src/jalview/appletgui/Finder.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import java.awt.*;\r
  25 import java.awt.event.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 import java.awt.Rectangle;\r
  29 \r
  30 public class Finder extends Panel implements ActionListener\r
  31 {\r
  32   AlignViewport av;\r
  33   AlignmentPanel ap;\r
  34   Frame frame;\r
  35 \r
  36   SearchResults searchResults;\r
  37 \r
  38   int seqIndex = 0;\r
  39   int resIndex = 0;\r
  40   public Finder(final AlignmentPanel ap)\r
  41   {\r
  42     try\r
  43     {\r
  44       jbInit();\r
  45     }\r
  46     catch (Exception e)\r
  47     {\r
  48       e.printStackTrace();\r
  49     }\r
  50 \r
  51     this.av = ap.av;\r
  52     this.ap = ap;\r
  53     frame = new Frame();\r
  54     frame.add(this);\r
  55     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Find", 340, 120);\r
  56     frame.repaint();\r
  57     frame.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
  58     {\r
  59       public void windowClosing(WindowEvent evt)\r
  60       {\r
  61         ap.highlightSearchResults(null);\r
  62       }\r
  63     });\r
  64   }\r
  65 \r
  66   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
  67   {\r
  68     if (evt.getSource() == textfield)\r
  69       doSearch(false);\r
  70 \r
  71     else if (evt.getSource() == findNext)\r
  72       doSearch(false);\r
  73 \r
  74     else if (evt.getSource() == findAll)\r
  75     {\r
  76       resIndex = 0;\r
  77       seqIndex = 0;\r
  78       doSearch(true);\r
  79     }\r
  80     else if(evt.getSource() == createNewGroup)\r
  81       createNewGroup_actionPerformed();\r
  82   }\r
  83 \r
  84 \r
  85   public void createNewGroup_actionPerformed()\r
  86   {\r
  87 \r
  88     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, null);\r
  89     cap.ok.setLabel("Accept");\r
  90     Dialog dialog = new Dialog(ap.alignFrame, "Enter New Feature Name", true);\r
  91     dialog.add(cap);\r
  92 \r
  93     cap.setText(textfield.getText());\r
  94 \r
  95     dialog.setBounds( frame.getLocation().x+frame.getSize().width+5,\r
  96                       frame.getLocation().y+20,300,100);\r
  97     dialog.show();\r
  98 \r
  99 \r
 100     String featureName = cap.getText().trim();\r
 101     if(featureName.length()<1)\r
 102       return;\r
 103 \r
 104 \r
 105     for (int i = 0; i < searchResults.getSize(); i ++ )\r
 106     {\r
 107         SequenceI seq = searchResults.getResultSequence(i);\r
 108 \r
 109         SequenceFeature sf = new SequenceFeature(featureName,\r
 110             null, null,\r
 111             searchResults.getResultStart(i),\r
 112            searchResults.getResultEnd(i), "Search Results");\r
 113 \r
 114         ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().addNewFeature(\r
 115             featureName, new Color(60,160,115));\r
 116         seq.addSequenceFeature(sf);\r
 117     }\r
 118 \r
 119     ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().findAllFeatures();\r
 120     ap.alignFrame.sequenceFeatures.setState(true);\r
 121     av.showSequenceFeatures(true);\r
 122     ap.highlightSearchResults(null);\r
 123   }\r
 124 \r
 125   void doSearch(boolean findAll)\r
 126   {\r
 127     if(jalview.bin.JalviewLite.currentAlignFrame!=null)\r
 128     {\r
 129       ap = jalview.bin.JalviewLite.currentAlignFrame.alignPanel;\r
 130       av = ap.av;\r
 131     }\r
 132     createNewGroup.setEnabled(false);\r
 133 \r
 134     String searchString = textfield.getText();\r
 135     if(!caseSensitive.getState())\r
 136       searchString = searchString.toUpperCase();\r
 137 \r
 138     com.stevesoft.pat.Regex regex = new com.stevesoft.pat.Regex(searchString);\r
 139 \r
 140     searchResults = new SearchResults();\r
 141 \r
 142     Sequence seq;\r
 143     String item = null;\r
 144     boolean found = false;\r
 145 \r
 146     ////// is the searchString a residue number?\r
 147     try\r
 148     {\r
 149       int res = Integer.parseInt(searchString);\r
 150       found = true;\r
 151 \r
 152       if (av.getSelectionGroup() == null || av.getSelectionGroup().getSize(false) < 1)\r
 153       {\r
 154         seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(0);\r
 155       }\r
 156       else\r
 157       {\r
 158         seq = (Sequence) (av.getSelectionGroup().getSequenceAt(0));\r
 159       }\r
 160 \r
 161 \r
 162       searchResults.addResult(seq, res, res);\r
 163 \r
 164     }\r
 165     catch (NumberFormatException ex)\r
 166     {}\r
 167     ///////////////////////////////////////////////\r
 168 \r
 169 \r
 170     int end = av.alignment.getHeight();\r
 171 \r
 172     SequenceGroup selection = av.getSelectionGroup();\r
 173     if (selection != null)\r
 174     {\r
 175       if (selection.getSize(false) < 1 ||\r
 176           (selection.getEndRes() - selection.getStartRes() < 2))\r
 177       {\r
 178         selection = null;\r
 179       }\r
 180     }\r
 181 \r
 182     while (!found && seqIndex < end)\r
 183     {\r
 184 \r
 185       seq = (Sequence) av.alignment.getSequenceAt(seqIndex);\r
 186 \r
 187       if (selection != null && !selection.getSequences(false).contains(seq))\r
 188       {\r
 189         seqIndex++;\r
 190         resIndex = 0;\r
 191         continue;\r
 192       }\r
 193 \r
 194       item = seq.getSequenceAsString();\r
 195       if(!caseSensitive.getState())\r
 196         item = item.toUpperCase();\r
 197 \r
 198       if (selection != null && selection.getEndRes() < av.alignment.getWidth())\r
 199       {\r
 200         item = item.substring(0, selection.getEndRes() + 1);\r
 201       }\r
 202 \r
 203       ///Shall we ignore gaps????\r
 204       StringBuffer noGapsSB = new StringBuffer();\r
 205       int insertCount = 0;\r
 206       Vector spaces = new Vector();\r
 207 \r
 208       for (int j = 0; j < item.length(); j++)\r
 209       {\r
 210 \r
 211         if (!jalview.util.Comparison.isGap(item.charAt(j)))\r
 212         {\r
 213           noGapsSB.append(item.charAt(j));\r
 214           spaces.addElement(new Integer(insertCount));\r
 215         }\r
 216         else\r
 217         {\r
 218           insertCount++;\r
 219         }\r
 220       }\r
 221 \r
 222       String noGaps = noGapsSB.toString();\r
 223 \r
 224       for (int r = resIndex; r < noGaps.length(); r++)\r
 225       {\r
 226 \r
 227         if (regex.searchFrom(noGaps, r))\r
 228         {\r
 229           resIndex = regex.matchedFrom();\r
 230           if (selection != null &&\r
 231               (resIndex + Integer.parseInt(spaces.elementAt(resIndex).toString())) <\r
 232               selection.getStartRes())\r
 233           {\r
 234             continue;\r
 235           }\r
 236 \r
 237 \r
 238           int sres = seq.findPosition(resIndex +\r
 239                                       Integer.parseInt(spaces.\r
 240               elementAt(resIndex).toString()));\r
 241           int eres = seq.findPosition(regex.matchedTo() - 1 +\r
 242                                       Integer.parseInt(\r
 243                                       spaces.elementAt(regex.matchedTo() - 1).\r
 244                                       toString()));\r
 245 \r
 246           searchResults.addResult(seq, sres, eres);\r
 247 \r
 248           if (!findAll)\r
 249           {\r
 250             // thats enough, break and display the result\r
 251             found = true;\r
 252             resIndex++;\r
 253             break;\r
 254           }\r
 255 \r
 256           r = resIndex;\r
 257         }\r
 258         else\r
 259           break;\r
 260       }\r
 261       if (!found)\r
 262       {\r
 263         seqIndex++;\r
 264         resIndex = 0;\r
 265       }\r
 266     }\r
 267 \r
 268     Vector idMatch = new Vector();\r
 269     for (int id = 0; id < av.alignment.getHeight(); id++)\r
 270     {\r
 271       if (regex.search(av.alignment.getSequenceAt(id).getName()))\r
 272       {\r
 273         idMatch.addElement(av.alignment.getSequenceAt(id));\r
 274       }\r
 275     }\r
 276 \r
 277     if (searchResults.getSize() == 0 && idMatch.size() > 0)\r
 278     {\r
 279       ap.idPanel.highlightSearchResults(idMatch);\r
 280     }\r
 281 \r
 282     if (searchResults.getSize() > 0)\r
 283     {\r
 284       createNewGroup.setEnabled(true);\r
 285     }\r
 286     else\r
 287     {\r
 288       searchResults = null;\r
 289       resIndex = 0;\r
 290       seqIndex = 0;\r
 291     }\r
 292 \r
 293     // if allResults is null, this effectively switches displaySearch flag in seqCanvas\r
 294     ap.highlightSearchResults(searchResults);\r
 295 \r
 296     if (findAll)\r
 297     {\r
 298       String message = (searchResults==null?0 : searchResults.getSize()) + " matches found.";\r
 299       ap.alignFrame.statusBar.setText("Search results: "+searchString+" : "+message);\r
 300     }\r
 301 \r
 302   }\r
 303 \r
 304   Label jLabel1 = new Label();\r
 305   protected TextField textfield = new TextField();\r
 306   protected Button findAll = new Button();\r
 307   protected Button findNext = new Button();\r
 308   Panel jPanel1 = new Panel();\r
 309   GridLayout gridLayout1 = new GridLayout();\r
 310   protected Button createNewGroup = new Button();\r
 311   Checkbox caseSensitive = new Checkbox();\r
 312 \r
 313   private void jbInit() throws Exception {\r
 314       jLabel1.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));\r
 315       jLabel1.setText("Find");\r
 316       jLabel1.setBounds(new Rectangle(3, 30, 34, 15));\r
 317       this.setLayout(null);\r
 318       textfield.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));\r
 319       textfield.setText("");\r
 320       textfield.setBounds(new Rectangle(40, 27, 133, 21));\r
 321       textfield.addKeyListener(new java.awt.event.KeyAdapter() {\r
 322               public void keyTyped(KeyEvent e) {\r
 323                   textfield_keyTyped(e);\r
 324               }\r
 325           });\r
 326       textfield.addActionListener(this);\r
 327       findAll.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));\r
 328       findAll.setLabel("Find all");\r
 329       findAll.addActionListener(this);\r
 330       findNext.setEnabled(false);\r
 331       findNext.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));\r
 332       findNext.setLabel("Find Next");\r
 333       findNext.addActionListener(this);\r
 334       jPanel1.setBounds(new Rectangle(180, 5, 141, 64));\r
 335       jPanel1.setLayout(gridLayout1);\r
 336       gridLayout1.setHgap(0);\r
 337       gridLayout1.setRows(3);\r
 338       gridLayout1.setVgap(2);\r
 339       createNewGroup.setEnabled(false);\r
 340       createNewGroup.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));\r
 341       createNewGroup.setLabel("New Feature");\r
 342       createNewGroup.addActionListener(this);\r
 343     caseSensitive.setLabel("Match Case");\r
 344     caseSensitive.setBounds(new Rectangle(40, 49, 126, 23));\r
 345     jPanel1.add(findNext, null);\r
 346       jPanel1.add(findAll, null);\r
 347       jPanel1.add(createNewGroup, null);\r
 348     this.add(caseSensitive);\r
 349     this.add(textfield, null);\r
 350       this.add(jLabel1, null);\r
 351       this.add(jPanel1, null);\r
 352   }\r
 353 \r
 354   void textfield_keyTyped(KeyEvent e) {\r
 355       findNext.setEnabled(true);\r
 356   }\r
 357 \r
 358 }\r