src/jalview/appletgui/IdCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9)
   3  * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.datamodel.SequenceI;
  24
  25 import java.awt.Color;
  26 import java.awt.Font;
  27 import java.awt.Graphics;
  28 import java.awt.Image;
  29 import java.awt.Panel;
  30 import java.util.List;
  31
  32 public class IdCanvas extends Panel
  33 {
  34   protected AlignViewport av;
  35
  36   protected boolean showScores = true;
  37
  38   protected int maxIdLength = -1;
  39
  40   protected String maxIdStr = null;
  41
  42   Image image;
  43
  44   Graphics gg;
  45
  46   int imgHeight = 0;
  47
  48   boolean fastPaint = false;
  49
  50   List<SequenceI> searchResults;
  51
  52   public IdCanvas(AlignViewport av)
  53   {
  54     setLayout(null);
  55     this.av = av;
  56     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());
  57   }
  58
  59   public void drawIdString(Graphics gg, boolean hiddenRows, SequenceI s,
  60           int i, int starty, int ypos)
  61   {
  62     int charHeight = av.getCharHeight();
  63
  64     if (searchResults != null && searchResults.contains(s))
  65     {
  66       gg.setColor(Color.black);
  67       gg.fillRect(0, ((i - starty) * charHeight) + ypos, getSize().width,
  68               charHeight);
  69       gg.setColor(Color.white);
  70     }
  71     else if (av.getSelectionGroup() != null
  72             && av.getSelectionGroup().getSequences(null).contains(s))
  73     {
  74       gg.setColor(Color.lightGray);
  75       gg.fillRect(0, ((i - starty) * charHeight) + ypos, getSize().width,
  76               charHeight);
  77       gg.setColor(Color.white);
  78     }
  79     else
  80     {
  81       gg.setColor(av.getSequenceColour(s));
  82       gg.fillRect(0, ((i - starty) * charHeight) + ypos, getSize().width,
  83               charHeight);
  84       gg.setColor(Color.black);
  85     }
  86
  87     gg.drawString(s.getDisplayId(av.getShowJVSuffix()), 0,
  88             ((i - starty) * charHeight) + ypos + charHeight
  89                     - (charHeight / 5));
  90
  91     if (hiddenRows)
  92     {
  93       drawMarker(i, starty, ypos);
  94     }
  95
  96   }
  97
  98   public void fastPaint(int vertical)
  99   {
 100     if (gg == null)
 101     {
 102       repaint();
 103       return;
 104     }
 105
 106     gg.copyArea(0, 0, getSize().width, imgHeight, 0,
 107             -vertical * av.getCharHeight());
 108
 109     int ss = av.startSeq, es = av.endSeq, transY = 0;
 110     if (vertical > 0) // scroll down
 111     {
 112       ss = es - vertical;
 113       if (ss < av.startSeq) // ie scrolling too fast, more than a page at a time
 114       {
 115         ss = av.startSeq;
 116       }
 117       else
 118       {
 119         transY = imgHeight - vertical * av.getCharHeight();
 120       }
 121     }
 122     else if (vertical < 0)
 123     {
 124       es = ss - vertical;
 125       if (es > av.endSeq)
 126       {
 127         es = av.endSeq;
 128       }
 129     }
 130
 131     gg.translate(0, transY);
 132
 133     drawIds(ss, es);
 134
 135     gg.translate(0, -transY);
 136
 137     fastPaint = true;
 138     repaint();
 139   }
 140
 141   public void update(Graphics g)
 142   {
 143     paint(g);
 144   }
 145
 146   public void paint(Graphics g)
 147   {
 148     if (getSize().height < 0 || getSize().width < 0)
 149     {
 150       return;
 151     }
 152     if (fastPaint)
 153     {
 154       fastPaint = false;
 155       g.drawImage(image, 0, 0, this);
 156       return;
 157     }
 158
 159     imgHeight = getSize().height;
 160     imgHeight -= imgHeight % av.getCharHeight();
 161
 162     if (imgHeight < 1)
 163     {
 164       return;
 165     }
 166
 167     if (image == null || imgHeight != image.getHeight(this))
 168     {
 169       image = createImage(getSize().width, imgHeight);
 170       gg = image.getGraphics();
 171       gg.setFont(av.getFont());
 172     }
 173
 174     // Fill in the background
 175     gg.setColor(Color.white);
 176     Font italic = new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC, av
 177             .getFont().getSize());
 178     gg.setFont(italic);
 179
 180     gg.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);
 181     drawIds(av.startSeq, av.endSeq);
 182     g.drawImage(image, 0, 0, this);
 183   }
 184
 185   /**
 186    * local copy of av.getCharHeight set at top of drawIds
 187    */
 188   private int avcharHeight;
 189
 190   void drawIds(int starty, int endy)
 191   {
 192     // hardwired italic IDs in applet currently
 193     Font italic = new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC, av
 194             .getFont().getSize());
 195     // temp variable for speed
 196     avcharHeight = av.getCharHeight();
 197
 198     gg.setFont(italic);
 199
 200     Color currentColor = Color.white;
 201     Color currentTextColor = Color.black;
 202
 203     final boolean doHiddenCheck = av.isDisplayReferenceSeq()
 204             || av.hasHiddenRows(), hiddenRows = av.hasHiddenRows()
 205             && av.getShowHiddenMarkers();
 206
 207     if (av.getWrapAlignment())
 208     {
 209       int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
 210       int alheight = av.getAlignment().getHeight();
 211
 212       if (av.hasHiddenColumns())
 213       {
 214         maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 215       }
 216
 217       int annotationHeight = 0;
 218       AnnotationLabels labels = null;
 219
 220       if (av.isShowAnnotation())
 221       {
 222         AnnotationPanel ap = new AnnotationPanel(av);
 223         annotationHeight = ap.adjustPanelHeight();
 224         labels = new AnnotationLabels(av);
 225       }
 226       int hgap = avcharHeight;
 227       if (av.getScaleAboveWrapped())
 228       {
 229         hgap += avcharHeight;
 230       }
 231
 232       int cHeight = alheight * avcharHeight + hgap + annotationHeight;
 233
 234       int rowSize = av.getEndRes() - av.getStartRes();
 235       // Draw the rest of the panels
 236       for (int ypos = hgap, row = av.startRes; (ypos <= getSize().height)
 237               && (row < maxwidth); ypos += cHeight, row += rowSize)
 238       {
 239         for (int i = starty; i < alheight; i++)
 240         {
 241
 242           SequenceI s = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 243           gg.setFont(italic);
 244           if (doHiddenCheck)
 245           {
 246             setHiddenFont(s);
 247           }
 248           drawIdString(gg, hiddenRows, s, i, 0, ypos);
 249         }
 250
 251         if (labels != null)
 252         {
 253           gg.translate(0, ypos + (alheight * avcharHeight));
 254           labels.drawComponent(gg, getSize().width);
 255           gg.translate(0, -ypos - (alheight * avcharHeight));
 256         }
 257
 258       }
 259     }
 260     else
 261     {
 262       // Now draw the id strings
 263       SequenceI seq;
 264       for (int i = starty; i < endy; i++)
 265       {
 266
 267         seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 268         if (seq == null)
 269         {
 270           continue;
 271         }
 272         gg.setFont(italic);
 273         // boolean isrep=false;
 274         if (doHiddenCheck)
 275         {
 276           // isrep =
 277           setHiddenFont(seq);
 278         }
 279
 280         // Selected sequence colours
 281         if ((searchResults != null) && searchResults.contains(seq))
 282         {
 283           currentColor = Color.black;
 284           currentTextColor = Color.white;
 285         }
 286         else if ((av.getSelectionGroup() != null)
 287                 && av.getSelectionGroup().getSequences(null).contains(seq))
 288         {
 289           currentColor = Color.lightGray;
 290           currentTextColor = Color.black;
 291         }
 292         else
 293         {
 294           currentColor = av.getSequenceColour(seq);
 295           currentTextColor = Color.black;
 296         }
 297
 298         gg.setColor(currentColor);
 299         // TODO: isrep could be used to highlight the representative in a
 300         // different way
 301         gg.fillRect(0, (i - starty) * avcharHeight, getSize().width,
 302                 avcharHeight);
 303         gg.setColor(currentTextColor);
 304
 305         gg.drawString(seq.getDisplayId(av.getShowJVSuffix()), 0,
 306                 (((i - starty) * avcharHeight) + avcharHeight)
 307                         - (avcharHeight / 5));
 308
 309         if (hiddenRows)
 310         {
 311           drawMarker(i, starty, 0);
 312         }
 313       }
 314     }
 315   }
 316
 317   public void setHighlighted(List<SequenceI> list)
 318   {
 319     searchResults = list;
 320     repaint();
 321   }
 322
 323   void drawMarker(int i, int starty, int yoffset)
 324   {
 325     SequenceI[] hseqs = av.getAlignment().getHiddenSequences().hiddenSequences;
 326     // Use this method here instead of calling hiddenSeq adjust
 327     // 3 times.
 328     int hSize = hseqs.length;
 329
 330     int hiddenIndex = i;
 331     int lastIndex = i - 1;
 332     int nextIndex = i + 1;
 333
 334     for (int j = 0; j < hSize; j++)
 335     {
 336       if (hseqs[j] != null)
 337       {
 338         if (j - 1 < hiddenIndex)
 339         {
 340           hiddenIndex++;
 341         }
 342         if (j - 1 < lastIndex)
 343         {
 344           lastIndex++;
 345         }
 346         if (j - 1 < nextIndex)
 347         {
 348           nextIndex++;
 349         }
 350       }
 351     }
 352
 353     boolean below = (hiddenIndex > lastIndex + 1);
 354     boolean above = (nextIndex > hiddenIndex + 1);
 355
 356     gg.setColor(Color.blue);
 357     if (below)
 358     {
 359       gg.fillPolygon(new int[] { getSize().width - avcharHeight,
 360           getSize().width - avcharHeight, getSize().width }, new int[] {
 361           (i - starty) * avcharHeight + yoffset,
 362           (i - starty) * avcharHeight + yoffset + avcharHeight / 4,
 363           (i - starty) * avcharHeight + yoffset }, 3);
 364     }
 365     if (above)
 366     {
 367       gg.fillPolygon(new int[] { getSize().width - avcharHeight,
 368           getSize().width - avcharHeight, getSize().width }, new int[] {
 369           (i - starty + 1) * avcharHeight + yoffset,
 370           (i - starty + 1) * avcharHeight + yoffset - avcharHeight / 4,
 371           (i - starty + 1) * avcharHeight + yoffset }, 3);
 372
 373     }
 374   }
 375
 376   boolean setHiddenFont(SequenceI seq)
 377   {
 378     Font bold = new Font(av.getFont().getName(), Font.BOLD, av.getFont()
 379             .getSize());
 380
 381     if (av.isHiddenRepSequence(seq))
 382     {
 383       gg.setFont(bold);
 384       return true;
 385     }
 386     return false;
 387   }
 388 }