src/jalview/appletgui/IdCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import java.awt.*;
  24 import java.util.List;
  25
  26 import jalview.datamodel.*;
  27
  28 public class IdCanvas extends Panel
  29 {
  30   protected AlignViewport av;
  31
  32   protected boolean showScores = true;
  33
  34   protected int maxIdLength = -1;
  35
  36   protected String maxIdStr = null;
  37
  38   Image image;
  39
  40   Graphics gg;
  41
  42   int imgHeight = 0;
  43
  44   boolean fastPaint = false;
  45
  46   List<SequenceI> searchResults;
  47
  48   public IdCanvas(AlignViewport av)
  49   {
  50     setLayout(null);
  51     this.av = av;
  52     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());
  53   }
  54
  55   public void drawIdString(Graphics gg, SequenceI s, int i, int starty,
  56           int ypos)
  57   {
  58     int charHeight = av.getCharHeight();
  59
  60     if (searchResults != null && searchResults.contains(s))
  61     {
  62       gg.setColor(Color.black);
  63       gg.fillRect(0, ((i - starty) * charHeight) + ypos, getSize().width,
  64               charHeight);
  65       gg.setColor(Color.white);
  66     }
  67     else if (av.getSelectionGroup() != null
  68             && av.getSelectionGroup().getSequences(null).contains(s))
  69     {
  70       gg.setColor(Color.lightGray);
  71       gg.fillRect(0, ((i - starty) * charHeight) + ypos, getSize().width,
  72               charHeight);
  73       gg.setColor(Color.white);
  74     }
  75     else
  76     {
  77       gg.setColor(av.getSequenceColour(s));
  78       gg.fillRect(0, ((i - starty) * charHeight) + ypos, getSize().width,
  79               charHeight);
  80       gg.setColor(Color.black);
  81     }
  82
  83     gg.drawString(s.getDisplayId(av.getShowJVSuffix()), 0,
  84             ((i - starty) * charHeight) + ypos + charHeight
  85                     - (charHeight / 5));
  86
  87     if (av.hasHiddenRows() && av.showHiddenMarkers)
  88     {
  89       drawMarker(i, starty, ypos);
  90     }
  91
  92   }
  93
  94   public void fastPaint(int vertical)
  95   {
  96     if (gg == null)
  97     {
  98       repaint();
  99       return;
 100     }
 101
 102     gg.copyArea(0, 0, getSize().width, imgHeight, 0, -vertical
 103             * av.charHeight);
 104
 105     int ss = av.startSeq, es = av.endSeq, transY = 0;
 106     if (vertical > 0) // scroll down
 107     {
 108       ss = es - vertical;
 109       if (ss < av.startSeq) // ie scrolling too fast, more than a page at a time
 110       {
 111         ss = av.startSeq;
 112       }
 113       else
 114       {
 115         transY = imgHeight - vertical * av.charHeight;
 116       }
 117     }
 118     else if (vertical < 0)
 119     {
 120       es = ss - vertical;
 121       if (es > av.endSeq)
 122       {
 123         es = av.endSeq;
 124       }
 125     }
 126
 127     gg.translate(0, transY);
 128
 129     drawIds(ss, es);
 130
 131     gg.translate(0, -transY);
 132
 133     fastPaint = true;
 134     repaint();
 135   }
 136
 137   public void update(Graphics g)
 138   {
 139     paint(g);
 140   }
 141
 142   public void paint(Graphics g)
 143   {
 144     if (getSize().height < 0 || getSize().width < 0)
 145     {
 146       return;
 147     }
 148     if (fastPaint)
 149     {
 150       fastPaint = false;
 151       g.drawImage(image, 0, 0, this);
 152       return;
 153     }
 154
 155     imgHeight = getSize().height;
 156     imgHeight -= imgHeight % av.charHeight;
 157
 158     if (imgHeight < 1)
 159     {
 160       return;
 161     }
 162
 163     if (image == null || imgHeight != image.getHeight(this))
 164     {
 165       image = createImage(getSize().width, imgHeight);
 166       gg = image.getGraphics();
 167       gg.setFont(av.getFont());
 168     }
 169
 170     // Fill in the background
 171     gg.setColor(Color.white);
 172     Font italic = new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC, av
 173             .getFont().getSize());
 174     gg.setFont(italic);
 175
 176     gg.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);
 177     drawIds(av.startSeq, av.endSeq);
 178     g.drawImage(image, 0, 0, this);
 179   }
 180
 181   void drawIds(int starty, int endy)
 182   {
 183     Font italic = new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC, av
 184             .getFont().getSize());
 185
 186     gg.setFont(italic);
 187
 188     Color currentColor = Color.white;
 189     Color currentTextColor = Color.black;
 190
 191     if (av.getWrapAlignment())
 192     {
 193       int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
 194       int alheight = av.getAlignment().getHeight();
 195
 196       if (av.hasHiddenColumns())
 197       {
 198         maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 199       }
 200
 201       int annotationHeight = 0;
 202       AnnotationLabels labels = null;
 203
 204       if (av.showAnnotation)
 205       {
 206         AnnotationPanel ap = new AnnotationPanel(av);
 207         annotationHeight = ap.adjustPanelHeight();
 208         labels = new AnnotationLabels(av);
 209       }
 210
 211       int hgap = av.charHeight;
 212       if (av.scaleAboveWrapped)
 213       {
 214         hgap += av.charHeight;
 215       }
 216
 217       int cHeight = alheight * av.charHeight + hgap + annotationHeight;
 218
 219       int rowSize = av.getEndRes() - av.getStartRes();
 220
 221       // Draw the rest of the panels
 222       for (int ypos = hgap, row = av.startRes; (ypos <= getSize().height)
 223               && (row < maxwidth); ypos += cHeight, row += rowSize)
 224       {
 225         for (int i = starty; i < alheight; i++)
 226         {
 227
 228           SequenceI s = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 229           gg.setFont(italic);
 230           if (av.hasHiddenRows())
 231           {
 232             setHiddenFont(s);
 233           }
 234           drawIdString(gg, s, i, 0, ypos);
 235         }
 236
 237         if (labels != null)
 238         {
 239           gg.translate(0, ypos + (alheight * av.charHeight));
 240           labels.drawComponent(gg, getSize().width);
 241           gg.translate(0, -ypos - (alheight * av.charHeight));
 242         }
 243
 244       }
 245     }
 246     else
 247     {
 248       // Now draw the id strings
 249       SequenceI seq;
 250       for (int i = starty; i < endy; i++)
 251       {
 252
 253         seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 254         if (seq == null)
 255         {
 256           continue;
 257         }
 258         gg.setFont(italic);
 259         // boolean isrep=false;
 260         if (av.hasHiddenRows())
 261         {
 262           // isrep =
 263           setHiddenFont(seq);
 264         }
 265
 266         // Selected sequence colours
 267         if ((searchResults != null) && searchResults.contains(seq))
 268         {
 269           currentColor = Color.black;
 270           currentTextColor = Color.white;
 271         }
 272         else if ((av.getSelectionGroup() != null)
 273                 && av.getSelectionGroup().getSequences(null).contains(seq))
 274         {
 275           currentColor = Color.lightGray;
 276           currentTextColor = Color.black;
 277         }
 278         else
 279         {
 280           currentColor = av.getSequenceColour(seq);
 281           currentTextColor = Color.black;
 282         }
 283
 284         gg.setColor(currentColor);
 285         // TODO: isrep could be used to highlight the representative in a
 286         // different way
 287         gg.fillRect(0, (i - starty) * av.charHeight, getSize().width,
 288                 av.charHeight);
 289         gg.setColor(currentTextColor);
 290
 291         gg.drawString(seq.getDisplayId(av.getShowJVSuffix()), 0,
 292                 (((i - starty) * av.charHeight) + av.charHeight)
 293                         - (av.charHeight / 5));
 294
 295         if (av.hasHiddenRows() && av.showHiddenMarkers)
 296         {
 297           drawMarker(i, starty, 0);
 298         }
 299       }
 300     }
 301   }
 302
 303   public void setHighlighted(List<SequenceI> list)
 304   {
 305     searchResults = list;
 306     repaint();
 307   }
 308
 309   void drawMarker(int i, int starty, int yoffset)
 310   {
 311     SequenceI[] hseqs = av.getAlignment().getHiddenSequences().hiddenSequences;
 312     // Use this method here instead of calling hiddenSeq adjust
 313     // 3 times.
 314     int hSize = hseqs.length;
 315
 316     int hiddenIndex = i;
 317     int lastIndex = i - 1;
 318     int nextIndex = i + 1;
 319
 320     for (int j = 0; j < hSize; j++)
 321     {
 322       if (hseqs[j] != null)
 323       {
 324         if (j - 1 < hiddenIndex)
 325         {
 326           hiddenIndex++;
 327         }
 328         if (j - 1 < lastIndex)
 329         {
 330           lastIndex++;
 331         }
 332         if (j - 1 < nextIndex)
 333         {
 334           nextIndex++;
 335         }
 336       }
 337     }
 338
 339     boolean below = (hiddenIndex > lastIndex + 1);
 340     boolean above = (nextIndex > hiddenIndex + 1);
 341
 342     gg.setColor(Color.blue);
 343     if (below)
 344     {
 345       gg.fillPolygon(new int[]
 346       { getSize().width - av.charHeight, getSize().width - av.charHeight,
 347           getSize().width }, new int[]
 348       { (i - starty) * av.charHeight + yoffset,
 349           (i - starty) * av.charHeight + yoffset + av.charHeight / 4,
 350           (i - starty) * av.charHeight + yoffset }, 3);
 351     }
 352     if (above)
 353     {
 354       gg.fillPolygon(new int[]
 355       { getSize().width - av.charHeight, getSize().width - av.charHeight,
 356           getSize().width }, new int[]
 357       { (i - starty + 1) * av.charHeight + yoffset,
 358           (i - starty + 1) * av.charHeight + yoffset - av.charHeight / 4,
 359           (i - starty + 1) * av.charHeight + yoffset }, 3);
 360
 361     }
 362   }
 363
 364   boolean setHiddenFont(SequenceI seq)
 365   {
 366     Font bold = new Font(av.getFont().getName(), Font.BOLD, av.getFont()
 367             .getSize());
 368
 369     if (av.getHiddenRepSequences() != null
 370             && av.getHiddenRepSequences().containsKey(seq))
 371     {
 372       gg.setFont(bold);
 373       return true;
 374     }
 375     return false;
 376   }
 377 }