src/jalview/appletgui/Finder.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import java.awt.*;\r
  25 import java.awt.event.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 import java.awt.Rectangle;\r
  29 \r
  30 public class Finder extends Panel implements ActionListener\r
  31 {\r
  32   AlignViewport av;\r
  33   AlignmentPanel ap;\r
  34   Frame frame;\r
  35 \r
  36   SearchResults searchResults;\r
  37 \r
  38   int seqIndex = 0;\r
  39   int resIndex = 0;\r
  40   public Finder(final AlignmentPanel ap)\r
  41   {\r
  42     try\r
  43     {\r
  44       jbInit();\r
  45     }\r
  46     catch (Exception e)\r
  47     {\r
  48       e.printStackTrace();\r
  49     }\r
  50 \r
  51     this.av = ap.av;\r
  52     this.ap = ap;\r
  53     frame = new Frame();\r
  54     frame.add(this);\r
  55     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Find", 340, 120);\r
  56     frame.repaint();\r
  57     frame.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
  58     {\r
  59       public void windowClosing(WindowEvent evt)\r
  60       {\r
  61         ap.highlightSearchResults(null);\r
  62       }\r
  63     });\r
  64   }\r
  65 \r
  66   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
  67   {\r
  68     if (evt.getSource() == textfield)\r
  69       doSearch(false);\r
  70 \r
  71     else if (evt.getSource() == findNext)\r
  72       doSearch(false);\r
  73 \r
  74     else if (evt.getSource() == findAll)\r
  75     {\r
  76       resIndex = 0;\r
  77       seqIndex = 0;\r
  78       doSearch(true);\r
  79     }\r
  80     else if(evt.getSource() == createNewGroup)\r
  81       createNewGroup_actionPerformed();\r
  82   }\r
  83 \r
  84 \r
  85   public void createNewGroup_actionPerformed()\r
  86   {\r
  87 \r
  88     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, null);\r
  89     Dialog dialog = new Dialog(ap.alignFrame, "Enter New Feature Name", true);\r
  90     dialog.add(cap);\r
  91 \r
  92     cap.setText(textfield.getText());\r
  93 \r
  94     dialog.setBounds( frame.getLocation().x+frame.getSize().width+5,\r
  95                       frame.getLocation().y+20,300,100);\r
  96     dialog.show();\r
  97 \r
  98 \r
  99     String featureName = cap.getText().trim();\r
 100     if(featureName.length()<1)\r
 101       return;\r
 102 \r
 103 \r
 104     for (int i = 0; i < searchResults.getSize(); i ++ )\r
 105     {\r
 106         SequenceI seq = searchResults.getResultSequence(i);\r
 107 \r
 108         SequenceFeature sf = new SequenceFeature(featureName,\r
 109             null, null,\r
 110             searchResults.getResultStart(i),\r
 111            searchResults.getResultEnd(i), "Search Results");\r
 112 \r
 113         ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().addNewFeature(\r
 114             featureName, new Color(60,160,115));\r
 115         seq.addSequenceFeature(sf);\r
 116     }\r
 117 \r
 118     ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().findAllFeatures();\r
 119     ap.alignFrame.sequenceFeatures.setState(true);\r
 120     av.showSequenceFeatures(true);\r
 121     ap.highlightSearchResults(null);\r
 122   }\r
 123 \r
 124   void doSearch(boolean findAll)\r
 125   {\r
 126     createNewGroup.setEnabled(false);\r
 127 \r
 128     String searchString = textfield.getText();\r
 129     if(!caseSensitive.getState())\r
 130       searchString = searchString.toUpperCase();\r
 131 \r
 132     com.stevesoft.pat.Regex regex = new com.stevesoft.pat.Regex(searchString);\r
 133 \r
 134     searchResults = new SearchResults();\r
 135 \r
 136     Sequence seq;\r
 137     String item = null;\r
 138     boolean found = false;\r
 139 \r
 140     ////// is the searchString a residue number?\r
 141     try\r
 142     {\r
 143       int res = Integer.parseInt(searchString);\r
 144       found = true;\r
 145 \r
 146       if (av.getSelectionGroup() == null || av.getSelectionGroup().getSize() < 1)\r
 147       {\r
 148         seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(0);\r
 149       }\r
 150       else\r
 151       {\r
 152         seq = (Sequence) (av.getSelectionGroup().getSequenceAt(0));\r
 153       }\r
 154 \r
 155 \r
 156       searchResults.addResult(seq, res, res);\r
 157 \r
 158     }\r
 159     catch (NumberFormatException ex)\r
 160     {}\r
 161     ///////////////////////////////////////////////\r
 162 \r
 163 \r
 164     int end = av.alignment.getHeight();\r
 165 \r
 166     SequenceGroup selection = av.getSelectionGroup();\r
 167     if (selection != null)\r
 168     {\r
 169       if (selection.getSize() < 1 ||\r
 170           (selection.getEndRes() - selection.getStartRes() < 2))\r
 171       {\r
 172         selection = null;\r
 173       }\r
 174     }\r
 175 \r
 176     while (!found && seqIndex < end)\r
 177     {\r
 178 \r
 179       seq = (Sequence) av.alignment.getSequenceAt(seqIndex);\r
 180 \r
 181       if (selection != null && !selection.sequences.contains(seq))\r
 182       {\r
 183         seqIndex++;\r
 184         resIndex = 0;\r
 185         continue;\r
 186       }\r
 187 \r
 188       item = seq.getSequence();\r
 189       if(!caseSensitive.getState())\r
 190         item = item.toUpperCase();\r
 191 \r
 192       if (selection != null && selection.getEndRes() < av.alignment.getWidth())\r
 193       {\r
 194         item = item.substring(0, selection.getEndRes() + 1);\r
 195       }\r
 196 \r
 197       ///Shall we ignore gaps????\r
 198       StringBuffer noGapsSB = new StringBuffer();\r
 199       int insertCount = 0;\r
 200       Vector spaces = new Vector();\r
 201 \r
 202       for (int j = 0; j < item.length(); j++)\r
 203       {\r
 204 \r
 205         if (!jalview.util.Comparison.isGap(item.charAt(j)))\r
 206         {\r
 207           noGapsSB.append(item.charAt(j));\r
 208           spaces.addElement(new Integer(insertCount));\r
 209         }\r
 210         else\r
 211         {\r
 212           insertCount++;\r
 213         }\r
 214       }\r
 215 \r
 216       String noGaps = noGapsSB.toString();\r
 217 \r
 218       for (int r = resIndex; r < noGaps.length(); r++)\r
 219       {\r
 220 \r
 221         if (regex.searchFrom(noGaps, r))\r
 222         {\r
 223           resIndex = regex.matchedFrom();\r
 224           if (selection != null &&\r
 225               (resIndex + Integer.parseInt(spaces.elementAt(resIndex).toString())) <\r
 226               selection.getStartRes())\r
 227           {\r
 228             continue;\r
 229           }\r
 230 \r
 231 \r
 232           int sres = seq.findPosition(resIndex +\r
 233                                       Integer.parseInt(spaces.\r
 234               elementAt(resIndex).toString()));\r
 235           int eres = seq.findPosition(regex.matchedTo() - 1 +\r
 236                                       Integer.parseInt(\r
 237                                       spaces.elementAt(regex.matchedTo() - 1).\r
 238                                       toString()));\r
 239 \r
 240           searchResults.addResult(seq, sres, eres);\r
 241 \r
 242           if (!findAll)\r
 243           {\r
 244             // thats enough, break and display the result\r
 245             found = true;\r
 246             resIndex++;\r
 247             break;\r
 248           }\r
 249 \r
 250           r = resIndex;\r
 251         }\r
 252         else\r
 253           break;\r
 254       }\r
 255       if (!found)\r
 256       {\r
 257         seqIndex++;\r
 258         resIndex = 0;\r
 259       }\r
 260     }\r
 261 \r
 262     Vector idMatch = new Vector();\r
 263     for (int id = 0; id < av.alignment.getHeight(); id++)\r
 264     {\r
 265       if (regex.search(av.alignment.getSequenceAt(id).getName()))\r
 266       {\r
 267         idMatch.addElement(av.alignment.getSequenceAt(id));\r
 268       }\r
 269     }\r
 270 \r
 271     if (searchResults.getSize() == 0 && idMatch.size() > 0)\r
 272     {\r
 273       ap.idPanel.highlightSearchResults(idMatch);\r
 274     }\r
 275 \r
 276     if (searchResults.getSize() > 0)\r
 277     {\r
 278       createNewGroup.setEnabled(true);\r
 279     }\r
 280     else\r
 281     {\r
 282       searchResults = null;\r
 283       resIndex = 0;\r
 284       seqIndex = 0;\r
 285     }\r
 286 \r
 287     // if allResults is null, this effectively switches displaySearch flag in seqCanvas\r
 288     ap.highlightSearchResults(searchResults);\r
 289 \r
 290     if (findAll)\r
 291     {\r
 292       String message = (searchResults==null?0 : searchResults.getSize()) + " matches found.";\r
 293       ap.alignFrame.statusBar.setText("Search results: "+searchString+" : "+message);\r
 294     }\r
 295 \r
 296   }\r
 297 \r
 298   Label jLabel1 = new Label();\r
 299   protected TextField textfield = new TextField();\r
 300   protected Button findAll = new Button();\r
 301   protected Button findNext = new Button();\r
 302   Panel jPanel1 = new Panel();\r
 303   GridLayout gridLayout1 = new GridLayout();\r
 304   protected Button createNewGroup = new Button();\r
 305   Checkbox caseSensitive = new Checkbox();\r
 306 \r
 307   private void jbInit() throws Exception {\r
 308       jLabel1.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));\r
 309       jLabel1.setText("Find");\r
 310       jLabel1.setBounds(new Rectangle(3, 30, 34, 15));\r
 311       this.setLayout(null);\r
 312       textfield.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));\r
 313       textfield.setText("");\r
 314       textfield.setBounds(new Rectangle(40, 27, 133, 21));\r
 315       textfield.addKeyListener(new java.awt.event.KeyAdapter() {\r
 316               public void keyTyped(KeyEvent e) {\r
 317                   textfield_keyTyped(e);\r
 318               }\r
 319           });\r
 320       textfield.addActionListener(this);\r
 321       findAll.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));\r
 322       findAll.setLabel("Find all");\r
 323       findAll.addActionListener(this);\r
 324       findNext.setEnabled(false);\r
 325       findNext.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));\r
 326       findNext.setLabel("Find Next");\r
 327       findNext.addActionListener(this);\r
 328       jPanel1.setBounds(new Rectangle(180, 5, 141, 64));\r
 329       jPanel1.setLayout(gridLayout1);\r
 330       gridLayout1.setHgap(0);\r
 331       gridLayout1.setRows(3);\r
 332       gridLayout1.setVgap(2);\r
 333       createNewGroup.setEnabled(false);\r
 334       createNewGroup.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));\r
 335       createNewGroup.setLabel("New Feature");\r
 336       createNewGroup.addActionListener(this);\r
 337     caseSensitive.setLabel("Match Case");\r
 338     caseSensitive.setBounds(new Rectangle(40, 49, 126, 23));\r
 339     jPanel1.add(findNext, null);\r
 340       jPanel1.add(findAll, null);\r
 341       jPanel1.add(createNewGroup, null);\r
 342     this.add(caseSensitive);\r
 343     this.add(textfield, null);\r
 344       this.add(jLabel1, null);\r
 345       this.add(jPanel1, null);\r
 346   }\r
 347 \r
 348   void textfield_keyTyped(KeyEvent e) {\r
 349       findNext.setEnabled(true);\r
 350   }\r
 351 \r
 352 }\r