29 public class Finder extends Panel implements ActionListener
  30 {
  31   AlignViewport av;
  32
  33   AlignmentPanel ap;
  34
  35   Frame frame;
  36
  37   SearchResults searchResults;
  38
  39   int seqIndex = 0;
  40
  41   int resIndex = -1;
  42
  43   public Finder(final AlignmentPanel ap)
  44   {
  45     try
  46     {
  47       jbInit();
  48
  49     } catch (Exception e)
  50     {
  51       e.printStackTrace();
  52     }
  53
  54     this.av = ap.av;
  55     this.ap = ap;
  56     frame = new Frame();
  57     frame.add(this);
  58     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, MessageManager.getString("action.find"), 340, 120);
  59     frame.repaint();
  60     frame.addWindowListener(new WindowAdapter()
  61     {
  62       public void windowClosing(WindowEvent evt)
  63       {
  64         ap.highlightSearchResults(null);
  65       }
  66     });
  67     textfield.requestFocus();
  68   }
  69
  70   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
  71   {
  72     if (evt.getSource() == textfield)
  73     {
  74       doSearch(false);
  75     }
  76
  77     else if (evt.getSource() == findNext)
  78     {
  79       doSearch(false);
  80     }
  81
  82     else if (evt.getSource() == findAll)
  83     {
  84       resIndex = -1;
  85       seqIndex = 0;
  86       doSearch(true);
  87     }
  88     else if (evt.getSource() == createNewGroup)
  89     {
  90       createNewGroup_actionPerformed();
  91     }
  92   }
  93
  94   public void createNewGroup_actionPerformed()
  95   {
  96     SequenceI[] seqs = new SequenceI[searchResults.getSize()];
  97     SequenceFeature[] features = new SequenceFeature[searchResults
  98             .getSize()];
  99
 100     for (int i = 0; i < searchResults.getSize(); i++)
 101     {
 102       seqs[i] = searchResults.getResultSequence(i);
 103
 104       features[i] = new SequenceFeature(textfield.getText().trim(),
 105               "Search Results", null, searchResults.getResultStart(i),
 106               searchResults.getResultEnd(i), "Search Results");
 107     }
 108
 109     if (ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(seqs,
 110             features, true, ap))
 111     {
 112       ap.alignFrame.sequenceFeatures.setState(true);
 113       av.showSequenceFeatures(true);
 114       ap.highlightSearchResults(null);
 115     }
 116   }
 117
 118   void doSearch(boolean findAll)
 119   {
 120     if (ap.av.applet.currentAlignFrame != null)
 121     {
 122       ap = ap.av.applet.currentAlignFrame.alignPanel;
 123       av = ap.av;
 124     }
 125     createNewGroup.setEnabled(false);
 126     jalview.analysis.Finder finder = new jalview.analysis.Finder(
 127             av.getAlignment(), av.getSelectionGroup(), seqIndex, resIndex);
 128     finder.setCaseSensitive(caseSensitive.getState());
 129     finder.setFindAll(findAll);
 130
 131     String searchString = textfield.getText();
 132
 133     finder.find(searchString);
 134     seqIndex = finder.getSeqIndex();
 135     resIndex = finder.getResIndex();
 136     searchResults = finder.getSearchResults();
 137     Vector idMatch = finder.getIdMatch();
 138     boolean haveResults = false;
 139     // set or reset the GUI
 140     if ((idMatch.size() > 0))
 141     {
 142       haveResults = true;
 143       ap.idPanel.highlightSearchResults(idMatch);
 144     }
 145     else
 146     {
 147       ap.idPanel.highlightSearchResults(null);
 148     }
 149
 150     if (searchResults.getSize() > 0)
 151     {
 152       haveResults = true;
 153       createNewGroup.setEnabled(true);
 154
 155     }
 156     else
 157     {
 158       searchResults = null;
 159     }
 160
 161     // if allResults is null, this effectively switches displaySearch flag in
 162     // seqCanvas
 163     ap.highlightSearchResults(searchResults);
 164     // TODO: add enablers for 'SelectSequences' or 'SelectColumns' or
 165     // 'SelectRegion' selection
 166     if (!haveResults)
 167     {
 168       ap.alignFrame.statusBar.setText(MessageManager.getString("label.finished_searching"));
 169       resIndex = -1;
 170       seqIndex = 0;
 171     }
 172     else
 173     {
 174       if (findAll)
 175       {
 176         String message = (idMatch.size() > 0) ? "" + idMatch.size()
 177                 + " IDs" : "";
 178         if (idMatch.size() > 0 && searchResults != null
 179                 && searchResults.getSize() > 0)
 180         {
 181           message += " and ";
 182         }
 183         if (searchResults != null)
 184         {
 185           message += searchResults.getSize() + " subsequence matches.";
 186         }
 187         ap.alignFrame.statusBar.setText(MessageManager.formatMessage("label.search_results", new String[] {searchString, message}));
 188
 189       }
 190       else
 191       {
 192         // TODO: indicate sequence and matching position in status bar
 193         ap.alignFrame.statusBar.setText(MessageManager.formatMessage("label.found_match_for", new String[]{searchString}));
 194       }
 195     }
 196   }
 197
 198   Label jLabel1 = new Label();
 199
 200   protected TextField textfield = new TextField();
 201
 202   protected Button findAll = new Button();
 203
 204   protected Button findNext = new Button();
 205
 206   Panel jPanel1 = new Panel();
 207
 208   GridLayout gridLayout1 = new GridLayout();
 209
 210   protected Button createNewGroup = new Button();
 211
 212   Checkbox caseSensitive = new Checkbox();
 213
 214   private void jbInit() throws Exception
 215   {
 216     jLabel1.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 217     jLabel1.setText(MessageManager.getString("action.find"));
 218     jLabel1.setBounds(new Rectangle(3, 30, 34, 15));
 219     this.setLayout(null);
 220     textfield.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 221     textfield.setText("");
 222     textfield.setBounds(new Rectangle(40, 27, 133, 21));
 223     textfield.addKeyListener(new java.awt.event.KeyAdapter()
 224     {
 225       public void keyTyped(KeyEvent e)
 226       {
 227         textfield_keyTyped(e);
 228       }
 229     });
 230     textfield.addActionListener(this);
 231     findAll.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 232     findAll.setLabel(MessageManager.getString("action.find_all"));
 233     findAll.addActionListener(this);
 234     findNext.setEnabled(false);
 235     findNext.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 236     findNext.setLabel(MessageManager.getString("action.find_next"));
 237     findNext.addActionListener(this);
 238     jPanel1.setBounds(new Rectangle(180, 5, 141, 64));
 239     jPanel1.setLayout(gridLayout1);
 240     gridLayout1.setHgap(0);
 241     gridLayout1.setRows(3);
 242     gridLayout1.setVgap(2);
 243     createNewGroup.setEnabled(false);
 244     createNewGroup.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 245     createNewGroup.setLabel(MessageManager.getString("label.new_feature"));
 246     createNewGroup.addActionListener(this);
 247     caseSensitive.setLabel(MessageManager.getString("label.match_case"));
 248     caseSensitive.setBounds(new Rectangle(40, 49, 126, 23));
 249     jPanel1.add(findNext, null);
 250     jPanel1.add(findAll, null);
 251     jPanel1.add(createNewGroup, null);
 252     this.add(caseSensitive);
 253     this.add(textfield, null);
 254     this.add(jLabel1, null);
 255     this.add(jPanel1, null);
 256   }
 257
 258   void textfield_keyTyped(KeyEvent e)
 259   {
 260     findNext.setEnabled(true);
 261   }
 262
 263 }